Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0X_m
|
6S0X_a
|
7K00_M
|
7K00_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| m:108 [THR] | a:957 [C] | M:109 [ARG] | A:948 [C] | ✔ |
| m:23 [TYR] | a:1340 [U] | M:22 [ILE] | A:1330 [U] | ✔ |
| m:20 [THR] | a:1312 [U] | M:17 [ILE] | A:1302 [C] | ✔ |
| m:101 [LYS] | a:958 [A] | M:100 [GLN] | A:949 [A] | ✔ |
| m:101 [LYS] | a:1235 [A] | M:100 [GLN] | A:1225 [A] | ✔ |
| m:24 [GLY] | a:1339 [A] | M:24 [GLY] | A:1329 [A] | ✔ |
| m:24 [GLY] | a:1340 [U] | M:24 [GLY] | A:1330 [U] | ✔ |
| m:95 [LEU] | a:1236 [C] | M:95 [LEU] | A:1226 [C] | ✔ |
| m:95 [LEU] | a:1237 [A] | M:95 [LEU] | A:1227 [A] | ✔ |
| m:28 [SER] | a:1338 [C] | M:28 [THR] | A:1328 [C] | ✔ |
| m:28 [SER] | a:1339 [A] | M:28 [THR] | A:1329 [A] | ✔ |
| m:107 [ARG] | a:956 [G] | M:108 [THR] | A:947 [G] | ✔ |
| m:107 [ARG] | a:957 [C] | M:108 [THR] | A:948 [C] | ✔ |
| m:17 [ILE] | a:1312 [U] | M:14 [HIS] | A:1302 [C] | ✔ |
| m:105 [ASN] | a:957 [C] | M:106 [ALA] | A:948 [C] | ✔ |
| m:105 [ASN] | a:958 [A] | M:106 [ALA] | A:949 [A] | ✔ |
| m:103 [LYS] | a:960 [G] | M:104 [THR] | A:951 [G] | ✔ |
| m:103 [LYS] | a:961 [U] | M:104 [THR] | A:952 [U] | ✔ |
| m:80 [LEU] | a:1319 [G] | M:76 [SER] | A:1309 [G] | ✔ |
| m:80 [LEU] | a:1320 [U] | M:76 [SER] | A:1310 [G] | ✔ |
| m:99 [GLY] | a:1333 [G] | M:98 [ARG] | A:1323 [G] | ✔ |
| m:96 [PRO] | a:1318 [U] | M:96 [PRO] | A:1308 [U] | ✔ |
| m:26 [GLY] | a:1339 [A] | M:26 [GLY] | A:1329 [A] | ✔ |
| m:26 [GLY] | a:1340 [U] | M:26 [GLY] | A:1330 [U] | ✔ |
| m:106 [ALA] | a:956 [G] | M:107 [ARG] | A:947 [G] | ✔ |
| m:106 [ALA] | a:957 [C] | M:107 [ARG] | A:948 [C] | ✔ |
| m:77 [ILE] | a:1319 [G] | M:73 [ILE] | A:1309 [G] | ✔ |
| m:97 [VAL] | a:1317 [U] | M:97 [VAL] | A:1307 [U] | ✔ |
| m:97 [VAL] | a:1318 [U] | M:97 [VAL] | A:1308 [U] | ✔ |
| m:97 [VAL] | a:1319 [G] | M:97 [VAL] | A:1309 [G] | ✔ |
| m:97 [VAL] | a:1331 [U] | M:97 [VAL] | A:1321 [U] | ✔ |
| m:27 [THR] | a:1339 [A] | M:27 [LYS] | A:1329 [A] | ✔ |
| m:13 [LYS] | a:1311 [U] | M:13 [LYS] | A:1301 [U] | ✔ |
| m:13 [LYS] | a:1312 [U] | M:13 [LYS] | A:1302 [C] | ✔ |
| m:102 [THR] | a:1235 [A] | M:102 [THR] | A:1225 [A] | ✔ |
| m:102 [THR] | a:1236 [C] | M:102 [THR] | A:1226 [C] | ✔ |
| m:100 [GLN] | a:1234 [U] | M:99 [GLY] | A:1224 [U] | ✔ |
| m:100 [GLN] | a:1332 [C] | M:99 [GLY] | A:1322 [C] | ✔ |
| m:100 [GLN] | a:1333 [G] | M:99 [GLY] | A:1323 [G] | ✔ |
| m:25 [ILE] | a:1339 [A] | M:25 [VAL] | A:1329 [A] | ✔ |
| m:25 [ILE] | a:1340 [U] | M:25 [VAL] | A:1330 [U] | ✔ |
| m:108 [THR] | a:956 [G] | M:109 [ARG] | A:947 [G] | ❌ 7K00_M_A |
| m:23 [TYR] | a:1339 [A] | M:22 [ILE] | A:1329 [A] | ❌ 7K00_M_A |
| m:23 [TYR] | a:1341 [G] | M:22 [ILE] | A:1331 [G] | ❌ 7K00_M_A |
| m:73 [THR] | a:1319 [G] | M:69 [LEU] | A:1309 [G] | ❌ 7K00_M_A |
| m:20 [THR] | a:1340 [U] | M:17 [ILE] | A:1330 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:20 [THR] | a:1341 [G] | M:17 [ILE] | A:1331 [G] | ❌ 7K00_M_A |
| m:101 [LYS] | a:959 [U] | M:100 [GLN] | A:950 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:101 [LYS] | a:1234 [U] | M:100 [GLN] | A:1224 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:30 [ALA] | a:1338 [C] | M:30 [SER] | A:1328 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:24 [GLY] | a:1338 [C] | M:24 [GLY] | A:1328 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:107 [ARG] | a:1238 [C] | M:108 [THR] | A:1228 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:107 [ARG] | a:1239 [A] | M:108 [THR] | A:1229 [A] | ❌ 7K00_M_A |
| m:109 [ARG] | a:957 [C] | M:110 [LYS] | A:948 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:104 [ASN] | a:961 [U] | M:105 [ASN] | A:952 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:104 [ASN] | a:1238 [C] | M:105 [ASN] | A:1228 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:104 [ASN] | a:1239 [A] | M:105 [ASN] | A:1229 [A] | ❌ 7K00_M_A |
| m:104 [ASN] | a:1240 [C] | M:105 [ASN] | A:1230 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:17 [ILE] | a:1311 [U] | M:14 [HIS] | A:1301 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:105 [ASN] | a:959 [U] | M:106 [ALA] | A:950 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:103 [LYS] | a:962 [G] | M:104 [THR] | A:953 [G] | ❌ 7K00_M_A |
| m:103 [LYS] | a:963 [G] | M:104 [THR] | A:954 [G] | ❌ 7K00_M_A |
| m:103 [LYS] | a:1234 [U] | M:104 [THR] | A:1224 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:103 [LYS] | a:1235 [A] | M:104 [THR] | A:1225 [A] | ❌ 7K00_M_A |
| m:103 [LYS] | a:1236 [C] | M:104 [THR] | A:1226 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:103 [LYS] | a:1238 [C] | M:104 [THR] | A:1228 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:99 [GLY] | a:1234 [U] | M:98 [ARG] | A:1224 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:99 [GLY] | a:1235 [A] | M:98 [ARG] | A:1225 [A] | ❌ 7K00_M_A |
| m:99 [GLY] | a:1331 [U] | M:98 [ARG] | A:1321 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:99 [GLY] | a:1332 [C] | M:98 [ARG] | A:1322 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:96 [PRO] | a:958 [A] | M:96 [PRO] | A:949 [A] | ❌ 7K00_M_A |
| m:96 [PRO] | a:1236 [C] | M:96 [PRO] | A:1226 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:26 [GLY] | a:1341 [G] | M:26 [GLY] | A:1331 [G] | ❌ 7K00_M_A |
| m:106 [ALA] | a:958 [A] | M:107 [ARG] | A:949 [A] | ❌ 7K00_M_A |
| m:77 [ILE] | a:1318 [U] | M:73 [ILE] | A:1308 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:27 [THR] | a:1337 [A] | M:27 [LYS] | A:1327 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:27 [THR] | a:1338 [C] | M:27 [LYS] | A:1328 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:27 [THR] | a:1340 [U] | M:27 [LYS] | A:1330 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:27 [THR] | a:1341 [G] | M:27 [LYS] | A:1331 [G] | ❌ 7K00_M_A |
| m:102 [THR] | a:1234 [U] | M:102 [THR] | A:1224 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:102 [THR] | a:1238 [C] | M:102 [THR] | A:1228 [C] | ❌ 7K00_M_A |
| m:100 [GLN] | a:958 [A] | M:99 [GLY] | A:949 [A] | ❌ 7K00_M_A |
| m:100 [GLN] | a:959 [U] | M:99 [GLY] | A:950 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:100 [GLN] | a:1235 [A] | M:99 [GLY] | A:1225 [A] | ❌ 7K00_M_A |
| m:100 [GLN] | a:1317 [U] | M:99 [GLY] | A:1307 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:100 [GLN] | a:1318 [U] | M:99 [GLY] | A:1308 [U] | ❌ 7K00_M_A |
| m:101 [LYS] | a:1317 [U] | M:100 [GLN] | A:1307 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:101 [LYS] | a:1318 [U] | M:100 [GLN] | A:1308 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:103 [LYS] | a:1240 [C] | M:104 [THR] | A:1230 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:103 [LYS] | a:1239 [A] | M:104 [THR] | A:1229 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:103 [LYS] | a:959 [U] | M:104 [THR] | A:950 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:104 [ASN] | a:957 [C] | M:105 [ASN] | A:948 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:104 [ASN] | a:959 [U] | M:105 [ASN] | A:950 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:104 [ASN] | a:958 [A] | M:105 [ASN] | A:949 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:106 [ALA] | a:1238 [C] | M:107 [ARG] | A:1228 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:107 [ARG] | a:1317 [U] | M:108 [THR] | A:1307 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:108 [THR] | a:1317 [U] | M:109 [ARG] | A:1307 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:108 [THR] | a:1318 [U] | M:109 [ARG] | A:1308 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:109 [ARG] | a:1237 [A] | M:110 [LYS] | A:1227 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:109 [ARG] | a:1238 [C] | M:110 [LYS] | A:1228 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:109 [ARG] | a:1236 [C] | M:110 [LYS] | A:1226 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:17 [ILE] | a:1306 [C] | M:14 [HIS] | A:1296 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:17 [ILE] | a:1305 [U] | M:14 [HIS] | A:1295 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:28 [SER] | a:1337 [A] | M:28 [THR] | A:1327 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:30 [ALA] | a:1339 [A] | M:30 [SER] | A:1329 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:73 [THR] | a:1339 [A] | M:69 [LEU] | A:1329 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:95 [LEU] | a:1318 [U] | M:95 [LEU] | A:1308 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:96 [PRO] | a:1317 [U] | M:96 [PRO] | A:1307 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:99 [GLY] | a:1319 [G] | M:98 [ARG] | A:1309 [G] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:99 [GLY] | a:1318 [U] | M:98 [ARG] | A:1308 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:32 [LYS] | a:1277 [C] | M:32 [ALA] | A:1267 [C] | ❌ 7K00_M:32, 7K00_A:1267 no longer at interface |
| m:105 [ASN] | a:1241 [G] | M:106 [ALA] | A:1231 [G] | ❌ 7K00_A:1231 no longer at interface |
| m:103 [LYS] | a:964 [U] | M:104 [THR] | A:955 [U] | ❌ 7K00_A:955 no longer at interface |
| m:31 [GLN] | a:1277 [C] | M:31 [LYS] | A:1267 [C] | ❌ 7K00_M:31, 7K00_A:1267 no longer at interface |
| m:31 [GLN] | a:1336 [U] | M:31 [LYS] | A:1326 [U] | ❌ 7K00_M:31, 7K00_A:1326 no longer at interface |
| m:107 [ARG] | a:1316 [A] | M:108 [THR] | A:1306 [A] | ❌ 6S0X_a:1316 no longer at interface |
| m:107 [ARG] | a:1342 [A] | M:108 [THR] | A:1332 [A] | ❌ 6S0X_a:1342 no longer at interface |
| m:12 [GLU] | a:1307 [U] | M:12 [HIS] | A:1297 [G] | ❌ 6S0X_m:12, 6S0X_a:1307 no longer at interface |
| m:32 [LYS] | a:1338 [C] | M:32 [ALA] | A:1328 [C] | ❌ 7K00_M:32 no longer at interface |
| m:94 [GLY] | a:1236 [C] | M:94 [GLY] | A:1226 [C] | ❌ 7K00_M:94 no longer at interface |
| m:94 [GLY] | a:1237 [A] | M:94 [GLY] | A:1227 [A] | ❌ 7K00_M:94 no longer at interface |
| m:79 [ARG] | a:1320 [U] | M:75 [MET] | A:1310 [G] | ❌ 7K00_M:75 no longer at interface |
| m:63 [TYR] | a:1339 [A] | M:60 [VAL] | A:1329 [A] | ❌ 7K00_M:60 no longer at interface |
| m:31 [GLN] | a:1337 [A] | M:31 [LYS] | A:1327 [C] | ❌ 7K00_M:31 no longer at interface |
| m:31 [GLN] | a:1338 [C] | M:31 [LYS] | A:1328 [C] | ❌ 7K00_M:31 no longer at interface |
| m:22 [ILE] | a:1339 [A] | M:19 [LEU] | A:1329 [A] | ❌ 7K00_M:19 no longer at interface |
| m:22 [ILE] | a:1340 [U] | M:19 [LEU] | A:1330 [U] | ❌ 7K00_M:19 no longer at interface |
| m:22 [ILE] | a:1341 [G] | M:19 [LEU] | A:1331 [G] | ❌ 7K00_M:19 no longer at interface |
| m:86 [TYR] | a:1235 [A] | M:85 [CYS] | A:1225 [A] | ❌ 7K00_M:85 no longer at interface |
| m:86 [TYR] | a:1236 [C] | M:85 [CYS] | A:1226 [C] | ❌ 7K00_M:85 no longer at interface |
| m:86 [TYR] | a:1330 [C] | M:85 [CYS] | A:1320 [C] | ❌ 7K00_M:85 no longer at interface |
| m:86 [TYR] | a:1331 [U] | M:85 [CYS] | A:1321 [U] | ❌ 7K00_M:85 no longer at interface |
| m:21 [TYR] | a:1311 [U] | M:18 [ALA] | A:1301 [U] | ❌ 7K00_M:18 no longer at interface |
| m:21 [TYR] | a:1312 [U] | M:18 [ALA] | A:1302 [C] | ❌ 7K00_M:18 no longer at interface |
| m:21 [TYR] | a:1340 [U] | M:18 [ALA] | A:1330 [U] | ❌ 7K00_M:18 no longer at interface |
| m:21 [TYR] | a:1341 [G] | M:18 [ALA] | A:1331 [G] | ❌ 7K00_M:18 no longer at interface |
| m:110 [LYS] | a:1236 [C] | M:111 [GLY] | A:1226 [C] | ❌ 7K00_M:111 no longer at interface |
| m:110 [LYS] | a:1237 [A] | M:111 [GLY] | A:1227 [A] | ❌ 7K00_M:111 no longer at interface |
| m:110 [LYS] | a:1238 [C] | M:111 [GLY] | A:1228 [C] | ❌ 7K00_M:111 no longer at interface |
| m:33 [ILE] | a:1339 [A] | M:34 [LEU] | A:1329 [A] | ❌ 7K00_M:34 no longer at interface |
| m:69 [LEU] | a:1339 [A] | M:65 [VAL] | A:1329 [A] | ❌ 7K00_M:65 no longer at interface |
| m:18 [SER] | a:1312 [U] | M:15 [ALA] | A:1302 [C] | ❌ 7K00_M:15 no longer at interface |
| m:29 [THR] | a:1339 [A] | M:29 [ARG] | A:1329 [A] | ❌ 6S0X_m:29 no longer at interface |
| m:29 [THR] | a:1338 [C] | M:29 [ARG] | A:1328 [C] | ❌ 6S0X_m:29 no longer at interface |
| m:81 [MET] | a:1319 [G] | M:77 [ILE] | A:1309 [G] | ❌ 6S0X_m:81 no longer at interface |
| m:81 [MET] | a:1318 [U] | M:77 [ILE] | A:1308 [U] | ❌ 6S0X_m:81 no longer at interface |
| m:83 [ILE] | a:1320 [U] | M:79 [ARG] | A:1310 [G] | ❌ 6S0X_m:83 no longer at interface |
| m:84 [SER] | a:1319 [G] | M:80 [LEU] | A:1309 [G] | ❌ 6S0X_m:84 no longer at interface |
| m:84 [SER] | a:1320 [U] | M:80 [LEU] | A:1310 [G] | ❌ 6S0X_m:84 no longer at interface |
| m:92 [ARG] | a:1319 [G] | M:91 [HIS] | A:1309 [G] | ❌ 6S0X_m:92 no longer at interface |
| m:92 [ARG] | a:1318 [U] | M:91 [HIS] | A:1308 [U] | ❌ 6S0X_m:92 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.94 | 5.26 | 0.20 | 0.78 | 0.95 | 0.61 | 0.89 | 0.33 | 0.21 | 0.06 | 0.37 |
Other pairs involving 6S0X_m_a or 7K00_M_A
Total number of entries: 8
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4W2F_AM_AA | 6S0X_m_a | 0.32 | 0.94 | 4.98 | 0.11 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1m_1a | 6S0X_m_a | 0.31 | 0.94 | 5.62 | 0.11 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_m_a | 7K00_M_A | 0.33 | 0.94 | 5.26 | 0.2 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4W2F_AM_AA | 7K00_M_A | 0.94 | 0.98 | 0.62 | 0.76 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1m_1a | 7K00_M_A | 0.95 | 0.98 | 1.11 | 0.76 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_M_A | 7O7Y_Ar_A2 | 0.73 | 0.92 | 1.92 | 0.44 | H2TH | compare | |
| 6S0X_m_a | 7O7Y_Ar_A2 | 0.43 | 0.89 | 4.78 | 0.07 | H2TH | compare | |
| 6S0X_m_a | 7RYG_m_a | 0.54 | 0.95 | 4.63 | 0.3 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |