RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group93 > 4Y4O_1q_1a vs 6S0X_q_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1q
4Y4O_1a
6S0X_q
6S0X_a
Conserved?
1q:31 [LEU] 1a:300 [A] q:35 [LEU] a:308 [A]
1q:31 [LEU] 1a:301 [G] q:35 [LEU] a:309 [G]
1q:31 [LEU] 1a:564 [C] q:35 [LEU] a:572 [U]
1q:64 [PRO] 1a:130 [A] q:68 [PRO] a:130 [A]
1q:64 [PRO] 1a:234 [C] q:68 [PRO] a:242 [C]
1q:64 [PRO] 1a:264 [U] q:68 [PRO] a:272 [C]
1q:64 [PRO] 1a:265 [G] q:68 [PRO] a:273 [G]
1q:42 [TYR] 1a:235 [C] q:46 [TYR] a:243 [C]
1q:42 [TYR] 1a:236 [G] q:46 [TYR] a:244 [G]
1q:42 [TYR] 1a:237 [C] q:46 [TYR] a:245 [C]
1q:3 [LYS] 1a:127 [G] q:8 [LYS] a:126 [G]
1q:3 [LYS] 1a:128 [G] q:8 [LYS] a:127 [A]
1q:18 [THR] 1a:254 [G] q:22 [THR] a:262 [G]
1q:18 [THR] 1a:255 [G] q:22 [THR] a:263 [G]
1q:69 [LYS] 1a:254 [G] q:72 [THR] a:262 [G]
1q:69 [LYS] 1a:255 [G] q:72 [THR] a:263 [G]
1q:12 [SER] 1a:276 [G] q:16 [SER] a:284 [G]
1q:32 [TYR] 1a:564 [C] q:36 [TYR] a:572 [U]
1q:39 [SER] 1a:280 [C] q:43 [SER] a:288 [C]
1q:17 [LYS] 1a:254 [G] q:21 [LYS] a:262 [G]
1q:17 [LYS] 1a:255 [G] q:21 [LYS] a:263 [G]
1q:66 [SER] 1a:254 [G] q:71 [ALA] a:262 [G]
1q:66 [SER] 1a:265 [G] q:71 [ALA] a:273 [G]
1q:66 [SER] 1a:266 [G] q:71 [ALA] a:274 [G]
1q:71 [PHE] 1a:235 [C] q:74 [ARG] a:243 [C]
1q:2 [PRO] 1a:128 [G] q:7 [ARG] a:127 [A]
1q:62 [SER] 1a:234 [C] q:66 [THR] a:242 [C]
1q:16 [GLN] 1a:254 [G] q:20 [ASP] a:262 [G]
1q:16 [GLN] 1a:255 [G] q:20 [ASP] a:263 [G]
1q:65 [ILE] 1a:255 [G] q:70 [SER] a:263 [G]
1q:65 [ILE] 1a:264 [U] q:70 [SER] a:272 [C]
1q:65 [ILE] 1a:265 [G] q:70 [SER] a:273 [G]
1q:15 [MET] 1a:254 [G] q:19 [MET] a:262 [G]
1q:61 [GLU] 1a:127 [G] q:65 [GLU] a:126 [G]
1q:61 [GLU] 1a:234 [C] q:65 [GLU] a:242 [C]
1q:61 [GLU] 1a:235 [C] q:65 [GLU] a:243 [C]
1q:35 [VAL] 1a:597 [G] q:39 [ARG] a:605 [G]
1q:40 [LYS] 1a:237 [C] q:44 [LYS] a:245 [C]
1q:26 [GLN] 1a:645 [C] q:30 [TYR] a:653 [G]
1q:41 [LYS] 1a:277 [C] q:45 [LYS] a:285 [C]
1q:41 [LYS] 1a:278 [G] q:45 [LYS] a:286 [A]
1q:34 [LYS] 1a:586 [C] q:38 [LYS] a:594 [C]
1q:63 [ARG] 1a:130 [A] q:67 [ARG] a:130 [A]
1q:63 [ARG] 1a:264 [U] q:67 [ARG] a:272 [C]
1q:43 [LEU] 1a:276 [G] q:47 [LYS] a:284 [G]
1q:43 [LEU] 1a:277 [C] q:47 [LYS] a:285 [C]
1q:3 [LYS] 1a:129 [U] q:8 [LYS] a:128 [U] ❌ 6S0X_q_a
1q:3 [LYS] 1a:130 [A] q:8 [LYS] a:130 [A] ❌ 6S0X_q_a
1q:66 [SER] 1a:255 [G] q:71 [ALA] a:263 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:71 [PHE] 1a:236 [G] q:74 [ARG] a:244 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:45 [HIS] 1a:255 [G] q:49 [HIS] a:263 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:2 [PRO] 1a:127 [G] q:7 [ARG] a:126 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:70 [ARG] 1a:234 [C] q:73 [LYS] a:242 [C] ❌ 6S0X_q_a
1q:70 [ARG] 1a:235 [C] q:73 [LYS] a:243 [C] ❌ 6S0X_q_a
1q:70 [ARG] 1a:265 [G] q:73 [LYS] a:273 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:65 [ILE] 1a:266 [G] q:70 [SER] a:274 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:15 [MET] 1a:276 [G] q:19 [MET] a:284 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:61 [GLU] 1a:128 [G] q:65 [GLU] a:127 [A] ❌ 6S0X_q_a
1q:38 [ARG] 1a:280 [C] q:42 [TYR] a:288 [C] ❌ 6S0X_q_a
1q:35 [VAL] 1a:586 [C] q:39 [ARG] a:594 [C] ❌ 6S0X_q_a
1q:40 [LYS] 1a:236 [G] q:44 [LYS] a:244 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:26 [GLN] 1a:597 [G] q:30 [TYR] a:605 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:63 [ARG] 1a:265 [G] q:67 [ARG] a:273 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:43 [LEU] 1a:254 [G] q:47 [LYS] a:262 [G] ❌ 6S0X_q_a
1q:14 [LYS] 1a:254 [G] q:18 [LYS] a:262 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:14 [LYS] 1a:276 [G] q:18 [LYS] a:284 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:15 [MET] 1a:255 [G] q:19 [MET] a:263 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:38 [ARG] 1a:237 [C] q:42 [TYR] a:245 [C] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:38 [ARG] 1a:236 [G] q:42 [TYR] a:244 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:41 [LYS] 1a:236 [G] q:45 [LYS] a:244 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:63 [ARG] 1a:129 [U] q:67 [ARG] a:128 [U] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:2 [PRO] 1a:130 [A] q:7 [ARG] a:130 [A] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:2 [PRO] 1a:129 [U] q:7 [ARG] a:128 [U] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:65 [ILE] 1a:254 [G] q:70 [SER] a:262 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:66 [SER] 1a:267 [C] q:71 [ALA] a:275 [C] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:70 [ARG] 1a:254 [G] q:73 [LYS] a:262 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:70 [ARG] 1a:255 [G] q:73 [LYS] a:263 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:71 [PHE] 1a:234 [C] q:74 [ARG] a:242 [C] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:72 [ARG] 1a:235 [C] q:75 [PHE] a:243 [C] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:27 [PHE] 1a:238 [G] q:31 [LYS] a:246 [G] ❌ 6S0X_q:31, 6S0X_a:246 no longer at interface
1q:3 [LYS] 1a:189F [U] q:8 [LYS] a:196 [A] ❌ 6S0X_a:196 no longer at interface
1q:37 [LYS] 1a:585 [G] q:41 [LYS] a:593 [G] ❌ 6S0X_q:41, 6S0X_a:593 no longer at interface
1q:12 [SER] 1a:275 [G] q:16 [SER] a:283 [G] ❌ 6S0X_a:283 no longer at interface
1q:32 [TYR] 1a:563 [A] q:36 [TYR] a:571 [A] ❌ 6S0X_a:571 no longer at interface
1q:17 [LYS] 1a:256 [U] q:21 [LYS] a:264 [U] ❌ 6S0X_a:264 no longer at interface
1q:66 [SER] 1a:253 [U] q:71 [ALA] a:261 [U] ❌ 6S0X_a:261 no longer at interface
1q:2 [PRO] 1a:635 [G] q:7 [ARG] a:643 [A] ❌ 6S0X_a:643 no longer at interface
1q:2 [PRO] 1a:636 [U] q:7 [ARG] a:644 [U] ❌ 6S0X_a:644 no longer at interface
1q:14 [LYS] 1a:275 [G] q:18 [LYS] a:283 [G] ❌ 6S0X_a:283 no longer at interface
1q:4 [LYS] 1a:635 [G] q:9 [VAL] a:643 [A] ❌ 6S0X_q:9, 6S0X_a:643 no longer at interface
1q:62 [SER] 1a:189F [U] q:66 [THR] a:196 [A] ❌ 6S0X_a:196 no longer at interface
1q:16 [GLN] 1a:272 [C] q:20 [ASP] a:280 [C] ❌ 6S0X_a:280 no longer at interface
1q:16 [GLN] 1a:273 [A] q:20 [ASP] a:281 [A] ❌ 6S0X_a:281 no longer at interface
1q:15 [MET] 1a:253 [U] q:19 [MET] a:261 [U] ❌ 6S0X_a:261 no longer at interface
1q:15 [MET] 1a:275 [G] q:19 [MET] a:283 [G] ❌ 6S0X_a:283 no longer at interface
1q:61 [GLU] 1a:189F [U] q:65 [GLU] a:196 [A] ❌ 6S0X_a:196 no longer at interface
1q:28 [PRO] 1a:598 [U] q:32 [THR] a:606 [U] ❌ 6S0X_q:32, 6S0X_a:606 no longer at interface
1q:25 [ARG] 1a:238 [G] q:29 [THR] a:246 [G] ❌ 6S0X_q:29, 6S0X_a:246 no longer at interface
1q:26 [GLN] 1a:596 [C] q:30 [TYR] a:604 [A] ❌ 6S0X_a:604 no longer at interface
1q:26 [GLN] 1a:644 [G] q:30 [TYR] a:652 [U] ❌ 6S0X_a:652 no longer at interface
1q:34 [LYS] 1a:585 [G] q:38 [LYS] a:593 [G] ❌ 6S0X_a:593 no longer at interface
1q:34 [LYS] 1a:879 [C] q:38 [LYS] a:888 [C] ❌ 6S0X_a:888 no longer at interface
1q:63 [ARG] 1a:189F [U] q:67 [ARG] a:196 [A] ❌ 6S0X_a:196 no longer at interface
1q:63 [ARG] 1a:189G [G] q:67 [ARG] a:197 [U] ❌ 6S0X_a:197 no longer at interface
1q:72 [ARG] 1a:189F [U] q:75 [PHE] a:196 [A] ❌ 6S0X_a:196 no longer at interface
1q:43 [LEU] 1a:253 [U] q:47 [LYS] a:261 [U] ❌ 6S0X_a:261 no longer at interface
1q:5 [VAL] 1a:126 [G] q:10 [TYR] a:125 [G] ❌ 4Y4O_1q:5, 4Y4O_1a:126 no longer at interface
1q:30 [PRO] 1a:302 [G] q:34 [LYS] a:310 [G] ❌ 4Y4O_1q:30, 4Y4O_1a:302 no longer at interface
1q:31 [LEU] 1a:302 [G] q:35 [LEU] a:310 [G] ❌ 4Y4O_1a:302 no longer at interface
1q:60 [ILE] 1a:189E [U] q:64 [GLN] a:193 [C] ❌ 4Y4O_1q:60, 4Y4O_1a:189E no longer at interface
1q:63 [ARG] 1a:263 [A] q:67 [ARG] a:271 [A] ❌ 4Y4O_1a:263 no longer at interface
1q:2 [PRO] 1a:129A [G] q:7 [ARG] a:129 [A] ❌ 4Y4O_1a:129A no longer at interface
1q:20 [THR] 1a:276 [G] q:24 [THR] a:284 [G] ❌ 6S0X_q:24 no longer at interface
1q:20 [THR] 1a:277 [C] q:24 [THR] a:285 [C] ❌ 6S0X_q:24 no longer at interface
1q:37 [LYS] 1a:280 [C] q:41 [LYS] a:288 [C] ❌ 6S0X_q:41 no longer at interface
1q:37 [LYS] 1a:586 [C] q:41 [LYS] a:594 [C] ❌ 6S0X_q:41 no longer at interface
1q:4 [LYS] 1a:235 [C] q:9 [VAL] a:243 [C] ❌ 6S0X_q:9 no longer at interface
1q:4 [LYS] 1a:236 [G] q:9 [VAL] a:244 [G] ❌ 6S0X_q:9 no longer at interface
1q:24 [GLU] 1a:280 [C] q:28 [GLU] a:288 [C] ❌ 6S0X_q:28 no longer at interface
1q:25 [ARG] 1a:237 [C] q:29 [THR] a:245 [C] ❌ 6S0X_q:29 no longer at interface
1q:5 [VAL] 1a:235 [C] q:10 [TYR] a:243 [C] ❌ 4Y4O_1q:5 no longer at interface
1q:30 [PRO] 1a:300 [A] q:34 [LYS] a:308 [A] ❌ 4Y4O_1q:30 no longer at interface
1q:30 [PRO] 1a:301 [G] q:34 [LYS] a:309 [G] ❌ 4Y4O_1q:30 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
Common RFAM label(s)
Interface TM-score
Interface RMSD
Percentage identity
Protein TM-score
RNA TM-score
Protein coverage
RNA coverage
Percentage conservation
Apolar conservation
H-bond conservation
Percentage switching out
Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.94 3.18 0.42 0.82 0.95 0.75 0.77 0.46 0.39 0.19 0.57


Other pairs involving 4Y4O_1q_1a or 6S0X_q_a

Total number of entries: 9