RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group93 > 2VQE_Q_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

2VQE_Q
2VQE_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
Q:2 [PRO] A:127 [G] 2.69 A:234 [C] sugar:BB 65.3
Q:2 [PRO] A:128 [G] 3.51 A:233 [C] 65.3
Q:2 [PRO] A:635 [G] 3.43 A:603 [U] 65.3
Q:2 [PRO] A:636 [U] 3.33 A:602 [A] 65.3
Q:3 [LYS] A:127 [G] 4.51 A:234 [C] 48.77
Q:3 [LYS] A:128 [G] 3.43 A:233 [C] 48.77
Q:3 [LYS] A:129 [U] 4.39 A:232 [G] 48.77
Q:3 [LYS] A:190E [U] 3.04 48.77
Q:4 [LYS] A:235 [C] 4.91 A:126 [G] 74.67
Q:4 [LYS] A:236 [G] 4.08 A:125 [U] 74.67
Q:4 [LYS] A:635 [G] 4.39 A:603 [U] 74.67
Q:6 [LEU] A:236 [G] 4.96 A:125 [U] 51.61
Q:12 [SER] A:275 [G] 4.71 A:249 [U] 84.28
Q:12 [SER] A:276 [G] 2.84 A:248 [C] 84.28
Q:14 [LYS] A:274 [A] 4.98 A:252 [U] 74.16
Q:14 [LYS] A:275 [G] 3.34 A:249 [U] 74.16
Q:14 [LYS] A:276 [G] 4.32 A:248 [C] 74.16
Q:15 [MET] A:253 [U] 3.41 A:273 [A] 87.32
Q:15 [MET] A:254 [G] 3.61 A:272 [C] 87.32
Q:15 [MET] A:275 [G] 3.52 A:249 [U] 87.32
Q:15 [MET] A:276 [G] 3.7 A:248 [C] 87.32
Q:16 [GLN] A:254 [G] 2.7 A:272 [C] base:SC, sugar:BB 46.08
Q:16 [GLN] A:255 [G] 3.07 A:271 [C] 46.08
Q:16 [GLN] A:272 [C] 4.07 A:254 [G] 46.08
Q:16 [GLN] A:273 [A] 4.36 A:253 [U] 46.08
Q:17 [LYS] A:254 [G] 4.89 A:272 [C] 80.21
Q:17 [LYS] A:255 [G] 3.19 A:271 [C] 80.21
Q:17 [LYS] A:256 [U] 2.67 A:270 [A] 80.21
Q:18 [THR] A:254 [G] 3.09 A:272 [C] sugar:SC 95.19
Q:18 [THR] A:255 [G] 4.15 A:271 [C] 95.19
Q:20 [THR] A:276 [G] 3.76 A:248 [C] 78.09
Q:20 [THR] A:277 [C] 4.45 A:247 [G] 78.09
Q:24 [GLU] A:280 [C] 4.42 42.53
Q:25 [ARG] A:237 [C] 3.12 A:124 [G] 67.5
Q:25 [ARG] A:238 [G] 2.8 A:123 [C] 67.5
Q:26 [GLN] A:596 [C] 4.45 A:644 [G] 3.45
Q:26 [GLN] A:597 [G] 4.37 A:643 [C] 3.45
Q:26 [GLN] A:644 [G] 4.55 A:596 [C] 3.45
Q:27 [PHE] A:238 [G] 4.75 A:123 [C] 3.96
Q:28 [PRO] A:598 [U] 4.3 A:640 [A] 32.87
Q:30 [PRO] A:301 [G] 4.98 A:296 [U] 59.36
Q:31 [LEU] A:300 [A] 4.53 A:565 [U] 51.96
Q:31 [LEU] A:301 [G] 4.03 A:296 [U] 51.96
Q:31 [LEU] A:564 [C] 3.44 51.96
Q:32 [TYR] A:564 [C] 3.2 76.72
Q:34 [LYS] A:585 [G] 2.97 A:756 [C] sugar:SC 93.66
Q:34 [LYS] A:586 [C] 3.63 A:755 [G] 93.66
Q:34 [LYS] A:879 [C] 3.8 A:821 [G] 93.66
Q:35 [VAL] A:586 [C] 4.33 A:755 [G] 10.83
Q:35 [VAL] A:597 [G] 4.02 A:643 [C] 10.83
Q:37 [LYS] A:280 [C] 3.86 54.58
Q:37 [LYS] A:585 [G] 4.16 A:756 [C] 54.58
Q:38 [ARG] A:280 [C] 2.98 63.28
Q:39 [SER] A:280 [C] 2.78 base:BB, base:SC 60.62
Q:40 [LYS] A:236 [G] 2.9 A:125 [U] 74.55
Q:40 [LYS] A:237 [C] 2.81 A:124 [G] 74.55
Q:41 [LYS] A:277 [C] 2.91 A:247 [G] 72.82
Q:41 [LYS] A:278 [G] 2.84 A:279 [A] 72.82
Q:42 [TYR] A:235 [C] 4.79 A:126 [G] 51.04
Q:42 [TYR] A:236 [G] 3.41 A:125 [U] 51.04
Q:42 [TYR] A:237 [C] 3.84 A:124 [G] 51.04
Q:43 [LEU] A:253 [U] 4.06 A:273 [A] 61.77
Q:43 [LEU] A:254 [G] 4.42 A:272 [C] 61.77
Q:43 [LEU] A:276 [G] 4.17 A:248 [C] 61.77
Q:43 [LEU] A:277 [C] 4.06 A:247 [G] 61.77
Q:45 [HIS] A:255 [G] 4.4 A:271 [C] 93.61
Q:61 [GLU] A:127 [G] 2.71 A:234 [C] base:SC 68.27
Q:61 [GLU] A:128 [G] 3.85 A:233 [C] 68.27
Q:61 [GLU] A:190E [U] 4.54 68.27
Q:61 [GLU] A:234 [C] 3.91 A:127 [G] 68.27
Q:61 [GLU] A:235 [C] 3.38 A:126 [G] 68.27
Q:62 [SER] A:190E [U] 3.28 69.06
Q:62 [SER] A:234 [C] 4.39 A:127 [G] 69.06
Q:63 [ARG] A:129A [G] 4.73 83.34
Q:63 [ARG] A:130 [A] 2.92 83.34
Q:63 [ARG] A:190E [U] 2.53 83.34
Q:63 [ARG] A:190F [G] 4.13 83.34
Q:63 [ARG] A:264 [U] 3.18 83.34
Q:64 [PRO] A:130 [A] 3.93 85.94
Q:64 [PRO] A:234 [C] 3.96 A:127 [G] 85.94
Q:64 [PRO] A:264 [U] 2.81 sugar:BB 85.94
Q:64 [PRO] A:265 [G] 3.24 A:260 [G] 85.94
Q:65 [ILE] A:255 [G] 3.15 A:271 [C] 56.31
Q:65 [ILE] A:264 [U] 4.79 56.31
Q:65 [ILE] A:265 [G] 3.35 A:260 [G] 56.31
Q:65 [ILE] A:266 [G] 4.13 56.31
Q:66 [SER] A:254 [G] 3.04 A:272 [C] 99.0
Q:66 [SER] A:255 [G] 3.4 A:271 [C] 99.0
Q:66 [SER] A:265 [G] 3.28 A:260 [G] 99.0
Q:66 [SER] A:266 [G] 4.42 99.0
Q:67 [LYS] A:252 [U] 4.46 A:274 [A] 83.13
Q:67 [LYS] A:253 [U] 2.87 A:273 [A] 83.13
Q:67 [LYS] A:254 [G] 2.09 A:272 [C] 83.13
Q:67 [LYS] A:265 [G] 3.11 A:260 [G] 83.13
Q:67 [LYS] A:266 [G] 3.34 83.13
Q:67 [LYS] A:267 [C] 3.16 A:259 [G] 83.13
Q:68 [ARG] A:253 [U] 3.85 A:273 [A] 60.69
Q:68 [ARG] A:254 [G] 3.17 A:272 [C] 60.69
Q:68 [ARG] A:276 [G] 2.78 A:248 [C] sugar:SC 60.69
Q:68 [ARG] A:277 [C] 2.43 A:247 [G] 60.69
Q:69 [LYS] A:254 [G] 3.22 A:272 [C] 93.0
Q:69 [LYS] A:255 [G] 3.0 A:271 [C] 93.0
Q:70 [ARG] A:234 [C] 3.49 A:127 [G] 67.29
Q:70 [ARG] A:235 [C] 3.41 A:126 [G] 67.29
Q:70 [ARG] A:265 [G] 4.3 A:260 [G] 67.29
Q:70 [ARG] A:267 [C] 4.8 A:259 [G] 67.29
Q:71 [PHE] A:235 [C] 3.79 A:126 [G] 67.1
Q:71 [PHE] A:236 [G] 4.34 A:125 [U] 67.1
Q:72 [ARG] A:190E [U] 3.11 40.31
Q:81 [ARG] A:647 [C] 4.46 A:592 [G] 1.1
Q:87 [LYS] A:583 [A] 4.78 A:758 [G] 24.71
Q:87 [LYS] A:584 [G] 3.36 A:757 [U] 24.71
Q:88 [TYR] A:277 [C] 4.68 A:247 [G] 17.99
Q:90 [ILE] A:582 [U] 4.24 A:759 [A] 40.46
Q:90 [ILE] A:583 [A] 4.06 A:758 [G] 40.46
Q:91 [ARG] A:279 [A] 3.97 A:278 [G] 35.91
Q:91 [ARG] A:280 [C] 4.18 35.91
Q:91 [ARG] A:583 [A] 3.82 A:758 [G] 35.91
Q:92 [ARG] A:277 [C] 4.91 A:247 [G] 34.18
Q:92 [ARG] A:278 [G] 3.87 A:279 [A] 34.18
Q:94 [ASN] A:582 [U] 3.01 A:759 [A] sugar:SC 42.0
Q:94 [ASN] A:583 [A] 3.16 A:758 [G] sugar:SC 42.0
Q:94 [ASN] A:759 [A] 4.36 A:582 [U] 42.0
Q:94 [ASN] A:760 [G] 3.24 A:581 [G] 42.0
Q:95 [TYR] A:278 [G] 3.64 A:279 [A] 27.41
Q:95 [TYR] A:279 [A] 2.25 A:278 [G] base/AA stacks 27.41
Q:95 [TYR] A:280 [C] 4.91 27.41
Q:97 [SER] A:760 [G] 2.69 A:581 [G] base:SC, sugar:BB 54.63
Q:97 [SER] A:761 [G] 3.63 A:580 [U] 54.63
Q:98 [LEU] A:246 [A] 3.77 A:281 [G] sugar:BB 55.61
Q:98 [LEU] A:279 [A] 3.24 A:278 [G] base:BB 55.61
Q:98 [LEU] A:759 [A] 4.14 A:582 [U] 55.61
Q:98 [LEU] A:760 [G] 3.47 A:581 [G] 55.61
Q:99 [SER] A:246 [A] 3.37 A:281 [G] 48.95
Q:99 [SER] A:247 [G] 3.32 A:277 [C] 48.95
Q:99 [SER] A:279 [A] 4.76 A:278 [G] 48.95
Q:100 [LYS] A:247 [G] 3.11 A:277 [C] 68.67
Q:100 [LYS] A:895 [G] 4.53 A:904 [C] 68.67
Q:100 [LYS] A:896 [C] 3.79 A:903 [G] 68.67
Q:100 [LYS] A:897 [C] 4.87 A:902 [G] 68.67
Q:101 [ARG] A:247 [G] 4.71 A:277 [C] 68.67
Q:101 [ARG] A:897 [C] 4.81 A:902 [G] 68.67
Q:104 [LYS] A:760 [G] 3.25 A:581 [G] base:BB 68.67
Q:104 [LYS] A:761 [G] 4.21 A:580 [U] 68.67
Q:105 [ALA] A:581 [G] 4.98 A:760 [G] 68.67
Q:105 [ALA] A:582 [U] 3.15 A:759 [A] sugar:BB 68.67
Q:105 [ALA] A:760 [G] 2.78 A:581 [G] base:BB, base:BB 68.67
Q:105 [ALA] A:761 [G] 3.05 A:580 [U] 68.67
Q:105 [ALA] A:762 [C] 4.6 A:579 [G] 68.67

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group93 2VQE_Q_A Q: 30s ribosomal protein s17, Thermus thermophilus (natural) A: 16s rRNA, Thermus thermophilus (natural) P0DOY7 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 5

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_Q_A 4Y4O_1q_1a 0.96 0.99 0.53 0.91 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_Q_A 7K00_Q_A 0.85 0.96 1.18 0.5 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_Q_A 7O7Y_Ak_A2 0.67 0.91 2.56 0.3 Nucleic acid-binding proteins compare
2VQE_Q_A 7RYG_q_a 0.76 0.92 2.93 0.57 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_Q_A 6S0X_q_a 0.48 0.94 3.14 0.42 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare