Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7OF7_0
|
7OF7_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| 0:79 [ALA] | A:2678 [A] | 3.67 | A:2308 [A] | 95.2 | ||
| 0:79 [ALA] | A:2717 [A] | 4.59 | A:3102 [U] | 95.2 | ||
| 0:79 [ALA] | A:2719 [G] | 3.6 | A:3099 [C] | 95.2 | ||
| 0:79 [ALA] | A:3064 [A] | 3.51 | 95.2 | |||
| 0:79 [ALA] | A:3099 [C] | 3.4 | A:2719 [G] | sugar:BB | 95.2 | |
| 0:79 [ALA] | A:3100 [U] | 4.5 | A:2676 [A] | 95.2 | ||
| 0:79 [ALA] | A:3101 [A] | 3.51 | 95.2 | |||
| 0:79 [ALA] | A:3102 [U] | 3.18 | A:2717 [A] | 95.2 | ||
| 0:80 [ALA] | A:2678 [A] | 3.56 | A:2308 [A] | 92.27 | ||
| 0:80 [ALA] | A:2679 [U] | 3.72 | A:2307 [U] | 92.27 | ||
| 0:80 [ALA] | A:2717 [A] | 4.82 | A:3102 [U] | 92.27 | ||
| 0:80 [ALA] | A:2719 [G] | 4.32 | A:3099 [C] | 92.27 | ||
| 0:80 [ALA] | A:2720 [A] | 3.91 | A:3098 [U] | 92.27 | ||
| 0:80 [ALA] | A:3102 [U] | 3.43 | A:2717 [A] | 92.27 | ||
| 0:81 [PRO] | A:2308 [A] | 3.14 | A:2678 [A] | 94.93 | ||
| 0:81 [PRO] | A:2678 [A] | 3.44 | A:2308 [A] | 94.93 | ||
| 0:81 [PRO] | A:2679 [U] | 2.17 | A:2307 [U] | sugar:BB | 94.93 | |
| 0:81 [PRO] | A:2680 [U] | 4.03 | A:2306 [A] | 94.93 | ||
| 0:81 [PRO] | A:3102 [U] | 3.44 | A:2717 [A] | 94.93 | ||
| 0:82 [LYS] | A:2679 [U] | 4.4 | A:2307 [U] | 90.11 | ||
| 0:82 [LYS] | A:2680 [U] | 3.47 | A:2306 [A] | 90.11 | ||
| 0:82 [LYS] | A:2681 [G] | 4.51 | A:1827 [C] | 90.11 | ||
| 0:82 [LYS] | A:2717 [A] | 3.52 | A:3102 [U] | 90.11 | ||
| 0:82 [LYS] | A:2718 [C] | 2.78 | 90.11 | |||
| 0:82 [LYS] | A:2719 [G] | 2.58 | A:3099 [C] | 90.11 | ||
| 0:82 [LYS] | A:2720 [A] | 3.56 | A:3098 [U] | 90.11 | ||
| 0:82 [LYS] | A:3102 [U] | 3.26 | A:2717 [A] | 90.11 | ||
| 0:83 [ASN] | A:2307 [U] | 4.39 | A:2679 [U] | 56.91 | ||
| 0:83 [ASN] | A:2680 [U] | 3.6 | A:2306 [A] | 56.91 | ||
| 0:83 [ASN] | A:2681 [G] | 4.63 | A:1827 [C] | 56.91 | ||
| 0:83 [ASN] | A:2682 [A] | 3.88 | A:2698 [G] | base:SC | 56.91 | |
| 0:83 [ASN] | A:2683 [C] | 2.7 | A:2697 [G] | base:SC | 56.91 | |
| 0:83 [ASN] | A:2685 [U] | 3.35 | 56.91 | |||
| 0:83 [ASN] | A:3102 [U] | 4.39 | A:2717 [A] | 56.91 | ||
| 0:84 [ARG] | A:1816 [G] | 4.37 | A:1672 [C] | 97.66 | ||
| 0:84 [ARG] | A:1817 [C] | 3.36 | A:1671 [G] | 97.66 | ||
| 0:84 [ARG] | A:1860 [A] | 3.77 | A:2305 [U] | 97.66 | ||
| 0:84 [ARG] | A:2306 [A] | 2.66 | A:2680 [U] | base:SC, sugar:SC | 97.66 | |
| 0:84 [ARG] | A:2307 [U] | 3.47 | A:2679 [U] | 97.66 | ||
| 0:84 [ARG] | A:2680 [U] | 2.83 | A:2306 [A] | sugar:BB | 97.66 | |
| 0:84 [ARG] | A:2682 [A] | 4.23 | A:2698 [G] | 97.66 | ||
| 0:84 [ARG] | A:2683 [C] | 4.1 | A:2697 [G] | 97.66 | ||
| 0:84 [ARG] | A:2685 [U] | 4.56 | 97.66 | |||
| 0:85 [ARG] | A:2307 [U] | 3.18 | A:2679 [U] | sugar:BB | 86.37 | |
| 0:85 [ARG] | A:2308 [A] | 2.76 | A:2678 [A] | 86.37 | ||
| 0:85 [ARG] | A:2309 [A] | 3.94 | A:2677 [A] | 86.37 | ||
| 0:85 [ARG] | A:3102 [U] | 3.11 | A:2717 [A] | 86.37 | ||
| 0:85 [ARG] | A:3103 [C] | 3.59 | A:2716 [G] | 86.37 | ||
| 0:86 [THR] | A:2683 [C] | 3.29 | A:2697 [G] | 90.22 | ||
| 0:86 [THR] | A:2684 [C] | 2.47 | 90.22 | |||
| 0:87 [ILE] | A:1817 [C] | 3.22 | A:1671 [G] | 58.94 | ||
| 0:87 [ILE] | A:1818 [A] | 4.25 | 58.94 | |||
| 0:88 [GLU] | A:1821 [A] | 3.87 | sugar:BB | 85.02 | ||
| 0:88 [GLU] | A:2683 [C] | 4.98 | A:2697 [G] | 85.02 | ||
| 0:88 [GLU] | A:2684 [C] | 4.19 | 85.02 | |||
| 0:89 [VAL] | A:2684 [C] | 3.54 | 65.42 | |||
| 0:89 [VAL] | A:2709 [A] | 4.03 | A:3221 [A] | 65.42 | ||
| 0:90 [ASN] | A:1817 [C] | 4.92 | A:1671 [G] | 93.31 | ||
| 0:90 [ASN] | A:2307 [U] | 3.55 | A:2679 [U] | 93.31 | ||
| 0:90 [ASN] | A:2308 [A] | 2.93 | A:2678 [A] | 93.31 | ||
| 0:91 [ARG] | A:1817 [C] | 4.9 | A:1671 [G] | 63.79 | ||
| 0:91 [ARG] | A:1818 [A] | 2.74 | 63.79 | |||
| 0:91 [ARG] | A:1821 [A] | 3.77 | 63.79 | |||
| 0:92 [CYS] | A:1821 [A] | 3.06 | 52.55 | |||
| 0:92 [CYS] | A:1822 [U] | 3.12 | 52.55 | |||
| 0:92 [CYS] | A:2708 [C] | 3.41 | 52.55 | |||
| 0:92 [CYS] | A:2709 [A] | 3.89 | A:3221 [A] | 52.55 | ||
| 0:93 [ARG] | A:2308 [A] | 2.8 | A:2678 [A] | 94.57 | ||
| 0:93 [ARG] | A:2309 [A] | 4.24 | A:2677 [A] | 94.57 | ||
| 0:93 [ARG] | A:2310 [G] | 2.68 | A:2311 [U] | 94.57 | ||
| 0:93 [ARG] | A:2708 [C] | 4.15 | 94.57 | |||
| 0:93 [ARG] | A:2709 [A] | 3.66 | A:3221 [A] | 94.57 | ||
| 0:93 [ARG] | A:2710 [C] | 3.68 | A:3220 [A] | 94.57 | ||
| 0:94 [ARG] | A:2307 [U] | 3.56 | A:2679 [U] | 75.63 | ||
| 0:94 [ARG] | A:2308 [A] | 3.82 | A:2678 [A] | 75.63 | ||
| 0:94 [ARG] | A:2309 [A] | 4.51 | A:2677 [A] | 75.63 | ||
| 0:94 [ARG] | A:2310 [G] | 2.38 | A:2311 [U] | 75.63 | ||
| 0:95 [ARG] | A:1817 [C] | 4.76 | A:1671 [G] | 66.64 | ||
| 0:95 [ARG] | A:1818 [A] | 2.6 | 66.64 | |||
| 0:95 [ARG] | A:1819 [U] | 2.82 | 66.64 | |||
| 0:95 [ARG] | A:1820 [A] | 3.49 | 66.64 | |||
| 0:95 [ARG] | A:1821 [A] | 2.98 | 66.64 | |||
| 0:96 [ASN] | A:1821 [A] | 4.02 | 46.19 | |||
| 0:96 [ASN] | A:2708 [C] | 2.01 | sugar:SC | 46.19 | ||
| 0:96 [ASN] | A:2709 [A] | 3.36 | A:3221 [A] | 46.19 | ||
| 0:97 [PRO] | A:1821 [A] | 3.7 | 4.29 | |||
| 0:98 [GLN] | A:2709 [A] | 2.41 | A:3221 [A] | sugar:SC | 19.38 | |
| 0:98 [GLN] | A:2710 [C] | 3.72 | A:3220 [A] | 19.38 | ||
| 0:98 [GLN] | A:3221 [A] | 4.7 | A:2709 [A] | 19.38 | ||
| 0:99 [LYS] | A:2709 [A] | 3.31 | A:3221 [A] | 76.71 | ||
| 0:99 [LYS] | A:2710 [C] | 3.01 | A:3220 [A] | 76.71 | ||
| 0:102 [LYS] | A:3222 [C] | 4.41 | 53.66 | |||
| 0:102 [LYS] | A:3223 [A] | 4.72 | A:3218 [A] | 53.66 | ||
| 0:105 [ASN] | A:3212 [C] | 4.1 | 46.13 | |||
| 0:106 [ASN] | A:3212 [C] | 3.08 | sugar:SC | 82.52 | ||
| 0:106 [ASN] | A:3213 [A] | 3.91 | A:3227 [U] | 82.52 | ||
| 0:119 [LYS] | A:3212 [C] | 4.36 | 41.63 | |||
| 0:120 [HIS] | A:3212 [C] | 3.45 | 70.82 | |||
| 0:120 [HIS] | A:3213 [A] | 3.49 | A:3227 [U] | 70.82 | ||
| 0:134 [THR] | A:2321 [A] | 4.66 | 92.22 | |||
| 0:135 [ALA] | A:2321 [A] | 3.88 | 39.88 | |||
| 0:138 [ARG] | A:2320 [A] | 3.42 | A:2323 [A] | 72.52 | ||
| 0:138 [ARG] | A:2321 [A] | 3.15 | 72.52 | |||
| 0:139 [ARG] | A:2321 [A] | 3.5 | 40.83 | |||
| 0:139 [ARG] | A:2322 [C] | 2.85 | 40.83 | |||
| 0:141 [ILE] | A:2321 [A] | 4.05 | 69.62 | |||
| 0:142 [GLY] | A:2321 [A] | 3.31 | 0.3 | |||
| 0:145 [GLU] | A:2321 [A] | 3.95 | base:SC | 28.41 | ||
| 0:148 [PRO] | A:2324 [U] | 3.57 | A:2319 [A] | 22.97 | ||
| 0:148 [PRO] | A:2325 [U] | 3.82 | A:2318 [A] | 22.97 | ||
| 0:149 [PHE] | A:2325 [U] | 3.05 | A:2318 [A] | 27.67 | ||
| 0:149 [PHE] | A:2326 [C] | 3.57 | A:2317 [G] | 27.67 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group98 | 7OF7_0_A | 0: 39s ribosomal protein l32, mitochondrial, Homo sapiens (natural) A: 16s ribosomal RNA, Homo sapiens (natural) | Q9BYC8 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 3
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0Z_Z_A | 7OF7_0_A | 0.74 | 0.93 | 1.18 | 0.21 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_15_1A | 7OF7_0_A | 0.77 | 0.94 | 1.15 | 0.14 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_0_A | 7OF7_0_A | 1.00 | 0.98 | 0.16 | 1.0 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |