Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 4W2F_AM
|
4W2F_AA
|
6S0X_m
|
6S0X_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| AM:96 [LEU] | AA:1226 [C] | m:95 [LEU] | a:1236 [C] | ✔ |
| AM:96 [LEU] | AA:1227 [A] | m:95 [LEU] | a:1237 [A] | ✔ |
| AM:77 [ASN] | AA:1309 [G] | m:80 [LEU] | a:1319 [G] | ✔ |
| AM:77 [ASN] | AA:1310 [G] | m:80 [LEU] | a:1320 [U] | ✔ |
| AM:108 [ARG] | AA:947 [G] | m:106 [ALA] | a:956 [G] | ✔ |
| AM:108 [ARG] | AA:948 [C] | m:106 [ALA] | a:957 [C] | ✔ |
| AM:74 [VAL] | AA:1308 [U] | m:77 [ILE] | a:1318 [U] | ✔ |
| AM:74 [VAL] | AA:1309 [G] | m:77 [ILE] | a:1319 [G] | ✔ |
| AM:27 [LYS] | AA:1329 [A] | m:26 [GLY] | a:1339 [A] | ✔ |
| AM:14 [ARG] | AA:1302 [U] | m:17 [ILE] | a:1312 [U] | ✔ |
| AM:107 [ALA] | AA:948 [C] | m:105 [ASN] | a:957 [C] | ✔ |
| AM:103 [THR] | AA:1225 [A] | m:103 [LYS] | a:1235 [A] | ✔ |
| AM:103 [THR] | AA:1226 [C] | m:103 [LYS] | a:1236 [C] | ✔ |
| AM:99 [ARG] | AA:1323 [G] | m:99 [GLY] | a:1333 [G] | ✔ |
| AM:28 [ALA] | AA:1328 [C] | m:27 [THR] | a:1338 [C] | ✔ |
| AM:28 [ALA] | AA:1329 [A] | m:27 [THR] | a:1339 [A] | ✔ |
| AM:97 [PRO] | AA:1308 [U] | m:96 [PRO] | a:1318 [U] | ✔ |
| AM:29 [ARG] | AA:1328 [C] | m:28 [SER] | a:1338 [C] | ✔ |
| AM:29 [ARG] | AA:1329 [A] | m:28 [SER] | a:1339 [A] | ✔ |
| AM:22 [ILE] | AA:1330 [U] | m:23 [TYR] | a:1340 [U] | ✔ |
| AM:102 [ARG] | AA:1224 [G] | m:102 [THR] | a:1234 [U] | ✔ |
| AM:102 [ARG] | AA:1225 [A] | m:102 [THR] | a:1235 [A] | ✔ |
| AM:100 [GLY] | AA:1224 [G] | m:100 [GLN] | a:1234 [U] | ✔ |
| AM:100 [GLY] | AA:1322 [C] | m:100 [GLN] | a:1332 [C] | ✔ |
| AM:100 [GLY] | AA:1323 [G] | m:100 [GLN] | a:1333 [G] | ✔ |
| AM:26 [GLY] | AA:1329 [A] | m:25 [ILE] | a:1339 [A] | ✔ |
| AM:26 [GLY] | AA:1330 [U] | m:25 [ILE] | a:1340 [U] | ✔ |
| AM:17 [VAL] | AA:1302 [U] | m:20 [THR] | a:1312 [U] | ✔ |
| AM:110 [ARG] | AA:948 [C] | m:108 [THR] | a:957 [C] | ✔ |
| AM:13 [LYS] | AA:1301 [U] | m:13 [LYS] | a:1311 [U] | ✔ |
| AM:13 [LYS] | AA:1302 [U] | m:13 [LYS] | a:1312 [U] | ✔ |
| AM:25 [ILE] | AA:1329 [A] | m:24 [GLY] | a:1339 [A] | ✔ |
| AM:25 [ILE] | AA:1330 [U] | m:24 [GLY] | a:1340 [U] | ✔ |
| AM:101 [GLN] | AA:949 [A] | m:101 [LYS] | a:958 [A] | ✔ |
| AM:101 [GLN] | AA:1225 [A] | m:101 [LYS] | a:1235 [A] | ✔ |
| AM:109 [THR] | AA:947 [G] | m:107 [ARG] | a:956 [G] | ✔ |
| AM:109 [THR] | AA:948 [C] | m:107 [ARG] | a:957 [C] | ✔ |
| AM:98 [VAL] | AA:1307 [U] | m:97 [VAL] | a:1317 [U] | ✔ |
| AM:98 [VAL] | AA:1308 [U] | m:97 [VAL] | a:1318 [U] | ✔ |
| AM:98 [VAL] | AA:1309 [G] | m:97 [VAL] | a:1319 [G] | ✔ |
| AM:98 [VAL] | AA:1321 [C] | m:97 [VAL] | a:1331 [U] | ✔ |
| AM:96 [LEU] | AA:1308 [U] | m:95 [LEU] | a:1318 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:111 [LYS] | AA:1226 [C] | m:109 [ARG] | a:1236 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:111 [LYS] | AA:1227 [A] | m:109 [ARG] | a:1237 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:111 [LYS] | AA:1228 [C] | m:109 [ARG] | a:1238 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:108 [ARG] | AA:1228 [C] | m:106 [ALA] | a:1238 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:108 [ARG] | AA:1229 [A] | m:106 [ALA] | a:1239 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:27 [LYS] | AA:1302 [U] | m:26 [GLY] | a:1312 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:14 [ARG] | AA:1295 [G] | m:17 [ILE] | a:1305 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:14 [ARG] | AA:1296 [C] | m:17 [ILE] | a:1306 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:99 [ARG] | AA:1308 [U] | m:99 [GLY] | a:1318 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:99 [ARG] | AA:1309 [G] | m:99 [GLY] | a:1319 [G] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:97 [PRO] | AA:1307 [U] | m:96 [PRO] | a:1317 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:102 [ARG] | AA:949 [A] | m:102 [THR] | a:958 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:102 [ARG] | AA:950 [U] | m:102 [THR] | a:959 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:102 [ARG] | AA:951 [G] | m:102 [THR] | a:960 [G] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:102 [ARG] | AA:952 [U] | m:102 [THR] | a:961 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:110 [ARG] | AA:1307 [U] | m:108 [THR] | a:1317 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:110 [ARG] | AA:1308 [U] | m:108 [THR] | a:1318 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:106 [ASN] | AA:948 [C] | m:104 [ASN] | a:957 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:106 [ASN] | AA:949 [A] | m:104 [ASN] | a:958 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:106 [ASN] | AA:950 [U] | m:104 [ASN] | a:959 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:70 [LEU] | AA:1329 [A] | m:73 [THR] | a:1339 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:101 [GLN] | AA:1307 [U] | m:101 [LYS] | a:1317 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:101 [GLN] | AA:1308 [U] | m:101 [LYS] | a:1318 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:101 [GLN] | AA:1322 [C] | m:101 [LYS] | a:1332 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:109 [THR] | AA:1307 [U] | m:107 [ARG] | a:1317 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| AM:100 [GLY] | AA:1225 [A] | m:100 [GLN] | a:1235 [A] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:100 [GLY] | AA:949 [A] | m:100 [GLN] | a:958 [A] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:100 [GLY] | AA:1308 [U] | m:100 [GLN] | a:1318 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:100 [GLY] | AA:1307 [U] | m:100 [GLN] | a:1317 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:100 [GLY] | AA:950 [U] | m:100 [GLN] | a:959 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:101 [GLN] | AA:1224 [G] | m:101 [LYS] | a:1234 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:101 [GLN] | AA:950 [U] | m:101 [LYS] | a:959 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:102 [ARG] | AA:1226 [C] | m:102 [THR] | a:1236 [C] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:102 [ARG] | AA:1228 [C] | m:102 [THR] | a:1238 [C] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:103 [THR] | AA:954 [G] | m:103 [LYS] | a:963 [G] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:103 [THR] | AA:953 [G] | m:103 [LYS] | a:962 [G] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:103 [THR] | AA:951 [G] | m:103 [LYS] | a:960 [G] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:103 [THR] | AA:1228 [C] | m:103 [LYS] | a:1238 [C] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:103 [THR] | AA:952 [U] | m:103 [LYS] | a:961 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:103 [THR] | AA:955 [U] | m:103 [LYS] | a:964 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:103 [THR] | AA:1224 [G] | m:103 [LYS] | a:1234 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:106 [ASN] | AA:1230 [C] | m:104 [ASN] | a:1240 [C] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:106 [ASN] | AA:1228 [C] | m:104 [ASN] | a:1238 [C] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:106 [ASN] | AA:952 [U] | m:104 [ASN] | a:961 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:106 [ASN] | AA:1229 [A] | m:104 [ASN] | a:1239 [A] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:107 [ALA] | AA:950 [U] | m:105 [ASN] | a:959 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:107 [ALA] | AA:949 [A] | m:105 [ASN] | a:958 [A] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:108 [ARG] | AA:949 [A] | m:106 [ALA] | a:958 [A] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:109 [THR] | AA:1229 [A] | m:107 [ARG] | a:1239 [A] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:109 [THR] | AA:1228 [C] | m:107 [ARG] | a:1238 [C] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:110 [ARG] | AA:947 [G] | m:108 [THR] | a:956 [G] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:111 [LYS] | AA:948 [C] | m:109 [ARG] | a:957 [C] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:14 [ARG] | AA:1301 [U] | m:17 [ILE] | a:1311 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:17 [VAL] | AA:1330 [U] | m:20 [THR] | a:1340 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:17 [VAL] | AA:1331 [G] | m:20 [THR] | a:1341 [G] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:22 [ILE] | AA:1331 [G] | m:23 [TYR] | a:1341 [G] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:22 [ILE] | AA:1329 [A] | m:23 [TYR] | a:1339 [A] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:25 [ILE] | AA:1328 [C] | m:24 [GLY] | a:1338 [C] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:27 [LYS] | AA:1331 [G] | m:26 [GLY] | a:1341 [G] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:27 [LYS] | AA:1330 [U] | m:26 [GLY] | a:1340 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:28 [ALA] | AA:1330 [U] | m:27 [THR] | a:1340 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:28 [ALA] | AA:1331 [G] | m:27 [THR] | a:1341 [G] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:70 [LEU] | AA:1309 [G] | m:73 [THR] | a:1319 [G] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:97 [PRO] | AA:1226 [C] | m:96 [PRO] | a:1236 [C] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:97 [PRO] | AA:949 [A] | m:96 [PRO] | a:958 [A] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:99 [ARG] | AA:1322 [C] | m:99 [GLY] | a:1332 [C] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:99 [ARG] | AA:1321 [C] | m:99 [GLY] | a:1331 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:99 [ARG] | AA:1225 [A] | m:99 [GLY] | a:1235 [A] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:99 [ARG] | AA:1224 [G] | m:99 [GLY] | a:1234 [U] | ❌ 4W2F_AM_AA |
| AM:12 [ASN] | AA:1297 [C] | m:12 [GLU] | a:1307 [U] | ❌ 6S0X_m:12, 6S0X_a:1307 no longer at interface |
| AM:13 [LYS] | AA:1297 [C] | m:13 [LYS] | a:1307 [U] | ❌ 6S0X_a:1307 no longer at interface |
| AM:13 [LYS] | AA:1299 [A] | m:13 [LYS] | a:1309 [A] | ❌ 6S0X_a:1309 no longer at interface |
| AM:44 [ARG] | AA:1297 [C] | m:44 [ARG] | a:1307 [U] | ❌ 6S0X_m:44, 6S0X_a:1307 no longer at interface |
| AM:109 [THR] | AA:1306 [A] | m:107 [ARG] | a:1316 [A] | ❌ 6S0X_a:1316 no longer at interface |
| AM:109 [THR] | AA:1332 [A] | m:107 [ARG] | a:1342 [A] | ❌ 6S0X_a:1342 no longer at interface |
| AM:107 [ALA] | AA:1231 [G] | m:105 [ASN] | a:1241 [G] | ❌ 4W2F_AA:1231 no longer at interface |
| AM:28 [ALA] | AA:1327 [C] | m:27 [THR] | a:1337 [A] | ❌ 4W2F_AA:1327 no longer at interface |
| AM:32 [GLU] | AA:1267 [C] | m:32 [LYS] | a:1277 [C] | ❌ 4W2F_AM:32, 4W2F_AA:1267 no longer at interface |
| AM:92 [HIS] | AA:1308 [U] | m:92 [ARG] | a:1318 [U] | ❌ 6S0X_m:92 no longer at interface |
| AM:92 [HIS] | AA:1309 [G] | m:92 [ARG] | a:1319 [G] | ❌ 6S0X_m:92 no longer at interface |
| AM:80 [ARG] | AA:1310 [G] | m:84 [SER] | a:1320 [U] | ❌ 6S0X_m:84 no longer at interface |
| AM:78 [ILE] | AA:1308 [U] | m:81 [MET] | a:1318 [U] | ❌ 6S0X_m:81 no longer at interface |
| AM:78 [ILE] | AA:1309 [G] | m:81 [MET] | a:1319 [G] | ❌ 6S0X_m:81 no longer at interface |
| AM:73 [GLU] | AA:1309 [G] | m:76 [ASN] | a:1319 [G] | ❌ 6S0X_m:76 no longer at interface |
| AM:44 [ARG] | AA:1295 [G] | m:44 [ARG] | a:1305 [U] | ❌ 6S0X_m:44 no longer at interface |
| AM:44 [ARG] | AA:1296 [C] | m:44 [ARG] | a:1306 [C] | ❌ 6S0X_m:44 no longer at interface |
| AM:81 [LEU] | AA:1309 [G] | m:85 [SER] | a:1319 [G] | ❌ 6S0X_m:85 no longer at interface |
| AM:81 [LEU] | AA:1310 [G] | m:85 [SER] | a:1320 [U] | ❌ 6S0X_m:85 no longer at interface |
| AM:112 [GLY] | AA:1226 [C] | m:110 [LYS] | a:1236 [C] | ❌ 4W2F_AM:112 no longer at interface |
| AM:112 [GLY] | AA:1227 [A] | m:110 [LYS] | a:1237 [A] | ❌ 4W2F_AM:112 no longer at interface |
| AM:112 [GLY] | AA:1228 [C] | m:110 [LYS] | a:1238 [C] | ❌ 4W2F_AM:112 no longer at interface |
| AM:15 [VAL] | AA:1302 [U] | m:18 [SER] | a:1312 [U] | ❌ 4W2F_AM:15 no longer at interface |
| AM:18 [ALA] | AA:1330 [U] | m:21 [TYR] | a:1340 [U] | ❌ 4W2F_AM:18 no longer at interface |
| AM:18 [ALA] | AA:1331 [G] | m:21 [TYR] | a:1341 [G] | ❌ 4W2F_AM:18 no longer at interface |
| AM:18 [ALA] | AA:1301 [U] | m:21 [TYR] | a:1311 [U] | ❌ 4W2F_AM:18 no longer at interface |
| AM:18 [ALA] | AA:1302 [U] | m:21 [TYR] | a:1312 [U] | ❌ 4W2F_AM:18 no longer at interface |
| AM:19 [LEU] | AA:1331 [G] | m:22 [ILE] | a:1341 [G] | ❌ 4W2F_AM:19 no longer at interface |
| AM:19 [LEU] | AA:1329 [A] | m:22 [ILE] | a:1339 [A] | ❌ 4W2F_AM:19 no longer at interface |
| AM:19 [LEU] | AA:1330 [U] | m:22 [ILE] | a:1340 [U] | ❌ 4W2F_AM:19 no longer at interface |
| AM:31 [LYS] | AA:1328 [C] | m:30 [ALA] | a:1338 [C] | ❌ 4W2F_AM:31 no longer at interface |
| AM:32 [GLU] | AA:1328 [C] | m:32 [LYS] | a:1338 [C] | ❌ 4W2F_AM:32 no longer at interface |
| AM:33 [ALA] | AA:1329 [A] | m:33 [ILE] | a:1339 [A] | ❌ 4W2F_AM:33 no longer at interface |
| AM:60 [VAL] | AA:1329 [A] | m:63 [TYR] | a:1339 [A] | ❌ 4W2F_AM:60 no longer at interface |
| AM:65 [LYS] | AA:1329 [A] | m:69 [LEU] | a:1339 [A] | ❌ 4W2F_AM:65 no longer at interface |
| AM:76 [ALA] | AA:1310 [G] | m:79 [ARG] | a:1320 [U] | ❌ 4W2F_AM:76 no longer at interface |
| AM:82 [MET] | AA:1226 [C] | m:86 [TYR] | a:1236 [C] | ❌ 4W2F_AM:82 no longer at interface |
| AM:82 [MET] | AA:1320 [C] | m:86 [TYR] | a:1330 [C] | ❌ 4W2F_AM:82 no longer at interface |
| AM:82 [MET] | AA:1225 [A] | m:86 [TYR] | a:1235 [A] | ❌ 4W2F_AM:82 no longer at interface |
| AM:82 [MET] | AA:1321 [C] | m:86 [TYR] | a:1331 [U] | ❌ 4W2F_AM:82 no longer at interface |
| AM:95 [GLY] | AA:1226 [C] | m:94 [GLY] | a:1236 [C] | ❌ 4W2F_AM:95 no longer at interface |
| AM:95 [GLY] | AA:1227 [A] | m:94 [GLY] | a:1237 [A] | ❌ 4W2F_AM:95 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.94 | 4.98 | 0.11 | 0.78 | 0.96 | 0.59 | 0.89 | 0.32 | 0.16 | 0.05 | 0.38 |
Other pairs involving 4W2F_AM_AA or 6S0X_m_a
Total number of entries: 8
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4W2F_AM_AA | 6S0X_m_a | 0.32 | 0.94 | 4.98 | 0.11 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4W2F_AM_AA | 4Y4O_1m_1a | 0.97 | 1.0 | 0.98 | 0.96 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4W2F_AM_AA | 7O7Y_Ar_A2 | 0.77 | 0.93 | 1.79 | 0.4 | H2TH | compare | |
| 4W2F_AM_AA | 7K00_M_A | 0.94 | 0.98 | 0.62 | 0.76 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1m_1a | 6S0X_m_a | 0.31 | 0.94 | 5.62 | 0.11 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_m_a | 7RYG_m_a | 0.54 | 0.95 | 4.63 | 0.3 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_m_a | 7O7Y_Ar_A2 | 0.43 | 0.89 | 4.78 | 0.07 | H2TH | compare | |
| 6S0X_m_a | 7K00_M_A | 0.33 | 0.94 | 5.26 | 0.2 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |