RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group79 > 4Y4O_17_1A vs 7K00_1_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_17
4Y4O_1A
7K00_1
7K00_a
Conserved?
17:40 [TRP] 1A:55 [A] 1:40 [ALA] a:56 [A] ✔
17:40 [TRP] 1A:484 [G] 1:40 [ALA] a:458 [G] ✔
17:40 [TRP] 1A:485 [U] 1:40 [ALA] a:459 [U] ✔
17:19 [ARG] 1A:115 [G] 1:19 [ARG] a:117 [G] ✔
17:19 [ARG] 1A:122 [G] 1:19 [ARG] a:124 [G] ✔
17:19 [ARG] 1A:123 [G] 1:19 [ARG] a:125 [A] ✔
17:19 [ARG] 1A:124 [A] 1:19 [ARG] a:126 [A] ✔
17:28 [ARG] 1A:1414 [G] 1:28 [ARG] a:1368 [G] ✔
17:18 [PHE] 1A:115 [G] 1:18 [PHE] a:117 [G] ✔
17:18 [PHE] 1A:124 [A] 1:18 [PHE] a:126 [A] ✔
17:6 [GLN] 1A:733 [G] 1:6 [GLN] a:686 [U] ✔
17:6 [GLN] 1A:734 [C] 1:6 [GLN] a:687 [C] ✔
17:6 [GLN] 1A:1658 [C] 1:6 [GLN] a:1612 [C] ✔
17:41 [ARG] 1A:485 [U] 1:41 [ARG] a:459 [U] ✔
17:41 [ARG] 1A:486 [A] 1:41 [ARG] a:460 [A] ✔
17:32 [LYS] 1A:169 [G] 1:32 [ALA] a:180 [G] ✔
17:16 [HIS] 1A:490 [U] 1:16 [HIS] a:464 [U] ✔
17:16 [HIS] 1A:491 [G] 1:16 [HIS] a:465 [G] ✔
17:16 [HIS] 1A:730 [C] 1:16 [HIS] a:683 [U] ✔
17:16 [HIS] 1A:731 [G] 1:16 [HIS] a:684 [G] ✔
17:16 [HIS] 1A:733 [G] 1:16 [HIS] a:686 [U] ✔
17:43 [THR] 1A:124 [A] 1:43 [THR] a:126 [A] ✔
17:37 [LYS] 1A:484 [G] 1:37 [LYS] a:458 [G] ✔
17:37 [LYS] 1A:494 [G] 1:37 [LYS] a:468 [G] ✔
17:37 [LYS] 1A:495 [G] 1:37 [LYS] a:469 [G] ✔
17:8 [ASN] 1A:733 [G] 1:8 [SER] a:686 [U] ✔
17:8 [ASN] 1A:817 [G] 1:8 [SER] a:770 [G] ✔
17:8 [ASN] 1A:1355 [G] 1:8 [SER] a:1309 [G] ✔
17:10 [ARG] 1A:123 [G] 1:10 [LEU] a:125 [A] ✔
17:10 [ARG] 1A:817 [G] 1:10 [LEU] a:770 [G] ✔
17:10 [ARG] 1A:1355 [G] 1:10 [LEU] a:1309 [G] ✔
17:10 [ARG] 1A:1424 [A] 1:10 [LEU] a:1378 [A] ✔
17:25 [PRO] 1A:199 [C] 1:25 [LYS] a:210 [C] ✔
17:25 [PRO] 1A:1413 [A] 1:25 [LYS] a:1367 [A] ✔
17:25 [PRO] 1A:1414 [G] 1:25 [LYS] a:1368 [G] ✔
17:3 [ARG] 1A:734 [C] 1:3 [ARG] a:687 [C] ✔
17:3 [ARG] 1A:797 [A] 1:3 [ARG] a:750 [A] ✔
17:3 [ARG] 1A:799 [A] 1:3 [ARG] a:752 [A] ✔
17:3 [ARG] 1A:836 [A] 1:3 [ARG] a:789 [A] ✔
17:3 [ARG] 1A:1658 [C] 1:3 [ARG] a:1612 [C] ✔
17:3 [ARG] 1A:1659 [G] 1:3 [ARG] a:1613 [G] ✔
17:3 [ARG] 1A:1665 [G] 1:3 [ARG] a:1619 [G] ✔
17:3 [ARG] 1A:1812 [C] 1:3 [ARG] a:1781 [U] ✔
17:20 [ALA] 1A:124 [A] 1:20 [ALA] a:126 [A] ✔
17:22 [MET] 1A:115 [G] 1:22 [MET] a:117 [G] ✔
