Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0Z_Z
|
6S0Z_A
|
7K00_z
|
7K00_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| Z:4 [PRO] | A:1302 [G] | z:4 [GLN] | a:1264 [A] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2043 [U] | z:4 [GLN] | a:2016 [U] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2044 [C] | z:4 [GLN] | a:2017 [U] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2642 [U] | z:4 [GLN] | a:2615 [U] | ✔ |
| Z:10 [LYS] | A:17 [G] | z:10 [ARG] | a:17 [G] | ✔ |
| Z:10 [LYS] | A:561 [C] | z:10 [ARG] | a:516 [C] | ✔ |
| Z:10 [LYS] | A:562 [C] | z:10 [ARG] | a:517 [C] | ✔ |
| Z:38 [LEU] | A:2904 [U] | z:39 [LEU] | a:2884 [U] | ✔ |
| Z:8 [THR] | A:1301 [U] | z:8 [PRO] | a:1263 [U] | ✔ |
| Z:8 [THR] | A:1302 [G] | z:8 [PRO] | a:1264 [A] | ✔ |
| Z:8 [THR] | A:2642 [U] | z:8 [PRO] | a:2615 [U] | ✔ |
| Z:41 [ARG] | A:2836 [C] | z:42 [HIS] | a:2816 [G] | ✔ |
| Z:41 [ARG] | A:2904 [U] | z:42 [HIS] | a:2884 [U] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2042 [A] | z:3 [VAL] | a:2015 [A] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2043 [U] | z:3 [VAL] | a:2016 [U] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2081 [A] | z:3 [VAL] | a:2054 [A] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2083 [G] | z:3 [VAL] | a:2056 [G] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2084 [G] | z:3 [VAL] | a:2057 [G] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2642 [U] | z:3 [VAL] | a:2615 [U] | ✔ |
| Z:49 [TYR] | A:2903 [A] | z:49 [TYR] | a:2883 [A] | ✔ |
| Z:49 [TYR] | A:2904 [U] | z:49 [TYR] | a:2884 [U] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:1302 [G] | z:16 [ARG] | a:1264 [A] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:1303 [A] | z:16 [ARG] | a:1265 [A] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:1304 [G] | z:16 [ARG] | a:1266 [G] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:2072 [C] | z:16 [ARG] | a:2045 [C] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:2073 [G] | z:16 [ARG] | a:2046 [G] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:2074 [C] | z:16 [ARG] | a:2047 [C] | ✔ |
| Z:11 [THR] | A:16 [G] | z:11 [SER] | a:16 [C] | ✔ |
| Z:11 [THR] | A:17 [G] | z:11 [SER] | a:17 [G] | ✔ |
| Z:11 [THR] | A:2048 [G] | z:11 [SER] | a:2021 [C] | ✔ |
| Z:20 [PHE] | A:1304 [G] | z:20 [ASP] | a:1266 [G] | ✔ |
| Z:37 [LYS] | A:2904 [U] | z:38 [HIS] | a:2884 [U] | ✔ |
| Z:37 [LYS] | A:2905 [C] | z:38 [HIS] | a:2885 [G] | ✔ |
| Z:18 [THR] | A:14 [A] | z:18 [SER] | a:14 [A] | ✔ |
| Z:18 [THR] | A:15 [G] | z:18 [SER] | a:15 [G] | ✔ |
| Z:18 [THR] | A:2072 [C] | z:18 [SER] | a:2045 [C] | ✔ |
| Z:21 [LYS] | A:15 [G] | z:21 [ALA] | a:15 [G] | ✔ |
| Z:39 [SER] | A:2835 [C] | z:40 [ARG] | a:2815 [C] | ✔ |
| Z:39 [SER] | A:2904 [U] | z:40 [ARG] | a:2884 [U] | ✔ |
| Z:39 [SER] | A:2905 [C] | z:40 [ARG] | a:2885 [G] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2835 [C] | z:41 [HIS] | a:2815 [C] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2836 [C] | z:41 [HIS] | a:2816 [G] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2851 [G] | z:41 [HIS] | a:2831 [G] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2903 [A] | z:41 [HIS] | a:2883 [A] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2904 [U] | z:41 [HIS] | a:2884 [U] | ✔ |
| Z:19 [HIS] | A:14 [A] | z:19 [HIS] | a:14 [A] | ✔ |
| Z:19 [HIS] | A:2072 [C] | z:19 [HIS] | a:2045 [C] | ✔ |
| Z:19 [HIS] | A:2073 [G] | z:19 [HIS] | a:2046 [G] | ✔ |
| Z:19 [HIS] | A:2650 [G] | z:19 [HIS] | a:2623 [G] | ✔ |
| Z:19 [HIS] | A:2651 [G] | z:19 [HIS] | a:2624 [G] | ✔ |
| Z:15 [LYS] | A:15 [G] | z:15 [MET] | a:15 [G] | ✔ |
| Z:15 [LYS] | A:16 [G] | z:15 [MET] | a:16 [C] | ✔ |
| Z:15 [LYS] | A:2072 [C] | z:15 [MET] | a:2045 [C] | ✔ |
| Z:15 [LYS] | A:2073 [G] | z:15 [MET] | a:2046 [G] | ✔ |
| Z:28 [THR] | A:2904 [U] | z:29 [SER] | a:2884 [U] | ✔ |
| Z:28 [THR] | A:2905 [C] | z:29 [SER] | a:2885 [G] | ✔ |
| Z:28 [THR] | A:2906 [G] | z:29 [SER] | a:2886 [A] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2044 [C] | z:6 [ASN] | a:2017 [U] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2046 [U] | z:6 [ASN] | a:2019 [A] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2047 [A] | z:6 [ASN] | a:2020 [A] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2049 [U] | z:6 [ASN] | a:2022 [U] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:563 [G] | z:17 [ARG] | a:518 [G] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1301 [U] | z:17 [ARG] | a:1263 [U] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1302 [G] | z:17 [ARG] | a:1264 [A] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1303 [A] | z:17 [ARG] | a:1265 [A] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1304 [G] | z:17 [ARG] | a:1266 [G] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2043 [U] | z:5 [GLN] | a:2016 [U] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2044 [C] | z:5 [GLN] | a:2017 [U] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2045 [A] | z:5 [GLN] | a:2018 [G] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2081 [A] | z:5 [GLN] | a:2054 [A] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2082 [C] | z:5 [GLN] | a:2055 [C] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2083 [G] | z:5 [GLN] | a:2056 [G] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2084 [G] | z:5 [GLN] | a:2057 [G] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2642 [U] | z:5 [GLN] | a:2615 [U] | ✔ |
| Z:31 [PRO] | A:2905 [C] | z:32 [LYS] | a:2885 [G] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:561 [C] | z:13 [ARG] | a:516 [C] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:562 [C] | z:13 [ARG] | a:517 [C] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:1300 [G] | z:13 [ARG] | a:1262 [A] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:1301 [U] | z:13 [ARG] | a:1263 [U] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:1302 [G] | z:13 [ARG] | a:1264 [A] | ✔ |
| Z:29 [GLU] | A:2905 [C] | z:30 [VAL] | a:2885 [G] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:561 [C] | z:7 [LYS] | a:516 [C] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:622 [A] | z:7 [LYS] | a:579 [G] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:1300 [G] | z:7 [LYS] | a:1262 [A] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:1301 [U] | z:7 [LYS] | a:1263 [U] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2044 [C] | z:7 [LYS] | a:2017 [U] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2046 [U] | z:7 [LYS] | a:2019 [A] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2047 [A] | z:7 [LYS] | a:2020 [A] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2049 [U] | z:7 [LYS] | a:2022 [U] | ✔ |
| Z:14 [ASN] | A:15 [G] | z:14 [GLY] | a:15 [G] | ✔ |
| Z:14 [ASN] | A:16 [G] | z:14 [GLY] | a:16 [C] | ✔ |
| Z:9 [SER] | A:2047 [A] | z:9 [THR] | a:2020 [A] | ✔ |
| Z:9 [SER] | A:2048 [G] | z:9 [THR] | a:2021 [C] | ✔ |
| Z:12 [ARG] | A:2048 [G] | z:12 [LYS] | a:2021 [C] | ✔ |
| Z:12 [ARG] | A:2049 [U] | z:12 [LYS] | a:2022 [U] | ✔ |
| Z:12 [ARG] | A:2073 [G] | z:12 [LYS] | a:2046 [G] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2042 [A] | z:2 [ALA] | a:2015 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2081 [A] | z:2 [ALA] | a:2054 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2083 [G] | z:2 [ALA] | a:2056 [G] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2604 [A] | z:2 [ALA] | a:2577 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2639 [C] | z:2 [ALA] | a:2612 [C] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2640 [U] | z:2 [ALA] | a:2613 [U] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2641 [A] | z:2 [ALA] | a:2614 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2642 [U] | z:2 [ALA] | a:2615 [U] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2042 [A] | z:4 [GLN] | a:2015 [A] | ❌ 7K00_z_a |
| Z:41 [ARG] | A:2835 [C] | z:42 [HIS] | a:2815 [C] | ❌ 7K00_z_a |
| Z:11 [THR] | A:2047 [A] | z:11 [SER] | a:2020 [A] | ❌ 7K00_z_a |
| Z:21 [LYS] | A:14 [A] | z:21 [ALA] | a:14 [A] | ❌ 7K00_z_a |
| Z:26 [GLY] | A:2834 [C] | z:27 [SER] | a:2814 [A] | ❌ 7K00_z_a |
| Z:6 [ARG] | A:2045 [A] | z:6 [ASN] | a:2018 [G] | ❌ 7K00_z_a |
| Z:6 [ARG] | A:2642 [U] | z:6 [ASN] | a:2615 [U] | ❌ 7K00_z_a |
| Z:29 [GLU] | A:2906 [G] | z:30 [VAL] | a:2886 [A] | ❌ 7K00_z_a |
| Z:29 [GLU] | A:2907 [A] | z:30 [VAL] | a:2887 [A] | ❌ 7K00_z_a |
| Z:14 [ASN] | A:563 [G] | z:14 [GLY] | a:518 [G] | ❌ 7K00_z_a |
| Z:10 [LYS] | A:16 [G] | z:10 [ARG] | a:16 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:12 [ARG] | A:2072 [C] | z:12 [LYS] | a:2045 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:13 [LYS] | A:563 [G] | z:13 [ARG] | a:518 [G] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:13 [LYS] | A:1304 [G] | z:13 [ARG] | a:1266 [G] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:17 [ARG] | A:15 [G] | z:17 [ARG] | a:15 [G] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:26 [GLY] | A:2906 [G] | z:27 [SER] | a:2886 [A] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:26 [GLY] | A:2907 [A] | z:27 [SER] | a:2887 [A] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:3 [VAL] | A:2641 [A] | z:3 [VAL] | a:2614 [A] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:4 [PRO] | A:1301 [U] | z:4 [GLN] | a:1263 [U] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:39 [SER] | A:2906 [G] | z:40 [ARG] | a:2886 [A] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:39 [SER] | A:2836 [C] | z:40 [ARG] | a:2816 [G] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:15 [LYS] | A:2071 [C] | z:15 [MET] | a:2044 [C] | ❌ 7K00_a:2044 no longer at interface |
| Z:7 [ARG] | A:623 [C] | z:7 [LYS] | a:580 [U] | ❌ 7K00_a:580 no longer at interface |
| Z:12 [ARG] | A:2643 [C] | z:12 [LYS] | a:2616 [C] | ❌ 7K00_a:2616 no longer at interface |
| Z:12 [ARG] | A:2644 [C] | z:12 [LYS] | a:2617 [U] | ❌ 7K00_a:2617 no longer at interface |
| Z:26 [GLY] | A:2908 [U] | z:27 [SER] | a:2888 [C] | ❌ 6S0Z_A:2908 no longer at interface |
| Z:49 [TYR] | A:2902 [A] | z:49 [TYR] | a:2882 [A] | ❌ 6S0Z_A:2902 no longer at interface |
| Z:25 [PRO] | A:2834 [C] | z:25 [VAL] | a:2814 [A] | ❌ 7K00_z:25 no longer at interface |
| Z:24 [VAL] | A:2834 [C] | z:24 [ALA] | a:2814 [A] | ❌ 7K00_z:24 no longer at interface |
| Z:48 [SER] | A:2904 [U] | z:48 [TYR] | a:2884 [U] | ❌ 7K00_z:48 no longer at interface |
| Z:27 [MET] | A:2906 [G] | z:28 [LEU] | a:2886 [A] | ❌ 6S0Z_Z:27 no longer at interface |
| Z:27 [MET] | A:2907 [A] | z:28 [LEU] | a:2887 [A] | ❌ 6S0Z_Z:27 no longer at interface |
| Z:30 [CYS] | A:2905 [C] | z:31 [ASP] | a:2885 [G] | ❌ 6S0Z_Z:30 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.97 | 1.53 | 0.24 | 0.69 | 0.97 | 0.91 | 0.94 | 0.87 | 0.67 | 0.38 | 0.36 |
Other pairs involving 6S0Z_Z_A or 7K00_z_a
Total number of entries: 6
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0Z_Z_A | 7RYG_Z_A | 0.85 | 0.97 | 1.46 | 0.33 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7OF0_0_A | 0.73 | 0.92 | 1.21 | 0.21 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7K00_z_a | 0.87 | 0.97 | 1.53 | 0.24 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7OF7_0_A | 0.74 | 0.93 | 1.18 | 0.21 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_15_1A | 6S0Z_Z_A | 0.91 | 0.96 | 1.31 | 0.42 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_15_1A | 7K00_z_a | 0.89 | 0.96 | 1.33 | 0.35 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |