Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 4F3T_A
|
4F3T_R
|
6CBD_A
|
6CBD_B,C
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:757 [GLN] | R:5 [G] | A:757 [GLN] | B:5 [C] | ✔ |
| A:757 [GLN] | R:6 [U] | A:757 [GLN] | B:6 [A] | ✔ |
| A:709 [LYS] | R:6 [U] | A:709 [LYS] | B:6 [A] | ✔ |
| A:635 [ARG] | R:10 [U] | A:635 [ARG] | B:10 [C] | ✔ |
| A:812 [ARG] | R:1 [U] | A:812 [ARG] | B:1 [U] | ✔ |
| A:790 [TYR] | R:3 [A] | A:790 [TYR] | B:3 [C] | ✔ |
| A:790 [TYR] | R:4 [A] | A:790 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:566 [LYS] | R:1 [U] | A:566 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:566 [LYS] | R:2 [A] | A:566 [LYS] | B:2 [U] | ✔ |
| A:566 [LYS] | R:3 [A] | A:566 [LYS] | B:3 [C] | ✔ |
| A:797 [VAL] | R:4 [A] | A:797 [VAL] | B:4 [A] | ✔ |
| A:797 [VAL] | R:5 [G] | A:797 [VAL] | B:5 [C] | ✔ |
| A:755 [GLY] | R:5 [G] | A:755 [GLY] | B:5 [C] | ✔ |
| A:754 [ALA] | R:5 [G] | A:754 [ALA] | B:5 [C] | ✔ |
| A:221 [ALA] | R:8 [C] | A:221 [ALA] | B:8 [U] | ✔ |
| A:351 [ARG] | R:9 [U] | A:351 [ARG] | B:9 [G] | ✔ |
| A:710 [ARG] | R:9 [U] | A:710 [ARG] | B:9 [G] | ✔ |
| A:710 [ARG] | R:10 [U] | A:710 [ARG] | B:10 [C] | ✔ |
| A:562 [ASN] | R:2 [A] | A:562 [ASN] | B:2 [U] | ✔ |
| A:562 [ASN] | R:3 [A] | A:562 [ASN] | B:3 [C] | ✔ |
| A:545 [GLN] | R:1 [U] | A:545 [GLN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:545 [GLN] | R:2 [A] | A:545 [GLN] | B:2 [U] | ✔ |
| A:793 [CYS] | R:3 [A] | A:793 [CYS] | B:3 [C] | ✔ |
| A:793 [CYS] | R:4 [A] | A:793 [CYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:526 [THR] | R:1 [U] | A:526 [THR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:601 [PRO] | R:10 [U] | A:601 [PRO] | B:10 [C] | ✔ |
| A:375 [ARG] | R:7 [G] | A:375 [ARG] | B:7 [U] | ✔ |
| A:753 [HIS] | R:5 [G] | A:753 [HIS] | B:5 [C] | ✔ |
| A:753 [HIS] | R:6 [U] | A:753 [HIS] | B:6 [A] | ✔ |
| A:522 [LEU] | R:1 [U] | A:522 [LEU] | B:1 [U] | ✔ |
| A:220 [SER] | R:8 [C] | A:220 [SER] | B:8 [U] | ✔ |
| A:563 [LEU] | R:2 [A] | A:563 [LEU] | B:2 [U] | ✔ |
| A:798 [SER] | R:4 [A] | A:798 [SER] | B:4 [A] | ✔ |
| A:798 [SER] | R:5 [G] | A:798 [SER] | B:5 [C] | ✔ |
| A:798 [SER] | R:6 [U] | A:798 [SER] | B:6 [A] | ✔ |
| A:558 [GLN] | R:2 [A] | A:558 [GLN] | B:2 [U] | ✔ |
| A:714 [ARG] | R:6 [U] | A:714 [ARG] | B:6 [A] | ✔ |
| A:714 [ARG] | R:7 [G] | A:714 [ARG] | B:7 [U] | ✔ |
| A:559 [THR] | R:2 [A] | A:559 [THR] | B:2 [U] | ✔ |
| A:804 [TYR] | R:4 [A] | A:804 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:804 [TYR] | R:5 [G] | A:804 [TYR] | B:5 [C] | ✔ |
| A:364 [MET] | R:7 [G] | A:364 [MET] | B:7 [U] | ✔ |
| A:815 [TYR] | R:1 [U] | A:815 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:756 [ILE] | R:4 [A] | A:756 [ILE] | B:4 [A] | ✔ |
| A:756 [ILE] | R:5 [G] | A:756 [ILE] | B:5 [C] | ✔ |
| A:547 [VAL] | R:1 [U] | A:547 [VAL] | B:1 [U] | ✔ |
| A:547 [VAL] | R:2 [A] | A:547 [VAL] | B:2 [U] | ✔ |
| A:859 [ALA] | R:1 [U] | A:859 [ALA] | B:1 [U] | ✔ |
| A:859 [ALA] | R:3 [A] | A:859 [ALA] | B:3 [C] | ✔ |
| A:799 [ILE] | R:5 [G] | A:799 [ILE] | B:5 [C] | ✔ |
| A:529 [TYR] | R:1 [U] | A:529 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:570 [LYS] | R:1 [U] | A:570 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:368 [THR] | R:7 [G] | A:368 [THR] | B:7 [U] | ✔ |
| A:760 [SER] | R:6 [U] | A:760 [SER] | B:6 [A] | ✔ |
| A:792 [ARG] | R:3 [A] | A:792 [ARG] | B:3 [C] | ✔ |
| A:792 [ARG] | R:4 [A] | A:792 [ARG] | B:4 [A] | ✔ |
| A:761 [ARG] | R:6 [U] | A:761 [ARG] | B:6 [A] | ✔ |
| A:761 [ARG] | R:7 [G] | A:761 [ARG] | B:7 [U] | ✔ |
| A:761 [ARG] | R:8 [C] | A:761 [ARG] | B:8 [U] | ✔ |
| A:365 [ILE] | R:6 [U] | A:365 [ILE] | B:6 [A] | ✔ |
| A:365 [ILE] | R:7 [G] | A:365 [ILE] | B:7 [U] | ✔ |
| A:758 [GLY] | R:6 [U] | A:758 [GLY] | B:6 [A] | ✔ |
| A:759 [THR] | R:6 [U] | A:759 [THR] | B:6 [A] | ✔ |
| A:759 [THR] | R:7 [G] | A:759 [THR] | B:7 [U] | ✔ |
| A:795 [ARG] | R:4 [A] | A:795 [ARG] | B:4 [A] | ✔ |
| A:551 [ASN] | R:2 [A] | A:551 [ASN] | B:2 [U] | ✔ |
| A:546 [CYS] | R:1 [U] | A:546 [CYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:546 [CYS] | R:2 [A] | A:546 [CYS] | B:2 [U] | ✔ |
| A:544 [THR] | R:1 [U] | A:544 [THR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:602 [PRO] | R:10 [U] | A:602 [PRO] | B:10 [C] | ✔ |
| A:548 [GLN] | R:1 [U] | A:548 [GLN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:548 [GLN] | R:2 [A] | A:548 [GLN] | B:2 [U] | ✔ |
| A:525 [LYS] | R:1 [U] | A:525 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:533 [LYS] | R:1 [U] | A:533 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:524 [GLY] | R:1 [U] | A:524 [GLY] | B:1 [U] | ✔ |
| A:635 [ARG] | R:9 [U] | A:635 [ARG] | B:9 [G] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:221 [ALA] | R:7 [G] | A:221 [ALA] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:351 [ARG] | R:8 [C] | A:351 [ARG] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:351 [ARG] | R:10 [U] | A:351 [ARG] | B:10 [C] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:220 [SER] | R:7 [G] | A:220 [SER] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:714 [ARG] | R:8 [C] | A:714 [ARG] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:364 [MET] | R:8 [C] | A:364 [MET] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:795 [ARG] | R:3 [A] | A:795 [ARG] | B:3 [C] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:361 [THR] | R:7 [G] | A:361 [THR] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:551 [ASN] | R:1 [U] | A:551 [ASN] | B:1 [U] | ❌ 4F3T_A_R |
| A:602 [PRO] | R:9 [U] | A:602 [PRO] | B:9 [G] | ❌ 4F3T_A_R |
| A:709 [LYS] | R:5 [G] | A:709 [LYS] | B:5 [C] | ❌ 4F3T_A_R |
| A:710 [ARG] | R:8 [C] | A:710 [ARG] | B:8 [U] | ❌ 4F3T_A_R |
| A:760 [SER] | R:5 [G] | A:760 [SER] | B:5 [C] | ❌ 4F3T_A_R |
| A:279 [TYR] | R:19 [G] | A:280 [ARG] | B:18 [U] | ❌ 6CBD_B:18 no longer at interface |
| A:315 [ARG] | R:19 [G] | A:315 [ARG] | B:18 [U] | ❌ 6CBD_A:315, 6CBD_B:18 no longer at interface |
| A:311 [TYR] | R:19 [G] | A:311 [TYR] | B:18 [U] | ❌ 6CBD_B:18 no longer at interface |
| A:277 [ARG] | R:19 [G] | A:278 [LYS] | B:18 [U] | ❌ 6CBD_A:278, 6CBD_B:18 no longer at interface |
| A:337 [THR] | R:19 [G] | A:337 [THR] | B:18 [U] | ❌ 6CBD_B:18 no longer at interface |
| A:316 [HIS] | R:19 [G] | A:316 [HIS] | B:18 [U] | ❌ 6CBD_B:18 no longer at interface |
| A:223 [ALA] | R:8 [C] | A:223 [ALA] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:223 no longer at interface |
| A:634 [HIS] | R:10 [U] | A:634 [HIS] | B:10 [C] | ❌ 6CBD_A:634 no longer at interface |
| A:356 [LEU] | R:7 [G] | A:356 [LEU] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A:356 no longer at interface |
| A:369 [ALA] | R:6 [U] | A:369 [ALA] | B:6 [A] | ❌ 6CBD_A:369 no longer at interface |
| A:369 [ALA] | R:7 [G] | A:369 [ALA] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A:369 no longer at interface |
| A:353 [ILE] | R:9 [U] | A:353 [ILE] | B:9 [G] | ❌ 6CBD_A:353 no longer at interface |
| A:353 [ILE] | R:10 [U] | A:353 [ILE] | B:10 [C] | ❌ 6CBD_A:353 no longer at interface |
| A:219 [VAL] | R:8 [C] | A:219 [VAL] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:219 no longer at interface |
| A:370 [ARG] | R:6 [U] | A:370 [ARG] | B:6 [A] | ❌ 6CBD_A:370 no longer at interface |
| A:222 [THR] | R:7 [G] | A:222 [THR] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A:222 no longer at interface |
| A:222 [THR] | R:8 [C] | A:222 [THR] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:222 no longer at interface |
| A:222 [THR] | R:9 [U] | A:222 [THR] | B:9 [G] | ❌ 6CBD_A:222 no longer at interface |
| A:712 [HIS] | R:8 [C] | A:712 [HIS] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:712 no longer at interface |
| A:598 [VAL] | R:10 [U] | A:598 [VAL] | B:10 [C] | ❌ 4F3T_A:598 no longer at interface |
| A:599 [THR] | R:10 [U] | A:599 [THR] | B:10 [C] | ❌ 4F3T_A:599 no longer at interface |
| A:600 [HIS] | R:10 [U] | A:600 [HIS] | B:10 [C] | ❌ 4F3T_A:600 no longer at interface |
| A:811 [PHE] | R:10 [U] | A:811 [PHE] | B:10 [C] | ❌ 4F3T_A:811 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribonuclease H-like & Argonaute, N-terminal domain & SH3 & Middle domain in Argonaute homologs | 0.91 | 3.2 | 0.14 | 0.93 | 0.38 | 0.79 | 0.71 | 0.79 | 0.72 | 0.64 | 0.62 |
Other pairs involving 4F3T_A_R or 6CBD_A_B,C
Total number of entries: 35