RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group93 > 2VQE_Q_A vs 4Y4O_1q_1a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

2VQE_Q
2VQE_A
4Y4O_1q
4Y4O_1a
Conserved?
Q:20 [THR] A:276 [G] 1q:20 [THR] 1a:276 [G] ✔
Q:20 [THR] A:277 [C] 1q:20 [THR] 1a:277 [C] ✔
Q:31 [LEU] A:300 [A] 1q:31 [LEU] 1a:300 [A] ✔
Q:31 [LEU] A:301 [G] 1q:31 [LEU] 1a:301 [G] ✔
Q:31 [LEU] A:564 [C] 1q:31 [LEU] 1a:564 [C] ✔
Q:98 [LEU] A:246 [A] 1q:98 [LEU] 1a:246 [A] ✔
Q:98 [LEU] A:279 [A] 1q:98 [LEU] 1a:279 [A] ✔
Q:98 [LEU] A:759 [A] 1q:98 [LEU] 1a:759 [A] ✔
Q:98 [LEU] A:760 [G] 1q:98 [LEU] 1a:760 [G] ✔
Q:64 [PRO] A:130 [A] 1q:64 [PRO] 1a:130 [A] ✔
Q:64 [PRO] A:234 [C] 1q:64 [PRO] 1a:234 [C] ✔
Q:64 [PRO] A:264 [U] 1q:64 [PRO] 1a:264 [U] ✔
Q:64 [PRO] A:265 [G] 1q:64 [PRO] 1a:265 [G] ✔
Q:42 [TYR] A:235 [C] 1q:42 [TYR] 1a:235 [C] ✔
Q:42 [TYR] A:236 [G] 1q:42 [TYR] 1a:236 [G] ✔
Q:42 [TYR] A:237 [C] 1q:42 [TYR] 1a:237 [C] ✔
Q:27 [PHE] A:238 [G] 1q:27 [PHE] 1a:238 [G] ✔
Q:3 [LYS] A:127 [G] 1q:3 [LYS] 1a:127 [G] ✔
Q:3 [LYS] A:128 [G] 1q:3 [LYS] 1a:128 [G] ✔
Q:3 [LYS] A:129 [U] 1q:3 [LYS] 1a:129 [U] ✔
Q:3 [LYS] A:190E [U] 1q:3 [LYS] 1a:189F [U] ✔
Q:94 [ASN] A:582 [U] 1q:94 [ASN] 1a:582 [U] ✔
Q:94 [ASN] A:583 [A] 1q:94 [ASN] 1a:583 [A] ✔
Q:94 [ASN] A:759 [A] 1q:94 [ASN] 1a:759 [A] ✔
Q:94 [ASN] A:760 [G] 1q:94 [ASN] 1a:760 [G] ✔
Q:37 [LYS] A:280 [C] 1q:37 [LYS] 1a:280 [C] ✔
Q:37 [LYS] A:585 [G] 1q:37 [LYS] 1a:585 [G] ✔
Q:18 [THR] A:254 [G] 1q:18 [THR] 1a:254 [G] ✔
Q:18 [THR] A:255 [G] 1q:18 [THR] 1a:255 [G] ✔
Q:67 [LYS] A:252 [U] 1q:67 [LYS] 1a:252 [U] ✔
Q:67 [LYS] A:253 [U] 1q:67 [LYS] 1a:253 [U] ✔
Q:67 [LYS] A:254 [G] 1q:67 [LYS] 1a:254 [G] ✔
Q:67 [LYS] A:265 [G] 1q:67 [LYS] 1a:265 [G] ✔
Q:67 [LYS] A:266 [G] 1q:67 [LYS] 1a:266 [G] ✔
Q:67 [LYS] A:267 [C] 1q:67 [LYS] 1a:267 [C] ✔
Q:99 [SER] A:246 [A] 1q:99 [SER] 1a:246 [A] ✔
Q:99 [SER] A:247 [G] 1q:99 [SER] 1a:247 [G] ✔
Q:99 [SER] A:279 [A] 1q:99 [SER] 1a:279 [A] ✔
Q:69 [LYS] A:254 [G] 1q:69 [LYS] 1a:254 [G] ✔
Q:69 [LYS] A:255 [G] 1q:69 [LYS] 1a:255 [G] ✔
Q:12 [SER] A:275 [G] 1q:12 [SER] 1a:275 [G] ✔
Q:12 [SER] A:276 [G] 1q:12 [SER] 1a:276 [G] ✔
Q:32 [TYR] A:564 [C] 1q:32 [TYR] 1a:564 [C] ✔
Q:39 [SER] A:280 [C] 1q:39 [SER] 1a:280 [C] ✔
Q:87 [LYS] A:583 [A] 1q:87 [LYS] 1a:583 [A] ✔
Q:87 [LYS] A:584 [G] 1q:87 [LYS] 1a:584 [G] ✔
Q:17 [LYS] A:254 [G] 1q:17 [LYS] 1a:254 [G] ✔
Q:17 [LYS] A:255 [G] 1q:17 [LYS] 1a:255 [G] ✔
Q:17 [LYS] A:256 [U] 1q:17 [LYS] 1a:256 [U] ✔
Q:66 [SER] A:254 [G] 1q:66 [SER] 1a:254 [G] ✔
Q:66 [SER] A:255 [G] 1q:66 [SER] 1a:255 [G] ✔
Q:66 [SER] A:265 [G] 1q:66 [SER] 1a:265 [G] ✔
Q:66 [SER] A:266 [G] 1q:66 [SER] 1a:266 [G] ✔
Q:81 [ARG] A:647 [C] 1q:81 [ARG] 1a:647 [C] ✔
Q:71 [PHE] A:235 [C] 1q:71 [PHE] 1a:235 [C] ✔
Q:71 [PHE] A:236 [G] 1q:71 [PHE] 1a:236 [G] ✔
Q:45 [HIS] A:255 [G] 1q:45 [HIS] 1a:255 [G] ✔
Q:2 [PRO] A:127 [G] 1q:2 [PRO] 1a:127 [G] ✔
Q:2 [PRO] A:128 [G] 1q:2 [PRO] 1a:128 [G] ✔
Q:2 [PRO] A:635 [G] 1q:2 [PRO] 1a:635 [G] ✔
Q:2 [PRO] A:636 [U] 1q:2 [PRO] 1a:636 [U] ✔
Q:14 [LYS] A:275 [G] 1q:14 [LYS] 1a:275 [G] ✔
Q:4 [LYS] A:235 [C] 1q:4 [LYS] 1a:235 [C] ✔
Q:4 [LYS] A:236 [G] 1q:4 [LYS] 1a:236 [G] ✔
Q:4 [LYS] A:635 [G] 1q:4 [LYS] 1a:635 [G] ✔
Q:62 [SER] A:190E [U] 1q:62 [SER] 1a:189F [U] ✔
Q:62 [SER] A:234 [C] 1q:62 [SER] 1a:234 [C] ✔
Q:16 [GLN] A:254 [G] 1q:16 [GLN] 1a:254 [G] ✔
Q:16 [GLN] A:255 [G] 1q:16 [GLN] 1a:255 [G] ✔
Q:16 [GLN] A:272 [C] 1q:16 [GLN] 1a:272 [C] ✔
Q:16 [GLN] A:273 [A] 1q:16 [GLN] 1a:273 [A] ✔
Q:97 [SER] A:760 [G] 1q:97 [SER] 1a:760 [G] ✔
Q:97 [SER] A:761 [G] 1q:97 [SER] 1a:761 [G] ✔
Q:70 [ARG] A:234 [C] 1q:70 [ARG] 1a:234 [C] ✔
Q:70 [ARG] A:235 [C] 1q:70 [ARG] 1a:235 [C] ✔
Q:70 [ARG] A:265 [G] 1q:70 [ARG] 1a:265 [G] ✔
Q:65 [ILE] A:255 [G] 1q:65 [ILE] 1a:255 [G] ✔
Q:65 [ILE] A:264 [U] 1q:65 [ILE] 1a:264 [U] ✔
Q:65 [ILE] A:265 [G] 1q:65 [ILE] 1a:265 [G] ✔
Q:65 [ILE] A:266 [G] 1q:65 [ILE] 1a:266 [G] ✔
Q:15 [MET] A:253 [U] 1q:15 [MET] 1a:253 [U] ✔
Q:15 [MET] A:254 [G] 1q:15 [MET] 1a:254 [G] ✔
Q:15 [MET] A:275 [G] 1q:15 [MET] 1a:275 [G] ✔
Q:15 [MET] A:276 [G] 1q:15 [MET] 1a:276 [G] ✔
Q:100 [LYS] A:247 [G] 1q:100 [LYS] 1a:247 [G] ✔
Q:100 [LYS] A:895 [G] 1q:100 [LYS] 1a:895 [G] ✔
Q:100 [LYS] A:896 [C] 1q:100 [LYS] 1a:896 [C] ✔
Q:61 [GLU] A:127 [G] 1q:61 [GLU] 1a:127 [G] ✔
Q:61 [GLU] A:128 [G] 1q:61 [GLU] 1a:128 [G] ✔
Q:61 [GLU] A:190E [U] 1q:61 [GLU] 1a:189F [U] ✔
Q:61 [GLU] A:234 [C] 1q:61 [GLU] 1a:234 [C] ✔
Q:61 [GLU] A:235 [C] 1q:61 [GLU] 1a:235 [C] ✔
Q:24 [GLU] A:280 [C] 1q:24 [GLU] 1a:280 [C] ✔
Q:90 [ILE] A:582 [U] 1q:90 [ILE] 1a:582 [U] ✔
Q:90 [ILE] A:583 [A] 1q:90 [ILE] 1a:583 [A] ✔
Q:91 [ARG] A:279 [A] 1q:91 [ARG] 1a:279 [A] ✔
Q:91 [ARG] A:280 [C] 1q:91 [ARG] 1a:280 [C] ✔
Q:91 [ARG] A:583 [A] 1q:91 [ARG] 1a:583 [A] ✔
Q:28 [PRO] A:598 [U] 1q:28 [PRO] 1a:598 [U] ✔
Q:25 [ARG] A:237 [C] 1q:25 [ARG] 1a:237 [C] ✔
Q:25 [ARG] A:238 [G] 1q:25 [ARG] 1a:238 [G] ✔
Q:88 [TYR] A:277 [C] 1q:88 [TYR] 1a:277 [C] ✔
Q:38 [ARG] A:280 [C] 1q:38 [ARG] 1a:280 [C] ✔
Q:35 [VAL] A:586 [C] 1q:35 [VAL] 1a:586 [C] ✔
Q:35 [VAL] A:597 [G] 1q:35 [VAL] 1a:597 [G] ✔
Q:40 [LYS] A:236 [G] 1q:40 [LYS] 1a:236 [G] ✔
Q:40 [LYS] A:237 [C] 1q:40 [LYS] 1a:237 [C] ✔
Q:26 [GLN] A:596 [C] 1q:26 [GLN] 1a:596 [C] ✔
Q:26 [GLN] A:597 [G] 1q:26 [GLN] 1a:597 [G] ✔
Q:26 [GLN] A:644 [G] 1q:26 [GLN] 1a:644 [G] ✔
Q:68 [ARG] A:253 [U] 1q:68 [ARG] 1a:253 [U] ✔
Q:68 [ARG] A:254 [G] 1q:68 [ARG] 1a:254 [G] ✔
Q:68 [ARG] A:276 [G] 1q:68 [ARG] 1a:276 [G] ✔
Q:68 [ARG] A:277 [C] 1q:68 [ARG] 1a:277 [C] ✔
Q:92 [ARG] A:278 [G] 1q:92 [ARG] 1a:278 [G] ✔
Q:41 [LYS] A:277 [C] 1q:41 [LYS] 1a:277 [C] ✔
Q:41 [LYS] A:278 [G] 1q:41 [LYS] 1a:278 [G] ✔
Q:34 [LYS] A:585 [G] 1q:34 [LYS] 1a:585 [G] ✔
Q:34 [LYS] A:586 [C] 1q:34 [LYS] 1a:586 [C] ✔
Q:34 [LYS] A:879 [C] 1q:34 [LYS] 1a:879 [C] ✔
Q:63 [ARG] A:130 [A] 1q:63 [ARG] 1a:130 [A] ✔
Q:63 [ARG] A:190E [U] 1q:63 [ARG] 1a:189F [U] ✔
Q:63 [ARG] A:190F [G] 1q:63 [ARG] 1a:189G [G] ✔
Q:63 [ARG] A:264 [U] 1q:63 [ARG] 1a:264 [U] ✔
Q:95 [TYR] A:278 [G] 1q:95 [TYR] 1a:278 [G] ✔
Q:95 [TYR] A:279 [A] 1q:95 [TYR] 1a:279 [A] ✔
Q:72 [ARG] A:190E [U] 1q:72 [ARG] 1a:189F [U] ✔
Q:43 [LEU] A:253 [U] 1q:43 [LEU] 1a:253 [U] ✔
Q:43 [LEU] A:254 [G] 1q:43 [LEU] 1a:254 [G] ✔
Q:43 [LEU] A:276 [G] 1q:43 [LEU] 1a:276 [G] ✔
Q:43 [LEU] A:277 [C] 1q:43 [LEU] 1a:277 [C] ✔
Q:14 [LYS] A:276 [G] 1q:14 [LYS] 1a:276 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
Q:70 [ARG] A:267 [C] 1q:70 [ARG] 1a:267 [C] ❌ 4Y4O_1q_1a
Q:92 [ARG] A:277 [C] 1q:92 [ARG] 1a:277 [C] ❌ 4Y4O_1q_1a
Q:95 [TYR] A:280 [C] 1q:95 [TYR] 1a:280 [C] ❌ 4Y4O_1q_1a
Q:100 [LYS] A:246 [A] 1q:100 [LYS] 1a:246 [A] ❌ 2VQE_Q_A
Q:3 [LYS] A:130 [A] 1q:3 [LYS] 1a:130 [A] ❌ 2VQE_Q_A
Q:37 [LYS] A:586 [C] 1q:37 [LYS] 1a:586 [C] ❌ 2VQE_Q_A
Q:63 [ARG] A:265 [G] 1q:63 [ARG] 1a:265 [G] ❌ 2VQE_Q_A
Q:66 [SER] A:253 [U] 1q:66 [SER] 1a:253 [U] ❌ 2VQE_Q_A
Q:88 [TYR] A:278 [G] 1q:88 [TYR] 1a:278 [G] ❌ 2VQE_Q_A
Q:91 [ARG] A:584 [G] 1q:91 [ARG] 1a:584 [G] ❌ 2VQE_Q_A
Q:92 [ARG] A:279 [A] 1q:92 [ARG] 1a:279 [A] ❌ 2VQE_Q_A
Q:14 [LYS] A:274 [A] 1q:14 [LYS] 1a:274 [A] ❌ 4Y4O_1a:274 no longer at interface
Q:100 [LYS] A:897 [C] 1q:100 [LYS] 1a:897 [C] ❌ 4Y4O_1a:897 no longer at interface
Q:63 [ARG] A:129A [G] 1q:63 [ARG] 1a:129A [G] ❌ 4Y4O_1a:129A no longer at interface
Q:100 [LYS] A:243 [A] 1q:100 [LYS] 1a:243 [A] ❌ 2VQE_A:243 no longer at interface
Q:100 [LYS] A:244 [U] 1q:100 [LYS] 1a:244 [U] ❌ 2VQE_A:244 no longer at interface
Q:100 [LYS] A:894 [G] 1q:100 [LYS] 1a:894 [G] ❌ 2VQE_A:894 no longer at interface
Q:26 [GLN] A:645 [C] 1q:26 [GLN] 1a:645 [C] ❌ 2VQE_A:645 no longer at interface
Q:32 [TYR] A:563 [A] 1q:32 [TYR] 1a:563 [A] ❌ 2VQE_A:563 no longer at interface
Q:6 [LEU] A:236 [G] 1q:6 [LEU] 1a:236 [G] ❌ 4Y4O_1q:6 no longer at interface
Q:30 [PRO] A:301 [G] 1q:30 [PRO] 1a:301 [G] ❌ 4Y4O_1q:30 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.99 0.53 0.91 0.99 0.99 1.0 0.91 0.96 0.94 0.52 0.45


Other pairs involving 2VQE_Q_A or 4Y4O_1q_1a

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1q_1a 7K00_Q_A 0.77 0.97 2.06 0.5 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1q_1a 7O7Y_Ak_A2 0.65 0.92 2.68 0.31 Nucleic acid-binding proteins compare
4Y4O_1q_1a 7RYG_q_a 0.77 0.91 2.82 0.57 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1q_1a 6S0X_q_a 0.46 0.94 3.18 0.42 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_Q_A 6S0X_q_a 0.48 0.94 3.14 0.42 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_Q_A 7RYG_q_a 0.76 0.92 2.93 0.57 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_Q_A 7K00_Q_A 0.85 0.96 1.18 0.5 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_Q_A 4Y4O_1q_1a 0.96 0.99 0.53 0.91 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_Q_A 7O7Y_Ak_A2 0.67 0.91 2.56 0.3 Nucleic acid-binding proteins compare