Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_m
|
7RYG_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| m:13 [LYS] | a:1298 [U] | 4.08 | a:1235 [A] | 71.53 | ||
| m:13 [LYS] | a:1299 [C] | 2.93 | 71.53 | |||
| m:14 [HIS] | a:1292 [U] | 3.83 | a:1239 [G] | 22.55 | ||
| m:14 [HIS] | a:1293 [C] | 4.43 | a:1238 [G] | 22.55 | ||
| m:14 [HIS] | a:1299 [C] | 3.66 | 22.55 | |||
| m:17 [ILE] | a:1299 [C] | 3.61 | 2.1 | |||
| m:20 [THR] | a:1327 [U] | 4.99 | a:1304 [U] | 66.65 | ||
| m:21 [TYR] | a:1298 [U] | 4.32 | a:1235 [A] | 33.66 | ||
| m:21 [TYR] | a:1299 [C] | 2.97 | 33.66 | |||
| m:22 [ILE] | a:1327 [U] | 3.79 | a:1304 [U] | 87.87 | ||
| m:23 [PHE] | a:1326 [A] | 4.91 | a:1305 [U] | 62.13 | ||
| m:23 [PHE] | a:1327 [U] | 3.22 | a:1304 [U] | 62.13 | ||
| m:23 [PHE] | a:1328 [G] | 3.73 | a:1303 [A] | 62.13 | ||
| m:24 [GLY] | a:1326 [A] | 3.03 | a:1305 [U] | 98.8 | ||
| m:24 [GLY] | a:1327 [U] | 2.63 | a:1304 [U] | 98.8 | ||
| m:25 [ILE] | a:1326 [A] | 3.46 | a:1305 [U] | 87.33 | ||
| m:25 [ILE] | a:1327 [U] | 3.12 | a:1304 [U] | 87.33 | ||
| m:26 [GLY] | a:1326 [A] | 3.17 | a:1305 [U] | 87.17 | ||
| m:26 [GLY] | a:1327 [U] | 4.01 | a:1304 [U] | 87.17 | ||
| m:27 [ARG] | a:1299 [C] | 4.26 | 2.85 | |||
| m:27 [ARG] | a:1326 [A] | 4.02 | a:1305 [U] | 2.85 | ||
| m:28 [HIS] | a:1325 [C] | 3.88 | a:1306 [G] | 27.33 | ||
| m:28 [HIS] | a:1326 [A] | 3.78 | a:1305 [U] | 27.33 | ||
| m:29 [THR] | a:1325 [C] | 3.84 | a:1306 [G] | 35.98 | ||
| m:29 [THR] | a:1326 [A] | 2.57 | a:1305 [U] | 35.98 | ||
| m:69 [LEU] | a:1326 [A] | 3.81 | a:1305 [U] | 87.0 | ||
| m:72 [GLU] | a:1306 [G] | 4.31 | a:1325 [C] | 2.35 | ||
| m:73 [ILE] | a:1306 [G] | 4.5 | a:1325 [C] | 38.27 | ||
| m:76 [ASN] | a:1306 [G] | 3.35 | a:1325 [C] | sugar:SC | 75.31 | |
| m:76 [ASN] | a:1307 [G] | 4.06 | a:1324 [C] | 75.31 | ||
| m:77 [ILE] | a:1305 [U] | 4.49 | a:1326 [A] | 85.21 | ||
| m:77 [ILE] | a:1306 [G] | 4.14 | a:1325 [C] | 85.21 | ||
| m:80 [LEU] | a:1306 [G] | 4.62 | a:1325 [C] | 64.36 | ||
| m:80 [LEU] | a:1307 [G] | 4.58 | a:1324 [C] | 64.36 | ||
| m:86 [TYR] | a:1317 [C] | 4.52 | 67.6 | |||
| m:86 [TYR] | a:1318 [U] | 3.73 | 67.6 | |||
| m:86 [TYR] | a:1319 [C] | 4.37 | 67.6 | |||
| m:87 [ARG] | a:1306 [G] | 3.05 | a:1325 [C] | 85.38 | ||
| m:87 [ARG] | a:1307 [G] | 3.09 | a:1324 [C] | 85.38 | ||
| m:90 [ARG] | a:1222 [A] | 4.54 | a:952 [U] | 99.0 | ||
| m:90 [ARG] | a:1223 [C] | 2.96 | a:951 [G] | 99.0 | ||
| m:91 [HIS] | a:1305 [U] | 3.56 | a:1326 [A] | 90.8 | ||
| m:91 [HIS] | a:1306 [G] | 2.92 | a:1325 [C] | 90.8 | ||
| m:95 [LEU] | a:1223 [C] | 3.7 | a:951 [G] | 87.81 | ||
| m:95 [LEU] | a:1224 [A] | 4.29 | 87.81 | |||
| m:95 [LEU] | a:1305 [U] | 4.32 | a:1326 [A] | 87.81 | ||
| m:96 [PRO] | a:1304 [U] | 4.96 | a:1327 [U] | 92.57 | ||
| m:96 [PRO] | a:1305 [U] | 3.53 | a:1326 [A] | 92.57 | ||
| m:97 [VAL] | a:1305 [U] | 2.68 | a:1326 [A] | 80.5 | ||
| m:97 [VAL] | a:1306 [G] | 3.71 | a:1325 [C] | 80.5 | ||
| m:98 [ARG] | a:1305 [U] | 3.46 | a:1326 [A] | base/AA stacks | 92.82 | |
| m:98 [ARG] | a:1306 [G] | 2.86 | a:1325 [C] | base:SC | 92.82 | |
| m:98 [ARG] | a:1320 [G] | 4.16 | a:1311 [C] | 92.82 | ||
| m:99 [GLY] | a:1221 [U] | 4.79 | 97.99 | |||
| m:99 [GLY] | a:1319 [C] | 4.01 | 97.99 | |||
| m:99 [GLY] | a:1320 [G] | 4.16 | a:1311 [C] | 97.99 | ||
| m:100 [GLN] | a:946 [A] | 4.08 | a:1229 [U] | 98.92 | ||
| m:100 [GLN] | a:1222 [A] | 4.34 | a:952 [U] | 98.92 | ||
| m:100 [GLN] | a:1304 [U] | 2.74 | a:1327 [U] | 98.92 | ||
| m:100 [GLN] | a:1305 [U] | 3.3 | a:1326 [A] | 98.92 | ||
| m:101 [ARG] | a:946 [A] | 3.89 | a:1229 [U] | 90.27 | ||
| m:101 [ARG] | a:947 [U] | 2.88 | a:1228 [G] | base/AA stacks | 90.27 | |
| m:101 [ARG] | a:948 [G] | 3.45 | a:1227 [C] | 90.27 | ||
| m:101 [ARG] | a:1221 [U] | 4.99 | 90.27 | |||
| m:101 [ARG] | a:1222 [A] | 3.63 | a:952 [U] | 90.27 | ||
| m:102 [THR] | a:1222 [A] | 3.12 | a:952 [U] | 99.0 | ||
| m:102 [THR] | a:1223 [C] | 2.83 | a:951 [G] | sugar:BB | 99.0 | |
| m:103 [LYS] | a:949 [U] | 3.59 | a:1226 [A] | 78.39 | ||
| m:103 [LYS] | a:950 [G] | 3.44 | a:1225 [C] | 78.39 | ||
| m:103 [LYS] | a:951 [G] | 3.81 | a:1223 [C] | 78.39 | ||
| m:103 [LYS] | a:1222 [A] | 3.88 | a:952 [U] | 78.39 | ||
| m:103 [LYS] | a:1223 [C] | 3.41 | a:951 [G] | 78.39 | ||
| m:103 [LYS] | a:1225 [C] | 3.38 | a:950 [G] | base:BB | 78.39 | |
| m:103 [LYS] | a:1226 [A] | 4.5 | a:949 [U] | 78.39 | ||
| m:104 [THR] | a:946 [A] | 4.58 | a:1229 [U] | 81.97 | ||
| m:104 [THR] | a:947 [U] | 3.3 | a:1228 [G] | 81.97 | ||
| m:104 [THR] | a:948 [G] | 3.99 | a:1227 [C] | 81.97 | ||
| m:104 [THR] | a:949 [U] | 4.29 | a:1226 [A] | 81.97 | ||
| m:104 [THR] | a:1226 [A] | 4.14 | a:949 [U] | 81.97 | ||
| m:104 [THR] | a:1227 [C] | 3.98 | a:948 [G] | 81.97 | ||
| m:105 [ASN] | a:945 [C] | 3.31 | a:1230 [G] | base/AA stacks | 97.55 | |
| m:105 [ASN] | a:946 [A] | 2.86 | a:1229 [U] | base:SC | 97.55 | |
| m:105 [ASN] | a:947 [U] | 3.84 | a:1228 [G] | 97.55 | ||
| m:106 [ALA] | a:945 [C] | 3.65 | a:1230 [G] | 86.78 | ||
| m:107 [ARG] | a:944 [G] | 3.27 | a:1231 [C] | 75.16 | ||
| m:107 [ARG] | a:945 [C] | 3.23 | a:1230 [G] | 75.16 | ||
| m:107 [ARG] | a:1225 [C] | 2.9 | a:950 [G] | 75.16 | ||
| m:108 [THR] | a:944 [G] | 3.0 | a:1231 [C] | 90.72 | ||
| m:108 [THR] | a:945 [C] | 3.15 | a:1230 [G] | 90.72 | ||
| m:108 [THR] | a:1303 [A] | 2.86 | a:1328 [G] | sugar:SC | 90.72 | |
| m:108 [THR] | a:1304 [U] | 3.39 | a:1327 [U] | 90.72 | ||
| m:108 [THR] | a:1329 [A] | 4.83 | a:1302 [G] | 90.72 | ||
| m:109 [ARG] | a:945 [C] | 4.96 | a:1230 [G] | 67.39 | ||
| m:109 [ARG] | a:1304 [U] | 3.46 | a:1327 [U] | 67.39 | ||
| m:109 [ARG] | a:1305 [U] | 3.87 | a:1326 [A] | 67.39 | ||
| m:110 [LYS] | a:1223 [C] | 3.74 | a:951 [G] | 82.14 | ||
| m:110 [LYS] | a:1224 [A] | 3.56 | 82.14 | |||
| m:110 [LYS] | a:1225 [C] | 3.21 | a:950 [G] | 82.14 | ||
| m:112 [PRO] | a:1225 [C] | 4.78 | a:950 [G] | 15.47 | ||
| m:113 [ARG] | a:942 [G] | 4.97 | a:1233 [A] | 54.0 | ||
| m:113 [ARG] | a:943 [A] | 2.54 | a:1232 [U] | 54.0 | ||
| m:113 [ARG] | a:944 [G] | 3.07 | a:1231 [C] | 54.0 | ||
| m:113 [ARG] | a:1225 [C] | 3.8 | a:950 [G] | 54.0 | ||
| m:113 [ARG] | a:1226 [A] | 4.44 | a:949 [U] | 54.0 | ||
| m:114 [LYS] | a:1224 [A] | 3.1 | 56.3 | |||
| m:114 [LYS] | a:1225 [C] | 2.97 | a:950 [G] | 56.3 | ||
| m:115 [PRO] | a:1224 [A] | 4.15 | 37.99 | |||
| m:115 [PRO] | a:1225 [C] | 4.92 | a:950 [G] | 37.99 | ||
| m:116 [ILE] | a:1224 [A] | 3.5 | 50.78 | |||
| m:116 [ILE] | a:1225 [C] | 3.33 | a:950 [G] | 50.78 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group96 | 7RYG_m_a | m: 30s ribosomal protein s13, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) a: 16s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7IA17 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 1
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0X_m_a | 7RYG_m_a | 0.54 | 0.95 | 4.63 | 0.3 | H2TH | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |