Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 5AWH_A
|
5AWH_C
|
6CBD_A
|
6CBD_B,C
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:494 [TYR] | C:2 [U] | A:558 [GLN] | B:2 [U] | ✔ |
| A:731 [ARG] | C:3 [A] | A:792 [ARG] | B:3 [C] | ✔ |
| A:731 [ARG] | C:4 [C] | A:792 [ARG] | B:4 [A] | ✔ |
| A:499 [PHE] | C:2 [U] | A:563 [LEU] | B:2 [U] | ✔ |
| A:777 [LEU] | C:1 [U] | A:859 [ALA] | B:1 [U] | ✔ |
| A:777 [LEU] | C:3 [A] | A:859 [ALA] | B:3 [C] | ✔ |
| A:463 [TYR] | C:1 [U] | A:529 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:449 [LEU] | C:1 [U] | A:522 [LEU] | B:1 [U] | ✔ |
| A:484 [THR] | C:1 [U] | A:551 [ASN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:484 [THR] | C:2 [U] | A:551 [ASN] | B:2 [U] | ✔ |
| A:480 [VAL] | C:1 [U] | A:547 [VAL] | B:1 [U] | ✔ |
| A:480 [VAL] | C:2 [U] | A:547 [VAL] | B:2 [U] | ✔ |
| A:686 [ASN] | C:5 [A] | A:753 [HIS] | B:5 [C] | ✔ |
| A:686 [ASN] | C:6 [A] | A:753 [HIS] | B:6 [A] | ✔ |
| A:737 [ALA] | C:4 [C] | A:798 [SER] | B:4 [A] | ✔ |
| A:737 [ALA] | C:5 [A] | A:798 [SER] | B:5 [C] | ✔ |
| A:736 [ALA] | C:4 [C] | A:797 [VAL] | B:4 [A] | ✔ |
| A:736 [ALA] | C:5 [A] | A:797 [VAL] | B:5 [C] | ✔ |
| A:479 [GLN] | C:1 [U] | A:546 [CYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:479 [GLN] | C:2 [U] | A:546 [CYS] | B:2 [U] | ✔ |
| A:478 [GLN] | C:1 [U] | A:545 [GLN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:478 [GLN] | C:2 [U] | A:545 [GLN] | B:2 [U] | ✔ |
| A:467 [LYS] | C:1 [U] | A:533 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:697 [PRO] | C:6 [A] | A:758 [GLY] | B:6 [A] | ✔ |
| A:696 [THR] | C:5 [A] | A:757 [GLN] | B:5 [C] | ✔ |
| A:696 [THR] | C:6 [A] | A:757 [GLN] | B:6 [A] | ✔ |
| A:175 [GLY] | C:8 [C] | A:220 [SER] | B:8 [U] | ✔ |
| A:754 [ARG] | C:1 [U] | A:815 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:481 [ARG] | C:1 [U] | A:548 [GLN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:481 [ARG] | C:2 [U] | A:548 [GLN] | B:2 [U] | ✔ |
| A:699 [PRO] | C:6 [A] | A:760 [SER] | B:6 [A] | ✔ |
| A:506 [LYS] | C:1 [U] | A:570 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:498 [ASN] | C:2 [U] | A:562 [ASN] | B:2 [U] | ✔ |
| A:498 [ASN] | C:3 [A] | A:562 [ASN] | B:3 [C] | ✔ |
| A:495 [THR] | C:2 [U] | A:559 [THR] | B:2 [U] | ✔ |
| A:734 [LEU] | C:4 [C] | A:795 [ARG] | B:4 [A] | ✔ |
| A:271 [GLU] | C:7 [C] | A:368 [THR] | B:7 [U] | ✔ |
| A:477 [THR] | C:1 [U] | A:544 [THR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:176 [MET] | C:8 [C] | A:221 [ALA] | B:8 [U] | ✔ |
| A:732 [SER] | C:3 [A] | A:793 [CYS] | B:3 [C] | ✔ |
| A:732 [SER] | C:4 [C] | A:793 [CYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:454 [ALA] | C:1 [U] | A:525 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:606 [ARG] | C:13 [A] | A:671 [VAL] | B:11 [C] | ✔ |
| A:743 [PHE] | C:4 [C] | A:804 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:731 [ARG] | C:2 [U] | A:792 [ARG] | B:2 [U] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:478 [GLN] | C:3 [A] | A:545 [GLN] | B:3 [C] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:697 [PRO] | C:7 [C] | A:758 [GLY] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:176 [MET] | C:7 [C] | A:221 [ALA] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A_B,C |
| A:699 [PRO] | C:5 [A] | A:760 [SER] | B:5 [C] | ❌ 5AWH_A_C |
| A:737 [ALA] | C:6 [A] | A:798 [SER] | B:6 [A] | ❌ 5AWH_A_C |
| A:743 [PHE] | C:5 [A] | A:804 [TYR] | B:5 [C] | ❌ 5AWH_A_C |
| A:461 [ASN] | C:1 [U] | A:527 [PRO] | B:1 [U] | ❌ 6CBD_A:527 no longer at interface |
| A:245 [LYS] | C:7 [C] | A:355 [LYS] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A:355 no longer at interface |
| A:245 [LYS] | C:8 [C] | A:355 [LYS] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:355 no longer at interface |
| A:178 [TYR] | C:7 [C] | A:223 [ALA] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A:223 no longer at interface |
| A:178 [TYR] | C:8 [C] | A:223 [ALA] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:223 no longer at interface |
| A:177 [ARG] | C:8 [C] | A:222 [THR] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:222 no longer at interface |
| A:243 [GLY] | C:8 [C] | A:353 [ILE] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:353 no longer at interface |
| A:735 [PRO] | C:4 [C] | A:796 [SER] | B:4 [A] | ❌ 6CBD_A:796 no longer at interface |
| A:735 [PRO] | C:5 [A] | A:796 [SER] | B:5 [C] | ❌ 6CBD_A:796 no longer at interface |
| A:244 [SER] | C:8 [C] | A:354 [LYS] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:354 no longer at interface |
| A:543 [ARG] | C:13 [A] | A:610 [SER] | B:11 [C] | ❌ 6CBD_A:610 no longer at interface |
| A:487 [LEU] | C:2 [U] | A:554 [ARG] | B:2 [U] | ❌ 6CBD_A:554 no longer at interface |
| A:151 [ARG] | C:8 [C] | A:201 [GLY] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:201 no longer at interface |
| A:275 [ARG] | C:7 [C] | A:370 [ARG] | B:7 [U] | ❌ 6CBD_A:370 no longer at interface |
| A:275 [ARG] | C:8 [C] | A:370 [ARG] | B:8 [U] | ❌ 6CBD_A:370 no longer at interface |
| A:267 [LEU] | C:7 [C] | A:364 [MET] | B:7 [U] | ❌ 5AWH_A:267 no longer at interface |
| A:268 [ASP] | C:7 [C] | A:365 [ILE] | B:7 [U] | ❌ 5AWH_A:268 no longer at interface |
| A:268 [ASP] | C:6 [A] | A:365 [ILE] | B:6 [A] | ❌ 5AWH_A:268 no longer at interface |
| A:280 [PHE] | C:7 [C] | A:375 [ARG] | B:7 [U] | ❌ 5AWH_A:280 no longer at interface |
| A:451 [GLU] | C:1 [U] | A:524 [GLY] | B:1 [U] | ❌ 5AWH_A:451 no longer at interface |
| A:455 [ARG] | C:1 [U] | A:526 [THR] | B:1 [U] | ❌ 5AWH_A:455 no longer at interface |
| A:502 [ALA] | C:2 [U] | A:566 [LYS] | B:2 [U] | ❌ 5AWH_A:502 no longer at interface |
| A:502 [ALA] | C:1 [U] | A:566 [LYS] | B:1 [U] | ❌ 5AWH_A:502 no longer at interface |
| A:502 [ALA] | C:3 [A] | A:566 [LYS] | B:3 [C] | ❌ 5AWH_A:502 no longer at interface |
| A:532 [GLU] | C:13 [A] | A:600 [HIS] | B:11 [C] | ❌ 5AWH_A:532 no longer at interface |
| A:533 [LEU] | C:13 [A] | A:601 [PRO] | B:11 [C] | ❌ 5AWH_A:533 no longer at interface |
| A:605 [HIS] | C:13 [A] | A:670 [GLY] | B:11 [C] | ❌ 5AWH_A:605 no longer at interface |
| A:639 [HIS] | C:5 [A] | A:709 [LYS] | B:5 [C] | ❌ 5AWH_A:639 no longer at interface |
| A:639 [HIS] | C:6 [A] | A:709 [LYS] | B:6 [A] | ❌ 5AWH_A:639 no longer at interface |
| A:640 [ASP] | C:8 [C] | A:710 [ARG] | B:8 [U] | ❌ 5AWH_A:640 no longer at interface |
| A:644 [VAL] | C:7 [C] | A:714 [ARG] | B:7 [U] | ❌ 5AWH_A:644 no longer at interface |
| A:644 [VAL] | C:6 [A] | A:714 [ARG] | B:6 [A] | ❌ 5AWH_A:644 no longer at interface |
| A:687 [SER] | C:5 [A] | A:754 [ALA] | B:5 [C] | ❌ 5AWH_A:687 no longer at interface |
| A:690 [LEU] | C:5 [A] | A:755 [GLY] | B:5 [C] | ❌ 5AWH_A:690 no longer at interface |
| A:691 [ILE] | C:4 [C] | A:756 [ILE] | B:4 [A] | ❌ 5AWH_A:691 no longer at interface |
| A:691 [ILE] | C:5 [A] | A:756 [ILE] | B:5 [C] | ❌ 5AWH_A:691 no longer at interface |
| A:698 [LEU] | C:7 [C] | A:759 [THR] | B:7 [U] | ❌ 5AWH_A:698 no longer at interface |
| A:698 [LEU] | C:6 [A] | A:759 [THR] | B:6 [A] | ❌ 5AWH_A:698 no longer at interface |
| A:700 [THR] | C:8 [C] | A:761 [ARG] | B:8 [U] | ❌ 5AWH_A:700 no longer at interface |
| A:700 [THR] | C:7 [C] | A:761 [ARG] | B:7 [U] | ❌ 5AWH_A:700 no longer at interface |
| A:700 [THR] | C:6 [A] | A:761 [ARG] | B:6 [A] | ❌ 5AWH_A:700 no longer at interface |
| A:729 [SER] | C:4 [C] | A:790 [TYR] | B:4 [A] | ❌ 5AWH_A:729 no longer at interface |
| A:729 [SER] | C:3 [A] | A:790 [TYR] | B:3 [C] | ❌ 5AWH_A:729 no longer at interface |
| A:738 [THR] | C:5 [A] | A:799 [ILE] | B:5 [C] | ❌ 5AWH_A:738 no longer at interface |
| A:751 [LEU] | C:1 [U] | A:812 [ARG] | B:1 [U] | ❌ 5AWH_A:751 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribonuclease H-like & Argonaute, N-terminal domain & SH3 & Middle domain in Argonaute homologs | 0.71 | 3.34 | 0.16 | 0.72 | 0.22 | 0.51 | 0.5 | 0.59 | 0.56 | 0.24 | 0.87 |
Other pairs involving 5AWH_A_C or 6CBD_A_B,C
Total number of entries: 30