Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_M
|
7RYG_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| M:1 [MET] | A:1652 [A] | 3.25 | 95.62 | |||
| M:1 [MET] | A:1996 [C] | 4.37 | A:1658 [G] | 95.62 | ||
| M:1 [MET] | A:2719 [C] | 3.68 | A:2682 [G] | 95.62 | ||
| M:1 [MET] | A:2720 [U] | 4.15 | A:2681 [G] | 95.62 | ||
| M:2 [ARG] | A:1651 [G] | 3.66 | 78.05 | |||
| M:2 [ARG] | A:1652 [A] | 3.95 | 78.05 | |||
| M:2 [ARG] | A:2718 [G] | 4.65 | A:2683 [U] | 78.05 | ||
| M:2 [ARG] | A:2815 [C] | 4.88 | A:2823 [G] | 78.05 | ||
| M:2 [ARG] | A:2816 [G] | 2.98 | 78.05 | |||
| M:2 [ARG] | A:2817 [A] | 4.07 | A:2822 [A] | 78.05 | ||
| M:2 [ARG] | A:2818 [G] | 2.98 | base:SC | 78.05 | ||
| M:3 [HIS] | A:2718 [G] | 2.84 | A:2683 [U] | sugar:BB | 83.52 | |
| M:3 [HIS] | A:2719 [C] | 3.11 | A:2682 [G] | 83.52 | ||
| M:3 [HIS] | A:2816 [G] | 3.82 | 83.52 | |||
| M:3 [HIS] | A:2817 [A] | 3.85 | A:2822 [A] | 83.52 | ||
| M:3 [HIS] | A:2818 [G] | 4.58 | 83.52 | |||
| M:4 [ARG] | A:2717 [A] | 4.72 | A:2684 [G] | 66.31 | ||
| M:4 [ARG] | A:2718 [G] | 4.2 | A:2683 [U] | 66.31 | ||
| M:4 [ARG] | A:2816 [G] | 2.9 | base/AA stacks | 66.31 | ||
| M:4 [ARG] | A:2869 [A] | 3.71 | A:2716 [U] | 66.31 | ||
| M:4 [ARG] | A:2870 [C] | 3.58 | A:2839 [G] | 66.31 | ||
| M:4 [ARG] | A:2871 [C] | 3.34 | A:2838 [G] | 66.31 | ||
| M:5 [ASN] | A:2717 [A] | 4.08 | A:2684 [G] | 43.97 | ||
| M:5 [ASN] | A:2718 [G] | 4.0 | A:2683 [U] | 43.97 | ||
| M:5 [ASN] | A:2816 [G] | 4.41 | 43.97 | |||
| M:5 [ASN] | A:2869 [A] | 3.77 | A:2716 [U] | 43.97 | ||
| M:6 [SER] | A:2686 [A] | 3.85 | 40.73 | |||
| M:6 [SER] | A:2868 [G] | 4.0 | A:2715 [G] | 40.73 | ||
| M:6 [SER] | A:2869 [A] | 3.44 | A:2716 [U] | base:BB | 40.73 | |
| M:7 [GLY] | A:2686 [A] | 3.7 | 4.16 | |||
| M:8 [VAL] | A:2686 [A] | 3.52 | 42.15 | |||
| M:9 [LYS] | A:1651 [G] | 3.4 | 69.62 | |||
| M:9 [LYS] | A:1997 [A] | 3.48 | A:1657 [U] | 69.62 | ||
| M:9 [LYS] | A:1998 [G] | 2.6 | A:1656 [C] | 69.62 | ||
| M:10 [LEU] | A:1649 [G] | 4.03 | A:2002 [C] | 63.8 | ||
| M:10 [LEU] | A:1650 [A] | 3.84 | 63.8 | |||
| M:10 [LEU] | A:1651 [G] | 3.3 | 63.8 | |||
| M:11 [GLY] | A:1651 [G] | 3.37 | base:BB | 66.75 | ||
| M:11 [GLY] | A:1999 [A] | 3.77 | A:1655 [U] | 66.75 | ||
| M:12 [ARG] | A:1271 [A] | 3.4 | A:1289 [U] | sugar:SC | 80.4 | |
| M:12 [ARG] | A:1272 [A] | 3.95 | A:1288 [U] | 80.4 | ||
| M:12 [ARG] | A:1648 [A] | 4.63 | A:2003 [U] | 80.4 | ||
| M:12 [ARG] | A:1998 [G] | 3.79 | A:1656 [C] | 80.4 | ||
| M:12 [ARG] | A:1999 [A] | 4.8 | A:1655 [U] | 80.4 | ||
| M:13 [THR] | A:1270 [A] | 4.98 | 34.77 | |||
| M:13 [THR] | A:1998 [G] | 4.69 | A:1656 [C] | 34.77 | ||
| M:14 [SER] | A:2685 [U] | 3.95 | 56.39 | |||
| M:14 [SER] | A:2686 [A] | 3.2 | 56.39 | |||
| M:15 [SER] | A:1270 [A] | 4.59 | 56.09 | |||
| M:15 [SER] | A:2706 [C] | 3.57 | A:2693 [G] | 56.09 | ||
| M:16 [HIS] | A:1270 [A] | 3.25 | sugar:SC | base/AA stacks | 65.16 | |
| M:16 [HIS] | A:1271 [A] | 3.24 | A:1289 [U] | 65.16 | ||
| M:17 [ARG] | A:1998 [G] | 4.42 | A:1656 [C] | 85.47 | ||
| M:17 [ARG] | A:2686 [A] | 3.46 | 85.47 | |||
| M:18 [LYS] | A:2704 [C] | 4.17 | A:2695 [G] | 53.59 | ||
| M:18 [LYS] | A:2705 [G] | 2.9 | A:2694 [U] | 53.59 | ||
| M:19 [ALA] | A:1270 [A] | 4.34 | 81.55 | |||
| M:19 [ALA] | A:1290 [C] | 3.98 | A:1643 [G] | 81.55 | ||
| M:20 [MET] | A:1271 [A] | 4.23 | A:1289 [U] | 75.27 | ||
| M:20 [MET] | A:1272 [A] | 3.91 | A:1288 [U] | 75.27 | ||
| M:23 [ASN] | A:1271 [A] | 4.56 | A:1289 [U] | 80.78 | ||
| M:23 [ASN] | A:1272 [A] | 4.8 | A:1288 [U] | 80.78 | ||
| M:23 [ASN] | A:1289 [U] | 2.59 | A:1271 [A] | sugar:SC | 80.78 | |
| M:23 [ASN] | A:1290 [C] | 3.4 | A:1643 [G] | sugar:SC | 80.78 | |
| M:24 [LEU] | A:1272 [A] | 3.43 | A:1288 [U] | 86.22 | ||
| M:24 [LEU] | A:1273 [C] | 4.08 | A:1287 [G] | 86.22 | ||
| M:26 [ASN] | A:1289 [U] | 4.94 | A:1271 [A] | 61.52 | ||
| M:27 [SER] | A:1273 [C] | 3.66 | A:1287 [G] | 77.89 | ||
| M:31 [HIS] | A:1273 [C] | 3.72 | A:1287 [G] | 67.54 | ||
| M:31 [HIS] | A:1274 [G] | 3.56 | A:1286 [C] | 67.54 | ||
| M:33 [LEU] | A:1274 [G] | 4.33 | A:1286 [C] | 47.5 | ||
| M:34 [ILE] | A:1273 [C] | 3.74 | A:1287 [G] | 85.17 | ||
| M:34 [ILE] | A:1274 [G] | 3.42 | A:1286 [C] | 85.17 | ||
| M:35 [LYS] | A:1273 [C] | 3.73 | A:1287 [G] | 44.14 | ||
| M:35 [LYS] | A:1274 [G] | 3.04 | A:1286 [C] | 44.14 | ||
| M:36 [THR] | A:1272 [A] | 4.18 | A:1288 [U] | 99.0 | ||
| M:36 [THR] | A:1273 [C] | 2.63 | A:1287 [G] | 99.0 | ||
| M:37 [THR] | A:1273 [C] | 4.59 | A:1287 [G] | 99.0 | ||
| M:37 [THR] | A:1648 [A] | 4.14 | A:2003 [U] | 99.0 | ||
| M:37 [THR] | A:1649 [G] | 3.51 | A:2002 [C] | 99.0 | ||
| M:39 [PRO] | A:1649 [G] | 3.51 | A:2002 [C] | 75.23 | ||
| M:39 [PRO] | A:1650 [A] | 4.5 | 75.23 | |||
| M:40 [LYS] | A:1272 [A] | 4.75 | A:1288 [U] | 87.21 | ||
| M:40 [LYS] | A:1648 [A] | 4.19 | A:2003 [U] | 87.21 | ||
| M:40 [LYS] | A:1649 [G] | 3.06 | A:2002 [C] | 87.21 | ||
| M:42 [LYS] | A:2813 [U] | 2.96 | A:2825 [A] | 88.23 | ||
| M:42 [LYS] | A:2814 [U] | 2.75 | A:2824 [G] | 88.23 | ||
| M:45 [ARG] | A:2814 [U] | 3.8 | A:2824 [G] | 64.29 | ||
| M:45 [ARG] | A:2833 [A] | 4.95 | A:2877 [U] | 64.29 | ||
| M:45 [ARG] | A:2834 [G] | 3.75 | A:2876 [C] | 64.29 | ||
| M:45 [ARG] | A:2877 [U] | 4.98 | A:2833 [A] | 64.29 | ||
| M:46 [ARG] | A:2834 [G] | 3.68 | A:2876 [C] | 54.08 | ||
| M:46 [ARG] | A:2835 [G] | 2.98 | A:2874 [U] | 54.08 | ||
| M:46 [ARG] | A:2868 [G] | 3.74 | A:2715 [G] | 54.08 | ||
| M:46 [ARG] | A:2869 [A] | 4.63 | A:2716 [U] | 54.08 | ||
| M:49 [GLU] | A:2834 [G] | 4.5 | A:2876 [C] | 82.43 | ||
| M:49 [GLU] | A:2835 [G] | 3.12 | A:2874 [U] | 82.43 | ||
| M:49 [GLU] | A:2836 [U] | 4.44 | A:2873 [A] | 82.43 | ||
| M:50 [PRO] | A:2835 [G] | 4.72 | A:2874 [U] | 73.06 | ||
| M:50 [PRO] | A:2836 [U] | 3.72 | A:2873 [A] | 73.06 | ||
| M:53 [THR] | A:2835 [G] | 4.86 | A:2874 [U] | 84.19 | ||
| M:53 [THR] | A:2836 [U] | 3.17 | A:2873 [A] | 84.19 | ||
| M:53 [THR] | A:2837 [U] | 3.85 | A:2872 [A] | 84.19 | ||
| M:60 [VAL] | A:1449 [U] | 3.98 | 58.24 | |||
| M:60 [VAL] | A:1450 [G] | 4.48 | A:2700 [C] | 58.24 | ||
| M:60 [VAL] | A:2847 [A] | 4.26 | A:2862 [G] | 58.24 | ||
| M:61 [ALA] | A:2846 [A] | 3.97 | 49.22 | |||
| M:61 [ALA] | A:2847 [A] | 4.85 | A:2862 [G] | 49.22 | ||
| M:63 [ARG] | A:1448 [U] | 3.34 | sugar:SC | 67.28 | ||
| M:63 [ARG] | A:1449 [U] | 3.48 | 67.28 | |||
| M:64 [ARG] | A:1449 [U] | 3.16 | base:SC | 91.71 | ||
| M:64 [ARG] | A:1450 [G] | 3.38 | A:2700 [C] | 91.71 | ||
| M:64 [ARG] | A:2701 [A] | 3.71 | 91.71 | |||
| M:64 [ARG] | A:2702 [G] | 3.39 | A:2697 [C] | 91.71 | ||
| M:64 [ARG] | A:2847 [A] | 3.4 | A:2862 [G] | 91.71 | ||
| M:64 [ARG] | A:2848 [G] | 3.6 | A:2861 [U] | 91.71 | ||
| M:65 [LEU] | A:2866 [C] | 4.55 | A:2842 [G] | 36.16 | ||
| M:67 [PHE] | A:1449 [U] | 3.62 | 0.18 | |||
| M:67 [PHE] | A:2697 [C] | 3.76 | A:2702 [G] | 0.18 | ||
| M:67 [PHE] | A:2702 [G] | 4.1 | A:2697 [C] | 0.18 | ||
| M:67 [PHE] | A:2703 [U] | 4.58 | A:2696 [A] | 0.18 | ||
| M:68 [ALA] | A:2703 [U] | 3.58 | A:2696 [A] | 46.82 | ||
| M:68 [ALA] | A:2704 [C] | 3.78 | A:2695 [G] | 46.82 | ||
| M:69 [ARG] | A:2866 [C] | 3.71 | A:2842 [G] | 0.0 | ||
| M:69 [ARG] | A:2867 [U] | 3.46 | A:2841 [U] | 0.0 | ||
| M:71 [ARG] | A:2696 [A] | 3.69 | A:2703 [U] | 19.43 | ||
| M:71 [ARG] | A:2697 [C] | 4.13 | A:2702 [G] | 19.43 | ||
| M:71 [ARG] | A:2702 [G] | 4.64 | A:2697 [C] | 19.43 | ||
| M:71 [ARG] | A:2703 [U] | 2.86 | A:2696 [A] | base:SC, sugar:SC | 19.43 | |
| M:71 [ARG] | A:2704 [C] | 3.25 | A:2695 [G] | base/AA stacks | 19.43 | |
| M:73 [ALA] | A:1448 [U] | 3.66 | 51.61 | |||
| M:74 [ALA] | A:1448 [U] | 3.62 | 39.22 | |||
| M:76 [VAL] | A:1449 [U] | 4.62 | 68.62 | |||
| M:77 [GLY] | A:1448 [U] | 3.5 | 42.96 | |||
| M:90 [ARG] | A:2876 [C] | 3.44 | A:2834 [G] | 85.95 | ||
| M:90 [ARG] | A:2877 [U] | 4.27 | A:2833 [A] | 85.95 | ||
| M:91 [ASN] | A:2835 [G] | 3.08 | A:2874 [U] | base:BB | 50.27 | |
| M:91 [ASN] | A:2836 [U] | 3.99 | A:2873 [A] | 50.27 | ||
| M:91 [ASN] | A:2876 [C] | 3.36 | A:2834 [G] | 50.27 | ||
| M:92 [GLY] | A:2834 [G] | 4.77 | A:2876 [C] | 83.6 | ||
| M:92 [GLY] | A:2835 [G] | 3.38 | A:2874 [U] | 83.6 | ||
| M:92 [GLY] | A:2836 [U] | 3.81 | A:2873 [A] | 83.6 | ||
| M:92 [GLY] | A:2876 [C] | 2.88 | A:2834 [G] | sugar:BB | 83.6 | |
| M:93 [GLY] | A:2834 [G] | 3.76 | A:2876 [C] | 93.58 | ||
| M:93 [GLY] | A:2835 [G] | 3.55 | A:2874 [U] | sugar:BB | 93.58 | |
| M:93 [GLY] | A:2876 [C] | 3.09 | A:2834 [G] | sugar:BB | 93.58 | |
| M:93 [GLY] | A:2877 [U] | 3.53 | A:2833 [A] | 93.58 | ||
| M:94 [TYR] | A:2835 [G] | 4.72 | A:2874 [U] | 72.29 | ||
| M:94 [TYR] | A:2836 [U] | 4.39 | A:2873 [A] | 72.29 | ||
| M:94 [TYR] | A:2876 [C] | 4.8 | A:2834 [G] | 72.29 | ||
| M:95 [LEU] | A:2877 [U] | 3.05 | A:2833 [A] | sugar:BB | 84.64 | |
| M:96 [ARG] | A:2877 [U] | 3.93 | A:2833 [A] | 87.5 | ||
| M:96 [ARG] | A:2878 [A] | 2.98 | A:2832 [U] | 87.5 | ||
| M:97 [VAL] | A:2877 [U] | 4.88 | A:2833 [A] | 75.04 | ||
| M:97 [VAL] | A:2878 [A] | 4.52 | A:2832 [U] | 75.04 | ||
| M:98 [LEU] | A:2878 [A] | 4.72 | A:2832 [U] | 44.81 | ||
| M:99 [LYS] | A:2812 [G] | 3.38 | A:2826 [C] | 69.51 | ||
| M:99 [LYS] | A:2813 [U] | 2.89 | A:2825 [A] | 69.51 | ||
| M:99 [LYS] | A:2878 [A] | 4.62 | A:2832 [U] | 69.51 | ||
| M:103 [ARG] | A:1282 [A] | 3.28 | 96.12 | |||
| M:103 [ARG] | A:1647 [G] | 4.24 | A:2004 [C] | 96.12 | ||
| M:103 [ARG] | A:1648 [A] | 4.1 | A:2003 [U] | 96.12 | ||
| M:104 [ALA] | A:1280 [A] | 4.65 | 36.82 | |||
| M:104 [ALA] | A:1281 [A] | 4.57 | A:1277 [U] | 36.82 | ||
| M:104 [ALA] | A:1282 [A] | 3.77 | 36.82 | |||
| M:105 [GLY] | A:1282 [A] | 2.76 | 84.4 | |||
| M:105 [GLY] | A:1283 [A] | 3.89 | base:BB | 84.4 | ||
| M:106 [ASP] | A:1282 [A] | 3.35 | base/AA stacks | 98.45 | ||
| M:106 [ASP] | A:1647 [G] | 2.42 | A:2004 [C] | base:BB, sugar:SC | 98.45 | |
| M:106 [ASP] | A:1648 [A] | 3.42 | A:2003 [U] | 98.45 | ||
| M:106 [ASP] | A:2004 [C] | 4.85 | A:1647 [G] | 98.45 | ||
| M:106 [ASP] | A:2005 [A] | 4.17 | A:1646 [U] | 98.45 | ||
| M:107 [ALA] | A:2005 [A] | 3.61 | A:1646 [U] | 63.48 | ||
| M:108 [ALA] | A:1648 [A] | 3.26 | A:2003 [U] | 89.29 | ||
| M:109 [PRO] | A:1648 [A] | 4.19 | A:2003 [U] | 36.73 | ||
| M:116 [VAL] | A:2877 [U] | 4.27 | A:2833 [A] | 65.01 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group99 | 7RYG_M_A | M: 50s ribosomal protein l17, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7IA13 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 3
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6YSI_J_1 | 7RYG_M_A | 0.99 | 0.98 | 1.27 | 1.0 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_L_A | 7RYG_M_A | 0.77 | 0.97 | 1.42 | 0.52 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1R_1A | 7RYG_M_A | 0.83 | 0.96 | 1.65 | 0.57 | Prokaryotic ribosomal protein L17 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |