RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group93 > 4Y4O_1q_1a vs 7K00_Q_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1q
4Y4O_1a
7K00_Q
7K00_A
Conserved?
1q:20 [THR] 1a:276 [G] Q:22 [VAL] A:276 [G] ✔
1q:20 [THR] 1a:277 [C] Q:22 [VAL] A:277 [C] ✔
1q:31 [LEU] 1a:564 [C] Q:33 [ILE] A:564 [C] ✔
1q:64 [PRO] 1a:130 [A] Q:66 [PRO] A:130 [A] ✔
1q:64 [PRO] 1a:234 [C] Q:66 [PRO] A:234 [C] ✔
1q:64 [PRO] 1a:264 [U] Q:66 [PRO] A:264 [C] ✔
1q:64 [PRO] 1a:265 [G] Q:66 [PRO] A:265 [G] ✔
1q:42 [TYR] 1a:235 [C] Q:44 [LEU] A:235 [C] ✔
1q:42 [TYR] 1a:236 [G] Q:44 [LEU] A:236 [A] ✔
1q:37 [LYS] 1a:280 [C] Q:39 [LYS] A:280 [C] ✔
1q:37 [LYS] 1a:585 [G] Q:39 [LYS] A:585 [G] ✔
1q:18 [THR] 1a:254 [G] Q:20 [SER] A:254 [G] ✔
1q:18 [THR] 1a:255 [G] Q:20 [SER] A:255 [G] ✔
1q:67 [LYS] 1a:252 [U] Q:69 [LYS] A:252 [U] ✔
1q:67 [LYS] 1a:253 [U] Q:69 [LYS] A:253 [A] ✔
1q:67 [LYS] 1a:254 [G] Q:69 [LYS] A:254 [G] ✔
1q:67 [LYS] 1a:265 [G] Q:69 [LYS] A:265 [G] ✔
1q:67 [LYS] 1a:266 [G] Q:69 [LYS] A:266 [G] ✔
1q:67 [LYS] 1a:267 [C] Q:69 [LYS] A:267 [C] ✔
1q:69 [LYS] 1a:254 [G] Q:71 [LYS] A:254 [G] ✔
1q:69 [LYS] 1a:255 [G] Q:71 [LYS] A:255 [G] ✔
1q:12 [SER] 1a:275 [G] Q:14 [SER] A:275 [G] ✔
1q:12 [SER] 1a:276 [G] Q:14 [SER] A:276 [G] ✔
1q:32 [TYR] 1a:564 [C] Q:34 [TYR] A:564 [C] ✔
1q:39 [SER] 1a:280 [C] Q:41 [THR] A:280 [C] ✔
1q:17 [LYS] 1a:254 [G] Q:19 [LYS] A:254 [G] ✔
1q:17 [LYS] 1a:255 [G] Q:19 [LYS] A:255 [G] ✔
1q:17 [LYS] 1a:256 [U] Q:19 [LYS] A:256 [U] ✔
1q:66 [SER] 1a:254 [G] Q:68 [SER] A:254 [G] ✔
1q:66 [SER] 1a:255 [G] Q:68 [SER] A:255 [G] ✔
1q:66 [SER] 1a:265 [G] Q:68 [SER] A:265 [G] ✔
1q:66 [SER] 1a:266 [G] Q:68 [SER] A:266 [G] ✔
1q:71 [PHE] 1a:235 [C] Q:73 [TRP] A:235 [C] ✔
1q:71 [PHE] 1a:236 [G] Q:73 [TRP] A:236 [A] ✔
1q:45 [HIS] 1a:255 [G] Q:47 [HIS] A:255 [G] ✔
1q:14 [LYS] 1a:275 [G] Q:16 [LYS] A:275 [G] ✔
1q:4 [LYS] 1a:635 [G] Q:6 [ARG] A:635 [A] ✔
1q:62 [SER] 1a:234 [C] Q:64 [CYS] A:234 [C] ✔
1q:16 [GLN] 1a:254 [G] Q:18 [GLU] A:254 [G] ✔
1q:16 [GLN] 1a:255 [G] Q:18 [GLU] A:255 [G] ✔
1q:70 [ARG] 1a:234 [C] Q:72 [SER] A:234 [C] ✔
1q:70 [ARG] 1a:235 [C] Q:72 [SER] A:235 [C] ✔
1q:65 [ILE] 1a:255 [G] Q:67 [LEU] A:255 [G] ✔
1q:65 [ILE] 1a:264 [U] Q:67 [LEU] A:264 [C] ✔
1q:65 [ILE] 1a:265 [G] Q:67 [LEU] A:265 [G] ✔
1q:65 [ILE] 1a:266 [G] Q:67 [LEU] A:266 [G] ✔
1q:15 [MET] 1a:253 [U] Q:17 [MET] A:253 [A] ✔
1q:15 [MET] 1a:254 [G] Q:17 [MET] A:254 [G] ✔
1q:15 [MET] 1a:275 [G] Q:17 [MET] A:275 [G] ✔
1q:15 [MET] 1a:276 [G] Q:17 [MET] A:276 [G] ✔
1q:61 [GLU] 1a:127 [G] Q:63 [GLU] A:127 [G] ✔
1q:61 [GLU] 1a:128 [G] Q:63 [GLU] A:128 [G] ✔
1q:61 [GLU] 1a:234 [C] Q:63 [GLU] A:234 [C] ✔
1q:61 [GLU] 1a:235 [C] Q:63 [GLU] A:235 [C] ✔
1q:25 [ARG] 1a:237 [C] Q:27 [ARG] A:237 [G] ✔
1q:25 [ARG] 1a:238 [G] Q:27 [ARG] A:238 [A] ✔
1q:38 [ARG] 1a:280 [C] Q:40 [ARG] A:280 [C] ✔
1q:35 [VAL] 1a:586 [C] Q:37 [PHE] A:586 [C] ✔
1q:35 [VAL] 1a:597 [G] Q:37 [PHE] A:597 [G] ✔
1q:40 [LYS] 1a:236 [G] Q:42 [THR] A:236 [A] ✔
1q:40 [LYS] 1a:237 [C] Q:42 [THR] A:237 [G] ✔
1q:26 [GLN] 1a:596 [C] Q:28 [PHE] A:596 [A] ✔
1q:26 [GLN] 1a:597 [G] Q:28 [PHE] A:597 [G] ✔
1q:68 [ARG] 1a:253 [U] Q:70 [THR] A:253 [A] ✔
1q:68 [ARG] 1a:254 [G] Q:70 [THR] A:254 [G] ✔
1q:41 [LYS] 1a:277 [C] Q:43 [LYS] A:277 [C] ✔
1q:41 [LYS] 1a:278 [G] Q:43 [LYS] A:278 [G] ✔
1q:34 [LYS] 1a:585 [G] Q:36 [LYS] A:585 [G] ✔
1q:34 [LYS] 1a:586 [C] Q:36 [LYS] A:586 [C] ✔
1q:34 [LYS] 1a:879 [C] Q:36 [LYS] A:879 [C] ✔
1q:63 [ARG] 1a:130 [A] Q:65 [ARG] A:130 [A] ✔
1q:63 [ARG] 1a:264 [U] Q:65 [ARG] A:264 [C] ✔
1q:63 [ARG] 1a:265 [G] Q:65 [ARG] A:265 [G] ✔
1q:43 [LEU] 1a:253 [U] Q:45 [HIS] A:253 [A] ✔
1q:43 [LEU] 1a:276 [G] Q:45 [HIS] A:276 [G] ✔
1q:43 [LEU] 1a:277 [C] Q:45 [HIS] A:277 [C] ✔
1q:42 [TYR] 1a:237 [C] Q:44 [LEU] A:237 [G] ❌ 7K00_Q_A
1q:37 [LYS] 1a:586 [C] Q:39 [LYS] A:586 [C] ❌ 7K00_Q_A
1q:66 [SER] 1a:253 [U] Q:68 [SER] A:253 [A] ❌ 7K00_Q_A
1q:2 [PRO] 1a:127 [G] Q:4 [LYS] A:127 [G] ❌ 7K00_Q_A
1q:2 [PRO] 1a:128 [G] Q:4 [LYS] A:128 [G] ❌ 7K00_Q_A
1q:2 [PRO] 1a:635 [G] Q:4 [LYS] A:635 [A] ❌ 7K00_Q_A
1q:2 [PRO] 1a:636 [U] Q:4 [LYS] A:636 [U] ❌ 7K00_Q_A
1q:4 [LYS] 1a:235 [C] Q:6 [ARG] A:235 [C] ❌ 7K00_Q_A
1q:4 [LYS] 1a:236 [G] Q:6 [ARG] A:236 [A] ❌ 7K00_Q_A
1q:70 [ARG] 1a:265 [G] Q:72 [SER] A:265 [G] ❌ 7K00_Q_A
1q:68 [ARG] 1a:276 [G] Q:70 [THR] A:276 [G] ❌ 7K00_Q_A
1q:68 [ARG] 1a:277 [C] Q:70 [THR] A:277 [C] ❌ 7K00_Q_A
1q:43 [LEU] 1a:254 [G] Q:45 [HIS] A:254 [G] ❌ 7K00_Q_A
1q:14 [LYS] 1a:276 [G] Q:16 [LYS] A:276 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:25 [ARG] 1a:236 [G] Q:27 [ARG] A:236 [A] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:35 [VAL] 1a:598 [U] Q:37 [PHE] A:598 [U] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:39 [SER] 1a:237 [C] Q:41 [THR] A:237 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:41 [LYS] 1a:236 [G] Q:43 [LYS] A:236 [A] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:4 [LYS] 1a:127 [G] Q:6 [ARG] A:127 [G] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:4 [LYS] 1a:636 [U] Q:6 [ARG] A:636 [U] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:63 [ARG] 1a:129 [U] Q:65 [ARG] A:129 [A] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:66 [SER] 1a:267 [C] Q:68 [SER] A:267 [C] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:67 [LYS] 1a:235 [C] Q:69 [LYS] A:235 [C] ❌ 4Y4O_1q_1a
1q:31 [LEU] 1a:300 [A] Q:33 [ILE] A:300 [A] ❌ 7K00_A:300 no longer at interface
1q:31 [LEU] 1a:301 [G] Q:33 [ILE] A:301 [G] ❌ 7K00_A:301 no longer at interface
1q:32 [TYR] 1a:563 [A] Q:34 [TYR] A:563 [A] ❌ 7K00_A:563 no longer at interface
1q:16 [GLN] 1a:272 [C] Q:18 [GLU] A:272 [C] ❌ 7K00_A:272 no longer at interface
1q:16 [GLN] 1a:273 [A] Q:18 [GLU] A:273 [U] ❌ 7K00_A:273 no longer at interface
1q:26 [GLN] 1a:644 [G] Q:28 [PHE] A:644 [U] ❌ 7K00_A:644 no longer at interface
1q:26 [GLN] 1a:645 [C] Q:28 [PHE] A:645 [G] ❌ 7K00_A:645 no longer at interface
1q:2 [PRO] 1a:637 [G] Q:4 [LYS] A:637 [C] ❌ 4Y4O_1a:637 no longer at interface
1q:4 [LYS] 1a:126 [G] Q:6 [ARG] A:126 [G] ❌ 4Y4O_1a:126 no longer at interface
1q:64 [PRO] 1a:233 [C] Q:66 [PRO] A:233 [C] ❌ 4Y4O_1a:233 no longer at interface
1q:27 [PHE] 1a:238 [G] Q:29 [VAL] A:238 [A] ❌ 7K00_Q:29 no longer at interface
1q:3 [LYS] 1a:127 [G] Q:5 [ILE] A:127 [G] ❌ 7K00_Q:5 no longer at interface
1q:3 [LYS] 1a:128 [G] Q:5 [ILE] A:128 [G] ❌ 7K00_Q:5 no longer at interface
1q:3 [LYS] 1a:129 [U] Q:5 [ILE] A:129 [A] ❌ 7K00_Q:5 no longer at interface
1q:3 [LYS] 1a:130 [A] Q:5 [ILE] A:130 [A] ❌ 7K00_Q:5 no longer at interface
1q:24 [GLU] 1a:280 [C] Q:26 [GLU] A:280 [C] ❌ 7K00_Q:26 no longer at interface
1q:28 [PRO] 1a:598 [U] Q:30 [LYS] A:598 [U] ❌ 7K00_Q:30 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.97 2.06 0.50 0.91 0.98 1.0 0.91 0.77 0.68 0.38 0.42


Other pairs involving 4Y4O_1q_1a or 7K00_Q_A

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2VQE_Q_A 4Y4O_1q_1a 0.96 0.99 0.53 0.91 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1q_1a 6S0X_q_a 0.46 0.94 3.18 0.42 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1q_1a 7K00_Q_A 0.77 0.97 2.06 0.5 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
2VQE_Q_A 7K00_Q_A 0.85 0.96 1.18 0.5 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_q_a 7K00_Q_A 0.54 0.96 3.12 0.44 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1q_1a 7O7Y_Ak_A2 0.65 0.92 2.68 0.31 Nucleic acid-binding proteins compare
7K00_Q_A 7O7Y_Ak_A2 0.67 0.92 2.17 0.29 Nucleic acid-binding proteins compare
4Y4O_1q_1a 7RYG_q_a 0.77 0.91 2.82 0.57 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_Q_A 7RYG_q_a 0.95 0.93 2.32 0.71 Nucleic acid-binding proteins Bacterial small subunit ribosomal RNA compare