Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0Z_Z
|
6S0Z_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| Z:2 [ALA] | A:2042 [A] | 3.7 | A:1302 [G] | 82.83 | ||
| Z:2 [ALA] | A:2081 [A] | 4.56 | A:2642 [U] | 82.83 | ||
| Z:2 [ALA] | A:2083 [G] | 3.59 | A:2639 [C] | 82.83 | ||
| Z:2 [ALA] | A:2604 [A] | 3.34 | 82.83 | |||
| Z:2 [ALA] | A:2639 [C] | 3.55 | A:2083 [G] | 82.83 | ||
| Z:2 [ALA] | A:2640 [U] | 4.32 | A:2040 [A] | 82.83 | ||
| Z:2 [ALA] | A:2641 [A] | 3.72 | 82.83 | |||
| Z:2 [ALA] | A:2642 [U] | 3.31 | A:2081 [A] | base:BB | 82.83 | |
| Z:3 [VAL] | A:2042 [A] | 3.39 | A:1302 [G] | 55.8 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2043 [U] | 3.99 | A:1301 [U] | 55.8 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2081 [A] | 4.82 | A:2642 [U] | 55.8 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2083 [G] | 4.76 | A:2639 [C] | 55.8 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2084 [G] | 3.79 | A:2638 [C] | 55.8 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2642 [U] | 3.22 | A:2081 [A] | 55.8 | ||
| Z:4 [PRO] | A:1302 [G] | 4.28 | A:2042 [A] | 90.71 | ||
| Z:4 [PRO] | A:2042 [A] | 4.01 | A:1302 [G] | 90.71 | ||
| Z:4 [PRO] | A:2043 [U] | 2.63 | A:1301 [U] | sugar:BB | 90.71 | |
| Z:4 [PRO] | A:2044 [C] | 4.3 | A:1300 [G] | 90.71 | ||
| Z:4 [PRO] | A:2642 [U] | 3.46 | A:2081 [A] | 90.71 | ||
| Z:5 [LYS] | A:2043 [U] | 4.4 | A:1301 [U] | 84.71 | ||
| Z:5 [LYS] | A:2044 [C] | 3.54 | A:1300 [G] | 84.71 | ||
| Z:5 [LYS] | A:2045 [A] | 4.93 | A:576 [U] | 84.71 | ||
| Z:5 [LYS] | A:2081 [A] | 3.84 | A:2642 [U] | 84.71 | ||
| Z:5 [LYS] | A:2082 [C] | 2.69 | A:2526 [C] | 84.71 | ||
| Z:5 [LYS] | A:2083 [G] | 2.96 | A:2639 [C] | 84.71 | ||
| Z:5 [LYS] | A:2084 [G] | 4.93 | A:2638 [C] | 84.71 | ||
| Z:5 [LYS] | A:2642 [U] | 3.72 | A:2081 [A] | 84.71 | ||
| Z:6 [ARG] | A:2044 [C] | 3.16 | A:1300 [G] | 71.12 | ||
| Z:6 [ARG] | A:2045 [A] | 3.99 | A:576 [U] | 71.12 | ||
| Z:6 [ARG] | A:2046 [U] | 2.55 | A:2062 [G] | base/AA stacks | 71.12 | |
| Z:6 [ARG] | A:2047 [A] | 3.2 | A:2061 [U] | base:SC | 71.12 | |
| Z:6 [ARG] | A:2049 [U] | 3.59 | 71.12 | |||
| Z:6 [ARG] | A:2642 [U] | 4.68 | A:2081 [A] | 71.12 | ||
| Z:7 [ARG] | A:561 [C] | 4.97 | A:24 [G] | 80.81 | ||
| Z:7 [ARG] | A:622 [A] | 3.39 | A:1299 [U] | sugar:SC | 80.81 | |
| Z:7 [ARG] | A:623 [C] | 3.69 | A:1298 [G] | sugar:SC | 80.81 | |
| Z:7 [ARG] | A:1300 [G] | 4.14 | A:2044 [C] | 80.81 | ||
| Z:7 [ARG] | A:1301 [U] | 4.22 | A:2043 [U] | 80.81 | ||
| Z:7 [ARG] | A:2044 [C] | 3.21 | A:1300 [G] | sugar:BB | 80.81 | |
| Z:7 [ARG] | A:2046 [U] | 3.3 | A:2062 [G] | 80.81 | ||
| Z:7 [ARG] | A:2047 [A] | 3.15 | A:2061 [U] | 80.81 | ||
| Z:7 [ARG] | A:2049 [U] | 4.9 | 80.81 | |||
| Z:8 [THR] | A:1301 [U] | 2.29 | A:2043 [U] | sugar:BB, sugar:SC | 43.1 | |
| Z:8 [THR] | A:1302 [G] | 3.3 | A:2042 [A] | 43.1 | ||
| Z:8 [THR] | A:2642 [U] | 4.21 | A:2081 [A] | 43.1 | ||
| Z:9 [SER] | A:2047 [A] | 3.97 | A:2061 [U] | 97.64 | ||
| Z:9 [SER] | A:2048 [G] | 2.68 | 97.64 | |||
| Z:10 [LYS] | A:17 [G] | 4.96 | A:568 [C] | 52.36 | ||
| Z:10 [LYS] | A:561 [C] | 3.68 | A:24 [G] | 52.36 | ||
| Z:10 [LYS] | A:562 [C] | 2.94 | A:23 [G] | 52.36 | ||
| Z:11 [THR] | A:16 [G] | 3.9 | A:569 [U] | 63.9 | ||
| Z:11 [THR] | A:17 [G] | 3.39 | A:568 [C] | 63.9 | ||
| Z:11 [THR] | A:2047 [A] | 4.51 | A:2061 [U] | 63.9 | ||
| Z:11 [THR] | A:2048 [G] | 2.44 | 63.9 | |||
| Z:12 [ARG] | A:2048 [G] | 3.22 | 84.05 | |||
| Z:12 [ARG] | A:2049 [U] | 2.39 | 84.05 | |||
| Z:12 [ARG] | A:2073 [G] | 4.22 | A:2649 [U] | 84.05 | ||
| Z:12 [ARG] | A:2643 [C] | 4.21 | A:2080 [G] | 84.05 | ||
| Z:12 [ARG] | A:2644 [C] | 4.94 | A:2079 [G] | 84.05 | ||
| Z:13 [LYS] | A:561 [C] | 4.95 | A:24 [G] | 55.17 | ||
| Z:13 [LYS] | A:562 [C] | 2.74 | A:23 [G] | 55.17 | ||
| Z:13 [LYS] | A:1300 [G] | 4.31 | A:2044 [C] | 55.17 | ||
| Z:13 [LYS] | A:1301 [U] | 2.84 | A:2043 [U] | 55.17 | ||
| Z:13 [LYS] | A:1302 [G] | 4.18 | A:2042 [A] | 55.17 | ||
| Z:14 [ASN] | A:15 [G] | 3.99 | A:570 [U] | 40.19 | ||
| Z:14 [ASN] | A:16 [G] | 3.56 | A:569 [U] | 40.19 | ||
| Z:14 [ASN] | A:563 [G] | 4.67 | A:22 [C] | 40.19 | ||
| Z:15 [LYS] | A:15 [G] | 3.93 | A:570 [U] | 35.17 | ||
| Z:15 [LYS] | A:16 [G] | 3.71 | A:569 [U] | 35.17 | ||
| Z:15 [LYS] | A:2071 [C] | 4.81 | A:2651 [G] | 35.17 | ||
| Z:15 [LYS] | A:2072 [C] | 3.24 | A:2650 [G] | sugar:BB | 35.17 | |
| Z:15 [LYS] | A:2073 [G] | 3.86 | A:2649 [U] | 35.17 | ||
| Z:16 [ARG] | A:1302 [G] | 2.57 | A:2042 [A] | 91.81 | ||
| Z:16 [ARG] | A:1303 [A] | 3.8 | 91.81 | |||
| Z:16 [ARG] | A:1304 [G] | 2.62 | A:1305 [U] | 91.81 | ||
| Z:16 [ARG] | A:2072 [C] | 4.28 | A:2650 [G] | 91.81 | ||
| Z:16 [ARG] | A:2073 [G] | 3.43 | A:2649 [U] | 91.81 | ||
| Z:16 [ARG] | A:2074 [C] | 4.04 | A:2648 [G] | 91.81 | ||
| Z:17 [ARG] | A:563 [G] | 4.16 | A:22 [C] | 86.79 | ||
| Z:17 [ARG] | A:1301 [U] | 4.42 | A:2043 [U] | 86.79 | ||
| Z:17 [ARG] | A:1302 [G] | 4.21 | A:2042 [A] | 86.79 | ||
| Z:17 [ARG] | A:1303 [A] | 3.66 | sugar:SC | 86.79 | ||
| Z:17 [ARG] | A:1304 [G] | 2.94 | A:1305 [U] | 86.79 | ||
| Z:18 [THR] | A:14 [A] | 3.59 | sugar:SC | 72.73 | ||
| Z:18 [THR] | A:15 [G] | 3.02 | A:570 [U] | sugar:SC | 72.73 | |
| Z:18 [THR] | A:2072 [C] | 2.98 | A:2650 [G] | 72.73 | ||
| Z:19 [HIS] | A:14 [A] | 4.63 | 70.08 | |||
| Z:19 [HIS] | A:2072 [C] | 3.35 | A:2650 [G] | base:SC | 70.08 | |
| Z:19 [HIS] | A:2073 [G] | 4.1 | A:2649 [U] | 70.08 | ||
| Z:19 [HIS] | A:2650 [G] | 3.79 | A:2072 [C] | 70.08 | ||
| Z:19 [HIS] | A:2651 [G] | 3.27 | A:2071 [C] | base:SC | 70.08 | |
| Z:20 [PHE] | A:1304 [G] | 3.99 | A:1305 [U] | 0.82 | ||
| Z:21 [LYS] | A:14 [A] | 3.68 | 45.96 | |||
| Z:21 [LYS] | A:15 [G] | 3.47 | A:570 [U] | 45.96 | ||
| Z:24 [VAL] | A:2834 [C] | 4.69 | A:2906 [G] | 4.37 | ||
| Z:25 [PRO] | A:2834 [C] | 4.75 | A:2906 [G] | 0.0 | ||
| Z:26 [GLY] | A:2834 [C] | 4.2 | A:2906 [G] | 35.66 | ||
| Z:28 [THR] | A:2904 [U] | 4.37 | 47.69 | |||
| Z:28 [THR] | A:2905 [C] | 2.82 | base:SC, base:SC | 47.69 | ||
| Z:28 [THR] | A:2906 [G] | 3.89 | A:2834 [C] | 47.69 | ||
| Z:29 [GLU] | A:2905 [C] | 4.6 | 15.79 | |||
| Z:29 [GLU] | A:2906 [G] | 4.89 | A:2834 [C] | 15.79 | ||
| Z:29 [GLU] | A:2907 [A] | 4.59 | A:2833 [U] | 15.79 | ||
| Z:31 [PRO] | A:2905 [C] | 3.31 | 42.74 | |||
| Z:37 [LYS] | A:2904 [U] | 3.48 | 51.87 | |||
| Z:37 [LYS] | A:2905 [C] | 3.07 | 51.87 | |||
| Z:38 [LEU] | A:2904 [U] | 4.93 | 39.88 | |||
| Z:39 [SER] | A:2835 [C] | 3.39 | A:2851 [G] | sugar:SC | 44.96 | |
| Z:39 [SER] | A:2904 [U] | 4.34 | 44.96 | |||
| Z:39 [SER] | A:2905 [C] | 4.14 | 44.96 | |||
| Z:40 [HIS] | A:2835 [C] | 2.31 | A:2851 [G] | sugar:SC | 99.0 | |
| Z:40 [HIS] | A:2836 [C] | 3.58 | A:2850 [G] | 99.0 | ||
| Z:40 [HIS] | A:2851 [G] | 4.02 | A:2835 [C] | 99.0 | ||
| Z:40 [HIS] | A:2903 [A] | 3.56 | A:2854 [A] | 99.0 | ||
| Z:40 [HIS] | A:2904 [U] | 2.69 | base:BB | 99.0 | ||
| Z:41 [ARG] | A:2835 [C] | 3.4 | A:2851 [G] | 46.11 | ||
| Z:41 [ARG] | A:2836 [C] | 2.84 | A:2850 [G] | 46.11 | ||
| Z:41 [ARG] | A:2904 [U] | 4.77 | 46.11 | |||
| Z:48 [SER] | A:2904 [U] | 4.82 | 10.88 | |||
| Z:49 [TYR] | A:2903 [A] | 4.55 | A:2854 [A] | 90.99 | ||
| Z:49 [TYR] | A:2904 [U] | 2.99 | 90.99 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group98 | 6S0Z_Z_A | Z: 50s ribosomal protein l32, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | A0A1Q8DAT0 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0Z_Z_A | 7RYG_Z_A | 0.85 | 0.97 | 1.46 | 0.33 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7OF0_0_A | 0.73 | 0.92 | 1.21 | 0.21 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7K00_z_a | 0.87 | 0.97 | 1.53 | 0.24 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7OF7_0_A | 0.74 | 0.93 | 1.18 | 0.21 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_15_1A | 6S0Z_Z_A | 0.91 | 0.96 | 1.31 | 0.42 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |