RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group99 > 7OF0_O_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7OF0_O
7OF0_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
O:9 [ILE] A:2457 [A] 4.09 80.55
O:9 [ILE] A:2458 [A] 2.45 80.55
O:9 [ILE] A:2459 [A] 4.87 80.55
O:9 [ILE] A:2663 [C] 3.95 A:2464 [G] 80.55
O:9 [ILE] A:3159 [A] 3.48 A:3154 [U] 80.55
O:9 [ILE] A:3160 [A] 3.64 A:3153 [U] 80.55
O:10 [SER] A:2457 [A] 3.16 53.83
O:10 [SER] A:2458 [A] 3.99 53.83
O:10 [SER] A:3158 [A] 4.93 A:3155 [C] 53.83
O:10 [SER] A:3217 [A] 4.09 53.83
O:10 [SER] A:3219 [G] 3.51 53.83
O:11 [HIS] A:3158 [A] 2.63 A:3155 [C] sugar:BB 88.76
O:11 [HIS] A:3159 [A] 3.21 A:3154 [U] 88.76
O:11 [HIS] A:3217 [A] 3.17 88.76
O:11 [HIS] A:3218 [A] 3.37 A:3223 [A] 88.76
O:11 [HIS] A:3219 [G] 3.95 88.76
O:12 [GLY] A:3157 [C] 4.41 53.83
O:12 [GLY] A:3158 [A] 4.16 A:3155 [C] 53.83
O:12 [GLY] A:3216 [C] 4.93 A:3224 [G] 53.83
O:12 [GLY] A:3217 [A] 2.76 53.83
O:13 [ARG] A:2662 [A] 3.74 A:2465 [U] 8.98
O:13 [ARG] A:2663 [C] 2.81 A:2464 [G] 8.98
O:13 [ARG] A:3157 [C] 4.22 8.98
O:13 [ARG] A:3158 [A] 3.4 A:3155 [C] base:SC 8.98
O:13 [ARG] A:3159 [A] 4.04 A:3154 [U] 8.98
O:13 [ARG] A:3217 [A] 4.29 8.98
O:14 [VAL] A:3157 [C] 3.31 19.25
O:16 [ARG] A:2455 [U] 4.6 A:2669 [A] 50.89
O:16 [ARG] A:2456 [U] 2.59 A:2668 [A] 50.89
O:16 [ARG] A:3215 [C] 4.51 A:3225 [G] 50.89
O:17 [ARG] A:2457 [A] 2.95 base:BB, sugar:SC base/AA stacks 77.98
O:17 [ARG] A:2458 [A] 3.96 77.98
O:17 [ARG] A:2664 [U] 3.6 A:2463 [A] 77.98
O:17 [ARG] A:2665 [U] 2.53 A:2462 [A] 77.98
O:18 [MET] A:2665 [U] 4.06 A:2462 [A] 66.33
O:19 [GLY] A:2452 [A] 3.58 69.1
O:19 [GLY] A:2665 [U] 4.65 A:2462 [A] 69.1
O:19 [GLY] A:2666 [U] 4.2 A:2461 [A] 69.1
O:20 [LEU] A:2451 [A] 3.78 72.56
O:20 [LEU] A:2452 [A] 3.64 72.56
O:20 [LEU] A:2664 [U] 4.83 A:2463 [A] 72.56
O:20 [LEU] A:2665 [U] 3.29 A:2462 [A] 72.56
O:20 [LEU] A:2666 [U] 4.89 A:2461 [A] 72.56
O:21 [GLY] A:2664 [U] 4.02 A:2463 [A] 25.98
O:21 [GLY] A:2665 [U] 3.58 A:2462 [A] 25.98
O:22 [PRO] A:2664 [U] 3.71 A:2463 [A] 43.52
O:24 [SER] A:2452 [A] 3.44 61.41
O:27 [HIS] A:2327 [U] 3.37 A:2450 [A] 63.76
O:27 [HIS] A:2328 [C] 3.92 A:2449 [G] 63.76
O:28 [LEU] A:2317 [G] 4.11 A:2326 [C] 67.47
O:28 [LEU] A:2318 [A] 4.02 A:2325 [U] 67.47
O:28 [LEU] A:2452 [A] 4.27 67.47
O:30 [ARG] A:2327 [U] 3.39 A:2450 [A] 87.5
O:30 [ARG] A:2328 [C] 4.37 A:2449 [G] 87.5
O:31 [ASN] A:2317 [G] 3.27 A:2326 [C] base:SC 74.16
O:31 [ASN] A:2318 [A] 4.14 A:2325 [U] 74.16
O:31 [ASN] A:2319 [A] 4.95 A:2324 [U] 74.16
O:31 [ASN] A:2326 [C] 2.68 A:2317 [G] base:SC, sugar:SC 74.16
O:31 [ASN] A:2327 [U] 3.42 A:2450 [A] sugar:SC 74.16
O:32 [LEU] A:2318 [A] 3.73 A:2325 [U] 77.83
O:32 [LEU] A:2319 [A] 3.64 A:2324 [U] 77.83
O:35 [GLY] A:2319 [A] 3.79 A:2324 [U] 67.21
O:38 [ARG] A:2321 [A] 4.62 30.5
O:39 [HIS] A:2319 [A] 3.51 A:2324 [U] 69.07
O:39 [HIS] A:2320 [A] 3.49 A:2323 [A] 69.07
O:39 [HIS] A:2321 [A] 2.83 base:SC 69.07
O:41 [ARG] A:2320 [A] 4.26 A:2323 [A] 74.42
O:42 [ILE] A:2319 [A] 3.17 A:2324 [U] 87.97
O:42 [ILE] A:2320 [A] 3.58 A:2323 [A] 87.97
O:43 [GLU] A:2319 [A] 3.66 A:2324 [U] 49.78
O:43 [GLU] A:2320 [A] 2.94 A:2323 [A] 49.78
O:44 [ALA] A:2319 [A] 4.19 A:2324 [U] 95.87
O:45 [PRO] A:2319 [A] 3.9 A:2324 [U] 94.85
O:45 [PRO] A:2454 [G] 3.85 A:2670 [C] 94.85
O:45 [PRO] A:2455 [U] 4.09 A:2669 [A] 94.85
O:46 [TRP] A:3214 [C] 4.15 A:3226 [G] 0.34
O:46 [TRP] A:3215 [C] 3.58 A:3225 [G] 0.34
O:47 [ALA] A:2455 [U] 3.53 A:2669 [A] 67.39
O:47 [ALA] A:2456 [U] 3.85 A:2668 [A] 67.39
O:48 [ARG] A:2318 [A] 3.97 A:2325 [U] 80.61
O:48 [ARG] A:2452 [A] 4.35 80.61
O:48 [ARG] A:2454 [G] 2.68 A:2670 [C] 80.61
O:48 [ARG] A:2455 [U] 3.05 A:2669 [A] 80.61
O:50 [ASP] A:3215 [C] 4.2 A:3225 [G] 76.8
O:81 [THR] A:2326 [C] 2.93 A:2317 [G] sugar:SC 0.76
O:81 [THR] A:2327 [U] 3.98 A:2450 [A] 0.76
O:82 [GLU] A:2325 [U] 2.75 A:2318 [A] sugar:SC 46.43
O:82 [GLU] A:2326 [C] 3.64 A:2317 [G] 46.43
O:109 [GLN] A:3213 [A] 4.66 A:3227 [U] 58.26
O:109 [GLN] A:3214 [C] 4.34 A:3226 [G] 58.26
O:113 [ARG] A:2319 [A] 3.94 A:2324 [U] 86.89
O:113 [ARG] A:2453 [G] 4.19 A:2671 [C] 86.89
O:113 [ARG] A:2454 [G] 4.05 A:2670 [C] 86.89
O:115 [LEU] A:2316 [U] 3.68 70.89
O:115 [LEU] A:2453 [G] 4.24 A:2671 [C] 70.89
O:116 [ASP] A:2453 [G] 2.24 A:2671 [C] base:BB, sugar:SC 89.57
O:116 [ASP] A:2454 [G] 3.41 A:2670 [C] 89.57
O:116 [ASP] A:2671 [C] 4.64 A:2453 [G] 89.57
O:116 [ASP] A:2672 [A] 4.19 A:2315 [A] 89.57
O:117 [ARG] A:2671 [C] 4.9 A:2453 [G] 53.22
O:117 [ARG] A:2672 [A] 3.52 A:2315 [A] 53.22
O:118 [ALA] A:2454 [G] 3.28 A:2670 [C] 87.39
O:119 [LYS] A:2454 [G] 4.07 A:2670 [C] 8.14
O:119 [LYS] A:3214 [C] 3.1 A:3226 [G] 8.14

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group99 7OF0_O_A O: 39s ribosomal protein l17, mitochondrial, Homo sapiens (natural) A: 16s ribosomal RNA, Homo sapiens (natural) Q9NRX2 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6YSI_J_1 7OF0_O_A 0.63 0.92 1.85 0.23 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_L_A 7OF0_O_A 0.46 0.94 2.42 0.16 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1R_1A 7OF0_O_A 0.59 0.95 1.86 0.22 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare