Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 2VQE_Q
|
2VQE_A
|
6S0X_q
|
6S0X_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| Q:31 [LEU] | A:300 [A] | q:35 [LEU] | a:308 [A] | ✔ |
| Q:31 [LEU] | A:301 [G] | q:35 [LEU] | a:309 [G] | ✔ |
| Q:31 [LEU] | A:564 [C] | q:35 [LEU] | a:572 [U] | ✔ |
| Q:64 [PRO] | A:130 [A] | q:68 [PRO] | a:130 [A] | ✔ |
| Q:64 [PRO] | A:234 [C] | q:68 [PRO] | a:242 [C] | ✔ |
| Q:64 [PRO] | A:264 [U] | q:68 [PRO] | a:272 [C] | ✔ |
| Q:64 [PRO] | A:265 [G] | q:68 [PRO] | a:273 [G] | ✔ |
| Q:42 [TYR] | A:235 [C] | q:46 [TYR] | a:243 [C] | ✔ |
| Q:42 [TYR] | A:236 [G] | q:46 [TYR] | a:244 [G] | ✔ |
| Q:42 [TYR] | A:237 [C] | q:46 [TYR] | a:245 [C] | ✔ |
| Q:3 [LYS] | A:127 [G] | q:8 [LYS] | a:126 [G] | ✔ |
| Q:3 [LYS] | A:128 [G] | q:8 [LYS] | a:127 [A] | ✔ |
| Q:18 [THR] | A:254 [G] | q:22 [THR] | a:262 [G] | ✔ |
| Q:18 [THR] | A:255 [G] | q:22 [THR] | a:263 [G] | ✔ |
| Q:69 [LYS] | A:254 [G] | q:72 [THR] | a:262 [G] | ✔ |
| Q:69 [LYS] | A:255 [G] | q:72 [THR] | a:263 [G] | ✔ |
| Q:12 [SER] | A:276 [G] | q:16 [SER] | a:284 [G] | ✔ |
| Q:32 [TYR] | A:564 [C] | q:36 [TYR] | a:572 [U] | ✔ |
| Q:39 [SER] | A:280 [C] | q:43 [SER] | a:288 [C] | ✔ |
| Q:17 [LYS] | A:254 [G] | q:21 [LYS] | a:262 [G] | ✔ |
| Q:17 [LYS] | A:255 [G] | q:21 [LYS] | a:263 [G] | ✔ |
| Q:66 [SER] | A:254 [G] | q:71 [ALA] | a:262 [G] | ✔ |
| Q:66 [SER] | A:265 [G] | q:71 [ALA] | a:273 [G] | ✔ |
| Q:66 [SER] | A:266 [G] | q:71 [ALA] | a:274 [G] | ✔ |
| Q:71 [PHE] | A:235 [C] | q:74 [ARG] | a:243 [C] | ✔ |
| Q:2 [PRO] | A:128 [G] | q:7 [ARG] | a:127 [A] | ✔ |
| Q:14 [LYS] | A:276 [G] | q:18 [LYS] | a:284 [G] | ✔ |
| Q:62 [SER] | A:190E [U] | q:66 [THR] | a:194 [G] | ✔ |
| Q:62 [SER] | A:234 [C] | q:66 [THR] | a:242 [C] | ✔ |
| Q:16 [GLN] | A:254 [G] | q:20 [ASP] | a:262 [G] | ✔ |
| Q:16 [GLN] | A:255 [G] | q:20 [ASP] | a:263 [G] | ✔ |
| Q:30 [PRO] | A:301 [G] | q:34 [LYS] | a:309 [G] | ✔ |
| Q:65 [ILE] | A:255 [G] | q:70 [SER] | a:263 [G] | ✔ |
| Q:65 [ILE] | A:264 [U] | q:70 [SER] | a:272 [C] | ✔ |
| Q:65 [ILE] | A:265 [G] | q:70 [SER] | a:273 [G] | ✔ |
| Q:15 [MET] | A:254 [G] | q:19 [MET] | a:262 [G] | ✔ |
| Q:61 [GLU] | A:127 [G] | q:65 [GLU] | a:126 [G] | ✔ |
| Q:61 [GLU] | A:190E [U] | q:65 [GLU] | a:194 [G] | ✔ |
| Q:61 [GLU] | A:234 [C] | q:65 [GLU] | a:242 [C] | ✔ |
| Q:61 [GLU] | A:235 [C] | q:65 [GLU] | a:243 [C] | ✔ |
| Q:35 [VAL] | A:597 [G] | q:39 [ARG] | a:605 [G] | ✔ |
| Q:40 [LYS] | A:237 [C] | q:44 [LYS] | a:245 [C] | ✔ |
| Q:41 [LYS] | A:277 [C] | q:45 [LYS] | a:285 [C] | ✔ |
| Q:41 [LYS] | A:278 [G] | q:45 [LYS] | a:286 [A] | ✔ |
| Q:34 [LYS] | A:586 [C] | q:38 [LYS] | a:594 [C] | ✔ |
| Q:63 [ARG] | A:130 [A] | q:67 [ARG] | a:130 [A] | ✔ |
| Q:63 [ARG] | A:190E [U] | q:67 [ARG] | a:194 [G] | ✔ |
| Q:63 [ARG] | A:264 [U] | q:67 [ARG] | a:272 [C] | ✔ |
| Q:43 [LEU] | A:276 [G] | q:47 [LYS] | a:284 [G] | ✔ |
| Q:43 [LEU] | A:277 [C] | q:47 [LYS] | a:285 [C] | ✔ |
| Q:3 [LYS] | A:129 [U] | q:8 [LYS] | a:128 [U] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:3 [LYS] | A:190E [U] | q:8 [LYS] | a:194 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:66 [SER] | A:255 [G] | q:71 [ALA] | a:263 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:71 [PHE] | A:236 [G] | q:74 [ARG] | a:244 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:45 [HIS] | A:255 [G] | q:49 [HIS] | a:263 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:2 [PRO] | A:127 [G] | q:7 [ARG] | a:126 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:70 [ARG] | A:234 [C] | q:73 [LYS] | a:242 [C] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:70 [ARG] | A:235 [C] | q:73 [LYS] | a:243 [C] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:70 [ARG] | A:265 [G] | q:73 [LYS] | a:273 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:70 [ARG] | A:267 [C] | q:73 [LYS] | a:275 [C] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:65 [ILE] | A:266 [G] | q:70 [SER] | a:274 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:15 [MET] | A:276 [G] | q:19 [MET] | a:284 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:61 [GLU] | A:128 [G] | q:65 [GLU] | a:127 [A] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:38 [ARG] | A:280 [C] | q:42 [TYR] | a:288 [C] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:35 [VAL] | A:586 [C] | q:39 [ARG] | a:594 [C] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:40 [LYS] | A:236 [G] | q:44 [LYS] | a:244 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:26 [GLN] | A:597 [G] | q:30 [TYR] | a:605 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:63 [ARG] | A:129A [G] | q:67 [ARG] | a:129 [A] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:72 [ARG] | A:190E [U] | q:75 [PHE] | a:194 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:43 [LEU] | A:254 [G] | q:47 [LYS] | a:262 [G] | ❌ 6S0X_q_a |
| Q:14 [LYS] | A:254 [G] | q:18 [LYS] | a:262 [G] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:15 [MET] | A:255 [G] | q:19 [MET] | a:263 [G] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:30 [PRO] | A:300 [A] | q:34 [LYS] | a:308 [A] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:38 [ARG] | A:237 [C] | q:42 [TYR] | a:245 [C] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:38 [ARG] | A:236 [G] | q:42 [TYR] | a:244 [G] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:41 [LYS] | A:236 [G] | q:45 [LYS] | a:244 [G] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:63 [ARG] | A:129 [U] | q:67 [ARG] | a:128 [U] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:2 [PRO] | A:129A [G] | q:7 [ARG] | a:129 [A] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:2 [PRO] | A:130 [A] | q:7 [ARG] | a:130 [A] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:2 [PRO] | A:190E [U] | q:7 [ARG] | a:194 [G] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:2 [PRO] | A:129 [U] | q:7 [ARG] | a:128 [U] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:65 [ILE] | A:254 [G] | q:70 [SER] | a:262 [G] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:66 [SER] | A:267 [C] | q:71 [ALA] | a:275 [C] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:70 [ARG] | A:254 [G] | q:73 [LYS] | a:262 [G] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:70 [ARG] | A:255 [G] | q:73 [LYS] | a:263 [G] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:71 [PHE] | A:234 [C] | q:74 [ARG] | a:242 [C] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:72 [ARG] | A:235 [C] | q:75 [PHE] | a:243 [C] | ❌ 2VQE_Q_A |
| Q:27 [PHE] | A:238 [G] | q:31 [LYS] | a:246 [G] | ❌ 6S0X_q:31, 6S0X_a:246 no longer at interface |
| Q:37 [LYS] | A:585 [G] | q:41 [LYS] | a:593 [G] | ❌ 6S0X_q:41, 6S0X_a:593 no longer at interface |
| Q:12 [SER] | A:275 [G] | q:16 [SER] | a:283 [G] | ❌ 6S0X_a:283 no longer at interface |
| Q:17 [LYS] | A:256 [U] | q:21 [LYS] | a:264 [U] | ❌ 6S0X_a:264 no longer at interface |
| Q:2 [PRO] | A:635 [G] | q:7 [ARG] | a:643 [A] | ❌ 6S0X_a:643 no longer at interface |
| Q:2 [PRO] | A:636 [U] | q:7 [ARG] | a:644 [U] | ❌ 6S0X_a:644 no longer at interface |
| Q:14 [LYS] | A:274 [A] | q:18 [LYS] | a:282 [A] | ❌ 6S0X_a:282 no longer at interface |
| Q:14 [LYS] | A:275 [G] | q:18 [LYS] | a:283 [G] | ❌ 6S0X_a:283 no longer at interface |
| Q:4 [LYS] | A:635 [G] | q:9 [VAL] | a:643 [A] | ❌ 6S0X_q:9, 6S0X_a:643 no longer at interface |
| Q:16 [GLN] | A:272 [C] | q:20 [ASP] | a:280 [C] | ❌ 6S0X_a:280 no longer at interface |
| Q:16 [GLN] | A:273 [A] | q:20 [ASP] | a:281 [A] | ❌ 6S0X_a:281 no longer at interface |
| Q:15 [MET] | A:253 [U] | q:19 [MET] | a:261 [U] | ❌ 6S0X_a:261 no longer at interface |
| Q:15 [MET] | A:275 [G] | q:19 [MET] | a:283 [G] | ❌ 6S0X_a:283 no longer at interface |
| Q:28 [PRO] | A:598 [U] | q:32 [THR] | a:606 [U] | ❌ 6S0X_q:32, 6S0X_a:606 no longer at interface |
| Q:25 [ARG] | A:238 [G] | q:29 [THR] | a:246 [G] | ❌ 6S0X_q:29, 6S0X_a:246 no longer at interface |
| Q:26 [GLN] | A:596 [C] | q:30 [TYR] | a:604 [A] | ❌ 6S0X_a:604 no longer at interface |
| Q:26 [GLN] | A:644 [G] | q:30 [TYR] | a:652 [U] | ❌ 6S0X_a:652 no longer at interface |
| Q:34 [LYS] | A:585 [G] | q:38 [LYS] | a:593 [G] | ❌ 6S0X_a:593 no longer at interface |
| Q:34 [LYS] | A:879 [C] | q:38 [LYS] | a:888 [C] | ❌ 6S0X_a:888 no longer at interface |
| Q:63 [ARG] | A:190F [G] | q:67 [ARG] | a:197 [U] | ❌ 6S0X_a:197 no longer at interface |
| Q:43 [LEU] | A:253 [U] | q:47 [LYS] | a:261 [U] | ❌ 6S0X_a:261 no longer at interface |
| Q:5 [VAL] | A:126 [G] | q:10 [TYR] | a:125 [G] | ❌ 2VQE_Q:5, 2VQE_A:126 no longer at interface |
| Q:26 [GLN] | A:645 [C] | q:30 [TYR] | a:653 [G] | ❌ 2VQE_A:645 no longer at interface |
| Q:30 [PRO] | A:302 [G] | q:34 [LYS] | a:310 [G] | ❌ 2VQE_A:302 no longer at interface |
| Q:31 [LEU] | A:302 [G] | q:35 [LEU] | a:310 [G] | ❌ 2VQE_A:302 no longer at interface |
| Q:60 [ILE] | A:190D [U] | q:64 [GLN] | a:193 [C] | ❌ 2VQE_Q:60, 2VQE_A:190D no longer at interface |
| Q:63 [ARG] | A:263 [A] | q:67 [ARG] | a:271 [A] | ❌ 2VQE_A:263 no longer at interface |
| Q:20 [THR] | A:276 [G] | q:24 [THR] | a:284 [G] | ❌ 6S0X_q:24 no longer at interface |
| Q:20 [THR] | A:277 [C] | q:24 [THR] | a:285 [C] | ❌ 6S0X_q:24 no longer at interface |
| Q:37 [LYS] | A:280 [C] | q:41 [LYS] | a:288 [C] | ❌ 6S0X_q:41 no longer at interface |
| Q:4 [LYS] | A:235 [C] | q:9 [VAL] | a:243 [C] | ❌ 6S0X_q:9 no longer at interface |
| Q:4 [LYS] | A:236 [G] | q:9 [VAL] | a:244 [G] | ❌ 6S0X_q:9 no longer at interface |
| Q:24 [GLU] | A:280 [C] | q:28 [GLU] | a:288 [C] | ❌ 6S0X_q:28 no longer at interface |
| Q:25 [ARG] | A:237 [C] | q:29 [THR] | a:245 [C] | ❌ 6S0X_q:29 no longer at interface |
| Q:5 [VAL] | A:235 [C] | q:10 [TYR] | a:243 [C] | ❌ 2VQE_Q:5 no longer at interface |
| Q:60 [ILE] | A:190E [U] | q:64 [GLN] | a:194 [G] | ❌ 2VQE_Q:60 no longer at interface |
| Q:73 [VAL] | A:190E [U] | q:76 [ARG] | a:194 [G] | ❌ 2VQE_Q:73 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Nucleic acid-binding proteins | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.94 | 3.14 | 0.42 | 0.83 | 0.96 | 0.78 | 0.81 | 0.48 | 0.40 | 0.15 | 0.50 |
Other pairs involving 2VQE_Q_A or 6S0X_q_a
Total number of entries: 9