RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group96 > 4Y4O_1m_1a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4Y4O_1m
4Y4O_1a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
1m:12 [ASN] 1a:1297 [C] 4.51 57.6
1m:13 [LYS] 1a:1297 [C] 4.4 56.26
1m:13 [LYS] 1a:1299 [A] 4.97 1a:1239 [A] 56.26
1m:13 [LYS] 1a:1301 [U] 4.27 1a:1238 [A] 56.26
1m:13 [LYS] 1a:1302 [U] 3.2 56.26
1m:14 [ARG] 1a:1295 [G] 2.99 1a:1242 [C] 49.16
1m:14 [ARG] 1a:1296 [C] 3.93 1a:1241 [G] 49.16
1m:14 [ARG] 1a:1302 [U] 3.73 49.16
1m:17 [VAL] 1a:1302 [U] 3.44 8.43
1m:20 [THR] 1a:1330 [U] 4.17 1a:1307 [U] 66.06
1m:21 [TYR] 1a:1301 [U] 3.5 1a:1238 [A] 23.44
1m:21 [TYR] 1a:1302 [U] 2.67 23.44
1m:22 [ILE] 1a:1329 [A] 4.78 1a:1308 [U] 86.57
1m:22 [ILE] 1a:1330 [U] 2.86 1a:1307 [U] 86.57
1m:23 [TYR] 1a:1329 [A] 4.58 1a:1308 [U] 56.2
1m:23 [TYR] 1a:1330 [U] 3.4 1a:1307 [U] 56.2
1m:23 [TYR] 1a:1331 [G] 3.84 1a:1306 [A] 56.2
1m:24 [GLY] 1a:1329 [A] 3.0 1a:1308 [U] 99.0
1m:24 [GLY] 1a:1330 [U] 3.02 1a:1307 [U] 99.0
1m:25 [ILE] 1a:1329 [A] 3.32 1a:1308 [U] 86.59
1m:25 [ILE] 1a:1330 [U] 3.27 1a:1307 [U] 86.59
1m:26 [GLY] 1a:1329 [A] 3.04 1a:1308 [U] 85.33
1m:26 [GLY] 1a:1330 [U] 3.35 1a:1307 [U] 85.33
1m:27 [LYS] 1a:1302 [U] 4.39 8.5
1m:27 [LYS] 1a:1329 [A] 3.8 1a:1308 [U] 8.5
1m:28 [ALA] 1a:1328 [C] 3.28 1a:1309 [G] 42.07
1m:28 [ALA] 1a:1329 [A] 3.24 1a:1308 [U] 42.07
1m:29 [ARG] 1a:1328 [C] 3.39 1a:1309 [G] 49.12
1m:29 [ARG] 1a:1329 [A] 2.77 1a:1308 [U] 49.12
1m:30 [ALA] 1a:1329 [A] 4.8 1a:1308 [U] 83.58
1m:44 [ARG] 1a:1296 [C] 3.01 1a:1241 [G] 58.36
1m:44 [ARG] 1a:1297 [C] 2.97 58.36
1m:70 [LEU] 1a:1329 [A] 3.82 1a:1308 [U] 90.1
1m:71 [ARG] 1a:1331 [G] 4.97 1a:1306 [A] 61.96
1m:74 [VAL] 1a:1308 [U] 4.59 1a:1329 [A] 34.09
1m:74 [VAL] 1a:1309 [G] 3.5 1a:1328 [C] 34.09
1m:77 [ASN] 1a:1309 [G] 3.43 1a:1328 [C] sugar:SC 78.04
1m:77 [ASN] 1a:1310 [G] 3.35 1a:1327 [C] 78.04
1m:78 [ILE] 1a:1308 [U] 4.02 1a:1329 [A] 85.05
1m:78 [ILE] 1a:1309 [G] 3.98 1a:1328 [C] 85.05
1m:80 [ARG] 1a:1310 [G] 4.41 1a:1327 [C] 64.75
1m:81 [LEU] 1a:1309 [G] 4.3 1a:1328 [C] 63.6
1m:81 [LEU] 1a:1310 [G] 4.41 1a:1327 [C] 63.6
1m:87 [TYR] 1a:1320 [C] 3.81 79.27
1m:87 [TYR] 1a:1321 [C] 3.41 79.27
1m:87 [TYR] 1a:1322 [C] 4.22 79.27
1m:88 [ARG] 1a:1309 [G] 2.89 1a:1328 [C] 84.88
1m:88 [ARG] 1a:1310 [G] 2.51 1a:1327 [C] 84.88
1m:91 [ARG] 1a:1225 [A] 4.43 1a:955 [U] 99.0
1m:91 [ARG] 1a:1226 [C] 2.78 1a:954 [G] 99.0
1m:92 [HIS] 1a:1308 [U] 3.19 1a:1329 [A] 90.17
1m:92 [HIS] 1a:1309 [G] 2.99 1a:1328 [C] 90.17
1m:94 [ARG] 1a:1227 [A] 4.81 7.68
1m:96 [LEU] 1a:1226 [C] 3.38 1a:954 [G] 85.5
1m:96 [LEU] 1a:1227 [A] 4.02 85.5
1m:96 [LEU] 1a:1308 [U] 4.94 1a:1329 [A] 85.5
1m:97 [PRO] 1a:1307 [U] 4.87 1a:1330 [U] 92.44
1m:97 [PRO] 1a:1308 [U] 3.39 1a:1329 [A] 92.44
1m:98 [VAL] 1a:1307 [U] 4.88 1a:1330 [U] 81.04
1m:98 [VAL] 1a:1308 [U] 2.5 1a:1329 [A] 81.04
1m:98 [VAL] 1a:1309 [G] 4.21 1a:1328 [C] 81.04
1m:98 [VAL] 1a:1321 [C] 4.81 81.04
1m:99 [ARG] 1a:1308 [U] 3.29 1a:1329 [A] base/AA stacks 96.31
1m:99 [ARG] 1a:1309 [G] 2.74 1a:1328 [C] base:SC 96.31
1m:99 [ARG] 1a:1323 [G] 4.24 1a:1314 [C] 96.31
1m:100 [GLY] 1a:1224 [G] 4.22 98.45
1m:100 [GLY] 1a:1322 [C] 3.87 98.45
1m:100 [GLY] 1a:1323 [G] 4.27 1a:1314 [C] 98.45
1m:101 [GLN] 1a:949 [A] 3.34 1a:1232 [U] 98.98
1m:101 [GLN] 1a:1225 [A] 3.99 1a:955 [U] 98.98
1m:101 [GLN] 1a:1307 [U] 2.69 1a:1330 [U] 98.98
1m:101 [GLN] 1a:1308 [U] 3.03 1a:1329 [A] 98.98
1m:101 [GLN] 1a:1322 [C] 4.97 98.98
1m:102 [ARG] 1a:949 [A] 3.95 1a:1232 [U] 95.27
1m:102 [ARG] 1a:950 [U] 3.11 1a:1231 [G] base/AA stacks 95.27
1m:102 [ARG] 1a:951 [G] 3.14 1a:1230 [C] 95.27
1m:102 [ARG] 1a:952 [U] 4.34 1a:1229 [A] 95.27
1m:102 [ARG] 1a:1224 [G] 4.67 95.27
1m:102 [ARG] 1a:1225 [A] 3.54 1a:955 [U] 95.27
1m:103 [THR] 1a:1225 [A] 2.88 1a:955 [U] 98.48
1m:103 [THR] 1a:1226 [C] 2.31 1a:954 [G] sugar:BB 98.48
1m:104 [ARG] 1a:952 [U] 3.19 1a:1229 [A] base/AA stacks 77.23
1m:104 [ARG] 1a:953 [G] 2.72 1a:1228 [C] base:SC, base:SC 77.23
1m:104 [ARG] 1a:954 [G] 3.55 1a:1226 [C] base/AA stacks 77.23
1m:104 [ARG] 1a:1224 [G] 4.14 77.23
1m:104 [ARG] 1a:1225 [A] 3.92 1a:955 [U] 77.23
1m:104 [ARG] 1a:1226 [C] 3.12 1a:954 [G] 77.23
1m:104 [ARG] 1a:1228 [C] 2.81 1a:953 [G] base:BB 77.23
1m:104 [ARG] 1a:1229 [A] 3.86 1a:952 [U] 77.23
1m:105 [THR] 1a:950 [U] 2.65 1a:1231 [G] base:SC 89.15
1m:105 [THR] 1a:951 [G] 3.45 1a:1230 [C] 89.15
1m:105 [THR] 1a:952 [U] 3.57 1a:1229 [A] 89.15
1m:105 [THR] 1a:1229 [A] 3.46 1a:952 [U] 89.15
1m:105 [THR] 1a:1230 [C] 3.52 1a:951 [G] 89.15
1m:106 [ASN] 1a:948 [C] 3.2 1a:1233 [G] base/AA stacks 97.66
1m:106 [ASN] 1a:949 [A] 2.93 1a:1232 [U] base:SC 97.66
1m:106 [ASN] 1a:950 [U] 4.09 1a:1231 [G] 97.66
1m:107 [ALA] 1a:948 [C] 3.36 1a:1233 [G] 87.81
1m:107 [ALA] 1a:949 [A] 4.66 1a:1232 [U] 87.81
1m:108 [ARG] 1a:947 [G] 3.25 1a:1234 [C] 74.21
1m:108 [ARG] 1a:948 [C] 2.96 1a:1233 [G] 74.21
1m:108 [ARG] 1a:1227 [A] 4.61 74.21
1m:108 [ARG] 1a:1228 [C] 2.75 1a:953 [G] 74.21
1m:109 [THR] 1a:947 [G] 2.72 1a:1234 [C] 89.85
1m:109 [THR] 1a:948 [C] 3.11 1a:1233 [G] 89.85
1m:109 [THR] 1a:1306 [A] 2.81 1a:1331 [G] sugar:SC 89.85
1m:109 [THR] 1a:1307 [U] 3.5 1a:1330 [U] 89.85
1m:109 [THR] 1a:1332 [A] 4.29 1a:1305 [G] 89.85
1m:110 [ARG] 1a:948 [C] 4.57 1a:1233 [G] 65.26
1m:110 [ARG] 1a:1307 [U] 3.42 1a:1330 [U] sugar:SC 65.26
1m:110 [ARG] 1a:1308 [U] 3.81 1a:1329 [A] 65.26
1m:111 [LYS] 1a:1226 [C] 3.21 1a:954 [G] 80.1
1m:111 [LYS] 1a:1227 [A] 3.13 80.1
1m:111 [LYS] 1a:1228 [C] 2.73 1a:953 [G] 80.1
1m:112 [GLY] 1a:1228 [C] 4.95 1a:953 [G] 74.62
1m:113 [PRO] 1a:1228 [C] 4.69 1a:953 [G] 14.87
1m:114 [ARG] 1a:945 [G] 4.84 1a:1236 [A] 38.58
1m:114 [ARG] 1a:946 [A] 3.74 1a:1235 [U] 38.58
1m:114 [ARG] 1a:947 [G] 3.6 1a:1234 [C] 38.58
1m:114 [ARG] 1a:1228 [C] 3.91 1a:953 [G] 38.58
1m:114 [ARG] 1a:1229 [A] 3.67 1a:952 [U] 38.58
1m:115 [LYS] 1a:1227 [A] 3.62 50.72
1m:115 [LYS] 1a:1228 [C] 2.98 1a:953 [G] 50.72
1m:116 [THR] 1a:1227 [A] 4.7 40.2
1m:117 [VAL] 1a:1227 [A] 3.43 45.96
1m:117 [VAL] 1a:1228 [C] 4.53 1a:953 [G] 45.96

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group96 4Y4O_1m_1a 1m: 30s ribosomal protein s13, Thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (natural) 1a: 16s ribosomal RNA, Thermus thermophilus hb8 (natural) P80377 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4W2F_AM_AA 4Y4O_1m_1a 0.97 1.0 0.98 0.96 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1m_1a 6S0X_m_a 0.31 0.94 5.62 0.11 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1m_1a 7K00_M_A 0.95 0.98 1.11 0.76 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1m_1a 7O7Y_Ar_A2 0.73 0.93 2.02 0.4 H2TH compare