Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_1
|
7K00_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1:1 [MET] | a:750 [A] | 4.97 | a:745 [1MG] | 59.27 | ||
| 1:1 [MET] | a:752 [A] | 2.92 | 59.27 | |||
| 1:1 [MET] | a:753 [A] | 3.56 | a:744 [U] | 59.27 | ||
| 1:1 [MET] | a:1612 [C] | 4.59 | a:1619 [G] | 59.27 | ||
| 1:1 [MET] | a:1619 [G] | 2.88 | a:1612 [C] | base:BB, base:BB, sugar:BB | 59.27 | |
| 1:1 [MET] | a:1620 [G] | 3.14 | a:1611 [C] | 59.27 | ||
| 1:1 [MET] | a:1781 [U] | 4.08 | 59.27 | |||
| 1:2 [LYS] | a:687 [C] | 3.52 | a:1780 [A] | 71.33 | ||
| 1:2 [LYS] | a:688 [U] | 3.73 | a:685 [A] | 71.33 | ||
| 1:2 [LYS] | a:768 [G] | 4.83 | a:694 [U] | 71.33 | ||
| 1:2 [LYS] | a:1619 [G] | 4.92 | a:1612 [C] | 71.33 | ||
| 1:2 [LYS] | a:1620 [G] | 3.77 | a:1611 [C] | 71.33 | ||
| 1:3 [ARG] | a:687 [C] | 3.64 | a:1780 [A] | 44.55 | ||
| 1:3 [ARG] | a:750 [A] | 4.39 | a:745 [1MG] | 44.55 | ||
| 1:3 [ARG] | a:752 [A] | 3.0 | 44.55 | |||
| 1:3 [ARG] | a:789 [A] | 3.32 | base/AA stacks | 44.55 | ||
| 1:3 [ARG] | a:1612 [C] | 3.52 | a:1619 [G] | 44.55 | ||
| 1:3 [ARG] | a:1613 [G] | 2.87 | sugar:SC | 44.55 | ||
| 1:3 [ARG] | a:1619 [G] | 4.58 | a:1612 [C] | 44.55 | ||
| 1:3 [ARG] | a:1781 [U] | 4.83 | 44.55 | |||
| 1:4 [THR] | a:464 [U] | 4.56 | 78.43 | |||
| 1:4 [THR] | a:686 [U] | 2.48 | sugar:BB | 78.43 | ||
| 1:4 [THR] | a:687 [C] | 3.25 | a:1780 [A] | 78.43 | ||
| 1:4 [THR] | a:788 [A] | 3.64 | 78.43 | |||
| 1:4 [THR] | a:789 [A] | 3.9 | 78.43 | |||
| 1:4 [THR] | a:1612 [C] | 4.84 | a:1619 [G] | 78.43 | ||
| 1:5 [PHE] | a:464 [U] | 3.69 | 41.94 | |||
| 1:5 [PHE] | a:686 [U] | 3.4 | 41.94 | |||
| 1:5 [PHE] | a:788 [A] | 4.73 | 41.94 | |||
| 1:5 [PHE] | a:1612 [C] | 2.65 | a:1619 [G] | sugar:BB | 41.94 | |
| 1:5 [PHE] | a:1613 [G] | 3.7 | 41.94 | |||
| 1:6 [GLN] | a:686 [U] | 2.82 | sugar:BB | 72.28 | ||
| 1:6 [GLN] | a:687 [C] | 3.37 | a:1780 [A] | 72.28 | ||
| 1:6 [GLN] | a:1612 [C] | 3.58 | a:1619 [G] | 72.28 | ||
| 1:7 [PRO] | a:686 [U] | 3.98 | 56.28 | |||
| 1:7 [PRO] | a:1308 [A] | 4.06 | a:1606 [C] | 56.28 | ||
| 1:7 [PRO] | a:1309 [G] | 3.32 | a:1605 [C] | 56.28 | ||
| 1:7 [PRO] | a:1611 [C] | 4.22 | a:1620 [G] | 56.28 | ||
| 1:7 [PRO] | a:1612 [C] | 3.79 | a:1619 [G] | 56.28 | ||
| 1:8 [SER] | a:686 [U] | 3.39 | base:BB | 81.58 | ||
| 1:8 [SER] | a:770 [G] | 2.9 | a:692 [C] | 81.58 | ||
| 1:8 [SER] | a:1308 [A] | 4.91 | a:1606 [C] | 81.58 | ||
| 1:8 [SER] | a:1309 [G] | 3.61 | a:1605 [C] | 81.58 | ||
| 1:9 [VAL] | a:125 [A] | 3.69 | 56.54 | |||
| 1:9 [VAL] | a:1308 [A] | 4.94 | a:1606 [C] | 56.54 | ||
| 1:9 [VAL] | a:1309 [G] | 2.69 | a:1605 [C] | 56.54 | ||
| 1:9 [VAL] | a:1310 [G] | 3.55 | a:1604 [C] | 56.54 | ||
| 1:10 [LEU] | a:125 [A] | 3.52 | 39.7 | |||
| 1:10 [LEU] | a:770 [G] | 4.0 | a:692 [C] | 39.7 | ||
| 1:10 [LEU] | a:1309 [G] | 4.39 | a:1605 [C] | 39.7 | ||
| 1:10 [LEU] | a:1378 [A] | 4.56 | a:1352 [U] | 39.7 | ||
| 1:11 [LYS] | a:686 [U] | 3.66 | 71.2 | |||
| 1:11 [LYS] | a:770 [G] | 3.33 | a:692 [C] | 71.2 | ||
| 1:11 [LYS] | a:771 [G] | 3.69 | a:691 [C] | 71.2 | ||
| 1:12 [ARG] | a:464 [U] | 3.2 | sugar:SC | 81.54 | ||
| 1:12 [ARG] | a:465 [G] | 2.55 | 81.54 | |||
| 1:12 [ARG] | a:686 [U] | 2.95 | base:SC | 81.54 | ||
| 1:13 [ASN] | a:125 [A] | 2.95 | base:SC | 62.29 | ||
| 1:13 [ASN] | a:126 [A] | 4.06 | 62.29 | |||
| 1:14 [ARG] | a:125 [A] | 4.42 | 79.92 | |||
| 1:14 [ARG] | a:770 [G] | 2.82 | a:692 [C] | 79.92 | ||
| 1:14 [ARG] | a:771 [G] | 3.43 | a:691 [C] | 79.92 | ||
| 1:14 [ARG] | a:1377 [G] | 3.06 | a:1354 [A] | 79.92 | ||
| 1:14 [ARG] | a:1378 [A] | 3.7 | a:1352 [U] | 79.92 | ||
| 1:15 [SER] | a:684 [G] | 3.43 | 48.16 | |||
| 1:15 [SER] | a:685 [A] | 3.75 | a:688 [U] | 48.16 | ||
| 1:16 [HIS] | a:464 [U] | 2.96 | sugar:SC | 81.64 | ||
| 1:16 [HIS] | a:465 [G] | 3.37 | 81.64 | |||
| 1:16 [HIS] | a:683 [U] | 4.65 | a:794 [A] | 81.64 | ||
| 1:16 [HIS] | a:684 [G] | 2.47 | 81.64 | |||
| 1:16 [HIS] | a:685 [A] | 4.61 | a:688 [U] | 81.64 | ||
| 1:16 [HIS] | a:686 [U] | 4.9 | 81.64 | |||
| 1:17 [GLY] | a:126 [A] | 3.5 | 99.0 | |||
| 1:18 [PHE] | a:117 [G] | 3.74 | a:53 [A] | 86.75 | ||
| 1:18 [PHE] | a:126 [A] | 3.34 | base/AA stacks | 86.75 | ||
| 1:19 [ARG] | a:117 [G] | 4.07 | a:53 [A] | 63.67 | ||
| 1:19 [ARG] | a:124 [G] | 3.18 | base/AA stacks | 63.67 | ||
| 1:19 [ARG] | a:125 [A] | 2.84 | 63.67 | |||
| 1:19 [ARG] | a:126 [A] | 2.86 | 63.67 | |||
| 1:20 [ALA] | a:126 [A] | 4.01 | 51.27 | |||
| 1:21 [ARG] | a:465 [G] | 2.89 | sugar:SC | 98.45 | ||
| 1:21 [ARG] | a:466 [A] | 3.65 | a:463 [G] | 98.45 | ||
| 1:21 [ARG] | a:683 [U] | 3.55 | a:794 [A] | 98.45 | ||
| 1:21 [ARG] | a:684 [G] | 2.9 | 98.45 | |||
| 1:22 [MET] | a:117 [G] | 4.09 | a:53 [A] | 70.85 | ||
| 1:22 [MET] | a:118 [A] | 3.57 | a:51 [G] | 70.85 | ||
| 1:25 [LYS] | a:209 [C] | 3.42 | a:187 [G] | 22.69 | ||
| 1:25 [LYS] | a:210 [C] | 2.68 | a:186 [G] | 22.69 | ||
| 1:25 [LYS] | a:682 [G] | 4.11 | a:795 [C] | 22.69 | ||
| 1:25 [LYS] | a:1367 [A] | 3.73 | a:1364 [G] | 22.69 | ||
| 1:25 [LYS] | a:1368 [G] | 4.45 | a:1363 [C] | 22.69 | ||
| 1:26 [ASN] | a:681 [G] | 5.0 | a:796 [C] | 27.81 | ||
| 1:26 [ASN] | a:682 [G] | 3.26 | a:795 [C] | 27.81 | ||
| 1:26 [ASN] | a:683 [U] | 3.61 | a:794 [A] | 27.81 | ||
| 1:27 [GLY] | a:683 [U] | 3.87 | a:794 [A] | 91.92 | ||
| 1:28 [ARG] | a:179 [C] | 4.61 | a:46 [G] | 74.02 | ||
| 1:28 [ARG] | a:1368 [G] | 4.53 | a:1363 [C] | 74.02 | ||
| 1:29 [GLN] | a:209 [C] | 4.53 | a:187 [G] | 35.01 | ||
| 1:29 [GLN] | a:210 [C] | 2.65 | a:186 [G] | 35.01 | ||
| 1:30 [VAL] | a:466 [A] | 3.73 | a:463 [G] | 55.8 | ||
| 1:30 [VAL] | a:467 [G] | 4.25 | a:462 [C] | 55.8 | ||
| 1:30 [VAL] | a:682 [G] | 4.73 | a:795 [C] | 55.8 | ||
| 1:30 [VAL] | a:683 [U] | 4.1 | a:794 [A] | 55.8 | ||
| 1:32 [ALA] | a:180 [G] | 3.61 | 24.61 | |||
| 1:33 [ARG] | a:466 [A] | 3.15 | a:463 [G] | sugar:SC | 64.25 | |
| 1:33 [ARG] | a:467 [G] | 2.81 | a:462 [C] | 64.25 | ||
| 1:33 [ARG] | a:682 [G] | 3.78 | a:795 [C] | sugar:SC | 64.25 | |
| 1:34 [ARG] | a:466 [A] | 3.18 | a:463 [G] | 87.81 | ||
| 1:34 [ARG] | a:467 [G] | 2.77 | a:462 [C] | base:SC | 87.81 | |
| 1:35 [ARG] | a:53 [A] | 3.64 | a:117 [G] | 77.17 | ||
| 1:35 [ARG] | a:54 [G] | 3.24 | a:116 [C] | sugar:SC | 77.17 | |
| 1:35 [ARG] | a:117 [G] | 4.72 | a:53 [A] | 77.17 | ||
| 1:35 [ARG] | a:126 [A] | 4.7 | 77.17 | |||
| 1:36 [ALA] | a:181 [A] | 3.89 | 34.04 | |||
| 1:37 [LYS] | a:458 [G] | 3.26 | 78.32 | |||
| 1:37 [LYS] | a:468 [G] | 3.06 | a:461 [C] | 78.32 | ||
| 1:37 [LYS] | a:469 [G] | 2.92 | a:460 [A] | base:SC, base:SC | 78.32 | |
| 1:38 [GLY] | a:458 [G] | 3.44 | 74.81 | |||
| 1:38 [GLY] | a:459 [U] | 3.84 | a:470 [A] | 74.81 | ||
| 1:39 [ARG] | a:458 [G] | 3.47 | 82.55 | |||
| 1:39 [ARG] | a:459 [U] | 3.16 | a:470 [A] | 82.55 | ||
| 1:39 [ARG] | a:461 [C] | 4.68 | a:468 [G] | 82.55 | ||
| 1:39 [ARG] | a:467 [G] | 3.15 | a:462 [C] | 82.55 | ||
| 1:39 [ARG] | a:468 [G] | 2.55 | a:461 [C] | base:SC, base:SC | 82.55 | |
| 1:39 [ARG] | a:469 [G] | 3.21 | a:460 [A] | base/AA stacks | 82.55 | |
| 1:40 [ALA] | a:56 [A] | 4.82 | a:114 [U] | 0.53 | ||
| 1:40 [ALA] | a:458 [G] | 4.62 | 0.53 | |||
| 1:40 [ALA] | a:459 [U] | 2.64 | a:470 [A] | 0.53 | ||
| 1:41 [ARG] | a:459 [U] | 4.58 | a:470 [A] | 20.95 | ||
| 1:41 [ARG] | a:460 [A] | 3.73 | a:469 [G] | 20.95 | ||
| 1:42 [LEU] | a:54 [G] | 4.21 | a:116 [C] | 45.72 | ||
| 1:42 [LEU] | a:126 [A] | 4.22 | 45.72 | |||
| 1:42 [LEU] | a:466 [A] | 4.06 | a:463 [G] | 45.72 | ||
| 1:43 [THR] | a:126 [A] | 4.57 | 44.38 | |||
| 1:44 [VAL] | a:465 [G] | 3.85 | 20.8 | |||
| 1:45 [SER] | a:125 [A] | 4.76 | 0.0 | |||
| 1:45 [SER] | a:126 [A] | 2.31 | 0.0 | |||
| 1:46 [LYS] | a:56 [A] | 3.38 | a:114 [U] | 26.19 | ||
| 1:46 [LYS] | a:57 [C] | 3.07 | a:70 [G] | 26.19 | ||
| 1:46 [LYS] | a:127 [A] | 3.4 | 26.19 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group79 | 7K00_1_a | 1: 50s ribosomal protein l34, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0A7P5 | 50S ribosomal protein L34 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 3
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7K00_1_a | 7OF0_2_A | 0.76 | 0.93 | 1.63 | 0.43 | 50S ribosomal protein L34 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_2_A | 7K00_1_a | 0.91 | 0.97 | 0.74 | 0.64 | 50S ribosomal protein L34 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_17_1A | 7K00_1_a | 0.87 | 0.96 | 1.08 | 0.63 | 50S ribosomal protein L34 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |