RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group99 > 6S0Z_L_A vs 6YSI_J_1

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

6S0Z_L
6S0Z_A
6YSI_J
6YSI_1
Conserved?
L:7 [GLY] A:1697 [G] J:11 [GLY] 1:1644 [G] ✔
L:7 [GLY] A:2030 [A] J:11 [GLY] 1:1992 [A] ✔
L:96 [ARG] A:2900 [C] J:90 [ARG] 1:2869 [C] ✔
L:96 [ARG] A:2901 [U] J:90 [ARG] 1:2870 [U] ✔
L:112 [ASP] A:1324 [A] J:106 [ASP] 1:1275 [A] ✔
L:112 [ASP] A:1693 [G] J:106 [ASP] 1:1640 [G] ✔
L:112 [ASP] A:1694 [A] J:106 [ASP] 1:1641 [A] ✔
L:112 [ASP] A:2036 [G] J:106 [ASP] 1:1998 [A] ✔
L:12 [GLN] A:1312 [A] J:16 [HIS] 1:1263 [A] ✔
L:60 [ARG] A:1498 [U] J:64 [ARG] 1:1442 [U] ✔
L:60 [ARG] A:1499 [U] J:64 [ARG] 1:1443 [G] ✔
L:60 [ARG] A:2732 [A] J:64 [ARG] 1:2694 [A] ✔
L:60 [ARG] A:2733 [A] J:64 [ARG] 1:2695 [G] ✔
L:60 [ARG] A:2871 [A] J:64 [ARG] 1:2840 [A] ✔
L:60 [ARG] A:2872 [G] J:64 [ARG] 1:2841 [G] ✔
L:67 [ARG] A:2735 [G] J:71 [ARG] 1:2697 [C] ✔
L:41 [ARG] A:2838 [C] J:45 [ARG] 1:2807 [U] ✔
L:41 [ARG] A:2857 [A] J:45 [ARG] 1:2826 [A] ✔
L:41 [ARG] A:2858 [G] J:45 [ARG] 1:2827 [G] ✔
L:41 [ARG] A:2901 [U] J:45 [ARG] 1:2870 [U] ✔
L:4 [ARG] A:2717 [A] J:8 [VAL] 1:2679 [A] ✔
L:57 [ALA] A:2870 [A] J:61 [ALA] 1:2839 [A] ✔
L:63 [ALA] A:1498 [U] J:67 [PHE] 1:1442 [U] ✔
L:27 [SER] A:1316 [G] J:31 [HIS] 1:1267 [G] ✔
L:20 [LEU] A:1314 [A] J:24 [LEU] 1:1265 [A] ✔
L:20 [LEU] A:1315 [C] J:24 [LEU] 1:1266 [C] ✔
L:61 [ASN] A:2890 [C] J:65 [LEU] 1:2859 [C] ✔
L:115 [GLU] A:1694 [A] J:109 [PRO] 1:1641 [A] ✔
L:3 [TYR] A:2717 [A] J:7 [GLY] 1:2679 [A] ✔
L:101 [THR] A:2901 [U] J:95 [LEU] 1:2870 [U] ✔
L:10 [SER] A:2716 [U] J:14 [SER] 1:2678 [U] ✔
L:10 [SER] A:2717 [A] J:14 [SER] 1:2679 [A] ✔
L:113 [GLY] A:2036 [G] J:107 [ALA] 1:1998 [A] ✔
L:82 [LEU] A:1498 [U] J:76 [VAL] 1:1442 [U] ✔
L:109 [ARG] A:1324 [A] J:103 [ARG] 1:1275 [A] ✔
L:109 [ARG] A:1693 [G] J:103 [ARG] 1:1640 [G] ✔
L:109 [ARG] A:1694 [A] J:103 [ARG] 1:1641 [A] ✔
L:15 [ALA] A:1312 [A] J:19 [ALA] 1:1263 [A] ✔
L:15 [ALA] A:1332 [C] J:19 [ALA] 1:1283 [C] ✔
L:98 [GLY] A:2858 [G] J:92 [GLY] 1:2827 [G] ✔
L:98 [GLY] A:2859 [G] J:92 [GLY] 1:2828 [G] ✔
L:98 [GLY] A:2860 [U] J:92 [GLY] 1:2829 [U] ✔
L:98 [GLY] A:2900 [C] J:92 [GLY] 1:2869 [C] ✔
L:64 [LYS] A:2734 [C] J:68 [ALA] 1:2696 [U] ✔
L:64 [LYS] A:2735 [G] J:68 [ALA] 1:2697 [C] ✔
L:13 [ARG] A:2029 [G] J:17 [ARG] 1:1991 [G] ✔
L:13 [ARG] A:2717 [A] J:17 [ARG] 1:2679 [A] ✔
L:32 [THR] A:1314 [A] J:36 [THR] 1:1265 [A] ✔
L:32 [THR] A:1315 [C] J:36 [THR] 1:1266 [C] ✔
L:6 [LEU] A:1695 [G] J:10 [LEU] 1:1642 [G] ✔
L:6 [LEU] A:1696 [C] J:10 [LEU] 1:1643 [A] ✔
L:6 [LEU] A:1697 [G] J:10 [LEU] 1:1644 [G] ✔
L:59 [ARG] A:1498 [U] J:63 [ARG] 1:1442 [U] ✔
L:29 [ARG] A:1316 [G] J:33 [LEU] 1:1267 [G] ✔
L:23 [SER] A:1315 [C] J:27 [SER] 1:1266 [C] ✔
L:99 [GLY] A:2858 [G] J:93 [GLY] 1:2827 [G] ✔
L:99 [GLY] A:2859 [G] J:93 [GLY] 1:2828 [G] ✔
L:99 [GLY] A:2900 [C] J:93 [GLY] 1:2869 [C] ✔
L:99 [GLY] A:2901 [U] J:93 [GLY] 1:2870 [U] ✔
L:49 [THR] A:2859 [G] J:53 [THR] 1:2828 [G] ✔
L:49 [THR] A:2860 [U] J:53 [THR] 1:2829 [U] ✔
L:49 [THR] A:2861 [U] J:53 [THR] 1:2830 [U] ✔
L:14 [LYS] A:2735 [G] J:18 [LYS] 1:2697 [C] ✔
L:14 [LYS] A:2736 [G] J:18 [LYS] 1:2698 [G] ✔
L:102 [ARG] A:2901 [U] J:96 [ARG] 1:2870 [U] ✔
L:102 [ARG] A:2902 [A] J:96 [ARG] 1:2871 [A] ✔
L:31 [GLU] A:1315 [C] J:35 [LYS] 1:1266 [C] ✔
L:31 [GLU] A:1316 [G] J:35 [LYS] 1:1267 [G] ✔
L:35 [ALA] A:1695 [G] J:39 [PRO] 1:1642 [G] ✔
L:35 [ALA] A:1696 [C] J:39 [PRO] 1:1643 [A] ✔
L:19 [ASP] A:1314 [A] J:23 [ASN] 1:1265 [A] ✔
L:8 [ARG] A:1313 [G] J:12 [ARG] 1:1264 [A] ✔
L:8 [ARG] A:1314 [A] J:12 [ARG] 1:1265 [A] ✔
L:8 [ARG] A:1694 [A] J:12 [ARG] 1:1641 [A] ✔
L:8 [ARG] A:2029 [G] J:12 [ARG] 1:1991 [G] ✔
L:16 [MET] A:1313 [G] J:20 [MET] 1:1264 [A] ✔
L:16 [MET] A:1314 [A] J:20 [MET] 1:1265 [A] ✔
L:83 [GLN] A:1497 [A] J:77 [GLY] 1:1441 [U] ✔
L:122 [VAL] A:2901 [U] J:116 [VAL] 1:2870 [U] ✔
L:110 [ARG] A:1322 [G] J:104 [ALA] 1:1273 [A] ✔
L:110 [ARG] A:1323 [A] J:104 [ALA] 1:1274 [A] ✔
L:110 [ARG] A:1324 [A] J:104 [ALA] 1:1275 [A] ✔
L:56 [LEU] A:1498 [U] J:60 [VAL] 1:1442 [U] ✔
L:56 [LEU] A:1499 [U] J:60 [VAL] 1:1443 [G] ✔
L:56 [LEU] A:2871 [A] J:60 [VAL] 1:2840 [A] ✔
L:38 [LYS] A:2837 [U] J:42 [LYS] 1:2806 [U] ✔
L:38 [LYS] A:2838 [C] J:42 [LYS] 1:2807 [U] ✔
L:105 [LYS] A:2836 [C] J:99 [LYS] 1:2805 [G] ✔
L:105 [LYS] A:2837 [U] J:99 [LYS] 1:2806 [U] ✔
L:36 [ARG] A:1314 [A] J:40 [LYS] 1:1265 [A] ✔
L:36 [ARG] A:1694 [A] J:40 [LYS] 1:1641 [A] ✔
L:36 [ARG] A:1695 [G] J:40 [LYS] 1:1642 [G] ✔
L:5 [LYS] A:1697 [G] J:9 [LYS] 1:1644 [G] ✔
L:5 [LYS] A:2028 [A] J:9 [LYS] 1:1990 [A] ✔
L:5 [LYS] A:2029 [G] J:9 [LYS] 1:1991 [G] ✔
L:111 [GLY] A:1324 [A] J:105 [GLY] 1:1275 [A] ✔
L:111 [GLY] A:1325 [U] J:105 [GLY] 1:1276 [A] ✔
L:46 [LYS] A:2859 [G] J:50 [PRO] 1:2828 [G] ✔
L:46 [LYS] A:2860 [U] J:50 [PRO] 1:2829 [U] ✔
L:11 [ASP] A:1312 [A] J:15 [SER] 1:1263 [A] ✔
L:11 [ASP] A:2737 [C] J:15 [SER] 1:2699 [C] ✔
L:42 [SER] A:2858 [G] J:46 [ARG] 1:2827 [G] ✔
L:42 [SER] A:2859 [G] J:46 [ARG] 1:2828 [G] ✔
L:33 [THR] A:1694 [A] J:37 [THR] 1:1641 [A] ✔
L:33 [THR] A:1695 [G] J:37 [THR] 1:1642 [G] ✔
L:103 [ILE] A:2901 [U] J:97 [VAL] 1:2870 [U] ✔
L:103 [ILE] A:2902 [A] J:97 [VAL] 1:2871 [A] ✔
L:30 [ILE] A:1315 [C] J:34 [ILE] 1:1266 [C] ✔
L:30 [ILE] A:1316 [G] J:34 [ILE] 1:1267 [G] ✔
L:100 [TYR] A:2859 [G] J:94 [TYR] 1:2828 [G] ✔
L:100 [TYR] A:2860 [U] J:94 [TYR] 1:2829 [U] ✔
L:100 [TYR] A:2900 [C] J:94 [TYR] 1:2869 [C] ✔
L:97 [GLN] A:2859 [G] J:91 [ASN] 1:2828 [G] ✔
L:97 [GLN] A:2860 [U] J:91 [ASN] 1:2829 [U] ✔
L:97 [GLN] A:2900 [C] J:91 [ASN] 1:2869 [C] ✔
L:45 [GLU] A:2858 [G] J:49 [GLU] 1:2827 [G] ✔
L:45 [GLU] A:2859 [G] J:49 [GLU] 1:2828 [G] ✔
L:45 [GLU] A:2860 [U] J:49 [GLU] 1:2829 [U] ✔
L:9 [THR] A:2029 [G] J:13 [THR] 1:1991 [G] ✔
L:114 [ALA] A:1694 [A] J:108 [ALA] 1:1641 [A] ✔
L:67 [ARG] A:1331 [C] J:71 [ARG] 1:1282 [U] ❌ 6YSI_J_1
L:67 [ARG] A:1332 [C] J:71 [ARG] 1:1283 [C] ❌ 6YSI_J_1
L:4 [ARG] A:1695 [G] J:8 [VAL] 1:1642 [G] ❌ 6YSI_J_1
L:4 [ARG] A:1696 [C] J:8 [VAL] 1:1643 [A] ❌ 6YSI_J_1
L:4 [ARG] A:2838 [C] J:8 [VAL] 1:2807 [U] ❌ 6YSI_J_1
L:63 [ALA] A:2734 [C] J:67 [PHE] 1:2696 [U] ❌ 6YSI_J_1
L:3 [TYR] A:2892 [G] J:7 [GLY] 1:2861 [G] ❌ 6YSI_J_1
L:3 [TYR] A:2893 [A] J:7 [GLY] 1:2862 [A] ❌ 6YSI_J_1
L:10 [SER] A:2029 [G] J:14 [SER] 1:1991 [G] ❌ 6YSI_J_1
L:113 [GLY] A:1693 [G] J:107 [ALA] 1:1640 [G] ❌ 6YSI_J_1
L:13 [ARG] A:2716 [U] J:17 [ARG] 1:2678 [U] ❌ 6YSI_J_1
L:23 [SER] A:1314 [A] J:27 [SER] 1:1265 [A] ❌ 6YSI_J_1
L:8 [ARG] A:1312 [A] J:12 [ARG] 1:1263 [A] ❌ 6YSI_J_1
L:8 [ARG] A:1697 [G] J:12 [ARG] 1:1644 [G] ❌ 6YSI_J_1
L:83 [GLN] A:1498 [U] J:77 [GLY] 1:1442 [U] ❌ 6YSI_J_1
L:110 [ARG] A:2036 [G] J:104 [ALA] 1:1998 [A] ❌ 6YSI_J_1
L:56 [LEU] A:2872 [G] J:60 [VAL] 1:2841 [G] ❌ 6YSI_J_1
L:36 [ARG] A:1315 [C] J:40 [LYS] 1:1266 [C] ❌ 6YSI_J_1
