Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0X_m
|
6S0X_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| m:13 [LYS] | a:1311 [U] | 3.75 | 63.19 | |||
| m:13 [LYS] | a:1312 [U] | 3.52 | 63.19 | |||
| m:14 [ARG] | a:1305 [U] | 2.48 | a:1252 [G] | sugar:SC, sugar:SC | 31.37 | |
| m:14 [ARG] | a:1306 [C] | 4.52 | a:1251 [G] | 31.37 | ||
| m:14 [ARG] | a:1312 [U] | 2.75 | base:SC | 31.37 | ||
| m:16 [VAL] | a:1312 [U] | 4.65 | 0.0 | |||
| m:17 [ILE] | a:1311 [U] | 4.54 | 27.72 | |||
| m:17 [ILE] | a:1312 [U] | 2.9 | 27.72 | |||
| m:18 [SER] | a:1312 [U] | 4.97 | 77.35 | |||
| m:20 [THR] | a:1312 [U] | 4.46 | 68.67 | |||
| m:20 [THR] | a:1340 [U] | 4.51 | a:1317 [U] | 68.67 | ||
| m:20 [THR] | a:1341 [G] | 4.37 | a:1316 [A] | 68.67 | ||
| m:21 [TYR] | a:1311 [U] | 2.4 | 12.78 | |||
| m:21 [TYR] | a:1312 [U] | 2.8 | 12.78 | |||
| m:21 [TYR] | a:1340 [U] | 2.97 | a:1317 [U] | 12.78 | ||
| m:21 [TYR] | a:1341 [G] | 3.03 | a:1316 [A] | 12.78 | ||
| m:22 [ILE] | a:1339 [A] | 4.05 | a:1318 [U] | 86.9 | ||
| m:22 [ILE] | a:1340 [U] | 2.85 | a:1317 [U] | 86.9 | ||
| m:22 [ILE] | a:1341 [G] | 4.72 | a:1316 [A] | 86.9 | ||
| m:23 [TYR] | a:1339 [A] | 3.24 | a:1318 [U] | 60.84 | ||
| m:23 [TYR] | a:1340 [U] | 3.27 | a:1317 [U] | 60.84 | ||
| m:23 [TYR] | a:1341 [G] | 3.91 | a:1316 [A] | 60.84 | ||
| m:24 [GLY] | a:1338 [C] | 4.62 | a:1320 [U] | 99.0 | ||
| m:24 [GLY] | a:1339 [A] | 2.84 | a:1318 [U] | 99.0 | ||
| m:24 [GLY] | a:1340 [U] | 4.07 | a:1317 [U] | 99.0 | ||
| m:25 [ILE] | a:1339 [A] | 3.61 | a:1318 [U] | 83.5 | ||
| m:25 [ILE] | a:1340 [U] | 3.34 | a:1317 [U] | 83.5 | ||
| m:26 [GLY] | a:1339 [A] | 3.31 | a:1318 [U] | 86.35 | ||
| m:26 [GLY] | a:1340 [U] | 3.12 | a:1317 [U] | 86.35 | ||
| m:26 [GLY] | a:1341 [G] | 4.64 | a:1316 [A] | 86.35 | ||
| m:27 [THR] | a:1337 [A] | 4.71 | a:1278 [G] | 36.38 | ||
| m:27 [THR] | a:1338 [C] | 2.86 | a:1320 [U] | 36.38 | ||
| m:27 [THR] | a:1339 [A] | 4.55 | a:1318 [U] | 36.38 | ||
| m:27 [THR] | a:1340 [U] | 3.84 | a:1317 [U] | 36.38 | ||
| m:27 [THR] | a:1341 [G] | 3.35 | a:1316 [A] | 36.38 | ||
| m:28 [SER] | a:1338 [C] | 2.98 | a:1320 [U] | 55.14 | ||
| m:28 [SER] | a:1339 [A] | 2.99 | a:1318 [U] | 55.14 | ||
| m:30 [ALA] | a:1338 [C] | 4.69 | a:1320 [U] | 79.56 | ||
| m:31 [GLN] | a:1277 [C] | 2.93 | 12.31 | |||
| m:31 [GLN] | a:1336 [U] | 4.91 | 12.31 | |||
| m:31 [GLN] | a:1337 [A] | 3.03 | a:1278 [G] | 12.31 | ||
| m:31 [GLN] | a:1338 [C] | 3.12 | a:1320 [U] | 12.31 | ||
| m:32 [LYS] | a:1277 [C] | 4.09 | 32.85 | |||
| m:32 [LYS] | a:1338 [C] | 3.43 | a:1320 [U] | 32.85 | ||
| m:33 [ILE] | a:1339 [A] | 4.44 | a:1318 [U] | 79.49 | ||
| m:63 [TYR] | a:1339 [A] | 3.62 | a:1318 [U] | 37.33 | ||
| m:69 [LEU] | a:1339 [A] | 4.49 | a:1318 [U] | 90.93 | ||
| m:73 [THR] | a:1319 [G] | 3.3 | sugar:SC | 48.01 | ||
| m:77 [ILE] | a:1318 [U] | 4.95 | a:1339 [A] | 80.65 | ||
| m:77 [ILE] | a:1319 [G] | 5.0 | 80.65 | |||
| m:79 [ARG] | a:1320 [U] | 3.53 | a:1338 [C] | 68.19 | ||
| m:80 [LEU] | a:1319 [G] | 4.64 | 70.15 | |||
| m:80 [LEU] | a:1320 [U] | 4.76 | a:1338 [C] | 70.15 | ||
| m:86 [TYR] | a:1235 [A] | 4.29 | a:964 [U] | 70.35 | ||
| m:86 [TYR] | a:1236 [C] | 3.26 | a:963 [G] | 70.35 | ||
| m:86 [TYR] | a:1330 [C] | 3.32 | 70.35 | |||
| m:86 [TYR] | a:1331 [U] | 3.55 | 70.35 | |||
| m:87 [ARG] | a:1318 [U] | 4.61 | a:1339 [A] | 88.48 | ||
| m:87 [ARG] | a:1319 [G] | 2.87 | 88.48 | |||
| m:87 [ARG] | a:1330 [C] | 5.0 | 88.48 | |||
| m:87 [ARG] | a:1331 [U] | 4.82 | 88.48 | |||
| m:91 [HIS] | a:1318 [U] | 2.79 | a:1339 [A] | sugar:SC | 89.26 | |
| m:91 [HIS] | a:1319 [G] | 3.43 | 89.26 | |||
| m:94 [GLY] | a:1236 [C] | 4.17 | a:963 [G] | 68.55 | ||
| m:94 [GLY] | a:1237 [A] | 2.93 | 68.55 | |||
| m:95 [LEU] | a:1236 [C] | 3.23 | a:963 [G] | 87.26 | ||
| m:95 [LEU] | a:1237 [A] | 4.49 | 87.26 | |||
| m:96 [PRO] | a:958 [A] | 4.72 | a:1242 [U] | 92.34 | ||
| m:96 [PRO] | a:1236 [C] | 4.93 | a:963 [G] | 92.34 | ||
| m:96 [PRO] | a:1318 [U] | 4.25 | a:1339 [A] | 92.34 | ||
| m:97 [VAL] | a:1317 [U] | 4.52 | a:1340 [U] | 83.84 | ||
| m:97 [VAL] | a:1318 [U] | 3.21 | a:1339 [A] | 83.84 | ||
| m:97 [VAL] | a:1319 [G] | 4.25 | 83.84 | |||
| m:97 [VAL] | a:1331 [U] | 4.28 | 83.84 | |||
| m:98 [ARG] | a:1317 [U] | 3.73 | a:1340 [U] | 95.85 | ||
| m:98 [ARG] | a:1318 [U] | 2.42 | a:1339 [A] | 95.85 | ||
| m:98 [ARG] | a:1319 [G] | 4.56 | 95.85 | |||
| m:98 [ARG] | a:1331 [U] | 3.95 | 95.85 | |||
| m:98 [ARG] | a:1332 [C] | 4.59 | 95.85 | |||
| m:98 [ARG] | a:1333 [G] | 3.08 | a:1324 [C] | 95.85 | ||
| m:99 [GLY] | a:1234 [U] | 2.89 | sugar:BB | 97.83 | ||
| m:99 [GLY] | a:1235 [A] | 4.36 | a:964 [U] | 97.83 | ||
| m:99 [GLY] | a:1331 [U] | 3.77 | 97.83 | |||
| m:99 [GLY] | a:1332 [C] | 2.96 | 97.83 | |||
| m:99 [GLY] | a:1333 [G] | 4.92 | a:1324 [C] | 97.83 | ||
| m:100 [GLN] | a:958 [A] | 3.22 | a:1242 [U] | 98.71 | ||
| m:100 [GLN] | a:959 [U] | 4.88 | a:1241 [G] | 98.71 | ||
| m:100 [GLN] | a:1234 [U] | 4.38 | 98.71 | |||
| m:100 [GLN] | a:1235 [A] | 2.84 | a:964 [U] | 98.71 | ||
| m:100 [GLN] | a:1317 [U] | 3.87 | a:1340 [U] | 98.71 | ||
| m:100 [GLN] | a:1318 [U] | 4.29 | a:1339 [A] | 98.71 | ||
| m:100 [GLN] | a:1332 [C] | 4.94 | 98.71 | |||
| m:100 [GLN] | a:1333 [G] | 4.71 | a:1324 [C] | 98.71 | ||
| m:101 [LYS] | a:958 [A] | 4.22 | a:1242 [U] | 89.55 | ||
| m:101 [LYS] | a:959 [U] | 4.88 | a:1241 [G] | 89.55 | ||
| m:101 [LYS] | a:1234 [U] | 4.42 | 89.55 | |||
| m:101 [LYS] | a:1235 [A] | 3.22 | a:964 [U] | 89.55 | ||
| m:102 [THR] | a:1234 [U] | 4.58 | 98.82 | |||
| m:102 [THR] | a:1235 [A] | 2.34 | a:964 [U] | 98.82 | ||
| m:102 [THR] | a:1236 [C] | 3.2 | a:963 [G] | 98.82 | ||
| m:102 [THR] | a:1238 [C] | 3.83 | a:962 [G] | 98.82 | ||
| m:103 [LYS] | a:960 [G] | 4.25 | a:979 [C] | 76.96 | ||
| m:103 [LYS] | a:961 [U] | 3.61 | a:1240 [C] | 76.96 | ||
| m:103 [LYS] | a:962 [G] | 3.11 | a:1238 [C] | base:SC | 76.96 | |
| m:103 [LYS] | a:963 [G] | 2.82 | a:1236 [C] | base:SC | 76.96 | |
| m:103 [LYS] | a:964 [U] | 4.9 | a:1235 [A] | 76.96 | ||
| m:103 [LYS] | a:1234 [U] | 4.87 | 76.96 | |||
| m:103 [LYS] | a:1235 [A] | 3.79 | a:964 [U] | 76.96 | ||
| m:103 [LYS] | a:1236 [C] | 3.14 | a:963 [G] | base:SC | 76.96 | |
| m:103 [LYS] | a:1238 [C] | 3.38 | a:962 [G] | 76.96 | ||
| m:104 [ASN] | a:961 [U] | 4.55 | a:1240 [C] | 83.57 | ||
| m:104 [ASN] | a:1238 [C] | 3.95 | a:962 [G] | 83.57 | ||
| m:104 [ASN] | a:1239 [A] | 3.27 | 83.57 | |||
| m:104 [ASN] | a:1240 [C] | 4.54 | a:961 [U] | 83.57 | ||
| m:105 [ASN] | a:957 [C] | 3.97 | a:1243 [G] | 95.23 | ||
| m:105 [ASN] | a:958 [A] | 3.29 | a:1242 [U] | 95.23 | ||
| m:105 [ASN] | a:959 [U] | 3.26 | a:1241 [G] | 95.23 | ||
| m:105 [ASN] | a:1241 [G] | 4.34 | a:959 [U] | 95.23 | ||
| m:106 [ALA] | a:956 [G] | 4.99 | a:1244 [C] | 85.45 | ||
| m:106 [ALA] | a:957 [C] | 3.19 | a:1243 [G] | 85.45 | ||
| m:106 [ALA] | a:958 [A] | 4.75 | a:1242 [U] | 85.45 | ||
| m:107 [ARG] | a:956 [G] | 4.22 | a:1244 [C] | 78.36 | ||
| m:107 [ARG] | a:957 [C] | 2.55 | a:1243 [G] | 78.36 | ||
| m:107 [ARG] | a:1238 [C] | 3.2 | a:962 [G] | 78.36 | ||
| m:107 [ARG] | a:1239 [A] | 2.8 | 78.36 | |||
| m:108 [THR] | a:956 [G] | 3.28 | a:1244 [C] | 89.37 | ||
| m:108 [THR] | a:957 [C] | 3.26 | a:1243 [G] | 89.37 | ||
| m:109 [ARG] | a:957 [C] | 4.1 | a:1243 [G] | 66.66 | ||
| m:110 [LYS] | a:1236 [C] | 4.63 | a:963 [G] | 76.07 | ||
| m:110 [LYS] | a:1237 [A] | 2.93 | 76.07 | |||
| m:110 [LYS] | a:1238 [C] | 3.34 | a:962 [G] | 76.07 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group96 | 6S0X_m_a | m: 30s ribosomal protein s13, Staphylococcus aureus (natural) a: 16s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | W8U8U6 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0X_m_a | 7RYG_m_a | 0.54 | 0.95 | 4.63 | 0.3 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_m_a | 7O7Y_Ar_A2 | 0.43 | 0.89 | 4.78 | 0.07 | H2TH | compare | |
| 6S0X_m_a | 7K00_M_A | 0.33 | 0.94 | 5.26 | 0.2 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4W2F_AM_AA | 6S0X_m_a | 0.32 | 0.94 | 4.98 | 0.11 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1m_1a | 6S0X_m_a | 0.31 | 0.94 | 5.62 | 0.11 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |