Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 2VQE_R
|
2VQE_A
|
6S0X_r
|
6S0X_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| R:61 [LYS] | A:662 [G] | r:55 [LYS] | a:670 [A] | ✔ |
| R:61 [LYS] | A:835 [U] | r:55 [LYS] | a:843 [A] | ✔ |
| R:61 [LYS] | A:836 [G] | r:55 [LYS] | a:844 [G] | ✔ |
| R:81 [PHE] | A:673 [G] | r:75 [TYR] | a:681 [G] | ✔ |
| R:81 [PHE] | A:674 [G] | r:75 [TYR] | a:682 [G] | ✔ |
| R:81 [PHE] | A:718 [G] | r:75 [TYR] | a:726 [A] | ✔ |
| R:75 [ILE] | A:672 [U] | r:69 [HIS] | a:680 [U] | ✔ |
| R:75 [ILE] | A:734 [G] | r:69 [HIS] | a:742 [A] | ✔ |
| R:75 [ILE] | A:735 [C] | r:69 [HIS] | a:743 [C] | ✔ |
| R:48 [GLY] | A:719 [C] | r:42 [GLY] | a:727 [C] | ✔ |
| R:64 [ARG] | A:663 [A] | r:58 [ARG] | a:671 [A] | ✔ |
| R:64 [ARG] | A:664 [G] | r:58 [ARG] | a:672 [G] | ✔ |
| R:64 [ARG] | A:834 [C] | r:58 [ARG] | a:842 [U] | ✔ |
| R:64 [ARG] | A:835 [U] | r:58 [ARG] | a:843 [A] | ✔ |
| R:71 [LYS] | A:720 [C] | r:65 [LYS] | a:728 [C] | ✔ |
| R:71 [LYS] | A:734 [G] | r:65 [LYS] | a:742 [A] | ✔ |
| R:71 [LYS] | A:735 [C] | r:65 [LYS] | a:743 [C] | ✔ |
| R:67 [ALA] | A:720 [C] | r:61 [THR] | a:728 [C] | ✔ |
| R:60 [GLY] | A:834 [C] | r:54 [ALA] | a:842 [U] | ✔ |
| R:60 [GLY] | A:835 [U] | r:54 [ALA] | a:843 [A] | ✔ |
| R:50 [ILE] | A:719 [C] | r:44 [ILE] | a:727 [C] | ✔ |
| R:50 [ILE] | A:720 [C] | r:44 [ILE] | a:728 [C] | ✔ |
| R:74 [ARG] | A:719 [C] | r:68 [ARG] | a:727 [C] | ✔ |
| R:51 [LEU] | A:719 [C] | r:45 [LEU] | a:727 [C] | ✔ |
| R:51 [LEU] | A:720 [C] | r:45 [LEU] | a:728 [C] | ✔ |
| R:52 [PRO] | A:720 [C] | r:46 [PRO] | a:728 [C] | ✔ |
| R:49 [LYS] | A:718 [G] | r:43 [LYS] | a:726 [A] | ✔ |
| R:49 [LYS] | A:719 [C] | r:43 [LYS] | a:727 [C] | ✔ |
| R:82 [THR] | A:718 [G] | r:76 [VAL] | a:726 [A] | ✔ |
| R:63 [GLN] | A:720 [C] | r:57 [GLN] | a:728 [C] | ✔ |
| R:72 [ARG] | A:736 [C] | r:66 [ARG] | a:744 [U] | ✔ |
| R:61 [LYS] | A:663 [A] | r:55 [LYS] | a:671 [A] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:68 [LYS] | A:735 [C] | r:62 [THR] | a:743 [C] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:68 [LYS] | A:736 [C] | r:62 [THR] | a:744 [U] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:75 [ILE] | A:673 [G] | r:69 [HIS] | a:681 [G] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:48 [GLY] | A:718 [G] | r:42 [GLY] | a:726 [A] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:71 [LYS] | A:719 [C] | r:65 [LYS] | a:727 [C] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:71 [LYS] | A:721 [G] | r:65 [LYS] | a:729 [A] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:74 [ARG] | A:718 [G] | r:68 [ARG] | a:726 [A] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:52 [PRO] | A:721 [G] | r:46 [PRO] | a:729 [A] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:63 [GLN] | A:721 [G] | r:57 [GLN] | a:729 [A] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:72 [ARG] | A:735 [C] | r:66 [ARG] | a:743 [C] | ❌ 6S0X_r_a |
| R:61 [LYS] | A:834 [C] | r:55 [LYS] | a:842 [U] | ❌ 2VQE_R_A |
| R:64 [ARG] | A:662 [G] | r:58 [ARG] | a:670 [A] | ❌ 2VQE_R_A |
| R:68 [LYS] | A:664 [G] | r:62 [THR] | a:672 [G] | ❌ 2VQE_R_A |
| R:75 [ILE] | A:736 [C] | r:69 [HIS] | a:744 [U] | ❌ 2VQE_R_A |
| R:81 [PHE] | A:672 [U] | r:75 [TYR] | a:680 [U] | ❌ 2VQE_R_A |
| R:82 [THR] | A:674 [G] | r:76 [VAL] | a:682 [G] | ❌ 2VQE_R_A |
| R:64 [ARG] | A:665 [A] | r:58 [ARG] | a:673 [A] | ❌ 6S0X_a:673 no longer at interface |
| R:82 [THR] | A:675 [A] | r:76 [VAL] | a:683 [A] | ❌ 6S0X_a:683 no longer at interface |
| R:72 [ARG] | A:737 [A] | r:66 [ARG] | a:745 [U] | ❌ 6S0X_a:745 no longer at interface |
| R:75 [ILE] | A:671 [G] | r:69 [HIS] | a:679 [G] | ❌ 2VQE_A:671 no longer at interface |
| R:47 [THR] | A:718 [G] | r:41 [ARG] | a:726 [A] | ❌ 6S0X_r:41 no longer at interface |
| R:53 [ARG] | A:720 [C] | r:48 [ARG] | a:728 [C] | ❌ 6S0X_r:48 no longer at interface |
| R:53 [ARG] | A:721 [G] | r:48 [ARG] | a:729 [A] | ❌ 6S0X_r:48 no longer at interface |
| R:53 [ARG] | A:834 [C] | r:48 [ARG] | a:842 [U] | ❌ 6S0X_r:48 no longer at interface |
| R:59 [SER] | A:835 [U] | r:53 [SER] | a:843 [A] | ❌ 2VQE_R:59 no longer at interface |
| R:59 [SER] | A:834 [C] | r:53 [SER] | a:842 [U] | ❌ 2VQE_R:59 no longer at interface |
| R:76 [LEU] | A:736 [C] | r:70 [MET] | a:744 [U] | ❌ 2VQE_R:76 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| tri-helical | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.95 | 2.55 | 0.47 | 0.72 | 0.96 | 0.89 | 0.84 | 0.74 | 0.61 | 0.29 | 0.39 |
Other pairs involving 2VQE_R_A or 6S0X_r_a
Total number of entries: 9