RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group98 > 4Y4O_15_1A vs 7K00_z_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_15
4Y4O_1A
7K00_z
7K00_a
Conserved?
15:19 [ARG] 1A:1310 [G] z:16 [ARG] a:1264 [A] ✔
15:19 [ARG] 1A:1311 [A] z:16 [ARG] a:1265 [A] ✔
15:19 [ARG] 1A:1312 [G] z:16 [ARG] a:1266 [G] ✔
15:19 [ARG] 1A:2067 [C] z:16 [ARG] a:2045 [C] ✔
15:19 [ARG] 1A:2068 [G] z:16 [ARG] a:2046 [G] ✔
15:19 [ARG] 1A:2069 [U] z:16 [ARG] a:2047 [C] ✔
15:10 [LYS] 1A:602 [G] z:7 [LYS] a:579 [G] ✔
15:10 [LYS] 1A:1308 [A] z:7 [LYS] a:1262 [A] ✔
15:10 [LYS] 1A:1309 [U] z:7 [LYS] a:1263 [U] ✔
15:10 [LYS] 1A:2039 [U] z:7 [LYS] a:2017 [U] ✔
15:10 [LYS] 1A:2041 [A] z:7 [LYS] a:2019 [A] ✔
15:10 [LYS] 1A:2044 [U] z:7 [LYS] a:2022 [U] ✔
15:6 [VAL] 1A:2037 [A] z:3 [VAL] a:2015 [A] ✔
15:6 [VAL] 1A:2038 [U] z:3 [VAL] a:2016 [U] ✔
15:6 [VAL] 1A:2076 [A] z:3 [VAL] a:2054 [A] ✔
15:6 [VAL] 1A:2078 [G] z:3 [VAL] a:2056 [G] ✔
15:6 [VAL] 1A:2079 [A] z:3 [VAL] a:2057 [G] ✔
15:6 [VAL] 1A:2626 [A] z:3 [VAL] a:2614 [A] ✔
15:6 [VAL] 1A:2627 [U] z:3 [VAL] a:2615 [U] ✔
15:5 [PRO] 1A:2037 [A] z:2 [ALA] a:2015 [A] ✔
15:5 [PRO] 1A:2078 [G] z:2 [ALA] a:2056 [G] ✔
15:5 [PRO] 1A:2589 [A] z:2 [ALA] a:2577 [A] ✔
15:5 [PRO] 1A:2625 [U] z:2 [ALA] a:2613 [U] ✔
15:5 [PRO] 1A:2626 [A] z:2 [ALA] a:2614 [A] ✔
15:5 [PRO] 1A:2627 [U] z:2 [ALA] a:2615 [U] ✔
15:16 [ARG] 1A:541 [C] z:13 [ARG] a:516 [C] ✔
15:16 [ARG] 1A:542 [C] z:13 [ARG] a:517 [C] ✔
15:16 [ARG] 1A:543 [G] z:13 [ARG] a:518 [G] ✔
15:16 [ARG] 1A:1308 [A] z:13 [ARG] a:1262 [A] ✔
15:16 [ARG] 1A:1309 [U] z:13 [ARG] a:1263 [U] ✔
15:16 [ARG] 1A:1310 [G] z:13 [ARG] a:1264 [A] ✔
15:16 [ARG] 1A:1312 [G] z:13 [ARG] a:1266 [G] ✔
15:11 [THR] 1A:1309 [U] z:8 [PRO] a:1263 [U] ✔
15:11 [THR] 1A:1310 [G] z:8 [PRO] a:1264 [A] ✔
15:11 [THR] 1A:2627 [U] z:8 [PRO] a:2615 [U] ✔
15:43 [HIS] 1A:2825 [C] z:41 [HIS] a:2815 [C] ✔
15:43 [HIS] 1A:2826 [C] z:41 [HIS] a:2816 [G] ✔
15:43 [HIS] 1A:2841 [G] z:41 [HIS] a:2831 [G] ✔
15:43 [HIS] 1A:2893 [A] z:41 [HIS] a:2883 [A] ✔
15:43 [HIS] 1A:2894 [U] z:41 [HIS] a:2884 [U] ✔
15:53 [ALA] 1A:2894 [U] z:50 [ARG] a:2884 [U] ✔
15:44 [THR] 1A:2894 [U] z:42 [HIS] a:2884 [U] ✔
15:12 [SER] 1A:2042 [A] z:9 [THR] a:2020 [A] ✔
15:12 [SER] 1A:2043 [C] z:9 [THR] a:2021 [C] ✔
15:29 [THR] 1A:2824 [C] z:26 [THR] a:2814 [A] ✔
15:8 [LYS] 1A:2038 [U] z:5 [GLN] a:2016 [U] ✔
15:8 [LYS] 1A:2039 [U] z:5 [GLN] a:2017 [U] ✔
15:8 [LYS] 1A:2040 [G] z:5 [GLN] a:2018 [G] ✔
15:8 [LYS] 1A:2076 [A] z:5 [GLN] a:2054 [A] ✔
15:8 [LYS] 1A:2077 [C] z:5 [GLN] a:2055 [C] ✔
15:8 [LYS] 1A:2078 [G] z:5 [GLN] a:2056 [G] ✔
15:8 [LYS] 1A:2079 [A] z:5 [GLN] a:2057 [G] ✔
15:8 [LYS] 1A:2627 [U] z:5 [GLN] a:2615 [U] ✔
15:24 [ALA] 1A:15 [G] z:21 [ALA] a:15 [G] ✔
15:31 [VAL] 1A:2894 [U] z:29 [SER] a:2884 [U] ✔
15:31 [VAL] 1A:2895 [C] z:29 [SER] a:2885 [G] ✔
15:31 [VAL] 1A:2896 [G] z:29 [SER] a:2886 [A] ✔
15:9 [LYS] 1A:2039 [U] z:6 [ASN] a:2017 [U] ✔
15:9 [LYS] 1A:2041 [A] z:6 [ASN] a:2019 [A] ✔
15:9 [LYS] 1A:2042 [A] z:6 [ASN] a:2020 [A] ✔
15:9 [LYS] 1A:2044 [U] z:6 [ASN] a:2022 [U] ✔
15:34 [PRO] 1A:2895 [C] z:32 [LYS] a:2885 [G] ✔
15:21 [SER] 1A:14 [A] z:18 [SER] a:14 [A] ✔
15:21 [SER] 1A:15 [G] z:18 [SER] a:15 [G] ✔
15:21 [SER] 1A:2067 [C] z:18 [SER] a:2045 [C] ✔
15:14 [ALA] 1A:16 [G] z:11 [SER] a:16 [C] ✔
15:14 [ALA] 1A:17 [G] z:11 [SER] a:17 [G] ✔
15:14 [ALA] 1A:2043 [C] z:11 [SER] a:2021 [C] ✔
15:32 [PRO] 1A:2895 [C] z:30 [VAL] a:2885 [G] ✔
15:23 [HIS] 1A:1312 [G] z:20 [ASP] a:1266 [G] ✔
15:42 [PRO] 1A:2825 [C] z:40 [ARG] a:2815 [C] ✔
15:42 [PRO] 1A:2826 [C] z:40 [ARG] a:2816 [G] ✔
15:42 [PRO] 1A:2894 [U] z:40 [ARG] a:2884 [U] ✔
15:42 [PRO] 1A:2895 [C] z:40 [ARG] a:2885 [G] ✔
15:42 [PRO] 1A:2896 [G] z:40 [ARG] a:2886 [A] ✔
15:7 [PRO] 1A:1310 [G] z:4 [GLN] a:1264 [A] ✔
15:7 [PRO] 1A:2038 [U] z:4 [GLN] a:2016 [U] ✔
15:7 [PRO] 1A:2039 [U] z:4 [GLN] a:2017 [U] ✔
15:7 [PRO] 1A:2627 [U] z:4 [GLN] a:2615 [U] ✔
15:41 [PRO] 1A:2894 [U] z:39 [LEU] a:2884 [U] ✔
15:17 [ASP] 1A:15 [G] z:14 [GLY] a:15 [G] ✔
15:17 [ASP] 1A:16 [G] z:14 [GLY] a:16 [C] ✔
15:22 [HIS] 1A:14 [A] z:19 [HIS] a:14 [A] ✔
15:22 [HIS] 1A:2067 [C] z:19 [HIS] a:2045 [C] ✔
15:22 [HIS] 1A:2068 [G] z:19 [HIS] a:2046 [G] ✔
15:22 [HIS] 1A:2635 [G] z:19 [HIS] a:2623 [G] ✔
15:22 [HIS] 1A:2636 [G] z:19 [HIS] a:2624 [G] ✔
15:13 [LYS] 1A:16 [G] z:10 [ARG] a:16 [C] ✔
15:13 [LYS] 1A:17 [G] z:10 [ARG] a:17 [G] ✔
15:13 [LYS] 1A:541 [C] z:10 [ARG] a:516 [C] ✔
15:13 [LYS] 1A:542 [C] z:10 [ARG] a:517 [C] ✔
15:52 [TYR] 1A:2892 [A] z:49 [TYR] a:2882 [A] ✔
15:52 [TYR] 1A:2893 [A] z:49 [TYR] a:2883 [A] ✔
15:52 [TYR] 1A:2894 [U] z:49 [TYR] a:2884 [U] ✔
15:20 [ARG] 1A:15 [G] z:17 [ARG] a:15 [G] ✔
15:20 [ARG] 1A:1309 [U] z:17 [ARG] a:1263 [U] ✔
15:20 [ARG] 1A:1310 [G] z:17 [ARG] a:1264 [A] ✔
15:20 [ARG] 1A:1311 [A] z:17 [ARG] a:1265 [A] ✔
15:20 [ARG] 1A:1312 [G] z:17 [ARG] a:1266 [G] ✔
15:30 [LEU] 1A:2897 [U] z:28 [LEU] a:2887 [A] ✔
15:15 [ARG] 1A:2043 [C] z:12 [LYS] a:2021 [C] ✔
15:15 [ARG] 1A:2044 [U] z:12 [LYS] a:2022 [U] ✔
15:15 [ARG] 1A:2068 [G] z:12 [LYS] a:2046 [G] ✔
15:40 [LYS] 1A:2894 [U] z:38 [HIS] a:2884 [U] ✔
15:18 [ALA] 1A:15 [G] z:15 [MET] a:15 [G] ✔
15:18 [ALA] 1A:16 [G] z:15 [MET] a:16 [C] ✔
15:18 [ALA] 1A:2067 [C] z:15 [MET] a:2045 [C] ✔
15:18 [ALA] 1A:2068 [G] z:15 [MET] a:2046 [G] ✔
15:19 [ARG] 1A:1309 [U] z:16 [ARG] a:1263 [U] ❌ 7K00_z_a
15:43 [HIS] 1A:2895 [C] z:41 [HIS] a:2885 [G] ❌ 7K00_z_a
15:29 [THR] 1A:2825 [C] z:26 [THR] a:2815 [C] ❌ 7K00_z_a
15:31 [VAL] 1A:2897 [U] z:29 [SER] a:2887 [A] ❌ 7K00_z_a
15:9 [LYS] 1A:1309 [U] z:6 [ASN] a:1263 [U] ❌ 7K00_z_a
15:9 [LYS] 1A:2040 [G] z:6 [ASN] a:2018 [G] ❌ 7K00_z_a
15:9 [LYS] 1A:2627 [U] z:6 [ASN] a:2615 [U] ❌ 7K00_z_a
15:32 [PRO] 1A:2896 [G] z:30 [VAL] a:2886 [A] ❌ 7K00_z_a
15:32 [PRO] 1A:2897 [U] z:30 [VAL] a:2887 [A] ❌ 7K00_z_a
15:7 [PRO] 1A:2037 [A] z:4 [GLN] a:2015 [A] ❌ 7K00_z_a
15:17 [ASP] 1A:543 [G] z:14 [GLY] a:518 [G] ❌ 7K00_z_a
15:15 [ARG] 1A:2067 [C] z:12 [LYS] a:2045 [C] ❌ 4Y4O_15_1A
15:20 [ARG] 1A:543 [G] z:17 [ARG] a:518 [G] ❌ 4Y4O_15_1A
15:5 [PRO] 1A:2076 [A] z:2 [ALA] a:2054 [A] ❌ 4Y4O_15_1A
15:5 [PRO] 1A:2624 [C] z:2 [ALA] a:2612 [C] ❌ 4Y4O_15_1A
15:29 [THR] 1A:2897 [U] z:26 [THR] a:2887 [A] ❌ 4Y4O_15_1A
15:30 [LEU] 1A:2896 [G] z:28 [LEU] a:2886 [A] ❌ 4Y4O_15_1A
15:40 [LYS] 1A:2895 [C] z:38 [HIS] a:2885 [G] ❌ 4Y4O_15_1A
15:7 [PRO] 1A:1309 [U] z:4 [GLN] a:1263 [U] ❌ 4Y4O_15_1A
15:44 [THR] 1A:2826 [C] z:42 [HIS] a:2816 [G] ❌ 4Y4O_15_1A
15:53 [ALA] 1A:2893 [A] z:50 [ARG] a:2883 [A] ❌ 4Y4O_15_1A
15:10 [LYS] 1A:541 [C] z:7 [LYS] a:516 [C] ❌ 4Y4O_15_1A
15:10 [LYS] 1A:2042 [A] z:7 [LYS] a:2020 [A] ❌ 4Y4O_15_1A
15:5 [PRO] 1A:794 [U] z:2 [ALA] a:747 [5MU] ❌ 7K00_a:747 no longer at interface
15:15 [ARG] 1A:2628 [C] z:12 [LYS] a:2616 [C] ❌ 7K00_a:2616 no longer at interface
15:15 [ARG] 1A:2629 [C] z:12 [LYS] a:2617 [U] ❌ 7K00_a:2617 no longer at interface
15:29 [THR] 1A:2898 [C] z:26 [THR] a:2888 [C] ❌ 4Y4O_1A:2898 no longer at interface
15:53 [ALA] 1A:2842 [U] z:50 [ARG] a:2832 [U] ❌ 4Y4O_1A:2842 no longer at interface
15:54 [GLY] 1A:2894 [U] z:51 [GLY] a:2884 [U] ❌ 7K00_z:51 no longer at interface
15:55 [ARG] 1A:2892 [A] z:52 [ARG] a:2882 [A] ❌ 7K00_z:52 no longer at interface
15:33 [CYS] 1A:2895 [C] z:31 [ASP] a:2885 [G] ❌ 4Y4O_15:33 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Rubredoxin-related Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.96 1.33 0.35 0.78 0.96 0.94 0.96 0.89 0.85 0.50 0.26


Other pairs involving 4Y4O_15_1A or 7K00_z_a

Total number of entries: 6

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_15_1A 6S0Z_Z_A 0.91 0.96 1.31 0.42 Rubredoxin-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_15_1A 7OF0_0_A 0.74 0.93 1.15 0.14 Rubredoxin-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_15_1A 7RYG_Z_A 0.87 0.96 1.43 0.39 Rubredoxin-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_15_1A 7OF7_0_A 0.77 0.94 1.15 0.14 Rubredoxin-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_15_1A 7K00_z_a 0.89 0.96 1.33 0.35 Rubredoxin-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_Z_A 7K00_z_a 0.87 0.97 1.53 0.24 Rubredoxin-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare