Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0Z_Z
|
6S0Z_A
|
7OF7_0
|
7OF7_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| Z:4 [PRO] | A:1302 [G] | 0:81 [PRO] | A:2308 [A] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2042 [A] | 0:81 [PRO] | A:2678 [A] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2043 [U] | 0:81 [PRO] | A:2679 [U] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2044 [C] | 0:81 [PRO] | A:2680 [U] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2642 [U] | 0:81 [PRO] | A:3102 [U] | ✔ |
| Z:10 [LYS] | A:562 [C] | 0:87 [ILE] | A:1817 [C] | ✔ |
| Z:8 [THR] | A:1301 [U] | 0:85 [ARG] | A:2307 [U] | ✔ |
| Z:8 [THR] | A:1302 [G] | 0:85 [ARG] | A:2308 [A] | ✔ |
| Z:8 [THR] | A:2642 [U] | 0:85 [ARG] | A:3102 [U] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2042 [A] | 0:80 [ALA] | A:2678 [A] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2043 [U] | 0:80 [ALA] | A:2679 [U] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2081 [A] | 0:80 [ALA] | A:2717 [A] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2083 [G] | 0:80 [ALA] | A:2719 [G] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2084 [G] | 0:80 [ALA] | A:2720 [A] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2642 [U] | 0:80 [ALA] | A:3102 [U] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:1302 [G] | 0:93 [ARG] | A:2308 [A] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:1303 [A] | 0:93 [ARG] | A:2309 [A] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:1304 [G] | 0:93 [ARG] | A:2310 [G] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:2072 [C] | 0:93 [ARG] | A:2708 [C] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:2073 [G] | 0:93 [ARG] | A:2709 [A] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:2074 [C] | 0:93 [ARG] | A:2710 [C] | ✔ |
| Z:11 [THR] | A:2047 [A] | 0:88 [GLU] | A:2683 [C] | ✔ |
| Z:11 [THR] | A:2048 [G] | 0:88 [GLU] | A:2684 [C] | ✔ |
| Z:18 [THR] | A:2072 [C] | 0:96 [ASN] | A:2708 [C] | ✔ |
| Z:39 [SER] | A:2835 [C] | 0:119 [LYS] | A:3212 [C] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2835 [C] | 0:120 [HIS] | A:3212 [C] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2836 [C] | 0:120 [HIS] | A:3213 [A] | ✔ |
| Z:15 [LYS] | A:2072 [C] | 0:92 [CYS] | A:2708 [C] | ✔ |
| Z:15 [LYS] | A:2073 [G] | 0:92 [CYS] | A:2709 [A] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2044 [C] | 0:83 [ASN] | A:2680 [U] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2045 [A] | 0:83 [ASN] | A:2681 [G] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2046 [U] | 0:83 [ASN] | A:2682 [A] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2047 [A] | 0:83 [ASN] | A:2683 [C] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2049 [U] | 0:83 [ASN] | A:2685 [U] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2642 [U] | 0:83 [ASN] | A:3102 [U] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1301 [U] | 0:94 [ARG] | A:2307 [U] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1302 [G] | 0:94 [ARG] | A:2308 [A] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1303 [A] | 0:94 [ARG] | A:2309 [A] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1304 [G] | 0:94 [ARG] | A:2310 [G] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2043 [U] | 0:82 [LYS] | A:2679 [U] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2044 [C] | 0:82 [LYS] | A:2680 [U] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2045 [A] | 0:82 [LYS] | A:2681 [G] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2081 [A] | 0:82 [LYS] | A:2717 [A] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2082 [C] | 0:82 [LYS] | A:2718 [C] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2083 [G] | 0:82 [LYS] | A:2719 [G] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2084 [G] | 0:82 [LYS] | A:2720 [A] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2642 [U] | 0:82 [LYS] | A:3102 [U] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:562 [C] | 0:90 [ASN] | A:1817 [C] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:1301 [U] | 0:90 [ASN] | A:2307 [U] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:1302 [G] | 0:90 [ASN] | A:2308 [A] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:561 [C] | 0:84 [ARG] | A:1816 [G] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:622 [A] | 0:84 [ARG] | A:1860 [A] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:1300 [G] | 0:84 [ARG] | A:2306 [A] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:1301 [U] | 0:84 [ARG] | A:2307 [U] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2044 [C] | 0:84 [ARG] | A:2680 [U] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2046 [U] | 0:84 [ARG] | A:2682 [A] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2047 [A] | 0:84 [ARG] | A:2683 [C] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2049 [U] | 0:84 [ARG] | A:2685 [U] | ✔ |
| Z:14 [ASN] | A:563 [G] | 0:91 [ARG] | A:1818 [A] | ✔ |
| Z:9 [SER] | A:2047 [A] | 0:86 [THR] | A:2683 [C] | ✔ |
| Z:9 [SER] | A:2048 [G] | 0:86 [THR] | A:2684 [C] | ✔ |
| Z:12 [ARG] | A:2048 [G] | 0:89 [VAL] | A:2684 [C] | ✔ |
| Z:12 [ARG] | A:2073 [G] | 0:89 [VAL] | A:2709 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2042 [A] | 0:79 [ALA] | A:2678 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2081 [A] | 0:79 [ALA] | A:2717 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2083 [G] | 0:79 [ALA] | A:2719 [G] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2604 [A] | 0:79 [ALA] | A:3064 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2639 [C] | 0:79 [ALA] | A:3099 [C] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2640 [U] | 0:79 [ALA] | A:3100 [U] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2641 [A] | 0:79 [ALA] | A:3101 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2642 [U] | 0:79 [ALA] | A:3102 [U] | ✔ |
| Z:10 [LYS] | A:561 [C] | 0:87 [ILE] | A:1816 [G] | ❌ 7OF7_0_A |
| Z:20 [PHE] | A:1304 [G] | 0:99 [LYS] | A:2310 [G] | ❌ 7OF7_0_A |
| Z:19 [HIS] | A:2072 [C] | 0:97 [PRO] | A:2708 [C] | ❌ 7OF7_0_A |
| Z:19 [HIS] | A:2073 [G] | 0:97 [PRO] | A:2709 [A] | ❌ 7OF7_0_A |
| Z:17 [ARG] | A:563 [G] | 0:94 [ARG] | A:1818 [A] | ❌ 7OF7_0_A |
| Z:13 [LYS] | A:561 [C] | 0:90 [ASN] | A:1816 [G] | ❌ 7OF7_0_A |
| Z:13 [LYS] | A:1300 [G] | 0:90 [ASN] | A:2306 [A] | ❌ 7OF7_0_A |
| Z:12 [ARG] | A:2049 [U] | 0:89 [VAL] | A:2685 [U] | ❌ 7OF7_0_A |
| Z:12 [ARG] | A:2643 [C] | 0:89 [VAL] | A:3103 [C] | ❌ 7OF7_0_A |
| Z:26 [GLY] | A:2835 [C] | 0:106 [ASN] | A:3212 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:26 [GLY] | A:2836 [C] | 0:106 [ASN] | A:3213 [A] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:6 [ARG] | A:1301 [U] | 0:83 [ASN] | A:2307 [U] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:7 [ARG] | A:562 [C] | 0:84 [ARG] | A:1817 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:8 [THR] | A:2643 [C] | 0:85 [ARG] | A:3103 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:8 [THR] | A:1303 [A] | 0:85 [ARG] | A:2309 [A] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:10 [LYS] | A:563 [G] | 0:87 [ILE] | A:1818 [A] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:14 [ASN] | A:562 [C] | 0:91 [ARG] | A:1817 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:18 [THR] | A:2073 [G] | 0:96 [ASN] | A:2709 [A] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:20 [PHE] | A:2074 [C] | 0:99 [LYS] | A:2710 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:20 [PHE] | A:2073 [G] | 0:99 [LYS] | A:2709 [A] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:15 [LYS] | A:2071 [C] | 0:92 [CYS] | A:2707 [A] | ❌ 7OF7_A:2707 no longer at interface |
| Z:7 [ARG] | A:623 [C] | 0:84 [ARG] | A:1861 [U] | ❌ 7OF7_A:1861 no longer at interface |
| Z:12 [ARG] | A:2644 [C] | 0:89 [VAL] | A:3104 [U] | ❌ 7OF7_A:3104 no longer at interface |
| Z:23 [SER] | A:2846 [A] | 0:102 [LYS] | A:3223 [A] | ❌ 6S0Z_Z:23, 6S0Z_A:2846 no longer at interface |
| Z:23 [SER] | A:2845 [G] | 0:102 [LYS] | A:3222 [C] | ❌ 6S0Z_Z:23, 6S0Z_A:2845 no longer at interface |
| Z:11 [THR] | A:569 [U] | 0:88 [GLU] | A:1821 [A] | ❌ 6S0Z_A:569 no longer at interface |
| Z:14 [ASN] | A:569 [U] | 0:91 [ARG] | A:1821 [A] | ❌ 6S0Z_A:569 no longer at interface |
| Z:15 [LYS] | A:569 [U] | 0:92 [CYS] | A:1821 [A] | ❌ 6S0Z_A:569 no longer at interface |
| Z:15 [LYS] | A:570 [U] | 0:92 [CYS] | A:1822 [U] | ❌ 6S0Z_A:570 no longer at interface |
| Z:18 [THR] | A:569 [U] | 0:96 [ASN] | A:1821 [A] | ❌ 6S0Z_A:569 no longer at interface |
| Z:19 [HIS] | A:569 [U] | 0:97 [PRO] | A:1821 [A] | ❌ 6S0Z_A:569 no longer at interface |
| Z:41 [ARG] | A:2835 [C] | 0:121 [VAL] | A:3212 [C] | ❌ 7OF7_0:121 no longer at interface |
| Z:41 [ARG] | A:2836 [C] | 0:121 [VAL] | A:3213 [A] | ❌ 7OF7_0:121 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.93 | 1.18 | 0.21 | 0.69 | 0.97 | 0.67 | 0.71 | 0.74 | 0.65 | 0.28 | 0.39 |
Other pairs involving 6S0Z_Z_A or 7OF7_0_A
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0Z_Z_A | 7RYG_Z_A | 0.85 | 0.97 | 1.46 | 0.33 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7OF0_0_A | 0.73 | 0.92 | 1.21 | 0.21 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7K00_z_a | 0.87 | 0.97 | 1.53 | 0.24 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7OF7_0_A | 0.74 | 0.93 | 1.18 | 0.21 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_15_1A | 6S0Z_Z_A | 0.91 | 0.96 | 1.31 | 0.42 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_15_1A | 7OF7_0_A | 0.77 | 0.94 | 1.15 | 0.14 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_0_A | 7OF7_0_A | 1.00 | 0.98 | 0.16 | 1.0 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |