RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group96 > 7K00_M_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_M
7K00_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
M:12 [HIS] A:1297 [G] 4.97 A:1298 [U] 58.88
M:13 [LYS] A:1301 [U] 4.62 A:1238 [A] 69.89
M:13 [LYS] A:1302 [C] 2.79 69.89
M:14 [HIS] A:1295 [U] 3.5 A:1242 [G] 32.23
M:14 [HIS] A:1296 [C] 3.53 A:1241 [G] 32.23
M:14 [HIS] A:1302 [C] 3.19 32.23
M:17 [ILE] A:1302 [C] 3.43 18.75
M:20 [THR] A:1330 [U] 4.54 A:1307 [U] 61.04
M:22 [ILE] A:1330 [U] 3.29 A:1307 [U] 88.36
M:23 [TYR] A:1329 [A] 4.66 A:1308 [U] 63.68
M:23 [TYR] A:1330 [U] 3.2 A:1307 [U] 63.68
M:23 [TYR] A:1331 [G] 3.79 A:1306 [A] 63.68
M:24 [GLY] A:1329 [A] 3.01 A:1308 [U] 98.79
M:24 [GLY] A:1330 [U] 2.85 A:1307 [U] 98.79
M:25 [VAL] A:1329 [A] 3.37 A:1308 [U] 85.36
M:25 [VAL] A:1330 [U] 3.2 A:1307 [U] 85.36
M:26 [GLY] A:1329 [A] 2.96 A:1308 [U] 89.73
M:26 [GLY] A:1330 [U] 3.5 A:1307 [U] 89.73
M:27 [LYS] A:1329 [A] 3.82 A:1308 [U] 0.31
M:28 [THR] A:1327 [C] 4.97 A:1310 [G] 52.07
M:28 [THR] A:1328 [C] 2.51 A:1309 [G] 52.07
M:28 [THR] A:1329 [A] 3.65 A:1308 [U] 52.07
M:29 [ARG] A:1328 [C] 3.3 A:1309 [G] 39.63
M:29 [ARG] A:1329 [A] 2.87 A:1308 [U] 39.63
M:30 [SER] A:1329 [A] 4.67 A:1308 [U] 82.6
M:69 [LEU] A:1329 [A] 3.44 A:1308 [U] 85.85
M:73 [ILE] A:1309 [G] 4.14 A:1328 [C] 38.53
M:76 [SER] A:1309 [G] 2.98 A:1328 [C] sugar:SC 73.48
M:76 [SER] A:1310 [G] 4.13 A:1327 [C] 73.48
M:77 [ILE] A:1308 [U] 3.96 A:1329 [A] 83.37
M:77 [ILE] A:1309 [G] 3.77 A:1328 [C] 83.37
M:79 [ARG] A:1310 [G] 4.3 A:1327 [C] 68.15
M:80 [LEU] A:1309 [G] 3.73 A:1328 [C] 71.06
M:80 [LEU] A:1310 [G] 4.58 A:1327 [C] 71.06
M:86 [TYR] A:1320 [C] 3.98 73.95
M:86 [TYR] A:1321 [U] 3.51 73.95
M:86 [TYR] A:1322 [C] 3.48 73.95
M:87 [ARG] A:1309 [G] 2.7 A:1328 [C] 88.8
M:87 [ARG] A:1310 [G] 3.08 A:1327 [C] 88.8
M:90 [ARG] A:1225 [A] 4.31 A:955 [U] 98.56
M:90 [ARG] A:1226 [C] 2.5 A:954 [G] 98.56
M:91 [HIS] A:1308 [U] 3.0 A:1329 [A] 89.83
M:91 [HIS] A:1309 [G] 2.72 A:1328 [C] 89.83
M:95 [LEU] A:1226 [C] 3.75 A:954 [G] 85.52
M:95 [LEU] A:1227 [A] 3.82 85.52
M:95 [LEU] A:1308 [U] 4.63 A:1329 [A] 85.52
M:96 [PRO] A:1307 [U] 4.83 A:1330 [U] 90.45
M:96 [PRO] A:1308 [U] 3.35 A:1329 [A] 90.45
M:97 [VAL] A:1307 [U] 4.91 A:1330 [U] 87.14
M:97 [VAL] A:1308 [U] 2.53 A:1329 [A] 87.14
M:97 [VAL] A:1309 [G] 3.71 A:1328 [C] 87.14
M:97 [VAL] A:1321 [U] 4.84 87.14
M:98 [ARG] A:1308 [U] 3.28 A:1329 [A] base/AA stacks 94.97
M:98 [ARG] A:1309 [G] 2.65 A:1328 [C] base:SC 94.97
M:98 [ARG] A:1323 [G] 3.93 A:1314 [C] 94.97
M:99 [GLY] A:1224 [U] 4.88 98.28
M:99 [GLY] A:1322 [C] 3.74 98.28
M:99 [GLY] A:1323 [G] 3.96 A:1314 [C] 98.28
M:100 [GLN] A:949 [A] 3.7 A:1232 [U] 99.0
M:100 [GLN] A:1225 [A] 4.01 A:955 [U] 99.0
M:100 [GLN] A:1307 [U] 3.09 A:1330 [U] 99.0
M:100 [GLN] A:1308 [U] 2.86 A:1329 [A] 99.0
M:101 [ARG] A:949 [A] 3.6 A:1232 [U] 94.51
M:101 [ARG] A:950 [U] 2.86 A:1231 [G] base/AA stacks 94.51
M:101 [ARG] A:951 [G] 3.16 A:1230 [C] 94.51
M:101 [ARG] A:1224 [U] 4.78 94.51
M:101 [ARG] A:1225 [A] 3.39 A:955 [U] 94.51
M:102 [THR] A:1225 [A] 2.68 A:955 [U] 98.92
M:102 [THR] A:1226 [C] 2.4 A:954 [G] sugar:BB 98.92
M:103 [LYS] A:952 [U] 3.45 A:1229 [A] 75.52
M:103 [LYS] A:953 [G] 3.65 A:1228 [C] 75.52
M:103 [LYS] A:954 [G] 3.57 A:1226 [C] 75.52
M:103 [LYS] A:1224 [U] 4.69 75.52
M:103 [LYS] A:1225 [A] 3.71 A:955 [U] 75.52
M:103 [LYS] A:1226 [C] 3.27 A:954 [G] 75.52
M:103 [LYS] A:1228 [C] 2.8 A:953 [G] base:BB 75.52
M:103 [LYS] A:1229 [A] 3.92 A:952 [U] 75.52
M:104 [THR] A:950 [U] 2.8 A:1231 [G] base:SC 86.14
M:104 [THR] A:951 [G] 3.38 A:1230 [C] 86.14
M:104 [THR] A:952 [U] 3.65 A:1229 [A] 86.14
M:104 [THR] A:1229 [A] 3.53 A:952 [U] 86.14
M:104 [THR] A:1230 [C] 3.51 A:951 [G] 86.14
M:105 [ASN] A:948 [C] 3.44 A:1233 [G] base/AA stacks 95.31
M:105 [ASN] A:949 [A] 3.02 A:1232 [U] base:SC 95.31
M:105 [ASN] A:950 [U] 3.77 A:1231 [G] 95.31
M:106 [ALA] A:948 [C] 3.41 A:1233 [G] 87.56
M:106 [ALA] A:949 [A] 4.88 A:1232 [U] 87.56
M:107 [ARG] A:947 [G] 3.14 A:1234 [C] 81.37
M:107 [ARG] A:948 [C] 3.06 A:1233 [G] 81.37
M:107 [ARG] A:1228 [C] 2.94 A:953 [G] 81.37
M:108 [THR] A:947 [G] 3.01 A:1234 [C] 89.65
M:108 [THR] A:948 [C] 3.09 A:1233 [G] 89.65
M:108 [THR] A:1306 [A] 2.72 A:1331 [G] sugar:SC 89.65
M:108 [THR] A:1307 [U] 3.25 A:1330 [U] 89.65
M:108 [THR] A:1332 [A] 4.28 A:1305 [G] 89.65
M:109 [ARG] A:948 [C] 4.77 A:1233 [G] 57.56
M:109 [ARG] A:1307 [U] 3.38 A:1330 [U] 57.56
M:109 [ARG] A:1308 [U] 3.94 A:1329 [A] 57.56
M:110 [LYS] A:1226 [C] 3.03 A:954 [G] sugar:SC 81.72
M:110 [LYS] A:1227 [A] 3.17 81.72
M:110 [LYS] A:1228 [C] 2.45 A:953 [G] 81.72
M:112 [PRO] A:1228 [C] 4.5 A:953 [G] 40.25
M:113 [ARG] A:946 [A] 2.89 A:1235 [U] 47.69
M:113 [ARG] A:947 [G] 3.25 A:1234 [C] 47.69
M:113 [ARG] A:1228 [C] 3.81 A:953 [G] 47.69
M:113 [ARG] A:1229 [A] 3.57 A:952 [U] 47.69
M:114 [LYS] A:1227 [A] 2.43 sugar:BB 55.98
M:114 [LYS] A:1228 [C] 2.55 A:953 [G] 55.98
M:115 [PRO] A:1227 [A] 4.49 17.36
M:115 [PRO] A:1228 [C] 4.3 A:953 [G] 17.36
M:116 [ILE] A:1227 [A] 3.48 53.55
M:116 [ILE] A:1228 [C] 3.65 A:953 [G] 53.55

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group96 7K00_M_A M: 30s ribosomal protein s13, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) P0A7S9 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0X_m_a 7K00_M_A 0.33 0.94 5.26 0.2 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_M_A 7O7Y_Ar_A2 0.73 0.92 1.92 0.44 H2TH compare
4W2F_AM_AA 7K00_M_A 0.94 0.98 0.62 0.76 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1m_1a 7K00_M_A 0.95 0.98 1.11 0.76 H2TH Bacterial small subunit ribosomal RNA compare