Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 3K49_A
|
3K49_B
|
3V74_A
|
3V74_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:557 [GLN] | B:10 [A] | A:208 [GLU] | B:12 [A] | ✔ |
| A:697 [CYS] | B:6 [A] | A:363 [CYS] | B:7 [G] | ✔ |
| A:821 [GLN] | B:1 [C] | A:497 [GLN] | B:2 [C] | ✔ |
| A:821 [GLN] | B:3 [U] | A:497 [GLN] | B:4 [U] | ✔ |
| A:733 [ASN] | B:5 [U] | A:415 [ASN] | B:6 [U] | ✔ |
| A:730 [GLN] | B:5 [U] | A:412 [GLU] | B:6 [U] | ✔ |
| A:730 [GLN] | B:6 [A] | A:412 [GLU] | B:7 [G] | ✔ |
| A:737 [GLN] | B:5 [U] | A:419 [GLN] | B:6 [U] | ✔ |
| A:626 [ARG] | B:8 [A] | A:288 [ARG] | B:10 [A] | ✔ |
| A:626 [ARG] | B:9 [U] | A:288 [ARG] | B:11 [U] | ✔ |
| A:866 [SER] | B:1 [C] | A:554 [SER] | B:2 [C] | ✔ |
| A:866 [SER] | B:3 [U] | A:554 [SER] | B:4 [U] | ✔ |
| A:822 [PHE] | B:4 [G] | A:498 [PHE] | B:5 [G] | ✔ |
| A:659 [ASN] | B:8 [A] | A:323 [ASN] | B:10 [A] | ✔ |
| A:587 [PHE] | B:10 [A] | A:242 [PHE] | B:12 [A] | ✔ |
| A:589 [ASN] | B:9 [U] | A:244 [ASN] | B:11 [U] | ✔ |
| A:550 [GLN] | B:10 [A] | A:201 [LYS] | B:12 [A] | ✔ |
| A:586 [VAL] | B:9 [U] | A:241 [ILE] | B:11 [U] | ✔ |
| A:586 [VAL] | B:10 [A] | A:241 [ILE] | B:12 [A] | ✔ |
| A:734 [TYR] | B:5 [U] | A:416 [TYR] | B:6 [U] | ✔ |
| A:734 [TYR] | B:6 [A] | A:416 [TYR] | B:7 [G] | ✔ |
| A:773 [PHE] | B:5 [U] | A:451 [PHE] | B:6 [U] | ✔ |
| A:554 [ARG] | B:10 [A] | A:205 [GLN] | B:12 [A] | ✔ |
| A:731 [TYR] | B:6 [A] | A:413 [TYR] | B:7 [G] | ✔ |
| A:824 [ASN] | B:1 [C] | A:500 [ASN] | B:2 [C] | ✔ |
| A:824 [ASN] | B:3 [U] | A:500 [ASN] | B:4 [U] | ✔ |
| A:864 [LEU] | B:1 [C] | A:552 [PHE] | B:2 [C] | ✔ |
| A:775 [SER] | B:4 [G] | A:453 [SER] | B:5 [G] | ✔ |
| A:590 [TYR] | B:9 [U] | A:245 [TYR] | B:11 [U] | ✔ |
| A:590 [TYR] | B:10 [A] | A:245 [TYR] | B:12 [A] | ✔ |
| A:662 [HIS] | B:8 [A] | A:326 [HIS] | B:10 [A] | ✔ |
| A:772 [LYS] | B:4 [G] | A:450 [LYS] | B:5 [G] | ✔ |
| A:772 [LYS] | B:5 [U] | A:450 [LYS] | B:6 [U] | ✔ |
| A:701 [GLN] | B:6 [A] | A:367 [GLN] | B:7 [G] | ✔ |
| A:867 [VAL] | B:1 [C] | A:555 [GLY] | B:2 [C] | ✔ |
| A:698 [ARG] | B:6 [A] | A:364 [ARG] | B:7 [G] | ✔ |
| A:698 [ARG] | B:7 [A] | A:364 [ARG] | B:8 [C] | ✔ |
| A:622 [MET] | B:8 [A] | A:284 [LYS] | B:10 [A] | ✔ |
| A:622 [MET] | B:9 [U] | A:284 [LYS] | B:11 [U] | ✔ |
| A:819 [LYS] | B:1 [C] | A:495 [PHE] | B:2 [C] | ✔ |
| A:695 [TYR] | B:7 [A] | A:361 [TYR] | B:8 [C] | ✔ |
| A:593 [GLN] | B:9 [U] | A:248 [GLN] | B:11 [U] | ✔ |
| A:625 [CYS] | B:8 [A] | A:287 [CYS] | B:10 [A] | ✔ |
| A:828 [GLN] | B:3 [U] | A:504 [GLN] | B:4 [U] | ✔ |
| A:553 [SER] | B:10 [A] | A:204 [CYS] | B:12 [A] | ✔ |
| A:776 [ASN] | B:4 [G] | A:454 [HIS] | B:5 [G] | ✔ |
| A:776 [ASN] | B:5 [U] | A:454 [HIS] | B:6 [U] | ✔ |
| A:865 [ALA] | B:1 [C] | A:553 [SER] | B:2 [C] | ✔ |
| A:865 [ALA] | B:2 [C] | A:553 [SER] | B:3 [A] | ✔ |
| A:865 [ALA] | B:3 [U] | A:553 [SER] | B:4 [U] | ✔ |
| A:820 [ASP] | B:1 [C] | A:496 [HIS] | B:2 [C] | ✔ |
| A:629 [GLN] | B:8 [A] | A:291 [GLN] | B:10 [A] | ✔ |
| A:825 [TYR] | B:3 [U] | A:501 [TYR] | B:4 [U] | ✔ |
| A:825 [TYR] | B:4 [G] | A:501 [TYR] | B:5 [G] | ✔ |
| A:623 [TYR] | B:9 [U] | A:285 [PHE] | B:11 [U] | ✔ |
| A:869 [LYS] | B:3 [U] | A:557 [LYS] | B:4 [U] | ✔ |
| A:779 [GLU] | B:4 [G] | A:457 [GLU] | B:5 [G] | ✔ |
| A:662 [HIS] | B:7 [A] | A:326 [HIS] | B:8 [C] | ❌ 3V74_A_B |
| A:695 [TYR] | B:8 [A] | A:361 [TYR] | B:10 [A] | ❌ 3V74_A_B |
| A:821 [GLN] | B:4 [G] | A:497 [GLN] | B:5 [G] | ❌ 3K49_A_B |
| A:869 [LYS] | B:2 [C] | A:557 [LYS] | B:3 [A] | ❌ 3K49_A_B |
| A:665 [GLN] | B:7 [A] | A:329 [GLN] | B:8 [C] | ❌ 3V74_A:329 no longer at interface |
| A:694 [SER] | B:6 [A] | A:359 [ASP] | B:7 [G] | ❌ 3V74_A:359 no longer at interface |
| A:694 [SER] | B:7 [A] | A:359 [ASP] | B:8 [C] | ❌ 3V74_A:359 no longer at interface |
| A:658 [GLN] | B:8 [A] | A:321 [ASP] | B:10 [A] | ❌ 3V74_A:321 no longer at interface |
| A:661 [ASN] | B:7 [A] | A:325 [ASN] | B:8 [C] | ❌ 3V74_A:325 no longer at interface |
| A:818 [ILE] | B:1 [C] | A:494 [MET] | B:2 [C] | ❌ 3K49_A:818 no longer at interface |
| A:862 [ARG] | B:1 [C] | A:551 [ARG] | B:2 [C] | ❌ 3K49_A:862 no longer at interface |
| A:868 [GLU] | B:2 [C] | A:556 [LYS] | B:3 [A] | ❌ 3K49_A:868 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ARM repeat | 0.73 | 3.17 | 0.60 | 0.73 | 0.33 | 0.89 | 1.0 | 0.90 | 0.90 | 0.55 | 0.67 |
Other pairs involving 3K49_A_B or 3V74_A_B
Total number of entries: 9
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3BSX_A_C | 3K49_A_B | 0.94 | 0.89 | 2.08 | 0.78 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 3V74_A_B | 0.89 | 0.85 | 1.99 | 0.56 | ARM repeat | compare | |
| 3K49_A_B | 5WZJ_A_B | 0.71 | 0.72 | 2.65 | 0.09 | ARM repeat | compare | |
| 3K49_A_B | 3V74_A_B | 0.90 | 0.73 | 3.17 | 0.6 | ARM repeat | compare | |
| 3K49_A_B | 3V6Y_A_B | 0.80 | 0.73 | 3.21 | 0.5 | ARM repeat | compare | |
| 3K49_A_B | 5BZ1_A_B | 0.25 | 0.65 | 4.33 | 0.0 | ARM repeat | compare | |
| 3V6Y_A_B | 3V74_A_B | 1.00 | 0.99 | 0.31 | 0.91 | ARM repeat | compare | |
| 3V74_A_B | 5BZ1_A_B | 0.68 | 0.82 | 2.09 | 0.33 | ARM repeat | compare | |
| 3V74_A_B | 5WZJ_A_B | 0.89 | 0.64 | 2.92 | 0.09 | ARM repeat | compare |