17:22 [MET] 1A:116 [A] 1:22 [MET] a:118 [A] ✔
17:36 [GLN] 1A:170 [A] 1:36 [ALA] a:181 [A] ✔
17:11 [LYS] 1A:733 [G] 1:11 [LYS] a:686 [U] ✔
17:4 [THR] 1A:490 [U] 1:4 [THR] a:464 [U] ✔
17:4 [THR] 1A:733 [G] 1:4 [THR] a:686 [U] ✔
17:4 [THR] 1A:734 [C] 1:4 [THR] a:687 [C] ✔
17:4 [THR] 1A:835 [A] 1:4 [THR] a:788 [A] ✔
17:4 [THR] 1A:836 [A] 1:4 [THR] a:789 [A] ✔
17:4 [THR] 1A:1658 [C] 1:4 [THR] a:1612 [C] ✔
17:33 [ARG] 1A:492 [A] 1:33 [ARG] a:466 [A] ✔
17:33 [ARG] 1A:493 [G] 1:33 [ARG] a:467 [G] ✔
17:33 [ARG] 1A:729 [G] 1:33 [ARG] a:682 [G] ✔
17:2 [LYS] 1A:734 [C] 1:2 [LYS] a:687 [C] ✔
17:2 [LYS] 1A:735 [U] 1:2 [LYS] a:688 [U] ✔
17:2 [LYS] 1A:815 [G] 1:2 [LYS] a:768 [G] ✔
17:2 [LYS] 1A:1665 [G] 1:2 [LYS] a:1619 [G] ✔
17:2 [LYS] 1A:1666 [G] 1:2 [LYS] a:1620 [G] ✔
17:34 [ARG] 1A:492 [A] 1:34 [ARG] a:466 [A] ✔
17:34 [ARG] 1A:493 [G] 1:34 [ARG] a:467 [G] ✔
17:9 [ARG] 1A:123 [G] 1:9 [VAL] a:125 [A] ✔
17:9 [ARG] 1A:1355 [G] 1:9 [VAL] a:1309 [G] ✔
17:9 [ARG] 1A:1356 [G] 1:9 [VAL] a:1310 [G] ✔
17:35 [ARG] 1A:52 [A] 1:35 [ARG] a:53 [A] ✔
17:35 [ARG] 1A:53 [G] 1:35 [ARG] a:54 [G] ✔
17:35 [ARG] 1A:124 [A] 1:35 [ARG] a:126 [A] ✔
17:14 [LYS] 1A:123 [G] 1:14 [ARG] a:125 [A] ✔
17:14 [LYS] 1A:818 [G] 1:14 [ARG] a:771 [G] ✔
17:5 [TRP] 1A:490 [U] 1:5 [PHE] a:464 [U] ✔
17:5 [TRP] 1A:733 [G] 1:5 [PHE] a:686 [U] ✔
17:5 [TRP] 1A:835 [A] 1:5 [PHE] a:788 [A] ✔
17:5 [TRP] 1A:1658 [C] 1:5 [PHE] a:1612 [C] ✔
17:5 [TRP] 1A:1659 [G] 1:5 [PHE] a:1613 [G] ✔
17:26 [GLY] 1A:729 [G] 1:26 [ASN] a:682 [G] ✔
17:26 [GLY] 1A:730 [C] 1:26 [ASN] a:683 [U] ✔
17:7 [PRO] 1A:733 [G] 1:7 [PRO] a:686 [U] ✔
17:7 [PRO] 1A:1354 [A] 1:7 [PRO] a:1308 [A] ✔
17:7 [PRO] 1A:1355 [G] 1:7 [PRO] a:1309 [G] ✔
17:7 [PRO] 1A:1657 [C] 1:7 [PRO] a:1611 [C] ✔
17:7 [PRO] 1A:1658 [C] 1:7 [PRO] a:1612 [C] ✔
17:1 [MET] 1A:799 [A] 1:1 [MET] a:752 [A] ✔
17:1 [MET] 1A:800 [C] 1:1 [MET] a:753 [A] ✔
17:1 [MET] 1A:1658 [C] 1:1 [MET] a:1612 [C] ✔
17:1 [MET] 1A:1665 [G] 1:1 [MET] a:1619 [G] ✔
17:1 [MET] 1A:1666 [G] 1:1 [MET] a:1620 [G] ✔
17:1 [MET] 1A:1812 [C] 1:1 [MET] a:1781 [U] ✔
17:39 [ARG] 1A:484 [G] 1:39 [ARG] a:458 [G] ✔
17:39 [ARG] 1A:485 [U] 1:39 [ARG] a:459 [U] ✔
17:39 [ARG] 1A:487 [C] 1:39 [ARG] a:461 [C] ✔
17:39 [ARG] 1A:493 [G] 1:39 [ARG] a:467 [G] ✔
17:39 [ARG] 1A:494 [G] 1:39 [ARG] a:468 [G] ✔
17:39 [ARG] 1A:495 [G] 1:39 [ARG] a:469 [G] ✔
17:30 [VAL] 1A:492 [A] 1:30 [VAL] a:466 [A] ✔
17:30 [VAL] 1A:493 [G] 1:30 [VAL] a:467 [G] ✔
17:30 [VAL] 1A:729 [G] 1:30 [VAL] a:682 [G] ✔
17:30 [VAL] 1A:730 [C] 1:30 [VAL] a:683 [U] ✔
17:21 [ARG] 1A:491 [G] 1:21 [ARG] a:465 [G] ✔
17:21 [ARG] 1A:492 [A] 1:21 [ARG] a:466 [A] ✔
17:21 [ARG] 1A:730 [C] 1:21 [ARG] a:683 [U] ✔
17:21 [ARG] 1A:731 [G] 1:21 [ARG] a:684 [G] ✔
17:44 [PRO] 1A:491 [G] 1:44 [VAL] a:465 [G] ✔
17:13 [ALA] 1A:123 [G] 1:13 [ASN] a:125 [A] ✔
17:13 [ALA] 1A:124 [A] 1:13 [ASN] a:126 [A] ✔
17:12 [ARG] 1A:490 [U] 1:12 [ARG] a:464 [U] ✔
17:12 [ARG] 1A:491 [G] 1:12 [ARG] a:465 [G] ✔
17:12 [ARG] 1A:733 [G] 1:12 [ARG] a:686 [U] ✔
17:38 [GLY] 1A:484 [G] 1:38 [GLY] a:458 [G] ✔
17:38 [GLY] 1A:485 [U] 1:38 [GLY] a:459 [U] ✔
17:27 [GLY] 1A:730 [C] 1:27 [GLY] a:683 [U] ✔
17:17 [GLY] 1A:124 [A] 1:17 [GLY] a:126 [A] ✔
17:29 [LYS] 1A:198 [C] 1:29 [GLN] a:209 [C] ✔
17:29 [LYS] 1A:199 [C] 1:29 [GLN] a:210 [C] ✔
17:42 [LEU] 1A:53 [G] 1:42 [LEU] a:54 [G] ✔
17:42 [LEU] 1A:124 [A] 1:42 [LEU] a:126 [A] ✔
17:42 [LEU] 1A:492 [A] 1:42 [LEU] a:466 [A] ✔
17:15 [THR] 1A:731 [G] 1:15 [SER] a:684 [G] ✔
17:15 [THR] 1A:732 [A] 1:15 [SER] a:685 [A] ✔
17:28 [ARG] 1A:1413 [A] 1:28 [ARG] a:1367 [A] ❌ 7K00_1_a
17:18 [PHE] 1A:116 [A] 1:18 [PHE] a:118 [A] ❌ 7K00_1_a
17:32 [LYS] 1A:170 [A] 1:32 [ALA] a:181 [A] ❌ 7K00_1_a
17:10 [ARG] 1A:818 [G] 1:10 [LEU] a:771 [G] ❌ 7K00_1_a
17:10 [ARG] 1A:1423 [G] 1:10 [LEU] a:1377 [G] ❌ 7K00_1_a
17:11 [LYS] 1A:732 [A] 1:11 [LYS] a:685 [A] ❌ 7K00_1_a
17:7 [PRO] 1A:1356 [G] 1:7 [PRO] a:1310 [G] ❌ 7K00_1_a
17:44 [PRO] 1A:492 [A] 1:44 [VAL] a:466 [A] ❌ 7K00_1_a
17:27 [GLY] 1A:729 [G] 1:27 [GLY] a:682 [G] ❌ 7K00_1_a
17:46 [VAL] 1A:123 [G] 1:46 [LYS] a:125 [A] ❌ 7K00_1_a
17:15 [THR] 1A:733 [G] 1:15 [SER] a:686 [U] ❌ 7K00_1_a
17:1 [MET] 1A:797 [A] 1:1 [MET] a:750 [A] ❌ 4Y4O_17_1A
17:11 [LYS] 1A:817 [G] 1:11 [LYS] a:770 [G] ❌ 4Y4O_17_1A
17:11 [LYS] 1A:818 [G] 1:11 [LYS] a:771 [G] ❌ 4Y4O_17_1A
17:14 [LYS] 1A:1423 [G] 1:14 [ARG] a:1377 [G] ❌ 4Y4O_17_1A
17:14 [LYS] 1A:1424 [A] 1:14 [ARG] a:1378 [A] ❌ 4Y4O_17_1A
17:14 [LYS] 1A:817 [G] 1:14 [ARG] a:770 [G] ❌ 4Y4O_17_1A
17:16 [HIS] 1A:732 [A] 1:16 [HIS] a:685 [A] ❌ 4Y4O_17_1A
17:25 [PRO] 1A:198 [C] 1:25 [LYS] a:209 [C] ❌ 4Y4O_17_1A
17:25 [PRO] 1A:729 [G] 1:25 [LYS] a:682 [G] ❌ 4Y4O_17_1A
17:35 [ARG] 1A:115 [G] 1:35 [ARG] a:117 [G] ❌ 4Y4O_17_1A
17:46 [VAL] 1A:55 [A] 1:46 [LYS] a:56 [A] ❌ 4Y4O_17_1A
17:46 [VAL] 1A:125 [A] 1:46 [LYS] a:127 [A] ❌ 4Y4O_17_1A
17:8 [ASN] 1A:1354 [A] 1:8 [SER] a:1308 [A] ❌ 4Y4O_17_1A
17:9 [ARG] 1A:1354 [A] 1:9 [VAL] a:1308 [A] ❌ 4Y4O_17_1A
17:40 [TRP] 1A:54 [G] 1:40 [ALA] a:55 [G] ❌ 7K00_a:55 no longer at interface
17:40 [TRP] 1A:483 [A] 1:40 [ALA] a:457 [A] ❌ 7K00_a:457 no longer at interface
17:8 [ASN] 1A:816 [G] 1:8 [SER] a:769 [U] ❌ 7K00_a:769 no longer at interface
17:3 [ARG] 1A:798 [A] 1:3 [ARG] a:751 [A] ❌ 7K00_a:751 no longer at interface
17:23 [ARG] 1A:1402 [G] 1:23 [ALA] a:1356 [G] ❌ 7K00_1:23, 7K00_a:1356 no longer at interface
17:23 [ARG] 1A:1403 [U] 1:23 [ALA] a:1357 [C] ❌ 7K00_1:23, 7K00_a:1357 no longer at interface
17:36 [GLN] 1A:171 [A] 1:36 [ALA] a:182 [A] ❌ 7K00_a:182 no longer at interface
17:9 [ARG] 1A:1357 [G] 1:9 [VAL] a:1311 [G] ❌ 7K00_a:1311 no longer at interface
17:26 [GLY] 1A:728 [G] 1:26 [ASN] a:681 [G] ❌ 4Y4O_1A:728 no longer at interface
17:28 [ARG] 1A:168 [G] 1:28 [ARG] a:179 [C] ❌ 4Y4O_1A:168 no longer at interface
17:46 [VAL] 1A:56 [C] 1:46 [LYS] a:57 [C] ❌ 4Y4O_1A:56 no longer at interface
17:24 [THR] 1A:730 [C] 1:24 [THR] a:683 [U] ❌ 7K00_1:24 no longer at interface
17:45 [ALA] 1A:123 [G] 1:45 [SER] a:125 [A] ❌ 4Y4O_17:45 no longer at interface
17:45 [ALA] 1A:124 [A] 1:45 [SER] a:126 [A] ❌ 4Y4O_17:45 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.96 1.08 0.63 0.93 0.96 0.98 0.94 0.87 0.89 0.56 0.36


Other pairs involving 4Y4O_17_1A or 7K00_1_a

Total number of entries: 6

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_17_1A 7OF0_2_A 0.75 0.97 1.48 0.43 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_17_1A 7RYG_1_A 0.90 0.96 1.39 0.64 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_17_1A 7K00_1_a 0.87 0.96 1.08 0.63 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_17_1A 6S0Z_2_A 0.92 0.96 1.23 0.67 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_2_A 7K00_1_a 0.91 0.97 0.74 0.64 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_1_a 7OF0_2_A 0.76 0.93 1.63 0.43 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare