RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group99 > 7K00_m_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_m
7K00_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
m:1 [MET] a:1653 [G] 4.8 95.21
m:1 [MET] a:1654 [A] 2.67 95.21
m:1 [MET] a:2000 [C] 4.6 a:1660 [G] 95.21
m:1 [MET] a:2723 [C] 3.39 a:2686 [G] 95.21
m:1 [MET] a:2724 [U] 4.15 a:2685 [G] 95.21
m:2 [ARG] a:1653 [G] 3.69 76.81
m:2 [ARG] a:1654 [A] 3.7 76.81
m:2 [ARG] a:2722 [G] 4.47 a:2687 [U] 76.81
m:2 [ARG] a:2819 [G] 5.0 a:2827 [C] 76.81
m:2 [ARG] a:2820 [A] 2.83 76.81
m:2 [ARG] a:2821 [A] 3.69 a:2826 [A] 76.81
m:2 [ARG] a:2822 [G] 2.84 base:SC 76.81
m:3 [HIS] a:2722 [G] 2.65 a:2687 [U] sugar:BB 86.42
m:3 [HIS] a:2723 [C] 2.85 a:2686 [G] 86.42
m:3 [HIS] a:2820 [A] 3.06 86.42
m:3 [HIS] a:2821 [A] 3.02 a:2826 [A] 86.42
m:3 [HIS] a:2822 [G] 4.07 86.42
m:4 [ARG] a:2721 [A] 4.37 a:2688 [G] 60.14
m:4 [ARG] a:2722 [G] 4.0 a:2687 [U] 60.14
m:4 [ARG] a:2819 [G] 4.92 a:2827 [C] 60.14
m:4 [ARG] a:2820 [A] 3.0 base/AA stacks 60.14
m:4 [ARG] a:2873 [A] 3.53 a:2720 [U] 60.14
m:4 [ARG] a:2874 [C] 3.43 a:2843 [G] 60.14
m:4 [ARG] a:2875 [C] 3.09 a:2842 [G] 60.14
m:5 [LYS] a:1999 [C] 4.77 a:1661 [G] 33.91
m:5 [LYS] a:2000 [C] 2.48 a:1660 [G] 33.91
m:5 [LYS] a:2690 [U] 4.44 33.91
m:5 [LYS] a:2721 [A] 4.43 a:2688 [G] 33.91
m:5 [LYS] a:2722 [G] 4.41 a:2687 [U] 33.91
m:5 [LYS] a:2820 [A] 4.31 33.91
m:5 [LYS] a:2873 [A] 3.39 a:2720 [U] 33.91
m:6 [SER] a:2690 [U] 2.61 base:BB 39.09
m:6 [SER] a:2838 [G] 4.35 a:2880 [C] 39.09
m:6 [SER] a:2872 [A] 4.21 a:2719 [G] 39.09
m:6 [SER] a:2873 [A] 3.05 a:2720 [U] base:BB 39.09
m:7 [GLY] a:2690 [U] 4.32 13.54
m:8 [ARG] a:1651 [G] 4.87 a:2006 [C] 57.6
m:8 [ARG] a:1652 [A] 2.82 a:2005 [A] 57.6
m:9 [GLN] a:1653 [G] 3.15 base/AA stacks 75.87
m:9 [GLN] a:2002 [G] 3.48 a:1658 [C] 75.87
m:9 [GLN] a:2003 [A] 2.93 a:1657 [U] 75.87
m:10 [LEU] a:1651 [G] 4.34 a:2006 [C] 76.3
m:10 [LEU] a:1652 [A] 3.7 a:2005 [A] 76.3
m:10 [LEU] a:1653 [G] 3.44 76.3
m:11 [ASN] a:1651 [G] 3.28 a:2006 [C] 66.28
m:11 [ASN] a:1652 [A] 2.89 a:2005 [A] base:SC, base:SC 66.28
m:11 [ASN] a:1653 [G] 2.86 base:BB 66.28
m:11 [ASN] a:2003 [A] 3.33 a:1657 [U] 66.28
m:11 [ASN] a:2004 [G] 4.82 a:1656 [C] 66.28
m:12 [ARG] a:1276 [A] 3.18 a:1294 [U] sugar:SC 83.09
m:12 [ARG] a:1277 [G] 3.89 a:1293 [C] 83.09
m:12 [ARG] a:1650 [A] 4.47 a:2007 [U] 83.09
m:12 [ARG] a:1651 [G] 4.73 a:2006 [C] 83.09
m:12 [ARG] a:2002 [G] 3.38 a:1658 [C] 83.09
m:12 [ARG] a:2003 [A] 4.03 a:1657 [U] 83.09
m:13 [ASN] a:2002 [G] 3.33 a:1658 [C] 35.47
m:14 [SER] a:2001 [C] 4.75 a:1659 [G] 63.54
m:14 [SER] a:2002 [G] 3.21 a:1658 [C] 63.54
m:14 [SER] a:2689 [U] 3.62 63.54
m:14 [SER] a:2690 [U] 2.47 63.54
m:15 [SER] a:1275 [A] 4.04 39.71
m:15 [SER] a:2710 [C] 3.45 a:2697 [G] 39.71
m:16 [HIS] a:1275 [A] 3.09 base/AA stacks 60.34
m:16 [HIS] a:1276 [A] 2.87 a:1294 [U] sugar:SC 60.34
m:17 [ARG] a:2001 [C] 4.7 a:1659 [G] 92.99
m:17 [ARG] a:2002 [G] 2.85 a:1658 [C] 92.99
m:18 [GLN] a:2708 [G] 4.53 a:2699 [C] 33.59
m:18 [GLN] a:2709 [G] 3.4 a:2698 [U] 33.59
m:19 [ALA] a:1275 [A] 3.87 82.89
m:19 [ALA] a:1295 [C] 3.4 a:1645 [G] 82.89
m:20 [MET] a:1276 [A] 3.87 a:1294 [U] 76.53
m:20 [MET] a:1277 [G] 3.69 a:1293 [C] 76.53
m:22 [ARG] a:2708 [G] 2.99 a:2699 [C] sugar:SC 79.27
m:22 [ARG] a:2709 [G] 3.97 a:2698 [U] 79.27
m:23 [ASN] a:1276 [A] 4.22 a:1294 [U] 78.63
m:23 [ASN] a:1277 [G] 4.47 a:1293 [C] 78.63
m:23 [ASN] a:1294 [U] 2.22 a:1276 [A] sugar:SC 78.63
m:23 [ASN] a:1295 [C] 3.1 a:1645 [G] sugar:SC 78.63
m:24 [MET] a:1277 [G] 3.47 a:1293 [C] 82.71
m:24 [MET] a:1278 [C] 4.56 a:1292 [G] 82.71
m:27 [SER] a:1277 [G] 4.24 a:1293 [C] 80.07
m:27 [SER] a:1278 [C] 3.43 a:1292 [G] sugar:SC 80.07
m:30 [ARG] a:1293 [C] 4.77 a:1277 [G] 9.73
m:31 [HIS] a:1278 [C] 3.43 a:1292 [G] sugar:SC 66.33
m:31 [HIS] a:1279 [G] 3.07 a:1291 [C] 66.33
m:33 [ILE] a:1279 [G] 4.4 a:1291 [C] 51.47
m:34 [ILE] a:1278 [C] 3.51 a:1292 [G] 85.11
m:34 [ILE] a:1279 [G] 3.46 a:1291 [C] 85.11
m:35 [LYS] a:1278 [C] 3.48 a:1292 [G] 47.37
m:35 [LYS] a:1279 [G] 2.81 a:1291 [C] 47.37
m:36 [THR] a:1277 [G] 4.02 a:1293 [C] 98.93
m:36 [THR] a:1278 [C] 2.73 a:1292 [G] 98.93
m:37 [THR] a:1278 [C] 4.43 a:1292 [G] 99.0
m:37 [THR] a:1650 [A] 3.67 a:2007 [U] 99.0
m:37 [THR] a:1651 [G] 2.48 a:2006 [C] 99.0
m:38 [LEU] a:2817 [U] 4.66 a:2829 [A] 25.39
m:39 [PRO] a:1651 [G] 3.34 a:2006 [C] 76.09
m:39 [PRO] a:1652 [A] 4.35 a:2005 [A] 76.09
m:40 [LYS] a:1277 [G] 4.43 a:1293 [C] 87.03
m:40 [LYS] a:1650 [A] 3.81 a:2007 [U] 87.03
m:40 [LYS] a:1651 [G] 2.54 a:2006 [C] 87.03
m:42 [LYS] a:2817 [U] 2.88 a:2829 [A] 86.46
m:42 [LYS] a:2818 [U] 2.98 a:2828 [G] 86.46
m:45 [ARG] a:2818 [U] 3.42 a:2828 [G] 66.09
m:45 [ARG] a:2837 [A] 4.58 a:2881 [U] 66.09
m:45 [ARG] a:2838 [G] 3.41 a:2880 [C] 66.09
m:45 [ARG] a:2839 [G] 4.6 a:2878 [U] 66.09
m:45 [ARG] a:2881 [U] 4.69 a:2837 [A] 66.09
m:46 [ARG] a:2838 [G] 3.37 a:2880 [C] 45.74
m:46 [ARG] a:2839 [G] 3.02 a:2878 [U] 45.74
m:46 [ARG] a:2872 [A] 3.69 a:2719 [G] 45.74
m:46 [ARG] a:2873 [A] 4.02 a:2720 [U] 45.74
m:49 [GLU] a:2838 [G] 4.49 a:2880 [C] 83.63
m:49 [GLU] a:2839 [G] 2.9 a:2878 [U] sugar:SC 83.63
m:49 [GLU] a:2840 [C] 3.67 a:2877 [G] 83.63
m:50 [PRO] a:2839 [G] 4.15 a:2878 [U] 72.35
m:50 [PRO] a:2840 [C] 3.28 a:2877 [G] 72.35
m:53 [THR] a:2839 [G] 4.55 a:2878 [U] 82.13
m:53 [THR] a:2840 [C] 2.97 a:2877 [G] 82.13
m:53 [THR] a:2841 [C] 3.73 a:2876 [G] 82.13
m:60 [VAL] a:1454 [C] 3.86 57.69
m:60 [VAL] a:1455 [G] 4.21 a:2704 [C] 57.69
m:60 [VAL] a:2851 [A] 4.31 a:2866 [U] 57.69
m:60 [VAL] a:2852 [G] 4.92 a:2865 [U] 57.69
m:61 [ALA] a:2850 [A] 3.73 47.54
m:61 [ALA] a:2851 [A] 4.46 a:2866 [U] 47.54
m:62 [ASN] a:2870 [C] 4.66 a:2846 [G] 67.99
m:63 [ARG] a:1453 [A] 3.96 66.69
m:63 [ARG] a:1454 [C] 3.22 66.69
m:64 [ARG] a:1454 [C] 2.74 base:SC 91.17
m:64 [ARG] a:1455 [G] 3.25 a:2704 [C] 91.17
m:64 [ARG] a:2705 [A] 3.68 91.17
m:64 [ARG] a:2706 [A] 3.41 a:2701 [U] 91.17
m:64 [ARG] a:2707 [U] 4.83 a:2700 [A] 91.17
m:64 [ARG] a:2851 [A] 3.11 a:2866 [U] 91.17
m:64 [ARG] a:2852 [G] 3.05 a:2865 [U] 91.17
m:65 [LEU] a:2870 [C] 3.61 a:2846 [G] 17.68
m:67 [PHE] a:1454 [C] 3.42 0.05
m:67 [PHE] a:2701 [U] 3.58 a:2706 [A] 0.05
m:67 [PHE] a:2707 [U] 4.52 a:2700 [A] 0.05
m:68 [ALA] a:2707 [U] 3.39 a:2700 [A] 39.48
m:68 [ALA] a:2708 [G] 3.58 a:2699 [C] 39.48
m:69 [ARG] a:2692 [G] 4.86 a:2717 [C] 0.0
m:69 [ARG] a:2870 [C] 3.73 a:2846 [G] 0.0
m:69 [ARG] a:2871 [U] 3.63 a:2845 [U] 0.0
m:71 [ARG] a:2700 [A] 3.69 a:2707 [U] 21.72
m:71 [ARG] a:2701 [U] 3.4 a:2706 [A] 21.72
m:71 [ARG] a:2707 [U] 2.71 a:2700 [A] base:SC, sugar:SC 21.72
m:71 [ARG] a:2708 [G] 3.3 a:2699 [C] base/AA stacks 21.72
m:72 [ASP] a:1294 [U] 4.88 a:1276 [A] 59.35
m:73 [ASN] a:1453 [A] 3.26 base/AA stacks 47.16
m:73 [ASN] a:1454 [C] 3.46 base:SC 47.16
m:73 [ASN] a:2701 [U] 4.84 a:2706 [A] 47.16
m:73 [ASN] a:2702 [G] 4.99 a:1457 [U] 47.16
m:74 [GLU] a:1453 [A] 2.79 base:SC 21.77
m:76 [VAL] a:1454 [C] 4.83 62.73
m:77 [ALA] a:1453 [A] 3.53 43.57
m:90 [ARG] a:2880 [C] 2.93 a:2838 [G] sugar:SC 82.45
m:90 [ARG] a:2881 [U] 4.05 a:2837 [A] 82.45
m:91 [ALA] a:2839 [G] 2.88 a:2878 [U] base:BB 39.53
m:91 [ALA] a:2840 [C] 3.62 a:2877 [G] 39.53
m:91 [ALA] a:2880 [C] 3.38 a:2838 [G] 39.53
m:92 [GLY] a:2838 [G] 4.74 a:2880 [C] 86.56
m:92 [GLY] a:2839 [G] 3.24 a:2878 [U] 86.56
m:92 [GLY] a:2840 [C] 3.48 a:2877 [G] 86.56
m:92 [GLY] a:2880 [C] 2.81 a:2838 [G] sugar:BB 86.56
m:93 [GLY] a:2838 [G] 3.41 a:2880 [C] 93.73
m:93 [GLY] a:2839 [G] 3.27 a:2878 [U] sugar:BB 93.73
m:93 [GLY] a:2880 [C] 3.06 a:2838 [G] sugar:BB 93.73
m:93 [GLY] a:2881 [U] 3.37 a:2837 [A] 93.73
m:94 [TYR] a:2839 [G] 3.95 a:2878 [U] 73.15
m:94 [TYR] a:2840 [C] 3.55 a:2877 [G] 73.15
m:94 [TYR] a:2880 [C] 4.75 a:2838 [G] 73.15
m:95 [THR] a:2881 [U] 2.84 a:2837 [A] sugar:BB 79.82
m:96 [ARG] a:2881 [U] 3.5 a:2837 [A] 86.56
m:96 [ARG] a:2882 [A] 2.52 a:2836 [U] 86.56
m:97 [ILE] a:2881 [U] 4.42 a:2837 [A] 77.05
m:97 [ILE] a:2882 [A] 4.0 a:2836 [U] 77.05
m:99 [LYS] a:2816 [G] 3.31 a:2830 [C] 71.84
m:99 [LYS] a:2817 [U] 3.14 a:2829 [A] 71.84
m:99 [LYS] a:2882 [A] 4.16 a:2836 [U] 71.84
m:103 [ARG] a:1278 [C] 4.96 a:1292 [G] 96.04
m:103 [ARG] a:1287 [A] 3.22 96.04
m:103 [ARG] a:1649 [G] 4.42 a:2008 [C] 96.04
m:103 [ARG] a:1650 [A] 3.39 a:2007 [U] 96.04
m:104 [ALA] a:1285 [A] 4.21 28.35
m:104 [ALA] a:1286 [A] 3.98 a:1282 [U] 28.35
m:104 [ALA] a:1287 [A] 3.67 28.35
m:105 [GLY] a:1287 [A] 2.94 base:BB 84.72
m:105 [GLY] a:1288 [G] 3.9 a:1326 [U] 84.72
m:105 [GLY] a:1326 [U] 4.76 a:1288 [G] 84.72
m:105 [GLY] a:2009 [A] 4.86 a:1648 [U] 84.72
m:106 [ASP] a:1287 [A] 3.63 base/AA stacks 98.58
m:106 [ASP] a:1649 [G] 2.54 a:2008 [C] base:BB, sugar:SC 98.58
m:106 [ASP] a:1650 [A] 3.31 a:2007 [U] 98.58
m:106 [ASP] a:2008 [C] 4.61 a:1649 [G] 98.58
m:106 [ASP] a:2009 [A] 3.95 a:1648 [U] 98.58
m:107 [ASN] a:2008 [C] 3.18 a:1649 [G] sugar:SC 52.94
m:107 [ASN] a:2009 [A] 3.25 a:1648 [U] sugar:SC 52.94
m:108 [ALA] a:1650 [A] 3.22 a:2007 [U] 86.42
m:109 [PRO] a:1650 [A] 3.74 a:2007 [U] 36.87
m:116 [VAL] a:2881 [U] 3.86 a:2837 [A] 68.99

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group99 7K00_m_a m: 50s ribosomal protein l17, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) P0AG44 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6YSI_J_1 7K00_m_a 0.92 1.0 0.44 0.75 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_L_A 7K00_m_a 0.73 0.97 1.53 0.48 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1R_1A 7K00_m_a 0.86 0.97 0.71 0.6 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare