Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 4W2F_AM
|
4W2F_AA
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| AM:12 [ASN] | AA:1297 [C] | 4.07 | 0.0 | |||
| AM:13 [LYS] | AA:1297 [C] | 4.17 | 0.0 | |||
| AM:13 [LYS] | AA:1299 [A] | 4.74 | AA:1239 [A] | 0.0 | ||
| AM:13 [LYS] | AA:1301 [U] | 4.25 | AA:1238 [A] | 0.0 | ||
| AM:13 [LYS] | AA:1302 [U] | 3.07 | 0.0 | |||
| AM:14 [ARG] | AA:1295 [G] | 3.17 | AA:1242 [C] | 0.0 | ||
| AM:14 [ARG] | AA:1296 [C] | 3.74 | AA:1241 [G] | 0.0 | ||
| AM:14 [ARG] | AA:1302 [U] | 3.46 | 0.0 | |||
| AM:17 [VAL] | AA:1302 [U] | 3.3 | 0.0 | |||
| AM:20 [THR] | AA:1330 [U] | 4.33 | AA:1307 [U] | 0.0 | ||
| AM:21 [TYR] | AA:1301 [U] | 3.66 | AA:1238 [A] | 0.0 | ||
| AM:21 [TYR] | AA:1302 [U] | 2.29 | 0.0 | |||
| AM:22 [ILE] | AA:1330 [U] | 3.23 | AA:1307 [U] | 0.0 | ||
| AM:23 [TYR] | AA:1329 [A] | 4.76 | AA:1308 [U] | 0.0 | ||
| AM:23 [TYR] | AA:1330 [U] | 3.4 | AA:1307 [U] | 0.0 | ||
| AM:23 [TYR] | AA:1331 [G] | 3.69 | AA:1306 [A] | 0.0 | ||
| AM:24 [GLY] | AA:1329 [A] | 3.05 | AA:1308 [U] | 0.0 | ||
| AM:24 [GLY] | AA:1330 [U] | 2.68 | AA:1307 [U] | 0.0 | ||
| AM:25 [ILE] | AA:1329 [A] | 3.39 | AA:1308 [U] | 0.0 | ||
| AM:25 [ILE] | AA:1330 [U] | 3.09 | AA:1307 [U] | 0.0 | ||
| AM:26 [GLY] | AA:1329 [A] | 2.93 | AA:1308 [U] | 0.0 | ||
| AM:26 [GLY] | AA:1330 [U] | 3.25 | AA:1307 [U] | 0.0 | ||
| AM:27 [LYS] | AA:1302 [U] | 4.71 | 0.0 | |||
| AM:27 [LYS] | AA:1329 [A] | 4.0 | AA:1308 [U] | 0.0 | ||
| AM:28 [ALA] | AA:1328 [C] | 3.51 | AA:1309 [G] | 0.0 | ||
| AM:28 [ALA] | AA:1329 [A] | 3.7 | AA:1308 [U] | 0.0 | ||
| AM:29 [ARG] | AA:1328 [C] | 3.29 | AA:1309 [G] | 0.0 | ||
| AM:29 [ARG] | AA:1329 [A] | 3.08 | AA:1308 [U] | 0.0 | ||
| AM:44 [ARG] | AA:1295 [G] | 4.78 | AA:1242 [C] | 0.0 | ||
| AM:44 [ARG] | AA:1296 [C] | 2.62 | AA:1241 [G] | 0.0 | ||
| AM:44 [ARG] | AA:1297 [C] | 2.96 | 0.0 | |||
| AM:70 [LEU] | AA:1329 [A] | 3.64 | AA:1308 [U] | 0.0 | ||
| AM:73 [GLU] | AA:1309 [G] | 4.82 | AA:1328 [C] | 0.0 | ||
| AM:74 [VAL] | AA:1308 [U] | 4.99 | AA:1329 [A] | 0.0 | ||
| AM:74 [VAL] | AA:1309 [G] | 3.82 | AA:1328 [C] | 0.0 | ||
| AM:77 [ASN] | AA:1309 [G] | 2.98 | AA:1328 [C] | sugar:SC | 0.0 | |
| AM:77 [ASN] | AA:1310 [G] | 3.88 | AA:1327 [C] | 0.0 | ||
| AM:78 [ILE] | AA:1308 [U] | 3.87 | AA:1329 [A] | 0.0 | ||
| AM:78 [ILE] | AA:1309 [G] | 3.75 | AA:1328 [C] | 0.0 | ||
| AM:80 [ARG] | AA:1310 [G] | 4.55 | AA:1327 [C] | 0.0 | ||
| AM:81 [LEU] | AA:1309 [G] | 3.95 | AA:1328 [C] | 0.0 | ||
| AM:81 [LEU] | AA:1310 [G] | 4.7 | AA:1327 [C] | 0.0 | ||
| AM:87 [TYR] | AA:1320 [C] | 4.1 | 0.0 | |||
| AM:87 [TYR] | AA:1321 [C] | 3.63 | 0.0 | |||
| AM:87 [TYR] | AA:1322 [C] | 4.33 | 0.0 | |||
| AM:88 [ARG] | AA:1309 [G] | 3.17 | AA:1328 [C] | 0.0 | ||
| AM:88 [ARG] | AA:1310 [G] | 3.17 | AA:1327 [C] | 0.0 | ||
| AM:91 [ARG] | AA:1225 [A] | 4.77 | AA:955 [U] | 0.0 | ||
| AM:91 [ARG] | AA:1226 [C] | 3.14 | AA:954 [G] | 0.0 | ||
| AM:92 [HIS] | AA:1308 [U] | 3.27 | AA:1329 [A] | 0.0 | ||
| AM:92 [HIS] | AA:1309 [G] | 3.19 | AA:1328 [C] | 0.0 | ||
| AM:96 [LEU] | AA:1226 [C] | 3.33 | AA:954 [G] | 0.0 | ||
| AM:96 [LEU] | AA:1227 [A] | 3.18 | 0.0 | |||
| AM:96 [LEU] | AA:1308 [U] | 4.52 | AA:1329 [A] | 0.0 | ||
| AM:97 [PRO] | AA:1307 [U] | 4.77 | AA:1330 [U] | 0.0 | ||
| AM:97 [PRO] | AA:1308 [U] | 3.34 | AA:1329 [A] | 0.0 | ||
| AM:98 [VAL] | AA:1307 [U] | 4.85 | AA:1330 [U] | 0.0 | ||
| AM:98 [VAL] | AA:1308 [U] | 2.47 | AA:1329 [A] | 0.0 | ||
| AM:98 [VAL] | AA:1309 [G] | 3.94 | AA:1328 [C] | 0.0 | ||
| AM:98 [VAL] | AA:1321 [C] | 4.91 | 0.0 | |||
| AM:99 [ARG] | AA:1308 [U] | 3.28 | AA:1329 [A] | base/AA stacks | 0.0 | |
| AM:99 [ARG] | AA:1309 [G] | 2.76 | AA:1328 [C] | base:SC | 0.0 | |
| AM:99 [ARG] | AA:1323 [G] | 3.94 | AA:1314 [C] | 0.0 | ||
| AM:100 [GLY] | AA:1224 [G] | 4.07 | 0.0 | |||
| AM:100 [GLY] | AA:1322 [C] | 3.75 | 0.0 | |||
| AM:100 [GLY] | AA:1323 [G] | 4.08 | AA:1314 [C] | 0.0 | ||
| AM:101 [GLN] | AA:949 [A] | 3.54 | AA:1232 [U] | 0.0 | ||
| AM:101 [GLN] | AA:1225 [A] | 4.0 | AA:955 [U] | 0.0 | ||
| AM:101 [GLN] | AA:1307 [U] | 3.31 | AA:1330 [U] | 0.0 | ||
| AM:101 [GLN] | AA:1308 [U] | 3.0 | AA:1329 [A] | 0.0 | ||
| AM:101 [GLN] | AA:1322 [C] | 4.89 | 0.0 | |||
| AM:102 [ARG] | AA:949 [A] | 4.2 | AA:1232 [U] | 0.0 | ||
| AM:102 [ARG] | AA:950 [U] | 3.24 | AA:1231 [G] | base/AA stacks | 0.0 | |
| AM:102 [ARG] | AA:951 [G] | 2.88 | AA:1230 [C] | base:SC | 0.0 | |
| AM:102 [ARG] | AA:952 [U] | 3.83 | AA:1229 [A] | base:SC | 0.0 | |
| AM:102 [ARG] | AA:1224 [G] | 4.63 | 0.0 | |||
| AM:102 [ARG] | AA:1225 [A] | 3.09 | AA:955 [U] | 0.0 | ||
| AM:103 [THR] | AA:1225 [A] | 2.72 | AA:955 [U] | 0.0 | ||
| AM:103 [THR] | AA:1226 [C] | 2.58 | AA:954 [G] | sugar:BB | 0.0 | |
| AM:104 [ARG] | AA:952 [U] | 3.17 | AA:1229 [A] | base/AA stacks | 0.0 | |
| AM:104 [ARG] | AA:953 [G] | 3.2 | AA:1228 [C] | base:SC | 0.0 | |
| AM:104 [ARG] | AA:954 [G] | 3.06 | AA:1226 [C] | base:SC, base:SC | 0.0 | |
| AM:104 [ARG] | AA:955 [U] | 4.94 | AA:1225 [A] | 0.0 | ||
| AM:104 [ARG] | AA:1224 [G] | 4.91 | 0.0 | |||
| AM:104 [ARG] | AA:1225 [A] | 4.06 | AA:955 [U] | 0.0 | ||
| AM:104 [ARG] | AA:1226 [C] | 3.25 | AA:954 [G] | 0.0 | ||
| AM:104 [ARG] | AA:1228 [C] | 3.16 | AA:953 [G] | base:BB | 0.0 | |
| AM:104 [ARG] | AA:1229 [A] | 3.65 | AA:952 [U] | base:BB | 0.0 | |
| AM:105 [THR] | AA:950 [U] | 3.13 | AA:1231 [G] | base:SC | 0.0 | |
| AM:105 [THR] | AA:951 [G] | 3.48 | AA:1230 [C] | 0.0 | ||
| AM:105 [THR] | AA:952 [U] | 3.55 | AA:1229 [A] | 0.0 | ||
| AM:105 [THR] | AA:1229 [A] | 3.76 | AA:952 [U] | 0.0 | ||
| AM:105 [THR] | AA:1230 [C] | 3.66 | AA:951 [G] | 0.0 | ||
| AM:106 [ASN] | AA:948 [C] | 3.53 | AA:1233 [G] | base/AA stacks | 0.0 | |
| AM:106 [ASN] | AA:949 [A] | 3.12 | AA:1232 [U] | base:SC | 0.0 | |
| AM:106 [ASN] | AA:950 [U] | 4.11 | AA:1231 [G] | 0.0 | ||
| AM:107 [ALA] | AA:948 [C] | 3.26 | AA:1233 [G] | 0.0 | ||
| AM:108 [ARG] | AA:947 [G] | 3.11 | AA:1234 [C] | 0.0 | ||
| AM:108 [ARG] | AA:948 [C] | 2.99 | AA:1233 [G] | 0.0 | ||
| AM:108 [ARG] | AA:1228 [C] | 2.57 | AA:953 [G] | 0.0 | ||
| AM:108 [ARG] | AA:1229 [A] | 4.93 | AA:952 [U] | 0.0 | ||
| AM:109 [THR] | AA:947 [G] | 3.34 | AA:1234 [C] | 0.0 | ||
| AM:109 [THR] | AA:948 [C] | 2.34 | AA:1233 [G] | 0.0 | ||
| AM:109 [THR] | AA:1306 [A] | 3.27 | AA:1331 [G] | sugar:SC | 0.0 | |
| AM:109 [THR] | AA:1307 [U] | 3.79 | AA:1330 [U] | 0.0 | ||
| AM:109 [THR] | AA:1332 [A] | 3.89 | AA:1305 [G] | 0.0 | ||
| AM:110 [ARG] | AA:948 [C] | 4.66 | AA:1233 [G] | 0.0 | ||
| AM:110 [ARG] | AA:1307 [U] | 3.83 | AA:1330 [U] | sugar:SC | 0.0 | |
| AM:110 [ARG] | AA:1308 [U] | 3.93 | AA:1329 [A] | 0.0 | ||
| AM:111 [LYS] | AA:1226 [C] | 2.48 | AA:954 [G] | sugar:SC | 0.0 | |
| AM:111 [LYS] | AA:1227 [A] | 3.3 | 0.0 | |||
| AM:111 [LYS] | AA:1228 [C] | 3.11 | AA:953 [G] | 0.0 | ||
| AM:113 [PRO] | AA:1228 [C] | 3.47 | AA:953 [G] | 0.0 | ||
| AM:114 [ARG] | AA:946 [A] | 3.86 | AA:1235 [U] | 0.0 | ||
| AM:114 [ARG] | AA:947 [G] | 4.07 | AA:1234 [C] | 0.0 | ||
| AM:114 [ARG] | AA:1228 [C] | 3.27 | AA:953 [G] | 0.0 | ||
| AM:114 [ARG] | AA:1229 [A] | 3.34 | AA:952 [U] | 0.0 | ||
| AM:115 [LYS] | AA:1227 [A] | 3.34 | sugar:BB | 0.0 | ||
| AM:115 [LYS] | AA:1228 [C] | 2.31 | AA:953 [G] | 0.0 | ||
| AM:116 [THR] | AA:1228 [C] | 3.56 | AA:953 [G] | 0.0 | ||
| AM:116 [THR] | AA:1229 [A] | 3.29 | AA:952 [U] | 0.0 | ||
| AM:117 [VAL] | AA:1227 [A] | 3.72 | 0.0 | |||
| AM:117 [VAL] | AA:1228 [C] | 3.34 | AA:953 [G] | sugar:BB | 0.0 | |
| AM:120 [LYS] | AA:954 [G] | 3.99 | AA:1226 [C] | 0.0 | ||
| AM:120 [LYS] | AA:955 [U] | 4.12 | AA:1225 [A] | 0.0 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group96 | 4W2F_AM_AA | AM: 30s ribosomal protein s13, Thermus thermophilus (natural) AA: 16s ribosomal RNA, Thermus thermophilus (natural) | P80377 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4W2F_AM_AA | 6S0X_m_a | 0.32 | 0.94 | 4.98 | 0.11 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4W2F_AM_AA | 4Y4O_1m_1a | 0.97 | 1.0 | 0.98 | 0.96 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4W2F_AM_AA | 7O7Y_Ar_A2 | 0.77 | 0.93 | 1.79 | 0.4 | H2TH | compare | |
| 4W2F_AM_AA | 7K00_M_A | 0.94 | 0.98 | 0.62 | 0.76 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |