RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group99 > 4Y4O_1R_1A vs 7RYG_M_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1R
4Y4O_1A
7RYG_M
7RYG_A
Conserved?
1R:117 [VAL] 1A:2891 [C] M:116 [VAL] A:2877 [U]
1R:109 [ALA] 1A:1697 [G] M:108 [ALA] A:1648 [A]
1R:67 [LEU] 1A:1501 [U] M:67 [PHE] A:1449 [U]
1R:94 [TYR] 1A:2849 [G] M:94 [TYR] A:2835 [G]
1R:94 [TYR] 1A:2850 [C] M:94 [TYR] A:2836 [U]
1R:94 [TYR] 1A:2890 [C] M:94 [TYR] A:2876 [C]
1R:96 [ARG] 1A:2891 [C] M:96 [ARG] A:2877 [U]
1R:96 [ARG] 1A:2892 [A] M:96 [ARG] A:2878 [A]
1R:45 [ARG] 1A:2828 [G] M:45 [ARG] A:2814 [U]
1R:45 [ARG] 1A:2847 [G] M:45 [ARG] A:2833 [A]
1R:45 [ARG] 1A:2848 [G] M:45 [ARG] A:2834 [G]
1R:45 [ARG] 1A:2891 [C] M:45 [ARG] A:2877 [U]
1R:77 [ARG] 1A:1500 [A] M:77 [GLY] A:1448 [U]
1R:110 [PRO] 1A:1697 [G] M:109 [PRO] A:1648 [A]
1R:98 [LEU] 1A:2892 [A] M:98 [LEU] A:2878 [A]
1R:49 [ASP] 1A:2849 [G] M:49 [GLU] A:2835 [G]
1R:49 [ASP] 1A:2850 [C] M:49 [GLU] A:2836 [U]
1R:39 [PRO] 1A:1698 [G] M:39 [PRO] A:1649 [G]
1R:39 [PRO] 1A:1699 [A] M:39 [PRO] A:1650 [A]
1R:19 [ALA] 1A:1321 [A] M:19 [ALA] A:1270 [A]
1R:19 [ALA] 1A:1341 [C] M:19 [ALA] A:1290 [C]
1R:2 [ARG] 1A:1700 [G] M:2 [ARG] A:1651 [G]
1R:2 [ARG] 1A:1701 [A] M:2 [ARG] A:1652 [A]
1R:2 [ARG] 1A:2735 [G] M:2 [ARG] A:2718 [G]
1R:2 [ARG] 1A:2829 [G] M:2 [ARG] A:2815 [C]
1R:2 [ARG] 1A:2830 [A] M:2 [ARG] A:2816 [G]
1R:2 [ARG] 1A:2831 [A] M:2 [ARG] A:2817 [A]
1R:2 [ARG] 1A:2832 [G] M:2 [ARG] A:2818 [G]
1R:108 [GLY] 1A:2031 [G] M:107 [ALA] A:2005 [A]
1R:16 [HIS] 1A:1321 [A] M:16 [HIS] A:1270 [A]
1R:16 [HIS] 1A:1322 [A] M:16 [HIS] A:1271 [A]
1R:71 [GLN] 1A:2713 [C] M:71 [ARG] A:2697 [C]
1R:71 [GLN] 1A:2719 [G] M:71 [ARG] A:2703 [U]
1R:71 [GLN] 1A:2720 [G] M:71 [ARG] A:2704 [C]
1R:27 [SER] 1A:1324 [A] M:27 [SER] A:1273 [C]
1R:20 [LEU] 1A:1322 [A] M:20 [MET] A:1271 [A]
1R:20 [LEU] 1A:1323 [G] M:20 [MET] A:1272 [A]
1R:26 [LYS] 1A:1340 [U] M:26 [ASN] A:1289 [U]
1R:14 [SER] 1A:2701 [U] M:14 [SER] A:2685 [U]
1R:14 [SER] 1A:2702 [C] M:14 [SER] A:2686 [A]
1R:73 [VAL] 1A:1500 [A] M:73 [ALA] A:1448 [U]
1R:92 [GLY] 1A:2848 [G] M:92 [GLY] A:2834 [G]
1R:92 [GLY] 1A:2849 [G] M:92 [GLY] A:2835 [G]
1R:92 [GLY] 1A:2850 [C] M:92 [GLY] A:2836 [U]
1R:92 [GLY] 1A:2890 [C] M:92 [GLY] A:2876 [C]
1R:104 [ARG] 1A:1333 [A] M:103 [ARG] A:1282 [A]
1R:104 [ARG] 1A:1696 [G] M:103 [ARG] A:1647 [G]
1R:104 [ARG] 1A:1697 [G] M:103 [ARG] A:1648 [A]
1R:6 [SER] 1A:2882 [G] M:6 [SER] A:2868 [G]
1R:6 [SER] 1A:2883 [A] M:6 [SER] A:2869 [A]
1R:93 [GLY] 1A:2848 [G] M:93 [GLY] A:2834 [G]
1R:93 [GLY] 1A:2849 [G] M:93 [GLY] A:2835 [G]
1R:93 [GLY] 1A:2890 [C] M:93 [GLY] A:2876 [C]
1R:93 [GLY] 1A:2891 [C] M:93 [GLY] A:2877 [U]
1R:33 [ARG] 1A:1325 [G] M:33 [LEU] A:1274 [G]
1R:46 [GLY] 1A:2848 [G] M:46 [ARG] A:2834 [G]
1R:46 [GLY] 1A:2849 [G] M:46 [ARG] A:2835 [G]
1R:64 [ARG] 1A:1501 [U] M:64 [ARG] A:1449 [U]
1R:64 [ARG] 1A:1502 [G] M:64 [ARG] A:1450 [G]
1R:64 [ARG] 1A:2717 [A] M:64 [ARG] A:2701 [A]
1R:64 [ARG] 1A:2718 [G] M:64 [ARG] A:2702 [G]
1R:64 [ARG] 1A:2861 [A] M:64 [ARG] A:2847 [A]
1R:64 [ARG] 1A:2862 [G] M:64 [ARG] A:2848 [G]
1R:9 [LYS] 1A:1700 [G] M:9 [LYS] A:1651 [G]
1R:9 [LYS] 1A:2023 [A] M:9 [LYS] A:1997 [A]
1R:9 [LYS] 1A:2024 [G] M:9 [LYS] A:1998 [G]
1R:24 [GLN] 1A:1323 [G] M:24 [LEU] A:1272 [A]
1R:24 [GLN] 1A:1324 [A] M:24 [LEU] A:1273 [C]
1R:15 [SER] 1A:1321 [A] M:15 [SER] A:1270 [A]
1R:15 [SER] 1A:2722 [C] M:15 [SER] A:2706 [C]
1R:10 [LEU] 1A:1698 [G] M:10 [LEU] A:1649 [G]
1R:10 [LEU] 1A:1699 [A] M:10 [LEU] A:1650 [A]
1R:10 [LEU] 1A:1700 [G] M:10 [LEU] A:1651 [G]
1R:35 [THR] 1A:1324 [A] M:35 [LYS] A:1273 [C]
1R:35 [THR] 1A:1325 [G] M:35 [LYS] A:1274 [G]
1R:3 [HIS] 1A:2735 [G] M:3 [HIS] A:2718 [G]
1R:3 [HIS] 1A:2736 [C] M:3 [HIS] A:2719 [C]
1R:3 [HIS] 1A:2830 [A] M:3 [HIS] A:2816 [G]
1R:3 [HIS] 1A:2831 [A] M:3 [HIS] A:2817 [A]
1R:3 [HIS] 1A:2832 [G] M:3 [HIS] A:2818 [G]
1R:106 [GLY] 1A:1333 [A] M:105 [GLY] A:1282 [A]
1R:106 [GLY] 1A:1334 [U] M:105 [GLY] A:1283 [A]
1R:11 [ASN] 1A:1700 [G] M:11 [GLY] A:1651 [G]
1R:11 [ASN] 1A:2025 [G] M:11 [GLY] A:1999 [A]
1R:99 [LYS] 1A:2826 [C] M:99 [LYS] A:2812 [G]
1R:99 [LYS] 1A:2827 [G] M:99 [LYS] A:2813 [U]
1R:50 [HIS] 1A:2849 [G] M:50 [PRO] A:2835 [G]
1R:50 [HIS] 1A:2850 [C] M:50 [PRO] A:2836 [U]
1R:42 [LYS] 1A:2827 [G] M:42 [LYS] A:2813 [U]
1R:42 [LYS] 1A:2828 [G] M:42 [LYS] A:2814 [U]
1R:107 [ASP] 1A:1333 [A] M:106 [ASP] A:1282 [A]
1R:107 [ASP] 1A:1696 [G] M:106 [ASP] A:1647 [G]
1R:107 [ASP] 1A:1697 [G] M:106 [ASP] A:1648 [A]
1R:107 [ASP] 1A:2030 [C] M:106 [ASP] A:2004 [C]
1R:107 [ASP] 1A:2031 [G] M:106 [ASP] A:2005 [A]
1R:34 [ILE] 1A:1324 [A] M:34 [ILE] A:1273 [C]
1R:34 [ILE] 1A:1325 [G] M:34 [ILE] A:1274 [G]
1R:1 [MET] 1A:1701 [A] M:1 [MET] A:1652 [A]
1R:1 [MET] 1A:2022 [G] M:1 [MET] A:1996 [C]
1R:1 [MET] 1A:2736 [C] M:1 [MET] A:2719 [C]
1R:1 [MET] 1A:2737 [C] M:1 [MET] A:2720 [U]
1R:97 [VAL] 1A:2891 [C] M:97 [VAL] A:2877 [U]
1R:97 [VAL] 1A:2892 [A] M:97 [VAL] A:2878 [A]
1R:17 [ARG] 1A:2024 [G] M:17 [ARG] A:1998 [G]
1R:17 [ARG] 1A:2702 [C] M:17 [ARG] A:2686 [A]
1R:90 [ARG] 1A:2890 [C] M:90 [ARG] A:2876 [C]
1R:90 [ARG] 1A:2891 [C] M:90 [ARG] A:2877 [U]
1R:53 [HIS] 1A:2850 [C] M:53 [THR] A:2836 [U]
1R:53 [HIS] 1A:2851 [C] M:53 [THR] A:2837 [U]
1R:60 [LEU] 1A:1501 [U] M:60 [VAL] A:1449 [U]
1R:60 [LEU] 1A:1502 [G] M:60 [VAL] A:1450 [G]
1R:60 [LEU] 1A:2861 [A] M:60 [VAL] A:2847 [A]
1R:5 [LYS] 1A:2734 [A] M:5 [ASN] A:2717 [A]
1R:5 [LYS] 1A:2735 [G] M:5 [ASN] A:2718 [G]
1R:5 [LYS] 1A:2830 [A] M:5 [ASN] A:2816 [G]
1R:5 [LYS] 1A:2883 [A] M:5 [ASN] A:2869 [A]
1R:91 [GLN] 1A:2849 [G] M:91 [ASN] A:2835 [G]
1R:91 [GLN] 1A:2850 [C] M:91 [ASN] A:2836 [U]
1R:91 [GLN] 1A:2890 [C] M:91 [ASN] A:2876 [C]
1R:95 [THR] 1A:2891 [C] M:95 [LEU] A:2877 [U]
1R:18 [LEU] 1A:2721 [G] M:18 [LYS] A:2705 [G]
1R:31 [HIS] 1A:1324 [A] M:31 [HIS] A:1273 [C]
1R:31 [HIS] 1A:1325 [G] M:31 [HIS] A:1274 [G]
1R:40 [LYS] 1A:1323 [G] M:40 [LYS] A:1272 [A]
1R:40 [LYS] 1A:1697 [G] M:40 [LYS] A:1648 [A]
1R:40 [LYS] 1A:1698 [G] M:40 [LYS] A:1649 [G]
1R:61 [HIS] 1A:2860 [A] M:61 [ALA] A:2846 [A]
1R:61 [HIS] 1A:2861 [A] M:61 [ALA] A:2847 [A]
1R:13 [HIS] 1A:1321 [A] M:13 [THR] A:1270 [A]
1R:13 [HIS] 1A:2024 [G] M:13 [THR] A:1998 [G]
1R:4 [LEU] 1A:2734 [A] M:4 [ARG] A:2717 [A]
1R:4 [LEU] 1A:2735 [G] M:4 [ARG] A:2718 [G]
1R:4 [LEU] 1A:2830 [A] M:4 [ARG] A:2816 [G]
1R:4 [LEU] 1A:2883 [A] M:4 [ARG] A:2869 [A]
1R:4 [LEU] 1A:2884 [C] M:4 [ARG] A:2870 [C]
1R:12 [ARG] 1A:1322 [A] M:12 [ARG] A:1271 [A]
1R:12 [ARG] 1A:1323 [G] M:12 [ARG] A:1272 [A]
1R:12 [ARG] 1A:1697 [G] M:12 [ARG] A:1648 [A]
1R:12 [ARG] 1A:2024 [G] M:12 [ARG] A:1998 [G]
1R:12 [ARG] 1A:2025 [G] M:12 [ARG] A:1999 [A]
1R:68 [ARG] 1A:2719 [G] M:68 [ALA] A:2703 [U]
1R:68 [ARG] 1A:2720 [G] M:68 [ALA] A:2704 [C]
1R:23 [ASN] 1A:1322 [A] M:23 [ASN] A:1271 [A]
1R:23 [ASN] 1A:1323 [G] M:23 [ASN] A:1272 [A]
1R:23 [ASN] 1A:1340 [U] M:23 [ASN] A:1289 [U]
1R:23 [ASN] 1A:1341 [C] M:23 [ASN] A:1290 [C]
1R:65 [LEU] 1A:2880 [C] M:65 [LEU] A:2866 [C]
1R:37 [THR] 1A:1324 [A] M:37 [THR] A:1273 [C]
1R:37 [THR] 1A:1697 [G] M:37 [THR] A:1648 [A]
1R:37 [THR] 1A:1698 [G] M:37 [THR] A:1649 [G]
1R:63 [ARG] 1A:1501 [U] M:63 [ARG] A:1449 [U]
1R:105 [ARG] 1A:1331 [G] M:104 [ALA] A:1280 [A]
1R:105 [ARG] 1A:1332 [A] M:104 [ALA] A:1281 [A]
1R:105 [ARG] 1A:1333 [A] M:104 [ALA] A:1282 [A]
1R:36 [THR] 1A:1323 [G] M:36 [THR] A:1272 [A]
1R:36 [THR] 1A:1324 [A] M:36 [THR] A:1273 [C]
1R:45 [ARG] 1A:2892 [A] M:45 [ARG] A:2878 [A] ❌ 7RYG_M_A
1R:77 [ARG] 1A:1501 [U] M:77 [GLY] A:1449 [U] ❌ 7RYG_M_A
1R:27 [SER] 1A:1323 [G] M:27 [SER] A:1272 [A] ❌ 7RYG_M_A
1R:26 [LYS] 1A:1341 [C] M:26 [ASN] A:1290 [C] ❌ 7RYG_M_A
1R:73 [VAL] 1A:1501 [U] M:73 [ALA] A:1449 [U] ❌ 7RYG_M_A
1R:104 [ARG] 1A:1324 [A] M:103 [ARG] A:1273 [C] ❌ 7RYG_M_A
1R:6 [SER] 1A:2848 [G] M:6 [SER] A:2834 [G] ❌ 7RYG_M_A
1R:64 [ARG] 1A:2719 [G] M:64 [ARG] A:2703 [U] ❌ 7RYG_M_A
1R:8 [ARG] 1A:1699 [A] M:8 [VAL] A:1650 [A] ❌ 7RYG_M_A
1R:8 [ARG] 1A:2828 [G] M:8 [VAL] A:2814 [U] ❌ 7RYG_M_A
1R:106 [GLY] 1A:2031 [G] M:105 [GLY] A:2005 [A] ❌ 7RYG_M_A
1R:11 [ASN] 1A:1698 [G] M:11 [GLY] A:1649 [G] ❌ 7RYG_M_A
1R:11 [ASN] 1A:1699 [A] M:11 [GLY] A:1650 [A] ❌ 7RYG_M_A
1R:50 [HIS] 1A:2881 [C] M:50 [PRO] A:2867 [U] ❌ 7RYG_M_A
1R:42 [LYS] 1A:2848 [G] M:42 [LYS] A:2834 [G] ❌ 7RYG_M_A
1R:107 [ASP] 1A:1334 [U] M:106 [ASP] A:1283 [A] ❌ 7RYG_M_A
1R:1 [MET] 1A:1700 [G] M:1 [MET] A:1651 [G] ❌ 7RYG_M_A
1R:17 [ARG] 1A:2701 [U] M:17 [ARG] A:2685 [U] ❌ 7RYG_M_A
1R:60 [LEU] 1A:2862 [G] M:60 [VAL] A:2848 [G] ❌ 7RYG_M_A
1R:5 [LYS] 1A:2022 [G] M:5 [ASN] A:1996 [C] ❌ 7RYG_M_A
1R:61 [HIS] 1A:2880 [C] M:61 [ALA] A:2866 [C] ❌ 7RYG_M_A
1R:4 [LEU] 1A:2829 [G] M:4 [ARG] A:2815 [C] ❌ 7RYG_M_A
1R:12 [ARG] 1A:1698 [G] M:12 [ARG] A:1649 [G] ❌ 7RYG_M_A
1R:105 [ARG] 1A:2031 [G] M:104 [ALA] A:2005 [A] ❌ 7RYG_M_A
1R:18 [LEU] 1A:2720 [G] M:18 [LYS] A:2704 [C] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:46 [GLY] 1A:2882 [G] M:46 [ARG] A:2868 [G] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:46 [GLY] 1A:2883 [A] M:46 [ARG] A:2869 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:49 [ASP] 1A:2848 [G] M:49 [GLU] A:2834 [G] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:53 [HIS] 1A:2849 [G] M:53 [THR] A:2835 [G] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:6 [SER] 1A:2702 [C] M:6 [SER] A:2686 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:63 [ARG] 1A:1500 [A] M:63 [ARG] A:1448 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:67 [LEU] 1A:2719 [G] M:67 [PHE] A:2703 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:67 [LEU] 1A:2718 [G] M:67 [PHE] A:2702 [G] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:67 [LEU] 1A:2713 [C] M:67 [PHE] A:2697 [C] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:71 [GLN] 1A:2718 [G] M:71 [ARG] A:2702 [G] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:8 [ARG] 1A:2702 [C] M:8 [VAL] A:2686 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:99 [LYS] 1A:2892 [A] M:99 [LYS] A:2878 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:98 [LEU] 1A:2893 [A] M:98 [LEU] A:2879 [A] ❌ 7RYG_A:2879 no longer at interface
1R:14 [SER] 1A:2726 [A] M:14 [SER] A:2709 [C] ❌ 7RYG_A:2709 no longer at interface
1R:73 [VAL] 1A:2714 [U] M:73 [ALA] A:2698 [G] ❌ 7RYG_A:2698 no longer at interface
1R:15 [SER] 1A:2726 [A] M:15 [SER] A:2709 [C] ❌ 7RYG_A:2709 no longer at interface
1R:57 [ARG] 1A:2879 [G] M:57 [ASN] A:2865 [G] ❌ 7RYG_M:57, 7RYG_A:2865 no longer at interface
1R:106 [GLY] 1A:1695 [C] M:105 [GLY] A:1646 [U] ❌ 7RYG_A:1646 no longer at interface
1R:106 [GLY] 1A:2032 [G] M:105 [GLY] A:2006 [G] ❌ 7RYG_A:2006 no longer at interface
1R:99 [LYS] 1A:2893 [A] M:99 [LYS] A:2879 [A] ❌ 7RYG_A:2879 no longer at interface
1R:1 [MET] 1A:2021 [C] M:1 [MET] A:1995 [G] ❌ 7RYG_A:1995 no longer at interface
1R:5 [LYS] 1A:2021 [C] M:5 [ASN] A:1995 [G] ❌ 7RYG_A:1995 no longer at interface
1R:61 [HIS] 1A:2879 [G] M:61 [ALA] A:2865 [G] ❌ 7RYG_A:2865 no longer at interface
1R:13 [HIS] 1A:2726 [A] M:13 [THR] A:2709 [C] ❌ 7RYG_A:2709 no longer at interface
1R:105 [ARG] 1A:1373 [C] M:104 [ALA] A:1322 [A] ❌ 7RYG_A:1322 no longer at interface
1R:105 [ARG] 1A:1374 [G] M:104 [ALA] A:1323 [A] ❌ 7RYG_A:1323 no longer at interface
1R:4 [LEU] 1A:2885 [C] M:4 [ARG] A:2871 [C] ❌ 4Y4O_1A:2885 no longer at interface
1R:71 [GLN] 1A:2712 [C] M:71 [ARG] A:2696 [A] ❌ 4Y4O_1A:2712 no longer at interface
1R:22 [ARG] 1A:2720 [G] M:22 [GLU] A:2704 [C] ❌ 7RYG_M:22 no longer at interface
1R:22 [ARG] 1A:2721 [G] M:22 [GLU] A:2705 [G] ❌ 7RYG_M:22 no longer at interface
1R:57 [ARG] 1A:2880 [C] M:57 [ASN] A:2866 [C] ❌ 7RYG_M:57 no longer at interface
1R:103 [ARG] 1A:2030 [C] M:102 [PHE] A:2004 [C] ❌ 7RYG_M:102 no longer at interface
1R:69 [ASP] 1A:2880 [C] M:69 [ARG] A:2866 [C] ❌ 4Y4O_1R:69 no longer at interface
1R:69 [ASP] 1A:2881 [C] M:69 [ARG] A:2867 [U] ❌ 4Y4O_1R:69 no longer at interface
1R:7 [GLY] 1A:2702 [C] M:7 [GLY] A:2686 [A] ❌ 4Y4O_1R:7 no longer at interface
1R:74 [LYS] 1A:1500 [A] M:74 [ALA] A:1448 [U] ❌ 4Y4O_1R:74 no longer at interface
1R:76 [VAL] 1A:1501 [U] M:76 [VAL] A:1449 [U] ❌ 4Y4O_1R:76 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
Common RFAM label(s)
Interface TM-score
Interface RMSD
Percentage identity
Protein TM-score
RNA TM-score
Protein coverage
RNA coverage
Percentage conservation
Apolar conservation
H-bond conservation
Percentage switching out
Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.96 1.65 0.57 0.95 0.96 0.96 0.97 0.83 0.80 0.44 0.40


Other pairs involving 4Y4O_1R_1A or 7RYG_M_A

Total number of entries: 7