Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0Z_Z
|
6S0Z_A
|
7RYG_Z
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| Z:4 [PRO] | A:1302 [G] | Z:4 [GLN] | A:1259 [G] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2043 [U] | Z:4 [GLN] | A:2012 [U] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2044 [C] | Z:4 [GLN] | A:2013 [C] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2642 [U] | Z:4 [GLN] | A:2611 [U] | ✔ |
| Z:10 [LYS] | A:17 [G] | Z:10 [ARG] | A:24 [G] | ✔ |
| Z:10 [LYS] | A:561 [C] | Z:10 [ARG] | A:515 [C] | ✔ |
| Z:10 [LYS] | A:562 [C] | Z:10 [ARG] | A:516 [C] | ✔ |
| Z:38 [LEU] | A:2904 [U] | Z:38 [ARG] | A:2880 [U] | ✔ |
| Z:8 [THR] | A:1301 [U] | Z:8 [LYS] | A:1258 [U] | ✔ |
| Z:8 [THR] | A:1302 [G] | Z:8 [LYS] | A:1259 [G] | ✔ |
| Z:8 [THR] | A:2642 [U] | Z:8 [LYS] | A:2611 [U] | ✔ |
| Z:41 [ARG] | A:2836 [C] | Z:41 [HIS] | A:2812 [G] | ✔ |
| Z:41 [ARG] | A:2904 [U] | Z:41 [HIS] | A:2880 [U] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2042 [A] | Z:3 [VAL] | A:2011 [A] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2043 [U] | Z:3 [VAL] | A:2012 [U] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2081 [A] | Z:3 [VAL] | A:2050 [A] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2083 [G] | Z:3 [VAL] | A:2052 [G] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2084 [G] | Z:3 [VAL] | A:2053 [G] | ✔ |
| Z:3 [VAL] | A:2642 [U] | Z:3 [VAL] | A:2611 [U] | ✔ |
| Z:49 [TYR] | A:2903 [A] | Z:48 [TYR] | A:2879 [A] | ✔ |
| Z:49 [TYR] | A:2904 [U] | Z:48 [TYR] | A:2880 [U] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:1302 [G] | Z:16 [ARG] | A:1259 [G] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:1303 [A] | Z:16 [ARG] | A:1260 [A] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:1304 [G] | Z:16 [ARG] | A:1261 [G] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:2072 [C] | Z:16 [ARG] | A:2041 [C] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:2073 [G] | Z:16 [ARG] | A:2042 [G] | ✔ |
| Z:16 [ARG] | A:2074 [C] | Z:16 [ARG] | A:2043 [C] | ✔ |
| Z:11 [THR] | A:16 [G] | Z:11 [SER] | A:23 [U] | ✔ |
| Z:11 [THR] | A:17 [G] | Z:11 [SER] | A:24 [G] | ✔ |
| Z:11 [THR] | A:2048 [G] | Z:11 [SER] | A:2017 [A] | ✔ |
| Z:20 [PHE] | A:1304 [G] | Z:20 [ASP] | A:1261 [G] | ✔ |
| Z:37 [LYS] | A:2904 [U] | Z:37 [HIS] | A:2880 [U] | ✔ |
| Z:37 [LYS] | A:2905 [C] | Z:37 [HIS] | A:2881 [U] | ✔ |
| Z:18 [THR] | A:14 [A] | Z:18 [SER] | A:21 [A] | ✔ |
| Z:18 [THR] | A:15 [G] | Z:18 [SER] | A:22 [G] | ✔ |
| Z:18 [THR] | A:2072 [C] | Z:18 [SER] | A:2041 [C] | ✔ |
| Z:25 [PRO] | A:2834 [C] | Z:25 [ASN] | A:2810 [C] | ✔ |
| Z:21 [LYS] | A:15 [G] | Z:21 [ALA] | A:22 [G] | ✔ |
| Z:39 [SER] | A:2835 [C] | Z:39 [ARG] | A:2811 [C] | ✔ |
| Z:39 [SER] | A:2904 [U] | Z:39 [ARG] | A:2880 [U] | ✔ |
| Z:39 [SER] | A:2905 [C] | Z:39 [ARG] | A:2881 [U] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2835 [C] | Z:40 [HIS] | A:2811 [C] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2836 [C] | Z:40 [HIS] | A:2812 [G] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2851 [G] | Z:40 [HIS] | A:2827 [G] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2903 [A] | Z:40 [HIS] | A:2879 [A] | ✔ |
| Z:40 [HIS] | A:2904 [U] | Z:40 [HIS] | A:2880 [U] | ✔ |
| Z:19 [HIS] | A:2072 [C] | Z:19 [HIS] | A:2041 [C] | ✔ |
| Z:19 [HIS] | A:2073 [G] | Z:19 [HIS] | A:2042 [G] | ✔ |
| Z:19 [HIS] | A:2650 [G] | Z:19 [HIS] | A:2619 [G] | ✔ |
| Z:19 [HIS] | A:2651 [G] | Z:19 [HIS] | A:2620 [G] | ✔ |
| Z:15 [LYS] | A:15 [G] | Z:15 [MET] | A:22 [G] | ✔ |
| Z:15 [LYS] | A:16 [G] | Z:15 [MET] | A:23 [U] | ✔ |
| Z:15 [LYS] | A:2072 [C] | Z:15 [MET] | A:2041 [C] | ✔ |
| Z:15 [LYS] | A:2073 [G] | Z:15 [MET] | A:2042 [G] | ✔ |
| Z:28 [THR] | A:2905 [C] | Z:28 [THR] | A:2881 [U] | ✔ |
| Z:28 [THR] | A:2906 [G] | Z:28 [THR] | A:2882 [G] | ✔ |
| Z:24 [VAL] | A:2834 [C] | Z:24 [GLU] | A:2810 [C] | ✔ |
| Z:26 [GLY] | A:2834 [C] | Z:26 [ALA] | A:2810 [C] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2044 [C] | Z:6 [ASN] | A:2013 [C] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2046 [U] | Z:6 [ASN] | A:2015 [A] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2047 [A] | Z:6 [ASN] | A:2016 [A] | ✔ |
| Z:6 [ARG] | A:2049 [U] | Z:6 [ASN] | A:2018 [U] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:563 [G] | Z:17 [ARG] | A:517 [G] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1301 [U] | Z:17 [ARG] | A:1258 [U] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1302 [G] | Z:17 [ARG] | A:1259 [G] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1303 [A] | Z:17 [ARG] | A:1260 [A] | ✔ |
| Z:17 [ARG] | A:1304 [G] | Z:17 [ARG] | A:1261 [G] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2043 [U] | Z:5 [GLN] | A:2012 [U] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2044 [C] | Z:5 [GLN] | A:2013 [C] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2045 [A] | Z:5 [GLN] | A:2014 [G] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2081 [A] | Z:5 [GLN] | A:2050 [A] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2082 [C] | Z:5 [GLN] | A:2051 [C] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2083 [G] | Z:5 [GLN] | A:2052 [G] | ✔ |
| Z:5 [LYS] | A:2642 [U] | Z:5 [GLN] | A:2611 [U] | ✔ |
| Z:31 [PRO] | A:2905 [C] | Z:31 [GLN] | A:2881 [U] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:562 [C] | Z:13 [ARG] | A:516 [C] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:1300 [G] | Z:13 [ARG] | A:1257 [G] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:1301 [U] | Z:13 [ARG] | A:1258 [U] | ✔ |
| Z:13 [LYS] | A:1302 [G] | Z:13 [ARG] | A:1259 [G] | ✔ |
| Z:29 [GLU] | A:2905 [C] | Z:29 [VAL] | A:2881 [U] | ✔ |
| Z:29 [GLU] | A:2906 [G] | Z:29 [VAL] | A:2882 [G] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:622 [A] | Z:7 [ARG] | A:577 [G] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:623 [C] | Z:7 [ARG] | A:578 [U] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:1300 [G] | Z:7 [ARG] | A:1257 [G] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:1301 [U] | Z:7 [ARG] | A:1258 [U] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2044 [C] | Z:7 [ARG] | A:2013 [C] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2046 [U] | Z:7 [ARG] | A:2015 [A] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2047 [A] | Z:7 [ARG] | A:2016 [A] | ✔ |
| Z:7 [ARG] | A:2049 [U] | Z:7 [ARG] | A:2018 [U] | ✔ |
| Z:14 [ASN] | A:15 [G] | Z:14 [ASP] | A:22 [G] | ✔ |
| Z:14 [ASN] | A:16 [G] | Z:14 [ASP] | A:23 [U] | ✔ |
| Z:14 [ASN] | A:563 [G] | Z:14 [ASP] | A:517 [G] | ✔ |
| Z:9 [SER] | A:2047 [A] | Z:9 [SER] | A:2016 [A] | ✔ |
| Z:9 [SER] | A:2048 [G] | Z:9 [SER] | A:2017 [A] | ✔ |
| Z:12 [ARG] | A:2048 [G] | Z:12 [ARG] | A:2017 [A] | ✔ |
| Z:12 [ARG] | A:2073 [G] | Z:12 [ARG] | A:2042 [G] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2042 [A] | Z:2 [ALA] | A:2011 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2083 [G] | Z:2 [ALA] | A:2052 [G] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2604 [A] | Z:2 [ALA] | A:2573 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2639 [C] | Z:2 [ALA] | A:2608 [C] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2640 [U] | Z:2 [ALA] | A:2609 [U] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2641 [A] | Z:2 [ALA] | A:2610 [A] | ✔ |
| Z:2 [ALA] | A:2642 [U] | Z:2 [ALA] | A:2611 [U] | ✔ |
| Z:4 [PRO] | A:2042 [A] | Z:4 [GLN] | A:2011 [A] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:41 [ARG] | A:2835 [C] | Z:41 [HIS] | A:2811 [C] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:11 [THR] | A:2047 [A] | Z:11 [SER] | A:2016 [A] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:21 [LYS] | A:14 [A] | Z:21 [ALA] | A:21 [A] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:19 [HIS] | A:14 [A] | Z:19 [HIS] | A:21 [A] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:28 [THR] | A:2904 [U] | Z:28 [THR] | A:2880 [U] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:6 [ARG] | A:2045 [A] | Z:6 [ASN] | A:2014 [G] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:6 [ARG] | A:2642 [U] | Z:6 [ASN] | A:2611 [U] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:5 [LYS] | A:2084 [G] | Z:5 [GLN] | A:2053 [G] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:13 [LYS] | A:561 [C] | Z:13 [ARG] | A:515 [C] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:29 [GLU] | A:2907 [A] | Z:29 [VAL] | A:2883 [C] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:7 [ARG] | A:561 [C] | Z:7 [ARG] | A:515 [C] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:12 [ARG] | A:2049 [U] | Z:12 [ARG] | A:2018 [U] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:12 [ARG] | A:2643 [C] | Z:12 [ARG] | A:2612 [C] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:2 [ALA] | A:2081 [A] | Z:2 [ALA] | A:2050 [A] | ❌ 7RYG_Z_A |
| Z:12 [ARG] | A:2072 [C] | Z:12 [ARG] | A:2041 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:13 [LYS] | A:563 [G] | Z:13 [ARG] | A:517 [G] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:13 [LYS] | A:1304 [G] | Z:13 [ARG] | A:1261 [G] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:14 [ASN] | A:17 [G] | Z:14 [ASP] | A:24 [G] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:16 [ARG] | A:1301 [U] | Z:16 [ARG] | A:1258 [U] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:26 [GLY] | A:2906 [G] | Z:26 [ALA] | A:2882 [G] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:26 [GLY] | A:2835 [C] | Z:26 [ALA] | A:2811 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:28 [THR] | A:2907 [A] | Z:28 [THR] | A:2883 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:39 [SER] | A:2906 [G] | Z:39 [ARG] | A:2882 [G] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:39 [SER] | A:2851 [G] | Z:39 [ARG] | A:2827 [G] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:39 [SER] | A:2834 [C] | Z:39 [ARG] | A:2810 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:4 [PRO] | A:1301 [U] | Z:4 [GLN] | A:1258 [U] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:40 [HIS] | A:2905 [C] | Z:40 [HIS] | A:2881 [U] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:8 [THR] | A:2643 [C] | Z:8 [LYS] | A:2612 [C] | ❌ 6S0Z_Z_A |
| Z:15 [LYS] | A:2071 [C] | Z:15 [MET] | A:2040 [C] | ❌ 7RYG_A:2040 no longer at interface |
| Z:12 [ARG] | A:2644 [C] | Z:12 [ARG] | A:2613 [U] | ❌ 7RYG_A:2613 no longer at interface |
| Z:48 [SER] | A:2904 [U] | Z:47 [PHE] | A:2880 [U] | ❌ 7RYG_Z:47 no longer at interface |
| Z:27 [MET] | A:2907 [A] | Z:27 [LEU] | A:2883 [C] | ❌ 6S0Z_Z:27 no longer at interface |
| Z:30 [CYS] | A:2905 [C] | Z:30 [ASP] | A:2881 [U] | ❌ 6S0Z_Z:30 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.97 | 1.46 | 0.33 | 0.7 | 0.98 | 0.97 | 0.96 | 0.85 | 0.68 | 0.41 | 0.15 |
Other pairs involving 6S0Z_Z_A or 7RYG_Z_A
Total number of entries: 6
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0Z_Z_A | 7RYG_Z_A | 0.85 | 0.97 | 1.46 | 0.33 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7OF0_0_A | 0.73 | 0.92 | 1.21 | 0.21 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7K00_z_a | 0.87 | 0.97 | 1.53 | 0.24 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7OF7_0_A | 0.74 | 0.93 | 1.18 | 0.21 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_15_1A | 6S0Z_Z_A | 0.91 | 0.96 | 1.31 | 0.42 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_15_1A | 7RYG_Z_A | 0.87 | 0.96 | 1.43 | 0.39 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |