Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_z
|
7K00_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| z:2 [ALA] | a:2015 [A] | 3.69 | a:1264 [A] | 90.73 | ||
| z:2 [ALA] | a:2054 [A] | 4.97 | a:2615 [U] | 90.73 | ||
| z:2 [ALA] | a:2056 [G] | 3.56 | a:2612 [C] | 90.73 | ||
| z:2 [ALA] | a:2577 [A] | 3.63 | 90.73 | |||
| z:2 [ALA] | a:2612 [C] | 3.67 | a:2056 [G] | sugar:BB | 90.73 | |
| z:2 [ALA] | a:2613 [U] | 4.94 | a:2013 [A] | 90.73 | ||
| z:2 [ALA] | a:2614 [A] | 3.12 | 90.73 | |||
| z:2 [ALA] | a:2615 [U] | 3.31 | a:2054 [A] | 90.73 | ||
| z:3 [VAL] | a:2015 [A] | 3.5 | a:1264 [A] | 79.44 | ||
| z:3 [VAL] | a:2016 [U] | 3.71 | a:1263 [U] | 79.44 | ||
| z:3 [VAL] | a:2054 [A] | 4.34 | a:2615 [U] | 79.44 | ||
| z:3 [VAL] | a:2056 [G] | 4.67 | a:2612 [C] | 79.44 | ||
| z:3 [VAL] | a:2057 [G] | 3.96 | a:2611 [C] | 79.44 | ||
| z:3 [VAL] | a:2614 [A] | 4.83 | 79.44 | |||
| z:3 [VAL] | a:2615 [U] | 3.42 | a:2054 [A] | 79.44 | ||
| z:4 [GLN] | a:1263 [U] | 2.71 | a:2016 [U] | base:SC, sugar:SC, sugar:SC | 92.52 | |
| z:4 [GLN] | a:1264 [A] | 3.04 | a:2015 [A] | 92.52 | ||
| z:4 [GLN] | a:2016 [U] | 2.49 | a:1263 [U] | base:SC, sugar:BB | 92.52 | |
| z:4 [GLN] | a:2017 [U] | 3.79 | a:1262 [A] | 92.52 | ||
| z:4 [GLN] | a:2615 [U] | 3.47 | a:2054 [A] | 92.52 | ||
| z:5 [GLN] | a:2016 [U] | 4.34 | a:1263 [U] | 86.83 | ||
| z:5 [GLN] | a:2017 [U] | 3.18 | a:1262 [A] | 86.83 | ||
| z:5 [GLN] | a:2018 [G] | 4.49 | a:531 [C] | 86.83 | ||
| z:5 [GLN] | a:2054 [A] | 3.61 | a:2615 [U] | base/AA stacks | 86.83 | |
| z:5 [GLN] | a:2055 [C] | 3.05 | 86.83 | |||
| z:5 [GLN] | a:2056 [G] | 2.54 | a:2612 [C] | sugar:SC | 86.83 | |
| z:5 [GLN] | a:2057 [G] | 4.86 | a:2611 [C] | 86.83 | ||
| z:5 [GLN] | a:2615 [U] | 4.13 | a:2054 [A] | 86.83 | ||
| z:6 [ASN] | a:2017 [U] | 3.78 | a:1262 [A] | 75.67 | ||
| z:6 [ASN] | a:2019 [A] | 3.27 | a:2035 [G] | base:SC | 75.67 | |
| z:6 [ASN] | a:2020 [A] | 3.01 | a:2034 [U] | base:SC | 75.67 | |
| z:6 [ASN] | a:2022 [U] | 3.13 | base:SC | 75.67 | ||
| z:7 [LYS] | a:516 [C] | 4.96 | a:24 [G] | 84.8 | ||
| z:7 [LYS] | a:579 [G] | 4.67 | a:1261 [C] | 84.8 | ||
| z:7 [LYS] | a:1262 [A] | 2.89 | a:2017 [U] | sugar:SC | 84.8 | |
| z:7 [LYS] | a:1263 [U] | 3.34 | a:2016 [U] | 84.8 | ||
| z:7 [LYS] | a:2017 [U] | 3.07 | a:1262 [A] | sugar:BB | 84.8 | |
| z:7 [LYS] | a:2019 [A] | 4.57 | a:2035 [G] | 84.8 | ||
| z:7 [LYS] | a:2020 [A] | 4.33 | a:2034 [U] | 84.8 | ||
| z:7 [LYS] | a:2022 [U] | 4.65 | 84.8 | |||
| z:8 [PRO] | a:1263 [U] | 3.09 | a:2016 [U] | 67.82 | ||
| z:8 [PRO] | a:1264 [A] | 3.95 | a:2015 [A] | 67.82 | ||
| z:8 [PRO] | a:2615 [U] | 3.85 | a:2054 [A] | 67.82 | ||
| z:9 [THR] | a:2020 [A] | 3.34 | a:2034 [U] | 93.42 | ||
| z:9 [THR] | a:2021 [C] | 2.74 | 93.42 | |||
| z:10 [ARG] | a:16 [C] | 4.85 | a:524 [G] | 62.05 | ||
| z:10 [ARG] | a:17 [G] | 3.58 | a:523 [C] | 62.05 | ||
| z:10 [ARG] | a:516 [C] | 2.99 | a:24 [G] | 62.05 | ||
| z:10 [ARG] | a:517 [C] | 2.84 | a:23 [G] | 62.05 | ||
| z:11 [SER] | a:16 [C] | 2.67 | a:524 [G] | sugar:SC | 84.02 | |
| z:11 [SER] | a:17 [G] | 3.62 | a:523 [C] | 84.02 | ||
| z:11 [SER] | a:2021 [C] | 4.18 | 84.02 | |||
| z:12 [LYS] | a:2021 [C] | 3.63 | 77.5 | |||
| z:12 [LYS] | a:2022 [U] | 3.75 | 77.5 | |||
| z:12 [LYS] | a:2045 [C] | 4.79 | a:2623 [G] | 77.5 | ||
| z:12 [LYS] | a:2046 [G] | 4.31 | a:2622 [U] | 77.5 | ||
| z:13 [ARG] | a:516 [C] | 4.83 | a:24 [G] | 69.84 | ||
| z:13 [ARG] | a:517 [C] | 2.86 | a:23 [G] | 69.84 | ||
| z:13 [ARG] | a:518 [G] | 3.9 | a:22 [C] | 69.84 | ||
| z:13 [ARG] | a:1262 [A] | 3.83 | a:2017 [U] | 69.84 | ||
| z:13 [ARG] | a:1263 [U] | 2.61 | a:2016 [U] | 69.84 | ||
| z:13 [ARG] | a:1264 [A] | 4.07 | a:2015 [A] | 69.84 | ||
| z:13 [ARG] | a:1266 [G] | 4.26 | a:1267 [U] | 69.84 | ||
| z:14 [GLY] | a:15 [G] | 3.32 | a:525 [U] | 47.38 | ||
| z:14 [GLY] | a:16 [C] | 3.36 | a:524 [G] | 47.38 | ||
| z:15 [MET] | a:15 [G] | 3.36 | a:525 [U] | 65.85 | ||
| z:15 [MET] | a:16 [C] | 3.53 | a:524 [G] | 65.85 | ||
| z:15 [MET] | a:2045 [C] | 2.87 | a:2623 [G] | sugar:BB | 65.85 | |
| z:15 [MET] | a:2046 [G] | 3.55 | a:2622 [U] | 65.85 | ||
| z:16 [ARG] | a:1264 [A] | 2.66 | a:2015 [A] | 94.8 | ||
| z:16 [ARG] | a:1265 [A] | 3.74 | 94.8 | |||
| z:16 [ARG] | a:1266 [G] | 2.9 | a:1267 [U] | 94.8 | ||
| z:16 [ARG] | a:2045 [C] | 4.33 | a:2623 [G] | 94.8 | ||
| z:16 [ARG] | a:2046 [G] | 3.49 | a:2622 [U] | 94.8 | ||
| z:16 [ARG] | a:2047 [C] | 3.9 | a:2621 [G] | 94.8 | ||
| z:17 [ARG] | a:15 [G] | 4.82 | a:525 [U] | 94.11 | ||
| z:17 [ARG] | a:518 [G] | 4.27 | a:22 [C] | 94.11 | ||
| z:17 [ARG] | a:1263 [U] | 4.73 | a:2016 [U] | 94.11 | ||
| z:17 [ARG] | a:1264 [A] | 4.87 | a:2015 [A] | 94.11 | ||
| z:17 [ARG] | a:1265 [A] | 4.27 | 94.11 | |||
| z:17 [ARG] | a:1266 [G] | 2.69 | a:1267 [U] | 94.11 | ||
| z:18 [SER] | a:14 [A] | 2.72 | a:13 [A] | sugar:BB | 77.21 | |
| z:18 [SER] | a:15 [G] | 3.55 | a:525 [U] | 77.21 | ||
| z:18 [SER] | a:2045 [C] | 3.14 | a:2623 [G] | sugar:SC | 77.21 | |
| z:19 [HIS] | a:14 [A] | 4.68 | a:13 [A] | 86.59 | ||
| z:19 [HIS] | a:2045 [C] | 2.81 | a:2623 [G] | base:SC, sugar:SC | 86.59 | |
| z:19 [HIS] | a:2046 [G] | 3.18 | a:2622 [U] | 86.59 | ||
| z:19 [HIS] | a:2623 [G] | 3.38 | a:2045 [C] | 86.59 | ||
| z:19 [HIS] | a:2624 [G] | 3.65 | a:2044 [C] | sugar:SC | 86.59 | |
| z:20 [ASP] | a:1266 [G] | 4.22 | a:1267 [U] | 49.73 | ||
| z:21 [ALA] | a:15 [G] | 3.7 | a:525 [U] | 47.36 | ||
| z:26 [THR] | a:2814 [A] | 3.83 | 41.72 | |||
| z:26 [THR] | a:2887 [A] | 3.7 | a:2813 [A] | 41.72 | ||
| z:26 [THR] | a:2888 [C] | 3.62 | a:2812 [G] | 41.72 | ||
| z:27 [SER] | a:2886 [A] | 3.75 | 58.65 | |||
| z:27 [SER] | a:2887 [A] | 3.04 | a:2813 [A] | base:SC | 58.65 | |
| z:27 [SER] | a:2888 [C] | 3.82 | a:2812 [G] | 58.65 | ||
| z:28 [LEU] | a:2886 [A] | 3.78 | 41.36 | |||
| z:28 [LEU] | a:2887 [A] | 4.6 | a:2813 [A] | 41.36 | ||
| z:29 [SER] | a:2884 [U] | 4.07 | 53.48 | |||
| z:29 [SER] | a:2885 [G] | 3.44 | 53.48 | |||
| z:29 [SER] | a:2886 [A] | 3.49 | 53.48 | |||
| z:30 [VAL] | a:2885 [G] | 2.69 | base:BB, base:BB | 3.6 | ||
| z:31 [ASP] | a:2885 [G] | 4.44 | 83.43 | |||
| z:32 [LYS] | a:2885 [G] | 3.3 | 42.22 | |||
| z:38 [HIS] | a:2884 [U] | 3.24 | 51.19 | |||
| z:38 [HIS] | a:2885 [G] | 4.92 | 51.19 | |||
| z:39 [LEU] | a:2884 [U] | 4.44 | 51.74 | |||
| z:40 [ARG] | a:2815 [C] | 3.55 | a:2831 [G] | 74.47 | ||
| z:40 [ARG] | a:2816 [G] | 4.73 | a:2830 [C] | 74.47 | ||
| z:40 [ARG] | a:2884 [U] | 3.4 | base/AA stacks | 74.47 | ||
| z:40 [ARG] | a:2885 [G] | 2.84 | base:SC, base:SC | 74.47 | ||
| z:40 [ARG] | a:2886 [A] | 3.51 | base/AA stacks | 74.47 | ||
| z:41 [HIS] | a:2815 [C] | 2.66 | a:2831 [G] | sugar:SC | 99.0 | |
| z:41 [HIS] | a:2816 [G] | 3.09 | a:2830 [C] | 99.0 | ||
| z:41 [HIS] | a:2831 [G] | 3.88 | a:2815 [C] | 99.0 | ||
| z:41 [HIS] | a:2883 [A] | 3.21 | a:2834 [G] | 99.0 | ||
| z:41 [HIS] | a:2884 [U] | 2.87 | base:BB | 99.0 | ||
| z:42 [HIS] | a:2816 [G] | 4.5 | a:2830 [C] | 75.76 | ||
| z:42 [HIS] | a:2884 [U] | 4.86 | 75.76 | |||
| z:49 [TYR] | a:2882 [A] | 4.57 | a:2836 [U] | 96.45 | ||
| z:49 [TYR] | a:2883 [A] | 2.5 | a:2834 [G] | 96.45 | ||
| z:49 [TYR] | a:2884 [U] | 3.7 | 96.45 | |||
| z:50 [ARG] | a:2832 [U] | 4.45 | 63.6 | |||
| z:50 [ARG] | a:2883 [A] | 3.12 | a:2834 [G] | 63.6 | ||
| z:50 [ARG] | a:2884 [U] | 2.97 | base/AA stacks | 63.6 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group98 | 7K00_z_a | z: 50s ribosomal protein l32, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0A7N4 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 2
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0Z_Z_A | 7K00_z_a | 0.87 | 0.97 | 1.53 | 0.24 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_15_1A | 7K00_z_a | 0.89 | 0.96 | 1.33 | 0.35 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |