Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 2VQE_Q
|
2VQE_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| Q:2 [PRO] | A:127 [G] | 2.69 | A:234 [C] | sugar:BB | 65.3 | |
| Q:2 [PRO] | A:128 [G] | 3.51 | A:233 [C] | 65.3 | ||
| Q:2 [PRO] | A:635 [G] | 3.43 | A:603 [U] | 65.3 | ||
| Q:2 [PRO] | A:636 [U] | 3.33 | A:602 [A] | 65.3 | ||
| Q:3 [LYS] | A:127 [G] | 4.51 | A:234 [C] | 48.77 | ||
| Q:3 [LYS] | A:128 [G] | 3.43 | A:233 [C] | 48.77 | ||
| Q:3 [LYS] | A:129 [U] | 4.39 | A:232 [G] | 48.77 | ||
| Q:3 [LYS] | A:190E [U] | 3.04 | 48.77 | |||
| Q:4 [LYS] | A:235 [C] | 4.91 | A:126 [G] | 74.67 | ||
| Q:4 [LYS] | A:236 [G] | 4.08 | A:125 [U] | 74.67 | ||
| Q:4 [LYS] | A:635 [G] | 4.39 | A:603 [U] | 74.67 | ||
| Q:6 [LEU] | A:236 [G] | 4.96 | A:125 [U] | 51.61 | ||
| Q:12 [SER] | A:275 [G] | 4.71 | A:249 [U] | 84.28 | ||
| Q:12 [SER] | A:276 [G] | 2.84 | A:248 [C] | 84.28 | ||
| Q:14 [LYS] | A:274 [A] | 4.98 | A:252 [U] | 74.16 | ||
| Q:14 [LYS] | A:275 [G] | 3.34 | A:249 [U] | 74.16 | ||
| Q:14 [LYS] | A:276 [G] | 4.32 | A:248 [C] | 74.16 | ||
| Q:15 [MET] | A:253 [U] | 3.41 | A:273 [A] | 87.32 | ||
| Q:15 [MET] | A:254 [G] | 3.61 | A:272 [C] | 87.32 | ||
| Q:15 [MET] | A:275 [G] | 3.52 | A:249 [U] | 87.32 | ||
| Q:15 [MET] | A:276 [G] | 3.7 | A:248 [C] | 87.32 | ||
| Q:16 [GLN] | A:254 [G] | 2.7 | A:272 [C] | base:SC, sugar:BB | 46.08 | |
| Q:16 [GLN] | A:255 [G] | 3.07 | A:271 [C] | 46.08 | ||
| Q:16 [GLN] | A:272 [C] | 4.07 | A:254 [G] | 46.08 | ||
| Q:16 [GLN] | A:273 [A] | 4.36 | A:253 [U] | 46.08 | ||
| Q:17 [LYS] | A:254 [G] | 4.89 | A:272 [C] | 80.21 | ||
| Q:17 [LYS] | A:255 [G] | 3.19 | A:271 [C] | 80.21 | ||
| Q:17 [LYS] | A:256 [U] | 2.67 | A:270 [A] | 80.21 | ||
| Q:18 [THR] | A:254 [G] | 3.09 | A:272 [C] | sugar:SC | 95.19 | |
| Q:18 [THR] | A:255 [G] | 4.15 | A:271 [C] | 95.19 | ||
| Q:20 [THR] | A:276 [G] | 3.76 | A:248 [C] | 78.09 | ||
| Q:20 [THR] | A:277 [C] | 4.45 | A:247 [G] | 78.09 | ||
| Q:24 [GLU] | A:280 [C] | 4.42 | 42.53 | |||
| Q:25 [ARG] | A:237 [C] | 3.12 | A:124 [G] | 67.5 | ||
| Q:25 [ARG] | A:238 [G] | 2.8 | A:123 [C] | 67.5 | ||
| Q:26 [GLN] | A:596 [C] | 4.45 | A:644 [G] | 3.45 | ||
| Q:26 [GLN] | A:597 [G] | 4.37 | A:643 [C] | 3.45 | ||
| Q:26 [GLN] | A:644 [G] | 4.55 | A:596 [C] | 3.45 | ||
| Q:27 [PHE] | A:238 [G] | 4.75 | A:123 [C] | 3.96 | ||
| Q:28 [PRO] | A:598 [U] | 4.3 | A:640 [A] | 32.87 | ||
| Q:30 [PRO] | A:301 [G] | 4.98 | A:296 [U] | 59.36 | ||
| Q:31 [LEU] | A:300 [A] | 4.53 | A:565 [U] | 51.96 | ||
| Q:31 [LEU] | A:301 [G] | 4.03 | A:296 [U] | 51.96 | ||
| Q:31 [LEU] | A:564 [C] | 3.44 | 51.96 | |||
| Q:32 [TYR] | A:564 [C] | 3.2 | 76.72 | |||
| Q:34 [LYS] | A:585 [G] | 2.97 | A:756 [C] | sugar:SC | 93.66 | |
| Q:34 [LYS] | A:586 [C] | 3.63 | A:755 [G] | 93.66 | ||
| Q:34 [LYS] | A:879 [C] | 3.8 | A:821 [G] | 93.66 | ||
| Q:35 [VAL] | A:586 [C] | 4.33 | A:755 [G] | 10.83 | ||
| Q:35 [VAL] | A:597 [G] | 4.02 | A:643 [C] | 10.83 | ||
| Q:37 [LYS] | A:280 [C] | 3.86 | 54.58 | |||
| Q:37 [LYS] | A:585 [G] | 4.16 | A:756 [C] | 54.58 | ||
| Q:38 [ARG] | A:280 [C] | 2.98 | 63.28 | |||
| Q:39 [SER] | A:280 [C] | 2.78 | base:BB, base:SC | 60.62 | ||
| Q:40 [LYS] | A:236 [G] | 2.9 | A:125 [U] | 74.55 | ||
| Q:40 [LYS] | A:237 [C] | 2.81 | A:124 [G] | 74.55 | ||
| Q:41 [LYS] | A:277 [C] | 2.91 | A:247 [G] | 72.82 | ||
| Q:41 [LYS] | A:278 [G] | 2.84 | A:279 [A] | 72.82 | ||
| Q:42 [TYR] | A:235 [C] | 4.79 | A:126 [G] | 51.04 | ||
| Q:42 [TYR] | A:236 [G] | 3.41 | A:125 [U] | 51.04 | ||
| Q:42 [TYR] | A:237 [C] | 3.84 | A:124 [G] | 51.04 | ||
| Q:43 [LEU] | A:253 [U] | 4.06 | A:273 [A] | 61.77 | ||
| Q:43 [LEU] | A:254 [G] | 4.42 | A:272 [C] | 61.77 | ||
| Q:43 [LEU] | A:276 [G] | 4.17 | A:248 [C] | 61.77 | ||
| Q:43 [LEU] | A:277 [C] | 4.06 | A:247 [G] | 61.77 | ||
| Q:45 [HIS] | A:255 [G] | 4.4 | A:271 [C] | 93.61 | ||
| Q:61 [GLU] | A:127 [G] | 2.71 | A:234 [C] | base:SC | 68.27 | |
| Q:61 [GLU] | A:128 [G] | 3.85 | A:233 [C] | 68.27 | ||
| Q:61 [GLU] | A:190E [U] | 4.54 | 68.27 | |||
| Q:61 [GLU] | A:234 [C] | 3.91 | A:127 [G] | 68.27 | ||
| Q:61 [GLU] | A:235 [C] | 3.38 | A:126 [G] | 68.27 | ||
| Q:62 [SER] | A:190E [U] | 3.28 | 69.06 | |||
| Q:62 [SER] | A:234 [C] | 4.39 | A:127 [G] | 69.06 | ||
| Q:63 [ARG] | A:129A [G] | 4.73 | 83.34 | |||
| Q:63 [ARG] | A:130 [A] | 2.92 | 83.34 | |||
| Q:63 [ARG] | A:190E [U] | 2.53 | 83.34 | |||
| Q:63 [ARG] | A:190F [G] | 4.13 | 83.34 | |||
| Q:63 [ARG] | A:264 [U] | 3.18 | 83.34 | |||
| Q:64 [PRO] | A:130 [A] | 3.93 | 85.94 | |||
| Q:64 [PRO] | A:234 [C] | 3.96 | A:127 [G] | 85.94 | ||
| Q:64 [PRO] | A:264 [U] | 2.81 | sugar:BB | 85.94 | ||
| Q:64 [PRO] | A:265 [G] | 3.24 | A:260 [G] | 85.94 | ||
| Q:65 [ILE] | A:255 [G] | 3.15 | A:271 [C] | 56.31 | ||
| Q:65 [ILE] | A:264 [U] | 4.79 | 56.31 | |||
| Q:65 [ILE] | A:265 [G] | 3.35 | A:260 [G] | 56.31 | ||
| Q:65 [ILE] | A:266 [G] | 4.13 | 56.31 | |||
| Q:66 [SER] | A:254 [G] | 3.04 | A:272 [C] | 99.0 | ||
| Q:66 [SER] | A:255 [G] | 3.4 | A:271 [C] | 99.0 | ||
| Q:66 [SER] | A:265 [G] | 3.28 | A:260 [G] | 99.0 | ||
| Q:66 [SER] | A:266 [G] | 4.42 | 99.0 | |||
| Q:67 [LYS] | A:252 [U] | 4.46 | A:274 [A] | 83.13 | ||
| Q:67 [LYS] | A:253 [U] | 2.87 | A:273 [A] | 83.13 | ||
| Q:67 [LYS] | A:254 [G] | 2.09 | A:272 [C] | 83.13 | ||
| Q:67 [LYS] | A:265 [G] | 3.11 | A:260 [G] | 83.13 | ||
| Q:67 [LYS] | A:266 [G] | 3.34 | 83.13 | |||
| Q:67 [LYS] | A:267 [C] | 3.16 | A:259 [G] | 83.13 | ||
| Q:68 [ARG] | A:253 [U] | 3.85 | A:273 [A] | 60.69 | ||
| Q:68 [ARG] | A:254 [G] | 3.17 | A:272 [C] | 60.69 | ||
| Q:68 [ARG] | A:276 [G] | 2.78 | A:248 [C] | sugar:SC | 60.69 | |
| Q:68 [ARG] | A:277 [C] | 2.43 | A:247 [G] | 60.69 | ||
| Q:69 [LYS] | A:254 [G] | 3.22 | A:272 [C] | 93.0 | ||
| Q:69 [LYS] | A:255 [G] | 3.0 | A:271 [C] | 93.0 | ||
| Q:70 [ARG] | A:234 [C] | 3.49 | A:127 [G] | 67.29 | ||
| Q:70 [ARG] | A:235 [C] | 3.41 | A:126 [G] | 67.29 | ||
| Q:70 [ARG] | A:265 [G] | 4.3 | A:260 [G] | 67.29 | ||
| Q:70 [ARG] | A:267 [C] | 4.8 | A:259 [G] | 67.29 | ||
| Q:71 [PHE] | A:235 [C] | 3.79 | A:126 [G] | 67.1 | ||
| Q:71 [PHE] | A:236 [G] | 4.34 | A:125 [U] | 67.1 | ||
| Q:72 [ARG] | A:190E [U] | 3.11 | 40.31 | |||
| Q:81 [ARG] | A:647 [C] | 4.46 | A:592 [G] | 1.1 | ||
| Q:87 [LYS] | A:583 [A] | 4.78 | A:758 [G] | 24.71 | ||
| Q:87 [LYS] | A:584 [G] | 3.36 | A:757 [U] | 24.71 | ||
| Q:88 [TYR] | A:277 [C] | 4.68 | A:247 [G] | 17.99 | ||
| Q:90 [ILE] | A:582 [U] | 4.24 | A:759 [A] | 40.46 | ||
| Q:90 [ILE] | A:583 [A] | 4.06 | A:758 [G] | 40.46 | ||
| Q:91 [ARG] | A:279 [A] | 3.97 | A:278 [G] | 35.91 | ||
| Q:91 [ARG] | A:280 [C] | 4.18 | 35.91 | |||
| Q:91 [ARG] | A:583 [A] | 3.82 | A:758 [G] | 35.91 | ||
| Q:92 [ARG] | A:277 [C] | 4.91 | A:247 [G] | 34.18 | ||
| Q:92 [ARG] | A:278 [G] | 3.87 | A:279 [A] | 34.18 | ||
| Q:94 [ASN] | A:582 [U] | 3.01 | A:759 [A] | sugar:SC | 42.0 | |
| Q:94 [ASN] | A:583 [A] | 3.16 | A:758 [G] | sugar:SC | 42.0 | |
| Q:94 [ASN] | A:759 [A] | 4.36 | A:582 [U] | 42.0 | ||
| Q:94 [ASN] | A:760 [G] | 3.24 | A:581 [G] | 42.0 | ||
| Q:95 [TYR] | A:278 [G] | 3.64 | A:279 [A] | 27.41 | ||
| Q:95 [TYR] | A:279 [A] | 2.25 | A:278 [G] | base/AA stacks | 27.41 | |
| Q:95 [TYR] | A:280 [C] | 4.91 | 27.41 | |||
| Q:97 [SER] | A:760 [G] | 2.69 | A:581 [G] | base:SC, sugar:BB | 54.63 | |
| Q:97 [SER] | A:761 [G] | 3.63 | A:580 [U] | 54.63 | ||
| Q:98 [LEU] | A:246 [A] | 3.77 | A:281 [G] | sugar:BB | 55.61 | |
| Q:98 [LEU] | A:279 [A] | 3.24 | A:278 [G] | base:BB | 55.61 | |
| Q:98 [LEU] | A:759 [A] | 4.14 | A:582 [U] | 55.61 | ||
| Q:98 [LEU] | A:760 [G] | 3.47 | A:581 [G] | 55.61 | ||
| Q:99 [SER] | A:246 [A] | 3.37 | A:281 [G] | 48.95 | ||
| Q:99 [SER] | A:247 [G] | 3.32 | A:277 [C] | 48.95 | ||
| Q:99 [SER] | A:279 [A] | 4.76 | A:278 [G] | 48.95 | ||
| Q:100 [LYS] | A:247 [G] | 3.11 | A:277 [C] | 68.67 | ||
| Q:100 [LYS] | A:895 [G] | 4.53 | A:904 [C] | 68.67 | ||
| Q:100 [LYS] | A:896 [C] | 3.79 | A:903 [G] | 68.67 | ||
| Q:100 [LYS] | A:897 [C] | 4.87 | A:902 [G] | 68.67 | ||
| Q:101 [ARG] | A:247 [G] | 4.71 | A:277 [C] | 68.67 | ||
| Q:101 [ARG] | A:897 [C] | 4.81 | A:902 [G] | 68.67 | ||
| Q:104 [LYS] | A:760 [G] | 3.25 | A:581 [G] | base:BB | 68.67 | |
| Q:104 [LYS] | A:761 [G] | 4.21 | A:580 [U] | 68.67 | ||
| Q:105 [ALA] | A:581 [G] | 4.98 | A:760 [G] | 68.67 | ||
| Q:105 [ALA] | A:582 [U] | 3.15 | A:759 [A] | sugar:BB | 68.67 | |
| Q:105 [ALA] | A:760 [G] | 2.78 | A:581 [G] | base:BB, base:BB | 68.67 | |
| Q:105 [ALA] | A:761 [G] | 3.05 | A:580 [U] | 68.67 | ||
| Q:105 [ALA] | A:762 [C] | 4.6 | A:579 [G] | 68.67 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group93 | 2VQE_Q_A | Q: 30s ribosomal protein s17, Thermus thermophilus (natural) A: 16s rRNA, Thermus thermophilus (natural) | P0DOY7 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2VQE_Q_A | 4Y4O_1q_1a | 0.96 | 0.99 | 0.53 | 0.91 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_Q_A | 6S0X_q_a | 0.48 | 0.94 | 3.14 | 0.42 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_Q_A | 7K00_Q_A | 0.85 | 0.96 | 1.18 | 0.5 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 2VQE_Q_A | 7O7Y_Ak_A2 | 0.67 | 0.91 | 2.56 | 0.3 | Nucleic acid-binding proteins | compare | |
| 2VQE_Q_A | 7RYG_q_a | 0.76 | 0.92 | 2.93 | 0.57 | Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |