Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 7OF0_j
|
7OF0_A
|
7OF7_j
|
7OF7_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| j:76 [ARG] | A:2082 [G] | j:76 [ARG] | A:2082 [G] | ✔ |
| j:76 [ARG] | A:2083 [U] | j:76 [ARG] | A:2083 [U] | ✔ |
| j:66 [ARG] | A:2254 [C] | j:66 [ARG] | A:2254 [C] | ✔ |
| j:66 [ARG] | A:2255 [C] | j:66 [ARG] | A:2255 [C] | ✔ |
| j:66 [ARG] | A:2256 [U] | j:66 [ARG] | A:2256 [U] | ✔ |
| j:24 [GLY] | A:2149 [G] | j:24 [GLY] | A:2149 [G] | ✔ |
| j:24 [GLY] | A:2150 [U] | j:24 [GLY] | A:2150 [U] | ✔ |
| j:24 [GLY] | A:2247 [C] | j:24 [GLY] | A:2247 [C] | ✔ |
| j:48 [ASP] | A:2256 [U] | j:48 [ASP] | A:2256 [U] | ✔ |
| j:61 [LYS] | A:2257 [C] | j:61 [LYS] | A:2257 [C] | ✔ |
| j:61 [LYS] | A:2258 [A] | j:61 [LYS] | A:2258 [A] | ✔ |
| j:37 [PRO] | A:2148 [A] | j:37 [PRO] | A:2148 [A] | ✔ |
| j:37 [PRO] | A:2149 [G] | j:37 [PRO] | A:2149 [G] | ✔ |
| j:44 [THR] | A:2255 [C] | j:44 [THR] | A:2255 [C] | ✔ |
| j:44 [THR] | A:2256 [U] | j:44 [THR] | A:2256 [U] | ✔ |
| j:28 [ARG] | A:2149 [G] | j:28 [ARG] | A:2149 [G] | ✔ |
| j:65 [ARG] | A:2255 [C] | j:65 [ARG] | A:2255 [C] | ✔ |
| j:65 [ARG] | A:2256 [U] | j:65 [ARG] | A:2256 [U] | ✔ |
| j:35 [ALA] | A:2149 [G] | j:35 [ALA] | A:2149 [G] | ✔ |
| j:83 [GLU] | A:2082 [G] | j:83 [GLU] | A:2082 [G] | ✔ |
| j:39 [GLY] | A:2254 [C] | j:39 [GLY] | A:2254 [C] | ✔ |
| j:62 [GLY] | A:2256 [U] | j:62 [GLY] | A:2256 [U] | ✔ |
| j:62 [GLY] | A:2257 [C] | j:62 [GLY] | A:2257 [C] | ✔ |
| j:60 [MET] | A:2256 [U] | j:60 [MET] | A:2256 [U] | ✔ |
| j:60 [MET] | A:2257 [C] | j:60 [MET] | A:2257 [C] | ✔ |
| j:36 [ASN] | A:2147 [G] | j:36 [ASN] | A:2147 [G] | ✔ |
| j:36 [ASN] | A:2148 [A] | j:36 [ASN] | A:2148 [A] | ✔ |
| j:36 [ASN] | A:2149 [G] | j:36 [ASN] | A:2149 [G] | ✔ |
| j:36 [ASN] | A:2253 [U] | j:36 [ASN] | A:2253 [U] | ✔ |
| j:36 [ASN] | A:2254 [C] | j:36 [ASN] | A:2254 [C] | ✔ |
| j:38 [SER] | A:2147 [G] | j:38 [SER] | A:2147 [G] | ✔ |
| j:38 [SER] | A:2148 [A] | j:38 [SER] | A:2148 [A] | ✔ |
| j:38 [SER] | A:2254 [C] | j:38 [SER] | A:2254 [C] | ✔ |
| j:38 [SER] | A:2255 [C] | j:38 [SER] | A:2255 [C] | ✔ |
| j:25 [GLY] | A:2149 [G] | j:25 [GLY] | A:2149 [G] | ✔ |
| j:25 [GLY] | A:2150 [U] | j:25 [GLY] | A:2150 [U] | ✔ |
| j:26 [GLN] | A:2150 [U] | j:26 [GLN] | A:2150 [U] | ✔ |
| j:63 [GLN] | A:2256 [U] | j:63 [GLN] | A:2256 [U] | ✔ |
| j:63 [GLN] | A:2257 [C] | j:63 [GLN] | A:2257 [C] | ✔ |
| j:61 [LYS] | A:2256 [U] | j:61 [LYS] | A:2256 [U] | ❌ 7OF7_j_A |
| j:80 [LEU] | A:2082 [G] | j:80 [LEU] | A:2082 [G] | ❌ 7OF0_j:80 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Mitoribosomal protein mL52 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.98 | 0.26 | 1.00 | 1.0 | 0.98 | 1.0 | 1.0 | 0.99 | 1.00 | 0.69 | 0.50 |
Other pairs involving 7OF0_j_A or 7OF7_j_A
Total number of entries: 1