Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 7K00_i
|
7K00_a
|
7RYG_I
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| i:82 [GLY] | a:1131 [G] | I:82 [GLY] | A:1128 [G] | ✔ |
| i:82 [GLY] | a:2514 [U] | I:82 [GLY] | A:2510 [U] | ✔ |
| i:82 [GLY] | a:2515 [C] | I:82 [GLY] | A:2511 [C] | ✔ |
| i:3 [THR] | a:537 [G] | I:3 [THR] | A:536 [G] | ✔ |
| i:3 [THR] | a:995 [C] | I:3 [THR] | A:992 [C] | ✔ |
| i:80 [HIS] | a:2641 [G] | I:80 [PHE] | A:2637 [A] | ✔ |
| i:80 [HIS] | a:2642 [G] | I:80 [PHE] | A:2638 [G] | ✔ |
| i:47 [HIS] | a:536 [G] | I:47 [HIS] | A:535 [G] | ✔ |
| i:47 [HIS] | a:537 [G] | I:47 [HIS] | A:536 [G] | ✔ |
| i:47 [HIS] | a:556 [A] | I:47 [HIS] | A:554 [A] | ✔ |
| i:47 [HIS] | a:557 [C] | I:47 [HIS] | A:555 [C] | ✔ |
| i:47 [HIS] | a:558 [U] | I:47 [HIS] | A:556 [U] | ✔ |
| i:104 [ALA] | a:1138 [G] | I:104 [ALA] | A:1135 [G] | ✔ |
| i:104 [ALA] | a:1139 [G] | I:104 [ALA] | A:1136 [G] | ✔ |
| i:96 [ARG] | a:2639 [A] | I:96 [LYS] | A:2635 [A] | ✔ |
| i:96 [ARG] | a:2640 [G] | I:96 [LYS] | A:2636 [G] | ✔ |
| i:24 [THR] | a:1140 [C] | I:24 [THR] | A:1137 [C] | ✔ |
| i:24 [THR] | a:1141 [U] | I:24 [THR] | A:1138 [U] | ✔ |
| i:75 [TYR] | a:1132 [U] | I:75 [TYR] | A:1129 [U] | ✔ |
| i:75 [TYR] | a:1133 [A] | I:75 [TYR] | A:1130 [A] | ✔ |
| i:48 [VAL] | a:557 [C] | I:48 [VAL] | A:555 [C] | ✔ |
| i:27 [ARG] | a:1012 [U] | I:27 [ARG] | A:1009 [U] | ✔ |
| i:27 [ARG] | a:1140 [C] | I:27 [ARG] | A:1137 [C] | ✔ |
| i:27 [ARG] | a:1141 [U] | I:27 [ARG] | A:1138 [U] | ✔ |
| i:27 [ARG] | a:1142 [A] | I:27 [ARG] | A:1140 [A] | ✔ |
| i:27 [ARG] | a:1143 [A] | I:27 [ARG] | A:1141 [A] | ✔ |
| i:110 [PRO] | a:1007 [C] | I:110 [PRO] | A:1004 [C] | ✔ |
| i:110 [PRO] | a:1008 [A] | I:110 [PRO] | A:1005 [A] | ✔ |
| i:107 [GLY] | a:1006 [C] | I:107 [GLY] | A:1003 [C] | ✔ |
| i:107 [GLY] | a:1007 [C] | I:107 [GLY] | A:1004 [C] | ✔ |
| i:107 [GLY] | a:1137 [G] | I:107 [GLY] | A:1134 [G] | ✔ |
| i:107 [GLY] | a:1138 [G] | I:107 [GLY] | A:1135 [G] | ✔ |
| i:33 [ALA] | a:1006 [C] | I:33 [ALA] | A:1003 [C] | ✔ |
| i:30 [THR] | a:1005 [C] | I:30 [THR] | A:1002 [C] | ✔ |
| i:30 [THR] | a:1006 [C] | I:30 [THR] | A:1003 [C] | ✔ |
| i:30 [THR] | a:1012 [U] | I:30 [THR] | A:1009 [U] | ✔ |
| i:30 [THR] | a:1138 [G] | I:30 [THR] | A:1135 [G] | ✔ |
| i:30 [THR] | a:1143 [A] | I:30 [THR] | A:1141 [A] | ✔ |
| i:116 [ARG] | a:528 [A] | I:116 [TYR] | A:527 [A] | ✔ |
| i:116 [ARG] | a:529 [A] | I:116 [TYR] | A:528 [A] | ✔ |
| i:116 [ARG] | a:2042 [A] | I:116 [TYR] | A:2038 [A] | ✔ |
| i:67 [ASN] | a:1021 [A] | I:67 [ASN] | A:1018 [A] | ✔ |
| i:67 [ASN] | a:1022 [G] | I:67 [ASN] | A:1019 [G] | ✔ |
| i:63 [ALA] | a:1140 [C] | I:63 [GLN] | A:1137 [C] | ✔ |
| i:85 [LYS] | a:2641 [G] | I:85 [LYS] | A:2637 [A] | ✔ |
| i:85 [LYS] | a:2642 [G] | I:85 [LYS] | A:2638 [G] | ✔ |
| i:85 [LYS] | a:2768 [U] | I:85 [LYS] | A:2764 [C] | ✔ |
| i:135 [GLN] | a:6 [A] | I:135 [GLN] | A:13 [A] | ✔ |
| i:135 [GLN] | a:7 [G] | I:135 [GLN] | A:14 [G] | ✔ |
| i:135 [GLN] | a:2898 [U] | I:135 [GLN] | A:2894 [U] | ✔ |
| i:68 [LYS] | a:1022 [G] | I:68 [LYS] | A:1019 [G] | ✔ |
| i:68 [LYS] | a:1140 [C] | I:68 [LYS] | A:1137 [C] | ✔ |
| i:68 [LYS] | a:1141 [U] | I:68 [LYS] | A:1138 [U] | ✔ |
| i:7 [LYS] | a:538 [A] | I:7 [LYS] | A:537 [A] | ✔ |
| i:7 [LYS] | a:539 [G] | I:7 [LYS] | A:538 [G] | ✔ |
| i:78 [THR] | a:2641 [G] | I:78 [THR] | A:2637 [A] | ✔ |
| i:78 [THR] | a:2642 [G] | I:78 [THR] | A:2638 [G] | ✔ |
| i:53 [TYR] | a:7 [G] | I:53 [TYR] | A:14 [G] | ✔ |
| i:53 [TYR] | a:8 [C] | I:53 [TYR] | A:15 [U] | ✔ |
| i:2 [LYS] | a:995 [C] | I:2 [LYS] | A:992 [C] | ✔ |
| i:72 [LYS] | a:1139 [G] | I:72 [LYS] | A:1136 [G] | ✔ |
| i:72 [LYS] | a:1140 [C] | I:72 [LYS] | A:1137 [C] | ✔ |
| i:108 [MET] | a:1006 [C] | I:108 [MET] | A:1003 [C] | ✔ |
| i:108 [MET] | a:1007 [C] | I:108 [MET] | A:1004 [C] | ✔ |
| i:108 [MET] | a:1137 [G] | I:108 [MET] | A:1134 [G] | ✔ |
| i:108 [MET] | a:1138 [G] | I:108 [MET] | A:1135 [G] | ✔ |
| i:108 [MET] | a:1139 [G] | I:108 [MET] | A:1136 [G] | ✔ |
| i:34 [ARG] | a:1006 [C] | I:34 [ARG] | A:1003 [C] | ✔ |
| i:66 [GLY] | a:1141 [U] | I:66 [GLY] | A:1138 [U] | ✔ |
| i:84 [ILE] | a:1131 [G] | I:84 [LEU] | A:1128 [G] | ✔ |
| i:84 [ILE] | a:1132 [U] | I:84 [LEU] | A:1129 [U] | ✔ |
| i:77 [HIS] | a:1131 [G] | I:77 [HIS] | A:1128 [G] | ✔ |
| i:77 [HIS] | a:1132 [U] | I:77 [HIS] | A:1129 [U] | ✔ |
| i:77 [HIS] | a:2040 [G] | I:77 [HIS] | A:2036 [G] | ✔ |
| i:109 [LEU] | a:1006 [C] | I:109 [LEU] | A:1003 [C] | ✔ |
| i:109 [LEU] | a:1007 [C] | I:109 [LEU] | A:1004 [C] | ✔ |
| i:74 [TYR] | a:1139 [G] | I:74 [TYR] | A:1136 [G] | ✔ |
| i:37 [ARG] | a:1007 [C] | I:37 [ARG] | A:1004 [C] | ✔ |
| i:37 [ARG] | a:1008 [A] | I:37 [ARG] | A:1005 [A] | ✔ |
| i:37 [ARG] | a:1009 [A] | I:37 [ARG] | A:1006 [A] | ✔ |
| i:64 [VAL] | a:1140 [C] | I:64 [VAL] | A:1137 [C] | ✔ |
| i:136 [GLN] | a:2898 [U] | I:136 [GLN] | A:2894 [U] | ✔ |
| i:136 [GLN] | a:2899 [A] | I:136 [GLN] | A:2895 [G] | ✔ |
| i:111 [LYS] | a:1007 [C] | I:111 [LYS] | A:1004 [C] | ✔ |
| i:111 [LYS] | a:2039 [U] | I:111 [LYS] | A:2035 [U] | ✔ |
| i:5 [THR] | a:537 [G] | I:5 [SER] | A:536 [G] | ✔ |
| i:5 [THR] | a:538 [A] | I:5 [SER] | A:537 [A] | ✔ |
| i:132 [HIS] | a:6 [A] | I:132 [HIS] | A:13 [A] | ✔ |
| i:132 [HIS] | a:7 [G] | I:132 [HIS] | A:14 [G] | ✔ |
| i:131 [ASN] | a:5 [A] | I:131 [PRO] | A:12 [A] | ✔ |
| i:131 [ASN] | a:6 [A] | I:131 [PRO] | A:13 [A] | ✔ |
| i:83 [GLY] | a:2642 [G] | I:83 [GLY] | A:2638 [G] | ✔ |
| i:15 [TRP] | a:7 [G] | I:15 [TRP] | A:14 [G] | ✔ |
| i:26 [GLY] | a:1012 [U] | I:26 [GLY] | A:1009 [U] | ✔ |
| i:26 [GLY] | a:1139 [G] | I:26 [GLY] | A:1136 [G] | ✔ |
| i:26 [GLY] | a:1140 [C] | I:26 [GLY] | A:1137 [C] | ✔ |
| i:26 [GLY] | a:1143 [A] | I:26 [GLY] | A:1141 [A] | ✔ |
| i:81 [ILE] | a:2514 [U] | I:81 [PRO] | A:2510 [U] | ✔ |
| i:81 [ILE] | a:2515 [C] | I:81 [PRO] | A:2511 [C] | ✔ |
| i:120 [ARG] | a:2779 [U] | I:120 [LYS] | A:2775 [U] | ✔ |
| i:120 [ARG] | a:2780 [G] | I:120 [LYS] | A:2776 [A] | ✔ |
| i:39 [LYS] | a:1006 [C] | I:39 [LYS] | A:1003 [C] | ✔ |
| i:39 [LYS] | a:1007 [C] | I:39 [LYS] | A:1004 [C] | ✔ |
| i:39 [LYS] | a:1008 [A] | I:39 [LYS] | A:1005 [A] | ✔ |
| i:39 [LYS] | a:1009 [A] | I:39 [LYS] | A:1006 [A] | ✔ |
| i:105 [VAL] | a:1138 [G] | I:105 [VAL] | A:1135 [G] | ✔ |
| i:65 [THR] | a:1022 [G] | I:65 [THR] | A:1019 [G] | ✔ |
| i:65 [THR] | a:1141 [U] | I:65 [THR] | A:1138 [U] | ✔ |
| i:1 [MET] | a:995 [C] | I:1 [MET] | A:992 [C] | ✔ |
| i:134 [ALA] | a:5 [A] | I:134 [ALA] | A:12 [A] | ✔ |
| i:134 [ALA] | a:6 [A] | I:134 [ALA] | A:13 [A] | ✔ |
| i:134 [ALA] | a:2898 [U] | I:134 [ALA] | A:2894 [U] | ✔ |
| i:134 [ALA] | a:2899 [A] | I:134 [ALA] | A:2895 [G] | ✔ |
| i:25 [LEU] | a:1139 [G] | I:25 [LEU] | A:1136 [G] | ✔ |
| i:25 [LEU] | a:1140 [C] | I:25 [LEU] | A:1137 [C] | ✔ |
| i:113 [PRO] | a:528 [A] | I:113 [PRO] | A:527 [A] | ✔ |
| i:113 [PRO] | a:529 [A] | I:113 [PRO] | A:528 [A] | ✔ |
| i:113 [PRO] | a:557 [C] | I:113 [PRO] | A:555 [C] | ✔ |
| i:113 [PRO] | a:558 [U] | I:113 [PRO] | A:556 [U] | ✔ |
| i:114 [LEU] | a:557 [C] | I:114 [LEU] | A:555 [C] | ✔ |
| i:114 [LEU] | a:558 [U] | I:114 [LEU] | A:556 [U] | ✔ |
| i:79 [GLY] | a:1131 [G] | I:79 [GLU] | A:1128 [G] | ✔ |
| i:115 [GLY] | a:558 [U] | I:115 [GLY] | A:556 [U] | ✔ |
| i:123 [LYS] | a:7 [G] | I:123 [LYS] | A:14 [G] | ✔ |
| i:123 [LYS] | a:8 [C] | I:123 [LYS] | A:15 [U] | ✔ |
| i:46 [PRO] | a:558 [U] | I:46 [PRO] | A:556 [U] | ✔ |
| i:76 [HIS] | a:2640 [G] | I:76 [ARG] | A:2636 [G] | ✔ |
| i:76 [HIS] | a:2641 [G] | I:76 [ARG] | A:2637 [A] | ✔ |
| i:8 [PRO] | a:538 [A] | I:8 [PRO] | A:537 [A] | ✔ |
| i:103 [ILE] | a:1138 [G] | I:103 [ARG] | A:1135 [G] | ✔ |
| i:103 [ILE] | a:1139 [G] | I:103 [ARG] | A:1136 [G] | ✔ |
| i:44 [TYR] | a:1009 [A] | I:44 [TYR] | A:1006 [A] | ✔ |
| i:95 [ARG] | a:2640 [G] | I:95 [HIS] | A:2636 [G] | ✔ |
| i:112 [GLY] | a:529 [A] | I:112 [GLY] | A:528 [A] | ✔ |
| i:112 [GLY] | a:558 [U] | I:112 [GLY] | A:556 [U] | ✔ |
| i:80 [HIS] | a:1131 [G] | I:80 [PHE] | A:1128 [G] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:47 [HIS] | a:538 [A] | I:47 [HIS] | A:537 [A] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:27 [ARG] | a:1139 [G] | I:27 [ARG] | A:1136 [G] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:67 [ASN] | a:1141 [U] | I:67 [ASN] | A:1138 [U] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:106 [LYS] | a:1138 [G] | I:106 [LYS] | A:1135 [G] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:106 [LYS] | a:2780 [G] | I:106 [LYS] | A:2776 [A] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:2 [LYS] | a:537 [G] | I:2 [LYS] | A:536 [G] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:37 [ARG] | a:1006 [C] | I:37 [ARG] | A:1003 [C] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:111 [LYS] | a:558 [U] | I:111 [LYS] | A:556 [U] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:111 [LYS] | a:1137 [G] | I:111 [LYS] | A:1134 [G] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:111 [LYS] | a:2040 [G] | I:111 [LYS] | A:2036 [G] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:83 [GLY] | a:1131 [G] | I:83 [GLY] | A:1128 [G] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:81 [ILE] | a:1131 [G] | I:81 [PRO] | A:1128 [G] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:120 [ARG] | a:8 [C] | I:120 [LYS] | A:15 [U] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:120 [ARG] | a:528 [A] | I:120 [LYS] | A:527 [A] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:65 [THR] | a:1140 [C] | I:65 [THR] | A:1137 [C] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:8 [PRO] | a:556 [A] | I:8 [PRO] | A:554 [A] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:95 [ARG] | a:2768 [U] | I:95 [HIS] | A:2764 [C] | ❌ 7RYG_I_A |
| i:1 [MET] | a:537 [G] | I:1 [MET] | A:536 [G] | ❌ 7K00_i_a |
| i:106 [LYS] | a:2040 [G] | I:106 [LYS] | A:2036 [G] | ❌ 7K00_i_a |
| i:82 [GLY] | a:1130 [U] | I:82 [GLY] | A:1127 [U] | ❌ 7RYG_A:1127 no longer at interface |
| i:116 [ARG] | a:527 [C] | I:116 [TYR] | A:526 [C] | ❌ 7RYG_A:526 no longer at interface |
| i:66 [GLY] | a:1020 [A] | I:66 [GLY] | A:1017 [A] | ❌ 7RYG_A:1017 no longer at interface |
| i:91 [GLU] | a:2767 [C] | I:91 [LYS] | A:2763 [C] | ❌ 7RYG_A:2763 no longer at interface |
| i:111 [LYS] | a:559 [G] | I:111 [LYS] | A:557 [G] | ❌ 7RYG_A:557 no longer at interface |
| i:81 [ILE] | a:1130 [U] | I:81 [PRO] | A:1127 [U] | ❌ 7RYG_A:1127 no longer at interface |
| i:120 [ARG] | a:527 [C] | I:120 [LYS] | A:526 [C] | ❌ 7RYG_A:526 no longer at interface |
| i:95 [ARG] | a:2769 [U] | I:95 [HIS] | A:2765 [U] | ❌ 7RYG_A:2765 no longer at interface |
| i:106 [LYS] | a:2041 [U] | I:106 [LYS] | A:2037 [U] | ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface |
| i:79 [GLY] | a:2041 [U] | I:79 [GLU] | A:2037 [U] | ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface |
| i:91 [GLU] | a:2738 [A] | I:91 [LYS] | A:2734 [A] | ❌ 7K00_a:2738 no longer at interface |
| i:71 [ASP] | a:1022 [G] | I:71 [ASP] | A:1019 [G] | ❌ 7RYG_I:71 no longer at interface |
| i:100 [VAL] | a:1139 [G] | I:100 [ILE] | A:1136 [G] | ❌ 7RYG_I:100 no longer at interface |
| i:9 [GLU] | a:538 [A] | I:9 [ALA] | A:537 [A] | ❌ 7RYG_I:9 no longer at interface |
| i:9 [GLU] | a:539 [G] | I:9 [ALA] | A:538 [G] | ❌ 7RYG_I:9 no longer at interface |
| i:133 [ALA] | a:2899 [A] | I:133 [ALA] | A:2895 [G] | ❌ 7RYG_I:133 no longer at interface |
| i:99 [ARG] | a:2780 [G] | I:99 [GLU] | A:2776 [A] | ❌ 7RYG_I:99 no longer at interface |
| i:119 [PHE] | a:2780 [G] | I:119 [ILE] | A:2776 [A] | ❌ 7RYG_I:119 no longer at interface |
| i:102 [GLU] | a:2780 [G] | I:102 [GLU] | A:2776 [A] | ❌ 7RYG_I:102 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L13 and L16-A | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.99 | 1.74 | 0.78 | 0.97 | 0.99 | 1.0 | 0.96 | 0.90 | 0.89 | 0.61 | 0.49 |
Other pairs involving 7K00_i_a or 7RYG_I_A
Total number of entries: 16