L:111 [GLY] A:2036 [G] J:105 [GLY] 1:1998 [A] ❌ 6YSI_J_1
L:46 [LYS] A:2892 [G] J:50 [PRO] 1:2861 [G] ❌ 6YSI_J_1
L:69 [VAL] A:1331 [C] J:73 [ALA] 1:1282 [U] ❌ 6YSI_J_1
L:100 [TYR] A:2901 [U] J:94 [TYR] 1:2870 [U] ❌ 6YSI_J_1
L:9 [THR] A:2028 [A] J:13 [THR] 1:1990 [A] ❌ 6YSI_J_1
L:7 [GLY] A:2029 [G] J:11 [GLY] 1:1991 [G] ❌ 6S0Z_L_A
L:8 [ARG] A:1695 [G] J:12 [ARG] 1:1642 [G] ❌ 6S0Z_L_A
L:8 [ARG] A:2030 [A] J:12 [ARG] 1:1992 [A] ❌ 6S0Z_L_A
L:12 [GLN] A:1313 [G] J:16 [HIS] 1:1264 [A] ❌ 6S0Z_L_A
L:13 [ARG] A:2028 [A] J:17 [ARG] 1:1990 [A] ❌ 6S0Z_L_A
L:19 [ASP] A:1313 [G] J:23 [ASN] 1:1264 [A] ❌ 6S0Z_L_A
L:19 [ASP] A:1331 [C] J:23 [ASN] 1:1282 [U] ❌ 6S0Z_L_A
L:19 [ASP] A:1332 [C] J:23 [ASN] 1:1283 [C] ❌ 6S0Z_L_A
L:27 [SER] A:1315 [C] J:31 [HIS] 1:1266 [C] ❌ 6S0Z_L_A
L:33 [THR] A:1315 [C] J:37 [THR] 1:1266 [C] ❌ 6S0Z_L_A
L:41 [ARG] A:2859 [G] J:45 [ARG] 1:2828 [G] ❌ 6S0Z_L_A
L:42 [SER] A:2893 [A] J:46 [ARG] 1:2862 [A] ❌ 6S0Z_L_A
L:42 [SER] A:2892 [G] J:46 [ARG] 1:2861 [G] ❌ 6S0Z_L_A
L:57 [ALA] A:2871 [A] J:61 [ALA] 1:2840 [A] ❌ 6S0Z_L_A
L:59 [ARG] A:1497 [A] J:63 [ARG] 1:1441 [U] ❌ 6S0Z_L_A
L:63 [ALA] A:2733 [A] J:67 [PHE] 1:2695 [G] ❌ 6S0Z_L_A
L:63 [ALA] A:2728 [U] J:67 [PHE] 1:2690 [C] ❌ 6S0Z_L_A
L:67 [ARG] A:2733 [A] J:71 [ARG] 1:2695 [G] ❌ 6S0Z_L_A
L:67 [ARG] A:2728 [U] J:71 [ARG] 1:2690 [C] ❌ 6S0Z_L_A
L:67 [ARG] A:2734 [C] J:71 [ARG] 1:2696 [U] ❌ 6S0Z_L_A
L:69 [VAL] A:1497 [A] J:73 [ALA] 1:1441 [U] ❌ 6S0Z_L_A
L:5 [LYS] A:2717 [A] J:9 [LYS] 1:2679 [A] ❌ 6S0Z_L_A
L:105 [LYS] A:2902 [A] J:99 [LYS] 1:2871 [A] ❌ 6S0Z_L_A
L:110 [ARG] A:1364 [C] J:104 [ALA] 1:1315 [A] ❌ 6YSI_1:1315 no longer at interface
L:110 [ARG] A:1365 [G] J:104 [ALA] 1:1316 [A] ❌ 6YSI_1:1316 no longer at interface
L:69 [VAL] A:1330 [U] J:73 [ALA] 1:1281 [U] ❌ 6YSI_1:1281 no longer at interface
L:111 [GLY] A:1363 [U] J:105 [GLY] 1:1314 [U] ❌ 6S0Z_A:1363 no longer at interface
L:112 [ASP] A:2035 [C] J:106 [ASP] 1:1997 [C] ❌ 6S0Z_A:2035 no longer at interface
L:113 [GLY] A:2035 [C] J:107 [ALA] 1:1997 [C] ❌ 6S0Z_A:2035 no longer at interface
L:65 [THR] A:2891 [U] J:69 [ARG] 1:2860 [U] ❌ 6S0Z_L:65, 6S0Z_A:2891 no longer at interface
L:65 [THR] A:2719 [C] J:69 [ARG] 1:2681 [C] ❌ 6S0Z_L:65, 6S0Z_A:2719 no longer at interface
L:67 [ARG] A:2727 [G] J:71 [ARG] 1:2689 [A] ❌ 6S0Z_A:2727 no longer at interface
L:39 [GLU] A:2717 [A] J:43 [GLU] 1:2679 [A] ❌ 6YSI_J:43 no longer at interface
L:17 [LEU] A:2717 [A] J:21 [PHE] 1:2679 [A] ❌ 6YSI_J:21 no longer at interface
L:34 [GLU] A:2837 [U] J:38 [LEU] 1:2806 [U] ❌ 6YSI_J:38 no longer at interface
L:53 [LYS] A:2861 [U] J:57 [ASN] 1:2830 [U] ❌ 6YSI_J:57 no longer at interface
L:68 [ASN] A:1331 [C] J:72 [ASN] 1:1282 [U] ❌ 6YSI_J:72 no longer at interface
L:68 [ASN] A:2728 [U] J:72 [ASN] 1:2690 [C] ❌ 6YSI_J:72 no longer at interface
L:43 [VAL] A:2717 [A] J:47 [VAL] 1:2679 [A] ❌ 6YSI_J:47 no longer at interface
L:18 [ARG] A:2735 [G] J:22 [GLN] 1:2697 [C] ❌ 6YSI_J:22 no longer at interface
L:18 [ARG] A:2736 [G] J:22 [GLN] 1:2698 [G] ❌ 6YSI_J:22 no longer at interface
L:22 [THR] A:1331 [C] J:26 [ASN] 1:1282 [U] ❌ 6S0Z_L:22 no longer at interface
L:58 [SER] A:2890 [C] J:62 [ASN] 1:2859 [C] ❌ 6S0Z_L:58 no longer at interface
L:65 [THR] A:2890 [C] J:69 [ARG] 1:2859 [C] ❌ 6S0Z_L:65 no longer at interface
L:80 [THR] A:1497 [A] J:74 [ALA] 1:1441 [U] ❌ 6S0Z_L:80 no longer at interface
L:84 [LYS] A:1497 [A] J:78 [LYS] 1:1441 [U] ❌ 6S0Z_L:84 no longer at interface
L:104 [LEU] A:2902 [A] J:98 [LEU] 1:2871 [A] ❌ 6S0Z_L:104 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.98 1.41 0.52 0.88 0.98 0.89 0.94 0.75 0.67 0.40 0.34


Other pairs involving 6S0Z_L_A or 6YSI_J_1

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1R_1A 6S0Z_L_A 0.74 0.96 1.57 0.52 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1R_1A 6YSI_J_1 0.83 0.97 0.79 0.57 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_L_A 7RYG_M_A 0.77 0.97 1.42 0.52 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_L_A 7K00_m_a 0.73 0.97 1.53 0.48 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_L_A 7OF0_O_A 0.46 0.94 2.42 0.16 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_L_A 6YSI_J_1 0.75 0.98 1.41 0.52 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_J_1 7OF0_O_A 0.63 0.92 1.85 0.23 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_J_1 7RYG_M_A 0.99 0.98 1.27 1.0 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_J_1 7K00_m_a 0.92 1.0 0.44 0.75 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare