Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_Z
|
7RYG_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| Z:2 [ALA] | A:2011 [A] | 3.98 | A:1259 [G] | 86.21 | ||
| Z:2 [ALA] | A:2052 [G] | 3.45 | A:2608 [C] | 86.21 | ||
| Z:2 [ALA] | A:2573 [A] | 3.84 | 86.21 | |||
| Z:2 [ALA] | A:2608 [C] | 3.82 | A:2052 [G] | 86.21 | ||
| Z:2 [ALA] | A:2609 [U] | 4.91 | 86.21 | |||
| Z:2 [ALA] | A:2610 [A] | 3.4 | 86.21 | |||
| Z:2 [ALA] | A:2611 [U] | 3.5 | A:2050 [A] | 86.21 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2011 [A] | 3.79 | A:1259 [G] | 84.12 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2012 [U] | 3.8 | A:1258 [U] | 84.12 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2050 [A] | 4.54 | A:2611 [U] | 84.12 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2052 [G] | 4.97 | A:2608 [C] | 84.12 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2053 [G] | 4.41 | A:2607 [C] | 84.12 | ||
| Z:3 [VAL] | A:2611 [U] | 3.52 | A:2050 [A] | 84.12 | ||
| Z:4 [GLN] | A:1258 [U] | 2.7 | A:2012 [U] | base:SC, sugar:SC, sugar:SC | 90.74 | |
| Z:4 [GLN] | A:1259 [G] | 3.64 | A:2011 [A] | 90.74 | ||
| Z:4 [GLN] | A:2012 [U] | 2.89 | A:1258 [U] | base:SC, sugar:BB | 90.74 | |
| Z:4 [GLN] | A:2013 [C] | 4.27 | A:1257 [G] | 90.74 | ||
| Z:4 [GLN] | A:2611 [U] | 3.5 | A:2050 [A] | 90.74 | ||
| Z:5 [GLN] | A:2012 [U] | 4.52 | A:1258 [U] | 84.2 | ||
| Z:5 [GLN] | A:2013 [C] | 3.26 | A:1257 [G] | 84.2 | ||
| Z:5 [GLN] | A:2014 [G] | 4.88 | A:530 [C] | 84.2 | ||
| Z:5 [GLN] | A:2050 [A] | 3.48 | A:2611 [U] | base/AA stacks | 84.2 | |
| Z:5 [GLN] | A:2051 [C] | 3.24 | 84.2 | |||
| Z:5 [GLN] | A:2052 [G] | 3.46 | A:2608 [C] | sugar:SC | 84.2 | |
| Z:5 [GLN] | A:2611 [U] | 4.23 | A:2050 [A] | 84.2 | ||
| Z:6 [ASN] | A:2013 [C] | 3.81 | A:1257 [G] | 68.36 | ||
| Z:6 [ASN] | A:2015 [A] | 3.31 | A:2031 [G] | base:SC | 68.36 | |
| Z:6 [ASN] | A:2016 [A] | 3.74 | A:2030 [U] | 68.36 | ||
| Z:6 [ASN] | A:2018 [U] | 3.61 | 68.36 | |||
| Z:7 [ARG] | A:577 [G] | 2.97 | A:1256 [C] | sugar:SC | 85.96 | |
| Z:7 [ARG] | A:578 [U] | 3.88 | A:1255 [A] | sugar:SC | 85.96 | |
| Z:7 [ARG] | A:1257 [G] | 3.32 | A:2013 [C] | sugar:SC | 85.96 | |
| Z:7 [ARG] | A:1258 [U] | 4.37 | A:2012 [U] | 85.96 | ||
| Z:7 [ARG] | A:2013 [C] | 3.24 | A:1257 [G] | sugar:BB | 85.96 | |
| Z:7 [ARG] | A:2015 [A] | 3.18 | A:2031 [G] | 85.96 | ||
| Z:7 [ARG] | A:2016 [A] | 4.2 | A:2030 [U] | 85.96 | ||
| Z:7 [ARG] | A:2018 [U] | 4.83 | 85.96 | |||
| Z:8 [LYS] | A:1258 [U] | 3.59 | A:2012 [U] | sugar:BB | 48.6 | |
| Z:8 [LYS] | A:1259 [G] | 3.77 | A:2011 [A] | 48.6 | ||
| Z:8 [LYS] | A:2611 [U] | 3.21 | A:2050 [A] | sugar:SC | 48.6 | |
| Z:8 [LYS] | A:2612 [C] | 4.06 | A:2049 [G] | 48.6 | ||
| Z:9 [SER] | A:2016 [A] | 4.5 | A:2030 [U] | 91.58 | ||
| Z:9 [SER] | A:2017 [A] | 3.07 | 91.58 | |||
| Z:10 [ARG] | A:24 [G] | 4.13 | A:522 [C] | 59.61 | ||
| Z:10 [ARG] | A:515 [C] | 3.35 | A:31 [G] | 59.61 | ||
| Z:10 [ARG] | A:516 [C] | 2.86 | A:30 [G] | 59.61 | ||
| Z:11 [SER] | A:23 [U] | 3.38 | A:523 [A] | sugar:SC | 82.78 | |
| Z:11 [SER] | A:24 [G] | 3.61 | A:522 [C] | 82.78 | ||
| Z:11 [SER] | A:2017 [A] | 4.65 | 82.78 | |||
| Z:12 [ARG] | A:2017 [A] | 4.06 | 82.16 | |||
| Z:12 [ARG] | A:2041 [C] | 3.24 | A:2619 [G] | 82.16 | ||
| Z:12 [ARG] | A:2042 [G] | 4.02 | A:2618 [U] | 82.16 | ||
| Z:13 [ARG] | A:516 [C] | 2.92 | A:30 [G] | 63.76 | ||
| Z:13 [ARG] | A:517 [G] | 4.09 | A:29 [U] | 63.76 | ||
| Z:13 [ARG] | A:1257 [G] | 4.58 | A:2013 [C] | 63.76 | ||
| Z:13 [ARG] | A:1258 [U] | 3.0 | A:2012 [U] | 63.76 | ||
| Z:13 [ARG] | A:1259 [G] | 4.46 | A:2011 [A] | 63.76 | ||
| Z:13 [ARG] | A:1261 [G] | 4.66 | 63.76 | |||
| Z:14 [ASP] | A:22 [G] | 4.16 | A:524 [U] | 47.91 | ||
| Z:14 [ASP] | A:23 [U] | 3.11 | A:523 [A] | 47.91 | ||
| Z:14 [ASP] | A:24 [G] | 4.46 | A:522 [C] | 47.91 | ||
| Z:14 [ASP] | A:517 [G] | 4.75 | A:29 [U] | 47.91 | ||
| Z:15 [MET] | A:22 [G] | 3.8 | A:524 [U] | 61.99 | ||
| Z:15 [MET] | A:23 [U] | 3.88 | A:523 [A] | 61.99 | ||
| Z:15 [MET] | A:2041 [C] | 3.1 | A:2619 [G] | sugar:BB | 61.99 | |
| Z:15 [MET] | A:2042 [G] | 3.82 | A:2618 [U] | 61.99 | ||
| Z:16 [ARG] | A:1258 [U] | 4.76 | A:2012 [U] | 97.51 | ||
| Z:16 [ARG] | A:1259 [G] | 2.55 | A:2011 [A] | 97.51 | ||
| Z:16 [ARG] | A:1260 [A] | 3.56 | 97.51 | |||
| Z:16 [ARG] | A:1261 [G] | 2.93 | 97.51 | |||
| Z:16 [ARG] | A:2041 [C] | 4.4 | A:2619 [G] | 97.51 | ||
| Z:16 [ARG] | A:2042 [G] | 3.74 | A:2618 [U] | 97.51 | ||
| Z:16 [ARG] | A:2043 [C] | 4.1 | A:2617 [G] | 97.51 | ||
| Z:17 [ARG] | A:517 [G] | 4.9 | A:29 [U] | 94.59 | ||
| Z:17 [ARG] | A:1258 [U] | 4.83 | A:2012 [U] | 94.59 | ||
| Z:17 [ARG] | A:1259 [G] | 4.98 | A:2011 [A] | 94.59 | ||
| Z:17 [ARG] | A:1260 [A] | 4.4 | 94.59 | |||
| Z:17 [ARG] | A:1261 [G] | 2.93 | 94.59 | |||
| Z:18 [SER] | A:21 [A] | 3.5 | A:20 [A] | 82.59 | ||
| Z:18 [SER] | A:22 [G] | 3.75 | A:524 [U] | 82.59 | ||
| Z:18 [SER] | A:2041 [C] | 3.45 | A:2619 [G] | sugar:SC | 82.59 | |
| Z:19 [HIS] | A:2041 [C] | 3.09 | A:2619 [G] | base:SC | 80.77 | |
| Z:19 [HIS] | A:2042 [G] | 3.35 | A:2618 [U] | 80.77 | ||
| Z:19 [HIS] | A:2619 [G] | 3.59 | A:2041 [C] | 80.77 | ||
| Z:19 [HIS] | A:2620 [G] | 4.31 | A:2040 [C] | 80.77 | ||
| Z:20 [ASP] | A:1261 [G] | 4.59 | 46.13 | |||
| Z:21 [ALA] | A:22 [G] | 4.18 | A:524 [U] | 55.4 | ||
| Z:24 [GLU] | A:2810 [C] | 4.8 | A:2882 [G] | 1.11 | ||
| Z:25 [ASN] | A:2810 [C] | 4.8 | A:2882 [G] | 33.55 | ||
| Z:26 [ALA] | A:2810 [C] | 3.84 | A:2882 [G] | 38.25 | ||
| Z:26 [ALA] | A:2811 [C] | 3.82 | A:2827 [G] | 38.25 | ||
| Z:26 [ALA] | A:2882 [G] | 4.71 | A:2810 [C] | 38.25 | ||
| Z:27 [LEU] | A:2883 [C] | 4.78 | A:2809 [G] | 33.46 | ||
| Z:28 [THR] | A:2881 [U] | 3.29 | base:SC | 48.59 | ||
| Z:28 [THR] | A:2882 [G] | 3.01 | A:2810 [C] | 48.59 | ||
| Z:28 [THR] | A:2883 [C] | 4.41 | A:2809 [G] | 48.59 | ||
| Z:29 [VAL] | A:2881 [U] | 3.65 | 8.09 | |||
| Z:29 [VAL] | A:2882 [G] | 4.74 | A:2810 [C] | 8.09 | ||
| Z:30 [ASP] | A:2881 [U] | 3.66 | 82.15 | |||
| Z:31 [GLN] | A:2881 [U] | 3.53 | base:BB | 42.69 | ||
| Z:37 [HIS] | A:2880 [U] | 3.41 | 57.6 | |||
| Z:37 [HIS] | A:2881 [U] | 4.2 | 57.6 | |||
| Z:38 [ARG] | A:2880 [U] | 4.76 | 42.16 | |||
| Z:39 [ARG] | A:2810 [C] | 4.89 | A:2882 [G] | 65.56 | ||
| Z:39 [ARG] | A:2811 [C] | 3.97 | A:2827 [G] | 65.56 | ||
| Z:39 [ARG] | A:2827 [G] | 4.28 | A:2811 [C] | 65.56 | ||
| Z:39 [ARG] | A:2880 [U] | 3.96 | 65.56 | |||
| Z:39 [ARG] | A:2881 [U] | 2.98 | base:SC | 65.56 | ||
| Z:39 [ARG] | A:2882 [G] | 3.35 | A:2810 [C] | base/AA stacks | 65.56 | |
| Z:40 [HIS] | A:2811 [C] | 2.84 | A:2827 [G] | sugar:SC | 99.0 | |
| Z:40 [HIS] | A:2812 [G] | 3.45 | A:2826 [C] | 99.0 | ||
| Z:40 [HIS] | A:2827 [G] | 3.84 | A:2811 [C] | 99.0 | ||
| Z:40 [HIS] | A:2879 [A] | 3.04 | A:2830 [G] | 99.0 | ||
| Z:40 [HIS] | A:2880 [U] | 2.81 | base:BB | 99.0 | ||
| Z:40 [HIS] | A:2881 [U] | 4.91 | 99.0 | |||
| Z:41 [HIS] | A:2812 [G] | 4.8 | A:2826 [C] | 67.71 | ||
| Z:41 [HIS] | A:2880 [U] | 4.1 | 67.71 | |||
| Z:48 [TYR] | A:2879 [A] | 3.06 | A:2830 [G] | 94.51 | ||
| Z:48 [TYR] | A:2880 [U] | 3.36 | base/AA stacks | 94.51 | ||
| Z:49 [ARG] | A:2828 [U] | 3.96 | base:SC | 64.36 | ||
| Z:49 [ARG] | A:2878 [A] | 4.91 | A:2832 [U] | 64.36 | ||
| Z:49 [ARG] | A:2879 [A] | 2.48 | A:2830 [G] | 64.36 | ||
| Z:49 [ARG] | A:2880 [U] | 3.25 | base/AA stacks | 64.36 | ||
| Z:51 [ARG] | A:2878 [A] | 4.2 | A:2832 [U] | 66.38 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group98 | 7RYG_Z_A | Z: 50s ribosomal protein l32, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7I7A4 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 2
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4Y4O_15_1A | 7RYG_Z_A | 0.87 | 0.96 | 1.43 | 0.39 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Z_A | 7RYG_Z_A | 0.85 | 0.97 | 1.46 | 0.33 | Rubredoxin-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |