Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0Z_L
|
6S0Z_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| L:3 [TYR] | A:2717 [A] | 3.04 | base/AA stacks | 3.34 | ||
| L:3 [TYR] | A:2892 [G] | 3.57 | A:2746 [G] | base:SC | 3.34 | |
| L:3 [TYR] | A:2893 [A] | 3.69 | A:2747 [U] | base/AA stacks | 3.34 | |
| L:4 [ARG] | A:1695 [G] | 4.88 | A:2033 [C] | 50.72 | ||
| L:4 [ARG] | A:1696 [C] | 2.64 | A:2032 [A] | 50.72 | ||
| L:4 [ARG] | A:2717 [A] | 2.98 | base:BB | 50.72 | ||
| L:4 [ARG] | A:2838 [C] | 4.75 | A:2848 [G] | 50.72 | ||
| L:5 [LYS] | A:1697 [G] | 3.22 | sugar:SC | 79.78 | ||
| L:5 [LYS] | A:2028 [A] | 2.98 | A:1703 [U] | 79.78 | ||
| L:5 [LYS] | A:2029 [G] | 3.35 | A:1702 [C] | 79.78 | ||
| L:6 [LEU] | A:1695 [G] | 4.48 | A:2033 [C] | 73.93 | ||
| L:6 [LEU] | A:1696 [C] | 4.8 | A:2032 [A] | 73.93 | ||
| L:6 [LEU] | A:1697 [G] | 3.44 | 73.93 | |||
| L:7 [GLY] | A:1697 [G] | 2.72 | base:BB | 62.02 | ||
| L:7 [GLY] | A:2030 [A] | 3.73 | A:1701 [U] | 62.02 | ||
| L:8 [ARG] | A:1312 [A] | 4.68 | 81.84 | |||
| L:8 [ARG] | A:1313 [G] | 2.84 | A:1331 [C] | sugar:SC | 81.84 | |
| L:8 [ARG] | A:1314 [A] | 3.5 | A:1330 [U] | 81.84 | ||
| L:8 [ARG] | A:1694 [A] | 4.46 | A:2034 [U] | 81.84 | ||
| L:8 [ARG] | A:1697 [G] | 4.83 | 81.84 | |||
| L:8 [ARG] | A:2029 [G] | 3.74 | A:1702 [C] | 81.84 | ||
| L:9 [THR] | A:2028 [A] | 4.88 | A:1703 [U] | 34.12 | ||
| L:9 [THR] | A:2029 [G] | 4.52 | A:1702 [C] | 34.12 | ||
| L:10 [SER] | A:2029 [G] | 4.78 | A:1702 [C] | 49.67 | ||
| L:10 [SER] | A:2716 [U] | 3.46 | 49.67 | |||
| L:10 [SER] | A:2717 [A] | 2.44 | 49.67 | |||
| L:11 [ASP] | A:1312 [A] | 4.5 | 48.02 | |||
| L:11 [ASP] | A:2737 [C] | 3.53 | A:2724 [G] | 48.02 | ||
| L:12 [GLN] | A:1312 [A] | 3.65 | 62.37 | |||
| L:13 [ARG] | A:2029 [G] | 3.75 | A:1702 [C] | 89.21 | ||
| L:13 [ARG] | A:2716 [U] | 4.69 | 89.21 | |||
| L:13 [ARG] | A:2717 [A] | 2.88 | base:SC | 89.21 | ||
| L:14 [LYS] | A:2735 [G] | 4.5 | A:2726 [C] | 46.64 | ||
| L:14 [LYS] | A:2736 [G] | 3.0 | A:2725 [U] | 46.64 | ||
| L:15 [ALA] | A:1312 [A] | 3.98 | 83.74 | |||
| L:15 [ALA] | A:1332 [C] | 4.38 | A:1689 [G] | 83.74 | ||
| L:16 [MET] | A:1313 [G] | 4.15 | A:1331 [C] | 79.57 | ||
| L:16 [MET] | A:1314 [A] | 3.58 | A:1330 [U] | 79.57 | ||
| L:17 [LEU] | A:2717 [A] | 3.93 | 45.35 | |||
| L:18 [ARG] | A:2735 [G] | 3.47 | A:2726 [C] | sugar:SC | 81.04 | |
| L:18 [ARG] | A:2736 [G] | 4.21 | A:2725 [U] | 81.04 | ||
| L:19 [ASP] | A:1314 [A] | 4.69 | A:1330 [U] | 82.63 | ||
| L:20 [LEU] | A:1314 [A] | 2.92 | A:1330 [U] | 83.98 | ||
| L:20 [LEU] | A:1315 [C] | 3.98 | A:1329 [G] | 83.98 | ||
| L:23 [SER] | A:1314 [A] | 4.83 | A:1330 [U] | 80.44 | ||
| L:23 [SER] | A:1315 [C] | 3.43 | A:1329 [G] | 80.44 | ||
| L:27 [SER] | A:1316 [G] | 4.44 | A:1328 [C] | 70.41 | ||
| L:29 [ARG] | A:1316 [G] | 4.48 | A:1328 [C] | 42.34 | ||
| L:30 [ILE] | A:1315 [C] | 3.62 | A:1329 [G] | 88.36 | ||
| L:30 [ILE] | A:1316 [G] | 3.41 | A:1328 [C] | 88.36 | ||
| L:31 [GLU] | A:1315 [C] | 3.75 | A:1329 [G] | 40.75 | ||
| L:31 [GLU] | A:1316 [G] | 2.75 | A:1328 [C] | 40.75 | ||
| L:32 [THR] | A:1314 [A] | 4.74 | A:1330 [U] | 99.0 | ||
| L:32 [THR] | A:1315 [C] | 3.22 | A:1329 [G] | 99.0 | ||
| L:33 [THR] | A:1694 [A] | 3.93 | A:2034 [U] | 97.87 | ||
| L:33 [THR] | A:1695 [G] | 2.88 | A:2033 [C] | 97.87 | ||
| L:34 [GLU] | A:2837 [U] | 3.36 | A:2849 [A] | 6.06 | ||
| L:35 [ALA] | A:1695 [G] | 4.32 | A:2033 [C] | 74.48 | ||
| L:35 [ALA] | A:1696 [C] | 4.37 | A:2032 [A] | 74.48 | ||
| L:36 [ARG] | A:1314 [A] | 3.54 | A:1330 [U] | 82.9 | ||
| L:36 [ARG] | A:1315 [C] | 4.0 | A:1329 [G] | 82.9 | ||
| L:36 [ARG] | A:1694 [A] | 3.66 | A:2034 [U] | 82.9 | ||
| L:36 [ARG] | A:1695 [G] | 3.86 | A:2033 [C] | 82.9 | ||
| L:38 [LYS] | A:2837 [U] | 3.2 | A:2849 [A] | 87.76 | ||
| L:38 [LYS] | A:2838 [C] | 3.1 | A:2848 [G] | 87.76 | ||
| L:39 [GLU] | A:2717 [A] | 2.79 | base:SC | 58.19 | ||
| L:41 [ARG] | A:2838 [C] | 3.99 | A:2848 [G] | 59.68 | ||
| L:41 [ARG] | A:2857 [A] | 4.86 | A:2901 [U] | 59.68 | ||
| L:41 [ARG] | A:2858 [G] | 3.42 | A:2900 [C] | 59.68 | ||
| L:41 [ARG] | A:2901 [U] | 4.78 | A:2857 [A] | 59.68 | ||
| L:42 [SER] | A:2858 [G] | 4.33 | A:2900 [C] | 51.08 | ||
| L:42 [SER] | A:2859 [G] | 3.61 | A:2898 [U] | 51.08 | ||
| L:43 [VAL] | A:2717 [A] | 4.99 | 0.46 | |||
| L:45 [GLU] | A:2858 [G] | 3.98 | A:2900 [C] | sugar:SC | 85.21 | |
| L:45 [GLU] | A:2859 [G] | 3.28 | A:2898 [U] | 85.21 | ||
| L:45 [GLU] | A:2860 [U] | 3.91 | A:2897 [A] | 85.21 | ||
| L:46 [LYS] | A:2859 [G] | 4.32 | A:2898 [U] | 70.33 | ||
| L:46 [LYS] | A:2860 [U] | 3.82 | A:2897 [A] | 70.33 | ||
| L:46 [LYS] | A:2892 [G] | 3.4 | A:2746 [G] | 70.33 | ||
| L:49 [THR] | A:2859 [G] | 4.68 | A:2898 [U] | 80.07 | ||
| L:49 [THR] | A:2860 [U] | 2.86 | A:2897 [A] | 80.07 | ||
| L:49 [THR] | A:2861 [U] | 4.25 | A:2896 [A] | 80.07 | ||
| L:53 [LYS] | A:2861 [U] | 4.36 | A:2896 [A] | 42.45 | ||
| L:56 [LEU] | A:1498 [U] | 3.5 | 59.71 | |||
| L:56 [LEU] | A:1499 [U] | 4.21 | A:2731 [C] | 59.71 | ||
| L:56 [LEU] | A:2871 [A] | 4.38 | A:2886 [G] | 59.71 | ||
| L:56 [LEU] | A:2872 [G] | 4.72 | A:2885 [U] | 59.71 | ||
| L:57 [ALA] | A:2870 [A] | 4.67 | 49.77 | |||
| L:59 [ARG] | A:1498 [U] | 3.08 | 68.97 | |||
| L:60 [ARG] | A:1498 [U] | 3.0 | base:SC, base:SC | 92.09 | ||
| L:60 [ARG] | A:1499 [U] | 4.06 | A:2731 [C] | 92.09 | ||
| L:60 [ARG] | A:2732 [A] | 4.55 | 92.09 | |||
| L:60 [ARG] | A:2733 [A] | 4.4 | A:2728 [U] | 92.09 | ||
| L:60 [ARG] | A:2871 [A] | 3.6 | A:2886 [G] | 92.09 | ||
| L:60 [ARG] | A:2872 [G] | 3.9 | A:2885 [U] | 92.09 | ||
| L:61 [ASN] | A:2890 [C] | 4.86 | A:2866 [G] | 0.14 | ||
| L:63 [ALA] | A:1498 [U] | 3.8 | 4.5 | |||
| L:63 [ALA] | A:2734 [C] | 4.49 | A:2727 [G] | 4.5 | ||
| L:64 [LYS] | A:2734 [C] | 3.49 | A:2727 [G] | 52.56 | ||
| L:64 [LYS] | A:2735 [G] | 3.9 | A:2726 [C] | 52.56 | ||
| L:67 [ARG] | A:1331 [C] | 3.68 | A:1313 [G] | 18.31 | ||
| L:67 [ARG] | A:1332 [C] | 3.9 | A:1689 [G] | 18.31 | ||
| L:67 [ARG] | A:2735 [G] | 4.59 | A:2726 [C] | 18.31 | ||
| L:68 [ASN] | A:1331 [C] | 4.1 | A:1313 [G] | 45.85 | ||
| L:68 [ASN] | A:2728 [U] | 3.96 | A:2733 [A] | 45.85 | ||
| L:69 [VAL] | A:1330 [U] | 4.01 | A:1314 [A] | 49.83 | ||
| L:69 [VAL] | A:1331 [C] | 4.08 | A:1313 [G] | 49.83 | ||
| L:82 [LEU] | A:1498 [U] | 3.92 | 64.61 | |||
| L:83 [GLN] | A:1497 [A] | 4.67 | 33.38 | |||
| L:83 [GLN] | A:1498 [U] | 3.45 | 33.38 | |||
| L:96 [ARG] | A:2900 [C] | 2.62 | A:2858 [G] | sugar:SC | 84.08 | |
| L:96 [ARG] | A:2901 [U] | 3.83 | A:2857 [A] | 84.08 | ||
| L:97 [GLN] | A:2859 [G] | 3.29 | A:2898 [U] | base:BB | 35.7 | |
| L:97 [GLN] | A:2860 [U] | 4.39 | A:2897 [A] | 35.7 | ||
| L:97 [GLN] | A:2900 [C] | 3.38 | A:2858 [G] | 35.7 | ||
| L:98 [GLY] | A:2858 [G] | 4.75 | A:2900 [C] | 86.32 | ||
| L:98 [GLY] | A:2859 [G] | 3.34 | A:2898 [U] | 86.32 | ||
| L:98 [GLY] | A:2860 [U] | 3.84 | A:2897 [A] | 86.32 | ||
| L:98 [GLY] | A:2900 [C] | 2.99 | A:2858 [G] | sugar:BB | 86.32 | |
| L:99 [GLY] | A:2858 [G] | 3.78 | A:2900 [C] | 93.9 | ||
| L:99 [GLY] | A:2859 [G] | 3.45 | A:2898 [U] | sugar:BB | 93.9 | |
| L:99 [GLY] | A:2900 [C] | 3.15 | A:2858 [G] | 93.9 | ||
| L:99 [GLY] | A:2901 [U] | 3.8 | A:2857 [A] | 93.9 | ||
| L:100 [TYR] | A:2859 [G] | 4.32 | A:2898 [U] | 65.96 | ||
| L:100 [TYR] | A:2860 [U] | 4.8 | A:2897 [A] | 65.96 | ||
| L:100 [TYR] | A:2900 [C] | 4.53 | A:2858 [G] | 65.96 | ||
| L:100 [TYR] | A:2901 [U] | 4.88 | A:2857 [A] | 65.96 | ||
| L:101 [THR] | A:2901 [U] | 2.94 | A:2857 [A] | sugar:BB | 82.53 | |
| L:102 [ARG] | A:2901 [U] | 3.64 | A:2857 [A] | 80.41 | ||
| L:102 [ARG] | A:2902 [A] | 3.41 | A:2856 [U] | 80.41 | ||
| L:103 [ILE] | A:2901 [U] | 4.78 | A:2857 [A] | 71.75 | ||
| L:103 [ILE] | A:2902 [A] | 4.45 | A:2856 [U] | 71.75 | ||
| L:105 [LYS] | A:2836 [C] | 3.08 | A:2850 [G] | 71.12 | ||
| L:105 [LYS] | A:2837 [U] | 3.24 | A:2849 [A] | 71.12 | ||
| L:109 [ARG] | A:1324 [A] | 3.37 | 93.83 | |||
| L:109 [ARG] | A:1693 [G] | 4.5 | A:2035 [C] | 93.83 | ||
| L:109 [ARG] | A:1694 [A] | 4.48 | A:2034 [U] | 93.83 | ||
| L:110 [ARG] | A:1322 [G] | 3.94 | 41.59 | |||
| L:110 [ARG] | A:1323 [A] | 4.23 | A:1319 [U] | 41.59 | ||
| L:110 [ARG] | A:1324 [A] | 3.44 | 41.59 | |||
| L:110 [ARG] | A:1364 [C] | 2.8 | sugar:SC | 41.59 | ||
| L:110 [ARG] | A:1365 [G] | 3.23 | 41.59 | |||
| L:110 [ARG] | A:2036 [G] | 4.26 | A:1692 [C] | 41.59 | ||
| L:111 [GLY] | A:1324 [A] | 3.01 | base:BB | 86.49 | ||
| L:111 [GLY] | A:1325 [U] | 3.08 | 86.49 | |||
| L:111 [GLY] | A:2036 [G] | 3.64 | A:1692 [C] | base:BB | 86.49 | |
| L:112 [ASP] | A:1324 [A] | 2.9 | base:SC | 98.47 | ||
| L:112 [ASP] | A:1693 [G] | 2.61 | A:2035 [C] | sugar:SC, sugar:SC | 98.47 | |
| L:112 [ASP] | A:1694 [A] | 3.86 | A:2034 [U] | 98.47 | ||
| L:112 [ASP] | A:2036 [G] | 3.86 | A:1692 [C] | 98.47 | ||
| L:113 [GLY] | A:1693 [G] | 4.48 | A:2035 [C] | 51.89 | ||
| L:113 [GLY] | A:2036 [G] | 3.83 | A:1692 [C] | 51.89 | ||
| L:114 [ALA] | A:1694 [A] | 3.44 | A:2034 [U] | 87.93 | ||
| L:115 [GLU] | A:1694 [A] | 4.86 | A:2034 [U] | 42.05 | ||
| L:122 [VAL] | A:2901 [U] | 4.91 | A:2857 [A] | 62.28 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group99 | 6S0Z_L_A | L: 50s ribosomal protein l17, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | A0A077UG91 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0Z_L_A | 7RYG_M_A | 0.77 | 0.97 | 1.42 | 0.52 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_L_A | 7K00_m_a | 0.73 | 0.97 | 1.53 | 0.48 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_L_A | 7OF0_O_A | 0.46 | 0.94 | 2.42 | 0.16 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_L_A | 6YSI_J_1 | 0.75 | 0.98 | 1.41 | 0.52 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1R_1A | 6S0Z_L_A | 0.74 | 0.96 | 1.57 | 0.52 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |