Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0X_r
|
6S0X_a
|
7K00_R
|
7K00_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| r:43 [LYS] | a:726 [A] | R:38 [LYS] | A:718 [A] | ✔ |
| r:43 [LYS] | a:727 [C] | R:38 [LYS] | A:719 [C] | ✔ |
| r:66 [ARG] | a:744 [U] | R:61 [ARG] | A:736 [C] | ✔ |
| r:75 [TYR] | a:681 [G] | R:70 [TYR] | A:673 [A] | ✔ |
| r:75 [TYR] | a:682 [G] | R:70 [TYR] | A:674 [G] | ✔ |
| r:75 [TYR] | a:726 [A] | R:70 [TYR] | A:718 [A] | ✔ |
| r:54 [ALA] | a:842 [U] | R:49 [ALA] | A:834 [U] | ✔ |
| r:54 [ALA] | a:843 [A] | R:49 [ALA] | A:835 [U] | ✔ |
| r:57 [GLN] | a:728 [C] | R:52 [GLN] | A:720 [C] | ✔ |
| r:65 [LYS] | a:728 [C] | R:60 [LYS] | A:720 [C] | ✔ |
| r:65 [LYS] | a:742 [A] | R:60 [LYS] | A:734 [G] | ✔ |
| r:65 [LYS] | a:743 [C] | R:60 [LYS] | A:735 [C] | ✔ |
| r:69 [HIS] | a:680 [U] | R:64 [TYR] | A:672 [U] | ✔ |
| r:69 [HIS] | a:743 [C] | R:64 [TYR] | A:735 [C] | ✔ |
| r:55 [LYS] | a:670 [A] | R:50 [LYS] | A:662 [U] | ✔ |
| r:55 [LYS] | a:843 [A] | R:50 [LYS] | A:835 [U] | ✔ |
| r:55 [LYS] | a:844 [G] | R:50 [LYS] | A:836 [G] | ✔ |
| r:42 [GLY] | a:727 [C] | R:37 [GLY] | A:719 [C] | ✔ |
| r:62 [THR] | a:672 [G] | R:57 [ARG] | A:664 [G] | ✔ |
| r:44 [ILE] | a:727 [C] | R:39 [ILE] | A:719 [C] | ✔ |
| r:44 [ILE] | a:728 [C] | R:39 [ILE] | A:720 [C] | ✔ |
| r:45 [LEU] | a:727 [C] | R:40 [VAL] | A:719 [C] | ✔ |
| r:45 [LEU] | a:728 [C] | R:40 [VAL] | A:720 [C] | ✔ |
| r:46 [PRO] | a:728 [C] | R:41 [PRO] | A:720 [C] | ✔ |
| r:58 [ARG] | a:671 [A] | R:53 [ARG] | A:663 [A] | ✔ |
| r:58 [ARG] | a:672 [G] | R:53 [ARG] | A:664 [G] | ✔ |
| r:58 [ARG] | a:842 [U] | R:53 [ARG] | A:834 [U] | ✔ |
| r:58 [ARG] | a:843 [A] | R:53 [ARG] | A:835 [U] | ✔ |
| r:61 [THR] | a:728 [C] | R:56 [ALA] | A:720 [C] | ✔ |
| r:47 [ARG] | a:728 [C] | R:42 [SER] | A:720 [C] | ✔ |
| r:47 [ARG] | a:729 [A] | R:42 [SER] | A:721 [G] | ✔ |
| r:68 [ARG] | a:727 [C] | R:63 [ARG] | A:719 [C] | ✔ |
| r:75 [TYR] | a:680 [U] | R:70 [TYR] | A:672 [U] | ❌ 7K00_R_A |
| r:69 [HIS] | a:742 [A] | R:64 [TYR] | A:734 [G] | ❌ 7K00_R_A |
| r:69 [HIS] | a:744 [U] | R:64 [TYR] | A:736 [C] | ❌ 7K00_R_A |
| r:55 [LYS] | a:842 [U] | R:50 [LYS] | A:834 [U] | ❌ 7K00_R_A |
| r:53 [SER] | a:842 [U] | R:48 [ARG] | A:834 [U] | ❌ 7K00_R_A |
| r:53 [SER] | a:843 [A] | R:48 [ARG] | A:835 [U] | ❌ 7K00_R_A |
| r:76 [VAL] | a:682 [G] | R:71 [THR] | A:674 [G] | ❌ 7K00_R_A |
| r:76 [VAL] | a:726 [A] | R:71 [THR] | A:718 [A] | ❌ 7K00_R_A |
| r:58 [ARG] | a:670 [A] | R:53 [ARG] | A:662 [U] | ❌ 7K00_R_A |
| r:47 [ARG] | a:842 [U] | R:42 [SER] | A:834 [U] | ❌ 7K00_R_A |
| r:46 [PRO] | a:729 [A] | R:41 [PRO] | A:721 [G] | ❌ 6S0X_r_a |
| r:46 [PRO] | a:727 [C] | R:41 [PRO] | A:719 [C] | ❌ 6S0X_r_a |
| r:55 [LYS] | a:671 [A] | R:50 [LYS] | A:663 [A] | ❌ 6S0X_r_a |
| r:57 [GLN] | a:729 [A] | R:52 [GLN] | A:721 [G] | ❌ 6S0X_r_a |
| r:62 [THR] | a:743 [C] | R:57 [ARG] | A:735 [C] | ❌ 6S0X_r_a |
| r:65 [LYS] | a:727 [C] | R:60 [LYS] | A:719 [C] | ❌ 6S0X_r_a |
| r:65 [LYS] | a:729 [A] | R:60 [LYS] | A:721 [G] | ❌ 6S0X_r_a |
| r:66 [ARG] | a:743 [C] | R:61 [ARG] | A:735 [C] | ❌ 6S0X_r_a |
| r:68 [ARG] | a:726 [A] | R:63 [ARG] | A:718 [A] | ❌ 6S0X_r_a |
| r:69 [HIS] | a:681 [G] | R:64 [TYR] | A:673 [A] | ❌ 6S0X_r_a |
| r:69 [HIS] | a:679 [G] | R:64 [TYR] | A:671 [G] | ❌ 7K00_A:671 no longer at interface |
| r:47 [ARG] | a:841 [U] | R:42 [SER] | A:833 [G] | ❌ 7K00_A:833 no longer at interface |
| r:53 [SER] | a:855 [C] | R:48 [ARG] | A:846 [G] | ❌ 6S0X_a:855 no longer at interface |
| r:58 [ARG] | a:673 [A] | R:53 [ARG] | A:665 [A] | ❌ 6S0X_a:673 no longer at interface |
| r:62 [THR] | a:673 [A] | R:57 [ARG] | A:665 [A] | ❌ 6S0X_a:673 no longer at interface |
| r:76 [VAL] | a:683 [A] | R:71 [THR] | A:675 [A] | ❌ 6S0X_a:683 no longer at interface |
| r:77 [LYS] | a:683 [A] | R:74 [HIS] | A:675 [A] | ❌ 6S0X_r:77, 6S0X_a:683 no longer at interface |
| r:70 [MET] | a:744 [U] | R:65 [LEU] | A:736 [C] | ❌ 7K00_R:65 no longer at interface |
| r:48 [ARG] | a:729 [A] | R:43 [ARG] | A:721 [G] | ❌ 6S0X_r:48 no longer at interface |
| r:77 [LYS] | a:682 [G] | R:74 [HIS] | A:674 [G] | ❌ 6S0X_r:77 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| tri-helical | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.95 | 2.35 | 0.53 | 0.82 | 0.95 | 0.9 | 0.84 | 0.72 | 0.61 | 0.23 | 0.33 |
Other pairs involving 6S0X_r_a or 7K00_R_A
Total number of entries: 9