Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 4KRE_A
|
4KRE_R
|
6MFN_A
|
6MFN_C,E
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:810 [ARG] | R:1 [A] | A:812 [ARG] | C:1 [U] | ✔ |
| A:543 [GLN] | R:1 [A] | A:545 [GLN] | C:1 [U] | ✔ |
| A:543 [GLN] | R:2 [A] | A:545 [GLN] | C:2 [U] | ✔ |
| A:527 [TYR] | R:1 [A] | A:529 [TYR] | C:1 [U] | ✔ |
| A:366 [THR] | R:7 [A] | A:368 [THR] | C:7 [G] | ✔ |
| A:790 [ARG] | R:3 [U] | A:792 [ARG] | C:3 [C] | ✔ |
| A:790 [ARG] | R:4 [A] | A:792 [ARG] | C:4 [A] | ✔ |
| A:788 [TYR] | R:3 [U] | A:790 [TYR] | C:3 [C] | ✔ |
| A:788 [TYR] | R:4 [A] | A:790 [TYR] | C:4 [A] | ✔ |
| A:219 [ALA] | R:8 [A] | A:221 [ALA] | C:8 [U] | ✔ |
| A:542 [THR] | R:1 [A] | A:544 [THR] | C:1 [U] | ✔ |
| A:797 [ILE] | R:5 [U] | A:799 [ILE] | C:5 [C] | ✔ |
| A:791 [CYS] | R:3 [U] | A:793 [CYS] | C:3 [C] | ✔ |
| A:791 [CYS] | R:4 [A] | A:793 [CYS] | C:4 [A] | ✔ |
| A:367 [ALA] | R:6 [U] | A:369 [ALA] | C:6 [A] | ✔ |
| A:544 [CYS] | R:1 [A] | A:546 [CYS] | C:1 [U] | ✔ |
| A:544 [CYS] | R:2 [A] | A:546 [CYS] | C:2 [U] | ✔ |
| A:755 [GLN] | R:5 [U] | A:757 [GLN] | C:5 [C] | ✔ |
| A:755 [GLN] | R:6 [U] | A:757 [GLN] | C:6 [A] | ✔ |
| A:560 [ASN] | R:2 [A] | A:562 [ASN] | C:2 [U] | ✔ |
| A:560 [ASN] | R:3 [U] | A:562 [ASN] | C:3 [C] | ✔ |
| A:813 [TYR] | R:1 [A] | A:815 [TYR] | C:1 [U] | ✔ |
| A:802 [TYR] | R:4 [A] | A:804 [TYR] | C:4 [A] | ✔ |
| A:802 [TYR] | R:5 [U] | A:804 [TYR] | C:5 [C] | ✔ |
| A:568 [LYS] | R:1 [A] | A:570 [LYS] | C:1 [U] | ✔ |
| A:545 [VAL] | R:1 [A] | A:547 [VAL] | C:1 [U] | ✔ |
| A:545 [VAL] | R:2 [A] | A:547 [VAL] | C:2 [U] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:4 [A] | A:798 [SER] | C:4 [A] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:5 [U] | A:798 [SER] | C:5 [C] | ✔ |
| A:796 [SER] | R:6 [U] | A:798 [SER] | C:6 [A] | ✔ |
| A:751 [HIS] | R:5 [U] | A:753 [HIS] | C:5 [C] | ✔ |
| A:751 [HIS] | R:6 [U] | A:753 [HIS] | C:6 [A] | ✔ |
| A:793 [ARG] | R:4 [A] | A:795 [ARG] | C:4 [A] | ✔ |
| A:520 [LEU] | R:1 [A] | A:522 [LEU] | C:1 [U] | ✔ |
| A:522 [GLY] | R:1 [A] | A:524 [GLY] | C:1 [U] | ✔ |
| A:557 [THR] | R:2 [A] | A:559 [THR] | C:2 [U] | ✔ |
| A:373 [ARG] | R:7 [A] | A:375 [ARG] | C:7 [G] | ✔ |
| A:564 [LYS] | R:1 [A] | A:566 [LYS] | C:1 [U] | ✔ |
| A:564 [LYS] | R:2 [A] | A:566 [LYS] | C:2 [U] | ✔ |
| A:564 [LYS] | R:3 [U] | A:566 [LYS] | C:3 [C] | ✔ |
| A:795 [VAL] | R:4 [A] | A:797 [VAL] | C:4 [A] | ✔ |
| A:795 [VAL] | R:5 [U] | A:797 [VAL] | C:5 [C] | ✔ |
| A:707 [LYS] | R:6 [U] | A:709 [LYS] | C:6 [A] | ✔ |
| A:758 [SER] | R:6 [U] | A:760 [SER] | C:6 [A] | ✔ |
| A:531 [LYS] | R:1 [A] | A:533 [LYS] | C:1 [U] | ✔ |
| A:524 [THR] | R:1 [A] | A:526 [THR] | C:1 [U] | ✔ |
| A:561 [LEU] | R:2 [A] | A:563 [LEU] | C:2 [U] | ✔ |
| A:556 [GLN] | R:2 [A] | A:558 [GLN] | C:2 [U] | ✔ |
| A:754 [ILE] | R:4 [A] | A:756 [ILE] | C:4 [A] | ✔ |
| A:754 [ILE] | R:5 [U] | A:756 [ILE] | C:5 [C] | ✔ |
| A:757 [THR] | R:6 [U] | A:759 [THR] | C:6 [A] | ✔ |
| A:757 [THR] | R:7 [A] | A:759 [THR] | C:7 [G] | ✔ |
| A:756 [GLY] | R:6 [U] | A:758 [GLY] | C:6 [A] | ✔ |
| A:712 [ARG] | R:6 [U] | A:714 [ARG] | C:6 [A] | ✔ |
| A:712 [ARG] | R:7 [A] | A:714 [ARG] | C:7 [G] | ✔ |
| A:546 [GLN] | R:1 [A] | A:548 [GLN] | C:1 [U] | ✔ |
| A:546 [GLN] | R:2 [A] | A:548 [GLN] | C:2 [U] | ✔ |
| A:218 [SER] | R:8 [A] | A:220 [SER] | C:8 [U] | ✔ |
| A:759 [ARG] | R:6 [U] | A:761 [ARG] | C:6 [A] | ✔ |
| A:759 [ARG] | R:7 [A] | A:761 [ARG] | C:7 [G] | ✔ |
| A:759 [ARG] | R:8 [A] | A:761 [ARG] | C:8 [U] | ✔ |
| A:752 [ALA] | R:5 [U] | A:754 [ALA] | C:5 [C] | ✔ |
| A:523 [LYS] | R:1 [A] | A:525 [LYS] | C:1 [U] | ✔ |
| A:549 [ASN] | R:2 [A] | A:551 [ASN] | C:2 [U] | ✔ |
| A:753 [GLY] | R:5 [U] | A:755 [GLY] | C:5 [C] | ✔ |
| A:857 [ALA] | R:1 [A] | A:859 [ALA] | C:1 [U] | ✔ |
| A:857 [ALA] | R:3 [U] | A:859 [ALA] | C:3 [C] | ✔ |
| A:219 [ALA] | R:7 [A] | A:221 [ALA] | C:7 [G] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:363 [ILE] | R:6 [U] | A:365 [ILE] | C:6 [A] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:363 [ILE] | R:7 [A] | A:365 [ILE] | C:7 [G] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:349 [ARG] | R:8 [A] | A:351 [ARG] | C:8 [U] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:793 [ARG] | R:3 [U] | A:795 [ARG] | C:3 [C] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:707 [LYS] | R:5 [U] | A:709 [LYS] | C:5 [C] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:758 [SER] | R:5 [U] | A:760 [SER] | C:5 [C] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:712 [ARG] | R:8 [A] | A:714 [ARG] | C:8 [U] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:359 [THR] | R:7 [A] | A:361 [THR] | C:7 [G] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:218 [SER] | R:7 [A] | A:220 [SER] | C:7 [G] | ❌ 6MFN_A_C,E |
| A:366 [THR] | R:8 [A] | A:368 [THR] | C:8 [U] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:367 [ALA] | R:7 [A] | A:369 [ALA] | C:7 [G] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:549 [ASN] | R:1 [A] | A:551 [ASN] | C:1 [U] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:708 [ARG] | R:8 [A] | A:710 [ARG] | C:8 [U] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:755 [GLN] | R:4 [A] | A:757 [GLN] | C:4 [A] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:756 [GLY] | R:7 [A] | A:758 [GLY] | C:7 [G] | ❌ 4KRE_A_R |
| A:710 [HIS] | R:8 [A] | A:712 [HIS] | C:8 [U] | ❌ 6MFN_A:712 no longer at interface |
| A:220 [THR] | R:8 [A] | A:222 [THR] | C:8 [U] | ❌ 6MFN_A:222 no longer at interface |
| A:362 [MET] | R:7 [A] | A:364 [MET] | C:7 [G] | ❌ 6MFN_A:364 no longer at interface |
| A:362 [MET] | R:8 [A] | A:364 [MET] | C:8 [U] | ❌ 6MFN_A:364 no longer at interface |
| A:217 [VAL] | R:8 [A] | A:219 [VAL] | C:8 [U] | ❌ 6MFN_A:219 no longer at interface |
| A:354 [LEU] | R:7 [A] | A:356 [LEU] | C:7 [G] | ❌ 6MFN_A:356 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribonuclease H-like & Argonaute, N-terminal domain & Middle domain in Argonaute homologs | 0.87 | 1.83 | 0.09 | 0.88 | 0.39 | 0.93 | 0.73 | 0.86 | 0.77 | 0.53 | 0.27 |
Other pairs involving 4KRE_A_R or 6MFN_A_C,E
Total number of entries: 34