Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 7K00_R
|
7K00_A
|
7RYG_r
|
7RYG_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| R:39 [ILE] | A:719 [C] | r:39 [ILE] | a:716 [C] | ✔ |
| R:39 [ILE] | A:720 [C] | r:39 [ILE] | a:717 [C] | ✔ |
| R:56 [ALA] | A:720 [C] | r:56 [ALA] | a:717 [C] | ✔ |
| R:60 [LYS] | A:719 [C] | r:60 [LYS] | a:716 [C] | ✔ |
| R:60 [LYS] | A:720 [C] | r:60 [LYS] | a:717 [C] | ✔ |
| R:60 [LYS] | A:734 [G] | r:60 [LYS] | a:731 [G] | ✔ |
| R:60 [LYS] | A:735 [C] | r:60 [LYS] | a:732 [C] | ✔ |
| R:49 [ALA] | A:834 [U] | r:49 [ALA] | a:831 [U] | ✔ |
| R:49 [ALA] | A:835 [U] | r:49 [ALA] | a:832 [G] | ✔ |
| R:53 [ARG] | A:663 [A] | r:53 [ARG] | a:660 [A] | ✔ |
| R:53 [ARG] | A:664 [G] | r:53 [ARG] | a:661 [G] | ✔ |
| R:53 [ARG] | A:665 [A] | r:53 [ARG] | a:662 [A] | ✔ |
| R:53 [ARG] | A:834 [U] | r:53 [ARG] | a:831 [U] | ✔ |
| R:53 [ARG] | A:835 [U] | r:53 [ARG] | a:832 [G] | ✔ |
| R:52 [GLN] | A:720 [C] | r:52 [GLN] | a:717 [C] | ✔ |
| R:52 [GLN] | A:721 [G] | r:52 [GLN] | a:718 [G] | ✔ |
| R:71 [THR] | A:675 [A] | r:71 [THR] | a:672 [A] | ✔ |
| R:40 [VAL] | A:720 [C] | r:40 [VAL] | a:717 [C] | ✔ |
| R:57 [ARG] | A:735 [C] | r:57 [LEU] | a:732 [C] | ✔ |
| R:37 [GLY] | A:719 [C] | r:37 [GLY] | a:716 [C] | ✔ |
| R:41 [PRO] | A:720 [C] | r:41 [PRO] | a:717 [C] | ✔ |
| R:41 [PRO] | A:721 [G] | r:41 [PRO] | a:718 [G] | ✔ |
| R:38 [LYS] | A:718 [A] | r:38 [LYS] | a:715 [A] | ✔ |
| R:38 [LYS] | A:719 [C] | r:38 [LYS] | a:716 [C] | ✔ |
| R:70 [TYR] | A:673 [A] | r:70 [TYR] | a:670 [A] | ✔ |
| R:70 [TYR] | A:674 [G] | r:70 [TYR] | a:671 [G] | ✔ |
| R:70 [TYR] | A:718 [A] | r:70 [TYR] | a:715 [A] | ✔ |
| R:42 [SER] | A:720 [C] | r:42 [SER] | a:717 [C] | ✔ |
| R:42 [SER] | A:721 [G] | r:42 [SER] | a:718 [G] | ✔ |
| R:61 [ARG] | A:735 [C] | r:61 [GLN] | a:732 [C] | ✔ |
| R:61 [ARG] | A:736 [C] | r:61 [GLN] | a:733 [C] | ✔ |
| R:64 [TYR] | A:672 [U] | r:64 [TYR] | a:669 [U] | ✔ |
| R:64 [TYR] | A:673 [A] | r:64 [TYR] | a:670 [A] | ✔ |
| R:64 [TYR] | A:735 [C] | r:64 [TYR] | a:732 [C] | ✔ |
| R:50 [LYS] | A:663 [A] | r:50 [ARG] | a:660 [A] | ✔ |
| R:50 [LYS] | A:835 [U] | r:50 [ARG] | a:832 [G] | ✔ |
| R:50 [LYS] | A:836 [G] | r:50 [ARG] | a:833 [G] | ✔ |
| R:63 [ARG] | A:718 [A] | r:63 [ARG] | a:715 [A] | ✔ |
| R:63 [ARG] | A:719 [C] | r:63 [ARG] | a:716 [C] | ✔ |
| R:60 [LYS] | A:721 [G] | r:60 [LYS] | a:718 [G] | ❌ 7RYG_r_a |
| R:40 [VAL] | A:719 [C] | r:40 [VAL] | a:716 [C] | ❌ 7RYG_r_a |
| R:57 [ARG] | A:664 [G] | r:57 [LEU] | a:661 [G] | ❌ 7RYG_r_a |
| R:57 [ARG] | A:665 [A] | r:57 [LEU] | a:662 [A] | ❌ 7RYG_r_a |
| R:41 [PRO] | A:719 [C] | r:41 [PRO] | a:716 [C] | ❌ 7RYG_r_a |
| R:43 [ARG] | A:721 [G] | r:43 [ARG] | a:718 [G] | ❌ 7RYG_r_a |
| R:50 [LYS] | A:664 [G] | r:50 [ARG] | a:661 [G] | ❌ 7K00_R_A |
| R:57 [ARG] | A:736 [C] | r:57 [LEU] | a:733 [C] | ❌ 7K00_R_A |
| R:71 [THR] | A:718 [A] | r:71 [THR] | a:715 [A] | ❌ 7K00_R_A |
| R:48 [ARG] | A:846 [G] | r:48 [LYS] | a:843 [G] | ❌ 7RYG_r:48, 7RYG_a:843 no longer at interface |
| R:50 [LYS] | A:662 [U] | r:50 [ARG] | a:659 [G] | ❌ 7RYG_a:659 no longer at interface |
| R:43 [ARG] | A:722 [G] | r:43 [ARG] | a:719 [A] | ❌ 7K00_A:722 no longer at interface |
| R:54 [GLN] | A:664 [G] | r:54 [GLN] | a:661 [G] | ❌ 7K00_R:54 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| tri-helical | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.92 | 1.59 | 0.80 | 0.97 | 0.93 | 0.95 | 0.94 | 0.91 | 0.84 | 0.50 | 0.31 |
Other pairs involving 7K00_R_A or 7RYG_r_a
Total number of entries: 9