Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6YSI_J
|
6YSI_1
|
7RYG_M
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| J:69 [ARG] | 1:2859 [C] | M:69 [ARG] | A:2866 [C] | ✔ |
| J:69 [ARG] | 1:2860 [U] | M:69 [ARG] | A:2867 [U] | ✔ |
| J:5 [ASN] | 1:2710 [A] | M:5 [ASN] | A:2717 [A] | ✔ |
| J:5 [ASN] | 1:2711 [G] | M:5 [ASN] | A:2718 [G] | ✔ |
| J:5 [ASN] | 1:2809 [G] | M:5 [ASN] | A:2816 [G] | ✔ |
| J:5 [ASN] | 1:2862 [A] | M:5 [ASN] | A:2869 [A] | ✔ |
| J:94 [TYR] | 1:2828 [G] | M:94 [TYR] | A:2835 [G] | ✔ |
| J:94 [TYR] | 1:2829 [U] | M:94 [TYR] | A:2836 [U] | ✔ |
| J:94 [TYR] | 1:2869 [C] | M:94 [TYR] | A:2876 [C] | ✔ |
| J:7 [GLY] | 1:2679 [A] | M:7 [GLY] | A:2686 [A] | ✔ |
| J:96 [ARG] | 1:2870 [U] | M:96 [ARG] | A:2877 [U] | ✔ |
| J:96 [ARG] | 1:2871 [A] | M:96 [ARG] | A:2878 [A] | ✔ |
| J:33 [LEU] | 1:1267 [G] | M:33 [LEU] | A:1274 [G] | ✔ |
| J:104 [ALA] | 1:1273 [A] | M:104 [ALA] | A:1280 [A] | ✔ |
| J:104 [ALA] | 1:1274 [A] | M:104 [ALA] | A:1281 [A] | ✔ |
| J:104 [ALA] | 1:1275 [A] | M:104 [ALA] | A:1282 [A] | ✔ |
| J:106 [ASP] | 1:1275 [A] | M:106 [ASP] | A:1282 [A] | ✔ |
| J:106 [ASP] | 1:1640 [G] | M:106 [ASP] | A:1647 [G] | ✔ |
| J:106 [ASP] | 1:1641 [A] | M:106 [ASP] | A:1648 [A] | ✔ |
| J:106 [ASP] | 1:1997 [C] | M:106 [ASP] | A:2004 [C] | ✔ |
| J:106 [ASP] | 1:1998 [A] | M:106 [ASP] | A:2005 [A] | ✔ |
| J:98 [LEU] | 1:2871 [A] | M:98 [LEU] | A:2878 [A] | ✔ |
| J:95 [LEU] | 1:2870 [U] | M:95 [LEU] | A:2877 [U] | ✔ |
| J:77 [GLY] | 1:1441 [U] | M:77 [GLY] | A:1448 [U] | ✔ |
| J:73 [ALA] | 1:1441 [U] | M:73 [ALA] | A:1448 [U] | ✔ |
| J:61 [ALA] | 1:2839 [A] | M:61 [ALA] | A:2846 [A] | ✔ |
| J:61 [ALA] | 1:2840 [A] | M:61 [ALA] | A:2847 [A] | ✔ |
| J:4 [ARG] | 1:2710 [A] | M:4 [ARG] | A:2717 [A] | ✔ |
| J:4 [ARG] | 1:2711 [G] | M:4 [ARG] | A:2718 [G] | ✔ |
| J:4 [ARG] | 1:2809 [G] | M:4 [ARG] | A:2816 [G] | ✔ |
| J:4 [ARG] | 1:2862 [A] | M:4 [ARG] | A:2869 [A] | ✔ |
| J:4 [ARG] | 1:2863 [C] | M:4 [ARG] | A:2870 [C] | ✔ |
| J:4 [ARG] | 1:2864 [C] | M:4 [ARG] | A:2871 [C] | ✔ |
| J:39 [PRO] | 1:1642 [G] | M:39 [PRO] | A:1649 [G] | ✔ |
| J:39 [PRO] | 1:1643 [A] | M:39 [PRO] | A:1650 [A] | ✔ |
| J:19 [ALA] | 1:1263 [A] | M:19 [ALA] | A:1270 [A] | ✔ |
| J:19 [ALA] | 1:1283 [C] | M:19 [ALA] | A:1290 [C] | ✔ |
| J:2 [ARG] | 1:1644 [G] | M:2 [ARG] | A:1651 [G] | ✔ |
| J:2 [ARG] | 1:1645 [A] | M:2 [ARG] | A:1652 [A] | ✔ |
| J:2 [ARG] | 1:2711 [G] | M:2 [ARG] | A:2718 [G] | ✔ |
| J:2 [ARG] | 1:2808 [C] | M:2 [ARG] | A:2815 [C] | ✔ |
| J:2 [ARG] | 1:2809 [G] | M:2 [ARG] | A:2816 [G] | ✔ |
| J:2 [ARG] | 1:2810 [A] | M:2 [ARG] | A:2817 [A] | ✔ |
| J:2 [ARG] | 1:2811 [G] | M:2 [ARG] | A:2818 [G] | ✔ |
| J:108 [ALA] | 1:1641 [A] | M:108 [ALA] | A:1648 [A] | ✔ |
| J:16 [HIS] | 1:1263 [A] | M:16 [HIS] | A:1270 [A] | ✔ |
| J:16 [HIS] | 1:1264 [A] | M:16 [HIS] | A:1271 [A] | ✔ |
| J:50 [PRO] | 1:2828 [G] | M:50 [PRO] | A:2835 [G] | ✔ |
| J:50 [PRO] | 1:2829 [U] | M:50 [PRO] | A:2836 [U] | ✔ |
| J:35 [LYS] | 1:1266 [C] | M:35 [LYS] | A:1273 [C] | ✔ |
| J:35 [LYS] | 1:1267 [G] | M:35 [LYS] | A:1274 [G] | ✔ |
| J:27 [SER] | 1:1266 [C] | M:27 [SER] | A:1273 [C] | ✔ |
| J:8 [VAL] | 1:2679 [A] | M:8 [VAL] | A:2686 [A] | ✔ |
| J:14 [SER] | 1:2678 [U] | M:14 [SER] | A:2685 [U] | ✔ |
| J:14 [SER] | 1:2679 [A] | M:14 [SER] | A:2686 [A] | ✔ |
| J:91 [ASN] | 1:2828 [G] | M:91 [ASN] | A:2835 [G] | ✔ |
| J:91 [ASN] | 1:2829 [U] | M:91 [ASN] | A:2836 [U] | ✔ |
| J:91 [ASN] | 1:2869 [C] | M:91 [ASN] | A:2876 [C] | ✔ |
| J:107 [ALA] | 1:1998 [A] | M:107 [ALA] | A:2005 [A] | ✔ |
| J:92 [GLY] | 1:2827 [G] | M:92 [GLY] | A:2834 [G] | ✔ |
| J:92 [GLY] | 1:2828 [G] | M:92 [GLY] | A:2835 [G] | ✔ |
| J:92 [GLY] | 1:2829 [U] | M:92 [GLY] | A:2836 [U] | ✔ |
| J:92 [GLY] | 1:2869 [C] | M:92 [GLY] | A:2876 [C] | ✔ |
| J:116 [VAL] | 1:2870 [U] | M:116 [VAL] | A:2877 [U] | ✔ |
| J:6 [SER] | 1:2679 [A] | M:6 [SER] | A:2686 [A] | ✔ |
| J:6 [SER] | 1:2861 [G] | M:6 [SER] | A:2868 [G] | ✔ |
| J:6 [SER] | 1:2862 [A] | M:6 [SER] | A:2869 [A] | ✔ |
| J:93 [GLY] | 1:2827 [G] | M:93 [GLY] | A:2834 [G] | ✔ |
| J:93 [GLY] | 1:2828 [G] | M:93 [GLY] | A:2835 [G] | ✔ |
| J:93 [GLY] | 1:2869 [C] | M:93 [GLY] | A:2876 [C] | ✔ |
| J:93 [GLY] | 1:2870 [U] | M:93 [GLY] | A:2877 [U] | ✔ |
| J:74 [ALA] | 1:1441 [U] | M:74 [ALA] | A:1448 [U] | ✔ |
| J:11 [GLY] | 1:1644 [G] | M:11 [GLY] | A:1651 [G] | ✔ |
| J:11 [GLY] | 1:1992 [A] | M:11 [GLY] | A:1999 [A] | ✔ |
| J:20 [MET] | 1:1264 [A] | M:20 [MET] | A:1271 [A] | ✔ |
| J:20 [MET] | 1:1265 [A] | M:20 [MET] | A:1272 [A] | ✔ |
| J:9 [LYS] | 1:1644 [G] | M:9 [LYS] | A:1651 [G] | ✔ |
| J:9 [LYS] | 1:1990 [A] | M:9 [LYS] | A:1997 [A] | ✔ |
| J:9 [LYS] | 1:1991 [G] | M:9 [LYS] | A:1998 [G] | ✔ |
| J:64 [ARG] | 1:1442 [U] | M:64 [ARG] | A:1449 [U] | ✔ |
| J:64 [ARG] | 1:1443 [G] | M:64 [ARG] | A:1450 [G] | ✔ |
| J:64 [ARG] | 1:2694 [A] | M:64 [ARG] | A:2701 [A] | ✔ |
| J:64 [ARG] | 1:2695 [G] | M:64 [ARG] | A:2702 [G] | ✔ |
| J:64 [ARG] | 1:2840 [A] | M:64 [ARG] | A:2847 [A] | ✔ |
| J:64 [ARG] | 1:2841 [G] | M:64 [ARG] | A:2848 [G] | ✔ |
| J:15 [SER] | 1:1263 [A] | M:15 [SER] | A:1270 [A] | ✔ |
| J:15 [SER] | 1:2699 [C] | M:15 [SER] | A:2706 [C] | ✔ |
| J:10 [LEU] | 1:1642 [G] | M:10 [LEU] | A:1649 [G] | ✔ |
| J:10 [LEU] | 1:1643 [A] | M:10 [LEU] | A:1650 [A] | ✔ |
| J:10 [LEU] | 1:1644 [G] | M:10 [LEU] | A:1651 [G] | ✔ |
| J:18 [LYS] | 1:2697 [C] | M:18 [LYS] | A:2704 [C] | ✔ |
| J:18 [LYS] | 1:2698 [G] | M:18 [LYS] | A:2705 [G] | ✔ |
| J:26 [ASN] | 1:1282 [U] | M:26 [ASN] | A:1289 [U] | ✔ |
| J:13 [THR] | 1:1991 [G] | M:13 [THR] | A:1998 [G] | ✔ |
| J:71 [ARG] | 1:2689 [A] | M:71 [ARG] | A:2696 [A] | ✔ |
| J:71 [ARG] | 1:2690 [C] | M:71 [ARG] | A:2697 [C] | ✔ |
| J:71 [ARG] | 1:2695 [G] | M:71 [ARG] | A:2702 [G] | ✔ |
| J:71 [ARG] | 1:2696 [U] | M:71 [ARG] | A:2703 [U] | ✔ |
| J:71 [ARG] | 1:2697 [C] | M:71 [ARG] | A:2704 [C] | ✔ |
| J:60 [VAL] | 1:1442 [U] | M:60 [VAL] | A:1449 [U] | ✔ |
| J:60 [VAL] | 1:1443 [G] | M:60 [VAL] | A:1450 [G] | ✔ |
| J:60 [VAL] | 1:2840 [A] | M:60 [VAL] | A:2847 [A] | ✔ |
| J:3 [HIS] | 1:2711 [G] | M:3 [HIS] | A:2718 [G] | ✔ |
| J:3 [HIS] | 1:2712 [C] | M:3 [HIS] | A:2719 [C] | ✔ |
| J:3 [HIS] | 1:2809 [G] | M:3 [HIS] | A:2816 [G] | ✔ |
| J:3 [HIS] | 1:2810 [A] | M:3 [HIS] | A:2817 [A] | ✔ |
| J:3 [HIS] | 1:2811 [G] | M:3 [HIS] | A:2818 [G] | ✔ |
| J:99 [LYS] | 1:2805 [G] | M:99 [LYS] | A:2812 [G] | ✔ |
| J:99 [LYS] | 1:2806 [U] | M:99 [LYS] | A:2813 [U] | ✔ |
| J:99 [LYS] | 1:2871 [A] | M:99 [LYS] | A:2878 [A] | ✔ |
| J:76 [VAL] | 1:1442 [U] | M:76 [VAL] | A:1449 [U] | ✔ |
| J:42 [LYS] | 1:2806 [U] | M:42 [LYS] | A:2813 [U] | ✔ |
| J:42 [LYS] | 1:2807 [U] | M:42 [LYS] | A:2814 [U] | ✔ |
| J:103 [ARG] | 1:1275 [A] | M:103 [ARG] | A:1282 [A] | ✔ |
| J:103 [ARG] | 1:1640 [G] | M:103 [ARG] | A:1647 [G] | ✔ |
| J:103 [ARG] | 1:1641 [A] | M:103 [ARG] | A:1648 [A] | ✔ |
| J:34 [ILE] | 1:1266 [C] | M:34 [ILE] | A:1273 [C] | ✔ |
| J:34 [ILE] | 1:1267 [G] | M:34 [ILE] | A:1274 [G] | ✔ |
| J:1 [MET] | 1:1645 [A] | M:1 [MET] | A:1652 [A] | ✔ |
| J:1 [MET] | 1:1989 [C] | M:1 [MET] | A:1996 [C] | ✔ |
| J:1 [MET] | 1:2712 [C] | M:1 [MET] | A:2719 [C] | ✔ |
| J:1 [MET] | 1:2713 [U] | M:1 [MET] | A:2720 [U] | ✔ |
| J:17 [ARG] | 1:1991 [G] | M:17 [ARG] | A:1998 [G] | ✔ |
| J:17 [ARG] | 1:2679 [A] | M:17 [ARG] | A:2686 [A] | ✔ |
| J:109 [PRO] | 1:1641 [A] | M:109 [PRO] | A:1648 [A] | ✔ |
| J:67 [PHE] | 1:1442 [U] | M:67 [PHE] | A:1449 [U] | ✔ |
| J:67 [PHE] | 1:2690 [C] | M:67 [PHE] | A:2697 [C] | ✔ |
| J:67 [PHE] | 1:2695 [G] | M:67 [PHE] | A:2702 [G] | ✔ |
| J:105 [GLY] | 1:1275 [A] | M:105 [GLY] | A:1282 [A] | ✔ |
| J:105 [GLY] | 1:1276 [A] | M:105 [GLY] | A:1283 [A] | ✔ |
| J:90 [ARG] | 1:2869 [C] | M:90 [ARG] | A:2876 [C] | ✔ |
| J:90 [ARG] | 1:2870 [U] | M:90 [ARG] | A:2877 [U] | ✔ |
| J:97 [VAL] | 1:2870 [U] | M:97 [VAL] | A:2877 [U] | ✔ |
| J:97 [VAL] | 1:2871 [A] | M:97 [VAL] | A:2878 [A] | ✔ |
| J:68 [ALA] | 1:2696 [U] | M:68 [ALA] | A:2703 [U] | ✔ |
| J:68 [ALA] | 1:2697 [C] | M:68 [ALA] | A:2704 [C] | ✔ |
| J:45 [ARG] | 1:2807 [U] | M:45 [ARG] | A:2814 [U] | ✔ |
| J:45 [ARG] | 1:2826 [A] | M:45 [ARG] | A:2833 [A] | ✔ |
| J:45 [ARG] | 1:2827 [G] | M:45 [ARG] | A:2834 [G] | ✔ |
| J:45 [ARG] | 1:2870 [U] | M:45 [ARG] | A:2877 [U] | ✔ |
| J:46 [ARG] | 1:2827 [G] | M:46 [ARG] | A:2834 [G] | ✔ |
| J:46 [ARG] | 1:2828 [G] | M:46 [ARG] | A:2835 [G] | ✔ |
| J:46 [ARG] | 1:2861 [G] | M:46 [ARG] | A:2868 [G] | ✔ |
| J:46 [ARG] | 1:2862 [A] | M:46 [ARG] | A:2869 [A] | ✔ |
| J:31 [HIS] | 1:1266 [C] | M:31 [HIS] | A:1273 [C] | ✔ |
| J:31 [HIS] | 1:1267 [G] | M:31 [HIS] | A:1274 [G] | ✔ |
| J:40 [LYS] | 1:1265 [A] | M:40 [LYS] | A:1272 [A] | ✔ |
| J:40 [LYS] | 1:1641 [A] | M:40 [LYS] | A:1648 [A] | ✔ |
| J:40 [LYS] | 1:1642 [G] | M:40 [LYS] | A:1649 [G] | ✔ |
| J:53 [THR] | 1:2828 [G] | M:53 [THR] | A:2835 [G] | ✔ |
| J:53 [THR] | 1:2829 [U] | M:53 [THR] | A:2836 [U] | ✔ |
| J:53 [THR] | 1:2830 [U] | M:53 [THR] | A:2837 [U] | ✔ |
| J:49 [GLU] | 1:2827 [G] | M:49 [GLU] | A:2834 [G] | ✔ |
| J:49 [GLU] | 1:2828 [G] | M:49 [GLU] | A:2835 [G] | ✔ |
| J:49 [GLU] | 1:2829 [U] | M:49 [GLU] | A:2836 [U] | ✔ |
| J:12 [ARG] | 1:1264 [A] | M:12 [ARG] | A:1271 [A] | ✔ |
| J:12 [ARG] | 1:1265 [A] | M:12 [ARG] | A:1272 [A] | ✔ |
| J:12 [ARG] | 1:1641 [A] | M:12 [ARG] | A:1648 [A] | ✔ |
| J:12 [ARG] | 1:1991 [G] | M:12 [ARG] | A:1998 [G] | ✔ |
| J:12 [ARG] | 1:1992 [A] | M:12 [ARG] | A:1999 [A] | ✔ |
| J:24 [LEU] | 1:1265 [A] | M:24 [LEU] | A:1272 [A] | ✔ |
| J:24 [LEU] | 1:1266 [C] | M:24 [LEU] | A:1273 [C] | ✔ |
| J:23 [ASN] | 1:1264 [A] | M:23 [ASN] | A:1271 [A] | ✔ |
| J:23 [ASN] | 1:1265 [A] | M:23 [ASN] | A:1272 [A] | ✔ |
| J:23 [ASN] | 1:1282 [U] | M:23 [ASN] | A:1289 [U] | ✔ |
| J:23 [ASN] | 1:1283 [C] | M:23 [ASN] | A:1290 [C] | ✔ |
| J:65 [LEU] | 1:2859 [C] | M:65 [LEU] | A:2866 [C] | ✔ |
| J:37 [THR] | 1:1266 [C] | M:37 [THR] | A:1273 [C] | ✔ |
| J:37 [THR] | 1:1641 [A] | M:37 [THR] | A:1648 [A] | ✔ |
| J:37 [THR] | 1:1642 [G] | M:37 [THR] | A:1649 [G] | ✔ |
| J:63 [ARG] | 1:1441 [U] | M:63 [ARG] | A:1448 [U] | ✔ |
| J:63 [ARG] | 1:1442 [U] | M:63 [ARG] | A:1449 [U] | ✔ |
| J:36 [THR] | 1:1265 [A] | M:36 [THR] | A:1272 [A] | ✔ |
| J:36 [THR] | 1:1266 [C] | M:36 [THR] | A:1273 [C] | ✔ |
| J:5 [ASN] | 1:1989 [C] | M:5 [ASN] | A:1996 [C] | ❌ 7RYG_M_A |
| J:107 [ALA] | 1:1997 [C] | M:107 [ALA] | A:2004 [C] | ❌ 7RYG_M_A |
| J:6 [SER] | 1:2827 [G] | M:6 [SER] | A:2834 [G] | ❌ 7RYG_M_A |
| J:11 [GLY] | 1:1991 [G] | M:11 [GLY] | A:1998 [G] | ❌ 7RYG_M_A |
| J:9 [LYS] | 1:2679 [A] | M:9 [LYS] | A:2686 [A] | ❌ 7RYG_M_A |
| J:17 [ARG] | 1:1990 [A] | M:17 [ARG] | A:1997 [A] | ❌ 7RYG_M_A |
| J:45 [ARG] | 1:2828 [G] | M:45 [ARG] | A:2835 [G] | ❌ 7RYG_M_A |
| J:12 [ARG] | 1:1642 [G] | M:12 [ARG] | A:1649 [G] | ❌ 7RYG_M_A |
| J:13 [THR] | 1:1263 [A] | M:13 [THR] | A:1270 [A] | ❌ 6YSI_J_1 |
| J:67 [PHE] | 1:2696 [U] | M:67 [PHE] | A:2703 [U] | ❌ 6YSI_J_1 |
| J:69 [ARG] | 1:2681 [C] | M:69 [ARG] | A:2688 [C] | ❌ 7RYG_A:2688 no longer at interface |
| J:1 [MET] | 1:1988 [G] | M:1 [MET] | A:1995 [G] | ❌ 7RYG_A:1995 no longer at interface |
| J:105 [GLY] | 1:1314 [U] | M:105 [GLY] | A:1321 [U] | ❌ 7RYG_A:1321 no longer at interface |
| J:62 [ASN] | 1:2859 [C] | M:62 [ASN] | A:2866 [C] | ❌ 7RYG_M:62 no longer at interface |
| J:78 [LYS] | 1:1441 [U] | M:78 [LYS] | A:1448 [U] | ❌ 7RYG_M:78 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.98 | 1.27 | 1.00 | 0.99 | 0.98 | 1.0 | 1.0 | 0.99 | 0.94 | 0.79 | 0.33 |
Other pairs involving 6YSI_J_1 or 7RYG_M_A
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6YSI_J_1 | 7OF0_O_A | 0.63 | 0.92 | 1.85 | 0.23 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6YSI_J_1 | 7RYG_M_A | 0.99 | 0.98 | 1.27 | 1.0 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6YSI_J_1 | 7K00_m_a | 0.92 | 1.0 | 0.44 | 0.75 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_L_A | 7RYG_M_A | 0.77 | 0.97 | 1.42 | 0.52 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_L_A | 6YSI_J_1 | 0.75 | 0.98 | 1.41 | 0.52 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1R_1A | 6YSI_J_1 | 0.83 | 0.97 | 0.79 | 0.57 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1R_1A | 7RYG_M_A | 0.83 | 0.96 | 1.65 | 0.57 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |