Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0X_m
|
6S0X_a
|
7RYG_m
|
7RYG_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| m:108 [THR] | a:956 [G] | m:107 [ARG] | a:944 [G] | ✔ |
| m:108 [THR] | a:957 [C] | m:107 [ARG] | a:945 [C] | ✔ |
| m:73 [THR] | a:1319 [G] | m:77 [ILE] | a:1306 [G] | ✔ |
| m:101 [LYS] | a:958 [A] | m:101 [ARG] | a:946 [A] | ✔ |
| m:101 [LYS] | a:959 [U] | m:101 [ARG] | a:947 [U] | ✔ |
| m:101 [LYS] | a:1234 [U] | m:101 [ARG] | a:1221 [U] | ✔ |
| m:101 [LYS] | a:1235 [A] | m:101 [ARG] | a:1222 [A] | ✔ |
| m:95 [LEU] | a:1236 [C] | m:95 [LEU] | a:1223 [C] | ✔ |
| m:95 [LEU] | a:1237 [A] | m:95 [LEU] | a:1224 [A] | ✔ |
| m:107 [ARG] | a:957 [C] | m:106 [ALA] | a:945 [C] | ✔ |
| m:109 [ARG] | a:957 [C] | m:109 [ARG] | a:945 [C] | ✔ |
| m:104 [ASN] | a:961 [U] | m:103 [LYS] | a:949 [U] | ✔ |
| m:104 [ASN] | a:1238 [C] | m:103 [LYS] | a:1225 [C] | ✔ |
| m:104 [ASN] | a:1239 [A] | m:103 [LYS] | a:1226 [A] | ✔ |
| m:105 [ASN] | a:958 [A] | m:104 [THR] | a:946 [A] | ✔ |
| m:105 [ASN] | a:959 [U] | m:104 [THR] | a:947 [U] | ✔ |
| m:87 [ARG] | a:1319 [G] | m:87 [ARG] | a:1306 [G] | ✔ |
| m:99 [GLY] | a:1234 [U] | m:99 [GLY] | a:1221 [U] | ✔ |
| m:99 [GLY] | a:1332 [C] | m:99 [GLY] | a:1319 [C] | ✔ |
| m:99 [GLY] | a:1333 [G] | m:99 [GLY] | a:1320 [G] | ✔ |
| m:31 [GLN] | a:1338 [C] | m:28 [HIS] | a:1325 [C] | ✔ |
| m:22 [ILE] | a:1339 [A] | m:24 [GLY] | a:1326 [A] | ✔ |
| m:22 [ILE] | a:1340 [U] | m:24 [GLY] | a:1327 [U] | ✔ |
| m:96 [PRO] | a:1318 [U] | m:96 [PRO] | a:1305 [U] | ✔ |
| m:86 [TYR] | a:1330 [C] | m:86 [TYR] | a:1317 [C] | ✔ |
| m:86 [TYR] | a:1331 [U] | m:86 [TYR] | a:1318 [U] | ✔ |
| m:91 [HIS] | a:1318 [U] | m:91 [HIS] | a:1305 [U] | ✔ |
| m:91 [HIS] | a:1319 [G] | m:91 [HIS] | a:1306 [G] | ✔ |
| m:21 [TYR] | a:1340 [U] | m:23 [PHE] | a:1327 [U] | ✔ |
| m:21 [TYR] | a:1341 [G] | m:23 [PHE] | a:1328 [G] | ✔ |
| m:106 [ALA] | a:957 [C] | m:105 [ASN] | a:945 [C] | ✔ |
| m:106 [ALA] | a:958 [A] | m:105 [ASN] | a:946 [A] | ✔ |
| m:97 [VAL] | a:1318 [U] | m:97 [VAL] | a:1305 [U] | ✔ |
| m:97 [VAL] | a:1319 [G] | m:97 [VAL] | a:1306 [G] | ✔ |
| m:13 [LYS] | a:1312 [U] | m:17 [ILE] | a:1299 [C] | ✔ |
| m:110 [LYS] | a:1236 [C] | m:110 [LYS] | a:1223 [C] | ✔ |
| m:110 [LYS] | a:1237 [A] | m:110 [LYS] | a:1224 [A] | ✔ |
| m:110 [LYS] | a:1238 [C] | m:110 [LYS] | a:1225 [C] | ✔ |
| m:98 [ARG] | a:1318 [U] | m:98 [ARG] | a:1305 [U] | ✔ |
| m:98 [ARG] | a:1319 [G] | m:98 [ARG] | a:1306 [G] | ✔ |
| m:98 [ARG] | a:1333 [G] | m:98 [ARG] | a:1320 [G] | ✔ |
| m:102 [THR] | a:1235 [A] | m:102 [THR] | a:1222 [A] | ✔ |
| m:102 [THR] | a:1236 [C] | m:102 [THR] | a:1223 [C] | ✔ |
| m:33 [ILE] | a:1339 [A] | m:29 [THR] | a:1326 [A] | ✔ |
| m:100 [GLN] | a:958 [A] | m:100 [GLN] | a:946 [A] | ✔ |
| m:100 [GLN] | a:1235 [A] | m:100 [GLN] | a:1222 [A] | ✔ |
| m:100 [GLN] | a:1317 [U] | m:100 [GLN] | a:1304 [U] | ✔ |
| m:100 [GLN] | a:1318 [U] | m:100 [GLN] | a:1305 [U] | ✔ |
| m:25 [ILE] | a:1339 [A] | m:25 [ILE] | a:1326 [A] | ✔ |
| m:25 [ILE] | a:1340 [U] | m:25 [ILE] | a:1327 [U] | ✔ |
| m:18 [SER] | a:1312 [U] | m:21 [TYR] | a:1299 [C] | ✔ |
| m:30 [ALA] | a:1338 [C] | m:27 [ARG] | a:1325 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:107 [ARG] | a:956 [G] | m:106 [ALA] | a:944 [G] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:107 [ARG] | a:1238 [C] | m:106 [ALA] | a:1225 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:107 [ARG] | a:1239 [A] | m:106 [ALA] | a:1226 [A] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:104 [ASN] | a:1240 [C] | m:103 [LYS] | a:1227 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:17 [ILE] | a:1311 [U] | m:20 [THR] | a:1298 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:17 [ILE] | a:1312 [U] | m:20 [THR] | a:1299 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:105 [ASN] | a:957 [C] | m:104 [THR] | a:945 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:87 [ARG] | a:1318 [U] | m:87 [ARG] | a:1305 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:87 [ARG] | a:1330 [C] | m:87 [ARG] | a:1317 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:87 [ARG] | a:1331 [U] | m:87 [ARG] | a:1318 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:99 [GLY] | a:1235 [A] | m:99 [GLY] | a:1222 [A] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:99 [GLY] | a:1331 [U] | m:99 [GLY] | a:1318 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:22 [ILE] | a:1341 [G] | m:24 [GLY] | a:1328 [G] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:96 [PRO] | a:958 [A] | m:96 [PRO] | a:946 [A] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:96 [PRO] | a:1236 [C] | m:96 [PRO] | a:1223 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:86 [TYR] | a:1235 [A] | m:86 [TYR] | a:1222 [A] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:86 [TYR] | a:1236 [C] | m:86 [TYR] | a:1223 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:21 [TYR] | a:1311 [U] | m:23 [PHE] | a:1298 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:21 [TYR] | a:1312 [U] | m:23 [PHE] | a:1299 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:106 [ALA] | a:956 [G] | m:105 [ASN] | a:944 [G] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:97 [VAL] | a:1317 [U] | m:97 [VAL] | a:1304 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:97 [VAL] | a:1331 [U] | m:97 [VAL] | a:1318 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:13 [LYS] | a:1311 [U] | m:17 [ILE] | a:1298 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:98 [ARG] | a:1317 [U] | m:98 [ARG] | a:1304 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:98 [ARG] | a:1331 [U] | m:98 [ARG] | a:1318 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:98 [ARG] | a:1332 [C] | m:98 [ARG] | a:1319 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:102 [THR] | a:1234 [U] | m:102 [THR] | a:1221 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:102 [THR] | a:1238 [C] | m:102 [THR] | a:1225 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:69 [LEU] | a:1339 [A] | m:73 [ILE] | a:1326 [A] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:100 [GLN] | a:959 [U] | m:100 [GLN] | a:947 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:100 [GLN] | a:1234 [U] | m:100 [GLN] | a:1221 [U] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:100 [GLN] | a:1332 [C] | m:100 [GLN] | a:1319 [C] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:100 [GLN] | a:1333 [G] | m:100 [GLN] | a:1320 [G] | ❌ 7RYG_m_a |
| m:101 [LYS] | a:960 [G] | m:101 [ARG] | a:948 [G] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:104 [ASN] | a:962 [G] | m:103 [LYS] | a:950 [G] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:104 [ASN] | a:1236 [C] | m:103 [LYS] | a:1223 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:104 [ASN] | a:963 [G] | m:103 [LYS] | a:951 [G] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:104 [ASN] | a:1235 [A] | m:103 [LYS] | a:1222 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:105 [ASN] | a:1240 [C] | m:104 [THR] | a:1227 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:105 [ASN] | a:960 [G] | m:104 [THR] | a:948 [G] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:105 [ASN] | a:961 [U] | m:104 [THR] | a:949 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:105 [ASN] | a:1239 [A] | m:104 [THR] | a:1226 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:106 [ALA] | a:959 [U] | m:105 [ASN] | a:947 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:108 [THR] | a:1238 [C] | m:107 [ARG] | a:1225 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:109 [ARG] | a:1318 [U] | m:109 [ARG] | a:1305 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:109 [ARG] | a:1317 [U] | m:109 [ARG] | a:1304 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:17 [ILE] | a:1340 [U] | m:20 [THR] | a:1327 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:18 [SER] | a:1311 [U] | m:21 [TYR] | a:1298 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:21 [TYR] | a:1339 [A] | m:23 [PHE] | a:1326 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:30 [ALA] | a:1312 [U] | m:27 [ARG] | a:1299 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:30 [ALA] | a:1339 [A] | m:27 [ARG] | a:1326 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:31 [GLN] | a:1339 [A] | m:28 [HIS] | a:1326 [A] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:33 [ILE] | a:1338 [C] | m:29 [THR] | a:1325 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:69 [LEU] | a:1319 [G] | m:73 [ILE] | a:1306 [G] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:73 [THR] | a:1318 [U] | m:77 [ILE] | a:1305 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:86 [TYR] | a:1332 [C] | m:86 [TYR] | a:1319 [C] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:87 [ARG] | a:1320 [U] | m:87 [ARG] | a:1307 [G] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:95 [LEU] | a:1318 [U] | m:95 [LEU] | a:1305 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:96 [PRO] | a:1317 [U] | m:96 [PRO] | a:1304 [U] | ❌ 6S0X_m_a |
| m:105 [ASN] | a:1241 [G] | m:104 [THR] | a:1228 [G] | ❌ 7RYG_a:1228 no longer at interface |
| m:31 [GLN] | a:1277 [C] | m:28 [HIS] | a:1264 [C] | ❌ 7RYG_a:1264 no longer at interface |
| m:31 [GLN] | a:1336 [U] | m:28 [HIS] | a:1323 [U] | ❌ 7RYG_a:1323 no longer at interface |
| m:31 [GLN] | a:1337 [A] | m:28 [HIS] | a:1324 [C] | ❌ 7RYG_a:1324 no longer at interface |
| m:94 [GLY] | a:1236 [C] | m:94 [SER] | a:1223 [C] | ❌ 7RYG_m:94 no longer at interface |
| m:94 [GLY] | a:1237 [A] | m:94 [SER] | a:1224 [A] | ❌ 7RYG_m:94 no longer at interface |
| m:79 [ARG] | a:1320 [U] | m:83 [LEU] | a:1307 [G] | ❌ 7RYG_m:83 no longer at interface |
| m:14 [ARG] | a:1305 [U] | m:18 [SER] | a:1292 [U] | ❌ 7RYG_m:18 no longer at interface |
| m:14 [ARG] | a:1306 [C] | m:18 [SER] | a:1293 [C] | ❌ 7RYG_m:18 no longer at interface |
| m:14 [ARG] | a:1312 [U] | m:18 [SER] | a:1299 [C] | ❌ 7RYG_m:18 no longer at interface |
| m:77 [ILE] | a:1318 [U] | m:81 [MET] | a:1305 [U] | ❌ 7RYG_m:81 no longer at interface |
| m:77 [ILE] | a:1319 [G] | m:81 [MET] | a:1306 [G] | ❌ 7RYG_m:81 no longer at interface |
| m:19 [LEU] | a:1340 [U] | m:22 [ILE] | a:1327 [U] | ❌ 6S0X_m:19 no longer at interface |
| m:29 [THR] | a:1340 [U] | m:26 [GLY] | a:1327 [U] | ❌ 6S0X_m:29 no longer at interface |
| m:29 [THR] | a:1339 [A] | m:26 [GLY] | a:1326 [A] | ❌ 6S0X_m:29 no longer at interface |
| m:66 [GLU] | a:1339 [A] | m:69 [LEU] | a:1326 [A] | ❌ 6S0X_m:66 no longer at interface |
| m:68 [ASP] | a:1319 [G] | m:72 [GLU] | a:1306 [G] | ❌ 6S0X_m:68 no longer at interface |
| m:72 [GLU] | a:1320 [U] | m:76 [ASN] | a:1307 [G] | ❌ 6S0X_m:72 no longer at interface |
| m:72 [GLU] | a:1319 [G] | m:76 [ASN] | a:1306 [G] | ❌ 6S0X_m:72 no longer at interface |
| m:76 [ASN] | a:1320 [U] | m:80 [LEU] | a:1307 [G] | ❌ 6S0X_m:76 no longer at interface |
| m:76 [ASN] | a:1319 [G] | m:80 [LEU] | a:1306 [G] | ❌ 6S0X_m:76 no longer at interface |
| m:90 [ARG] | a:1235 [A] | m:90 [ARG] | a:1222 [A] | ❌ 6S0X_m:90 no longer at interface |
| m:90 [ARG] | a:1236 [C] | m:90 [ARG] | a:1223 [C] | ❌ 6S0X_m:90 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.95 | 4.63 | 0.30 | 0.76 | 0.96 | 0.66 | 0.89 | 0.54 | 0.31 | 0.05 | 0.28 |
Other pairs involving 6S0X_m_a or 7RYG_m_a
Total number of entries: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4W2F_AM_AA | 6S0X_m_a | 0.32 | 0.94 | 4.98 | 0.11 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1m_1a | 6S0X_m_a | 0.31 | 0.94 | 5.62 | 0.11 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_m_a | 7RYG_m_a | 0.54 | 0.95 | 4.63 | 0.3 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_m_a | 7O7Y_Ar_A2 | 0.43 | 0.89 | 4.78 | 0.07 | H2TH | compare | |
| 6S0X_m_a | 7K00_M_A | 0.33 | 0.94 | 5.26 | 0.2 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |