RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group96 > 4Y4O_1m_1a vs 7K00_M_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1m
4Y4O_1a
7K00_M
7K00_A
Conserved?
1m:114 [ARG] 1a:946 [A] M:113 [ARG] A:946 [A] ✔
1m:114 [ARG] 1a:947 [G] M:113 [ARG] A:947 [G] ✔
1m:114 [ARG] 1a:1228 [C] M:113 [ARG] A:1228 [C] ✔
1m:114 [ARG] 1a:1229 [A] M:113 [ARG] A:1229 [A] ✔
1m:96 [LEU] 1a:1226 [C] M:95 [LEU] A:1226 [C] ✔
1m:96 [LEU] 1a:1227 [A] M:95 [LEU] A:1227 [A] ✔
1m:96 [LEU] 1a:1308 [U] M:95 [LEU] A:1308 [U] ✔
1m:23 [TYR] 1a:1329 [A] M:23 [TYR] A:1329 [A] ✔
1m:23 [TYR] 1a:1330 [U] M:23 [TYR] A:1330 [U] ✔
1m:23 [TYR] 1a:1331 [G] M:23 [TYR] A:1331 [G] ✔
1m:111 [LYS] 1a:1226 [C] M:110 [LYS] A:1226 [C] ✔
1m:111 [LYS] 1a:1227 [A] M:110 [LYS] A:1227 [A] ✔
1m:111 [LYS] 1a:1228 [C] M:110 [LYS] A:1228 [C] ✔
1m:20 [THR] 1a:1330 [U] M:20 [THR] A:1330 [U] ✔
1m:115 [LYS] 1a:1227 [A] M:114 [LYS] A:1227 [A] ✔
1m:115 [LYS] 1a:1228 [C] M:114 [LYS] A:1228 [C] ✔
1m:77 [ASN] 1a:1309 [G] M:76 [SER] A:1309 [G] ✔
1m:77 [ASN] 1a:1310 [G] M:76 [SER] A:1310 [G] ✔
1m:108 [ARG] 1a:947 [G] M:107 [ARG] A:947 [G] ✔
1m:108 [ARG] 1a:948 [C] M:107 [ARG] A:948 [C] ✔
1m:108 [ARG] 1a:1228 [C] M:107 [ARG] A:1228 [C] ✔
1m:74 [VAL] 1a:1309 [G] M:73 [ILE] A:1309 [G] ✔
1m:30 [ALA] 1a:1329 [A] M:30 [SER] A:1329 [A] ✔
1m:24 [GLY] 1a:1329 [A] M:24 [GLY] A:1329 [A] ✔
1m:24 [GLY] 1a:1330 [U] M:24 [GLY] A:1330 [U] ✔
1m:27 [LYS] 1a:1329 [A] M:27 [LYS] A:1329 [A] ✔
1m:87 [TYR] 1a:1320 [C] M:86 [TYR] A:1320 [C] ✔
1m:87 [TYR] 1a:1321 [C] M:86 [TYR] A:1321 [U] ✔
1m:87 [TYR] 1a:1322 [C] M:86 [TYR] A:1322 [C] ✔
1m:88 [ARG] 1a:1309 [G] M:87 [ARG] A:1309 [G] ✔
1m:88 [ARG] 1a:1310 [G] M:87 [ARG] A:1310 [G] ✔
1m:105 [THR] 1a:950 [U] M:104 [THR] A:950 [U] ✔
1m:105 [THR] 1a:951 [G] M:104 [THR] A:951 [G] ✔
1m:105 [THR] 1a:952 [U] M:104 [THR] A:952 [U] ✔
1m:105 [THR] 1a:1229 [A] M:104 [THR] A:1229 [A] ✔
1m:105 [THR] 1a:1230 [C] M:104 [THR] A:1230 [C] ✔
1m:14 [ARG] 1a:1295 [G] M:14 [HIS] A:1295 [U] ✔
1m:14 [ARG] 1a:1296 [C] M:14 [HIS] A:1296 [C] ✔
1m:14 [ARG] 1a:1302 [U] M:14 [HIS] A:1302 [C] ✔
1m:116 [THR] 1a:1227 [A] M:115 [PRO] A:1227 [A] ✔
1m:107 [ALA] 1a:948 [C] M:106 [ALA] A:948 [C] ✔
1m:107 [ALA] 1a:949 [A] M:106 [ALA] A:949 [A] ✔
1m:103 [THR] 1a:1225 [A] M:102 [THR] A:1225 [A] ✔
1m:103 [THR] 1a:1226 [C] M:102 [THR] A:1226 [C] ✔
1m:99 [ARG] 1a:1308 [U] M:98 [ARG] A:1308 [U] ✔
1m:99 [ARG] 1a:1309 [G] M:98 [ARG] A:1309 [G] ✔
1m:99 [ARG] 1a:1323 [G] M:98 [ARG] A:1323 [G] ✔
1m:104 [ARG] 1a:952 [U] M:103 [LYS] A:952 [U] ✔
1m:104 [ARG] 1a:953 [G] M:103 [LYS] A:953 [G] ✔
1m:104 [ARG] 1a:954 [G] M:103 [LYS] A:954 [G] ✔
1m:104 [ARG] 1a:1224 [G] M:103 [LYS] A:1224 [U] ✔
1m:104 [ARG] 1a:1225 [A] M:103 [LYS] A:1225 [A] ✔
1m:104 [ARG] 1a:1226 [C] M:103 [LYS] A:1226 [C] ✔
1m:104 [ARG] 1a:1228 [C] M:103 [LYS] A:1228 [C] ✔
1m:104 [ARG] 1a:1229 [A] M:103 [LYS] A:1229 [A] ✔
1m:28 [ALA] 1a:1328 [C] M:28 [THR] A:1328 [C] ✔
1m:28 [ALA] 1a:1329 [A] M:28 [THR] A:1329 [A] ✔
1m:92 [HIS] 1a:1308 [U] M:91 [HIS] A:1308 [U] ✔
1m:92 [HIS] 1a:1309 [G] M:91 [HIS] A:1309 [G] ✔
1m:97 [PRO] 1a:1307 [U] M:96 [PRO] A:1307 [U] ✔
1m:97 [PRO] 1a:1308 [U] M:96 [PRO] A:1308 [U] ✔
1m:29 [ARG] 1a:1328 [C] M:29 [ARG] A:1328 [C] ✔
1m:29 [ARG] 1a:1329 [A] M:29 [ARG] A:1329 [A] ✔
1m:80 [ARG] 1a:1310 [G] M:79 [ARG] A:1310 [G] ✔
1m:117 [VAL] 1a:1227 [A] M:116 [ILE] A:1227 [A] ✔
1m:117 [VAL] 1a:1228 [C] M:116 [ILE] A:1228 [C] ✔
1m:12 [ASN] 1a:1297 [C] M:12 [HIS] A:1297 [G] ✔
1m:22 [ILE] 1a:1330 [U] M:22 [ILE] A:1330 [U] ✔
1m:102 [ARG] 1a:949 [A] M:101 [ARG] A:949 [A] ✔
1m:102 [ARG] 1a:950 [U] M:101 [ARG] A:950 [U] ✔
1m:102 [ARG] 1a:951 [G] M:101 [ARG] A:951 [G] ✔
1m:102 [ARG] 1a:1224 [G] M:101 [ARG] A:1224 [U] ✔
1m:102 [ARG] 1a:1225 [A] M:101 [ARG] A:1225 [A] ✔
1m:78 [ILE] 1a:1308 [U] M:77 [ILE] A:1308 [U] ✔
1m:78 [ILE] 1a:1309 [G] M:77 [ILE] A:1309 [G] ✔
1m:100 [GLY] 1a:1224 [G] M:99 [GLY] A:1224 [U] ✔
1m:100 [GLY] 1a:1322 [C] M:99 [GLY] A:1322 [C] ✔
1m:100 [GLY] 1a:1323 [G] M:99 [GLY] A:1323 [G] ✔
1m:26 [GLY] 1a:1329 [A] M:26 [GLY] A:1329 [A] ✔
1m:26 [GLY] 1a:1330 [U] M:26 [GLY] A:1330 [U] ✔
1m:17 [VAL] 1a:1302 [U] M:17 [ILE] A:1302 [C] ✔
1m:110 [ARG] 1a:948 [C] M:109 [ARG] A:948 [C] ✔
1m:110 [ARG] 1a:1307 [U] M:109 [ARG] A:1307 [U] ✔
1m:110 [ARG] 1a:1308 [U] M:109 [ARG] A:1308 [U] ✔
1m:91 [ARG] 1a:1225 [A] M:90 [ARG] A:1225 [A] ✔
1m:91 [ARG] 1a:1226 [C] M:90 [ARG] A:1226 [C] ✔
1m:113 [PRO] 1a:1228 [C] M:112 [PRO] A:1228 [C] ✔
1m:106 [ASN] 1a:948 [C] M:105 [ASN] A:948 [C] ✔
1m:106 [ASN] 1a:949 [A] M:105 [ASN] A:949 [A] ✔
1m:106 [ASN] 1a:950 [U] M:105 [ASN] A:950 [U] ✔
1m:13 [LYS] 1a:1301 [U] M:13 [LYS] A:1301 [U] ✔
1m:13 [LYS] 1a:1302 [U] M:13 [LYS] A:1302 [C] ✔
1m:70 [LEU] 1a:1329 [A] M:69 [LEU] A:1329 [A] ✔
1m:25 [ILE] 1a:1329 [A] M:25 [VAL] A:1329 [A] ✔
1m:25 [ILE] 1a:1330 [U] M:25 [VAL] A:1330 [U] ✔
1m:81 [LEU] 1a:1309 [G] M:80 [LEU] A:1309 [G] ✔
1m:81 [LEU] 1a:1310 [G] M:80 [LEU] A:1310 [G] ✔
1m:101 [GLN] 1a:949 [A] M:100 [GLN] A:949 [A] ✔
1m:101 [GLN] 1a:1225 [A] M:100 [GLN] A:1225 [A] ✔
1m:101 [GLN] 1a:1307 [U] M:100 [GLN] A:1307 [U] ✔
1m:101 [GLN] 1a:1308 [U] M:100 [GLN] A:1308 [U] ✔
1m:109 [THR] 1a:947 [G] M:108 [THR] A:947 [G] ✔
1m:109 [THR] 1a:948 [C] M:108 [THR] A:948 [C] ✔
1m:109 [THR] 1a:1306 [A] M:108 [THR] A:1306 [A] ✔
1m:109 [THR] 1a:1307 [U] M:108 [THR] A:1307 [U] ✔
1m:109 [THR] 1a:1332 [A] M:108 [THR] A:1332 [A] ✔
1m:98 [VAL] 1a:1307 [U] M:97 [VAL] A:1307 [U] ✔
1m:98 [VAL] 1a:1308 [U] M:97 [VAL] A:1308 [U] ✔
1m:98 [VAL] 1a:1309 [G] M:97 [VAL] A:1309 [G] ✔
1m:98 [VAL] 1a:1321 [C] M:97 [VAL] A:1321 [U] ✔
1m:108 [ARG] 1a:1227 [A] M:107 [ARG] A:1227 [A] ❌ 7K00_M_A
1m:74 [VAL] 1a:1308 [U] M:73 [ILE] A:1308 [U] ❌ 7K00_M_A
1m:27 [LYS] 1a:1302 [U] M:27 [LYS] A:1302 [C] ❌ 7K00_M_A
1m:22 [ILE] 1a:1329 [A] M:22 [ILE] A:1329 [A] ❌ 7K00_M_A
1m:102 [ARG] 1a:952 [U] M:101 [ARG] A:952 [U] ❌ 7K00_M_A
1m:13 [LYS] 1a:1297 [C] M:13 [LYS] A:1297 [G] ❌ 7K00_M_A
1m:101 [GLN] 1a:1322 [C] M:100 [GLN] A:1322 [C] ❌ 7K00_M_A
1m:116 [THR] 1a:1228 [C] M:115 [PRO] A:1228 [C] ❌ 4Y4O_1m_1a
1m:114 [ARG] 1a:945 [G] M:113 [ARG] A:945 [G] ❌ 7K00_A:945 no longer at interface
1m:13 [LYS] 1a:1299 [A] M:13 [LYS] A:1299 [A] ❌ 7K00_A:1299 no longer at interface
1m:28 [ALA] 1a:1327 [C] M:28 [THR] A:1327 [C] ❌ 4Y4O_1a:1327 no longer at interface
1m:94 [ARG] 1a:1227 [A] M:93 [ARG] A:1227 [A] ❌ 7K00_M:93 no longer at interface
1m:71 [ARG] 1a:1331 [G] M:70 [ARG] A:1331 [G] ❌ 7K00_M:70 no longer at interface
1m:21 [TYR] 1a:1301 [U] M:21 [SER] A:1301 [U] ❌ 7K00_M:21 no longer at interface
1m:21 [TYR] 1a:1302 [U] M:21 [SER] A:1302 [C] ❌ 7K00_M:21 no longer at interface
1m:44 [ARG] 1a:1296 [C] M:44 [LYS] A:1296 [C] ❌ 7K00_M:44 no longer at interface
1m:44 [ARG] 1a:1297 [C] M:44 [LYS] A:1297 [G] ❌ 7K00_M:44 no longer at interface
1m:112 [GLY] 1a:1228 [C] M:111 [GLY] A:1228 [C] ❌ 7K00_M:111 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.98 1.11 0.76 0.97 0.98 1.0 0.97 0.95 0.93 0.64 0.56


Other pairs involving 4Y4O_1m_1a or 7K00_M_A

Total number of entries: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4W2F_AM_AA 4Y4O_1m_1a 0.97 1.0 0.98 0.96 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1m_1a 6S0X_m_a 0.31 0.94 5.62 0.11 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_m_a 7K00_M_A 0.33 0.94 5.26 0.2 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4W2F_AM_AA 7K00_M_A 0.94 0.98 0.62 0.76 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1m_1a 7K00_M_A 0.95 0.98 1.11 0.76 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_M_A 7O7Y_Ar_A2 0.73 0.92 1.92 0.44 H2TH compare
4Y4O_1m_1a 7O7Y_Ar_A2 0.73 0.93 2.02 0.4 H2TH compare