RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group79 > 7OF0_2_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7OF0_2
7OF0_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
2:48 [ALA] A:1960 [A] 4.61 A:1955 [G] 43.47
2:48 [ALA] A:1962 [A] 3.07 43.47
2:48 [ALA] A:1963 [A] 3.26 A:1954 [U] 43.47
2:48 [ALA] A:2435 [G] 4.88 A:2428 [C] 43.47
2:48 [ALA] A:2501 [C] 4.16 43.47
2:49 [ARG] A:1919 [C] 3.99 A:2500 [A] 59.19
2:49 [ARG] A:1962 [A] 3.23 59.19
2:49 [ARG] A:1997 [C] 4.54 A:1987 [G] 59.19
2:49 [ARG] A:1998 [U] 4.58 59.19
2:49 [ARG] A:1999 [A] 3.34 59.19
2:49 [ARG] A:2000 [C] 4.26 59.19
2:49 [ARG] A:2429 [A] 3.76 sugar:BB 59.19
2:49 [ARG] A:2500 [A] 3.31 A:1919 [C] base/AA stacks 59.19
2:49 [ARG] A:2501 [C] 3.17 59.19
2:50 [GLY] A:1999 [A] 3.41 77.31
2:50 [GLY] A:2428 [C] 4.97 A:2435 [G] 77.31
2:50 [GLY] A:2429 [A] 3.65 77.31
2:51 [ASN] A:1919 [C] 4.57 A:2500 [A] 37.78
2:51 [ASN] A:2428 [C] 3.37 A:2435 [G] 37.78
2:51 [ASN] A:2429 [A] 4.13 37.78
2:51 [ASN] A:2435 [G] 3.87 A:2428 [C] 37.78
2:51 [ASN] A:2436 [G] 3.6 A:2427 [C] sugar:SC 37.78
2:52 [GLU] A:1918 [G] 2.66 sugar:BB 77.5
2:52 [GLU] A:1919 [C] 3.48 A:2500 [A] 77.5
2:52 [GLU] A:1998 [U] 3.3 77.5
2:52 [GLU] A:1999 [A] 3.89 77.5
2:52 [GLU] A:2428 [C] 4.55 A:2435 [G] 77.5
2:53 [TYR] A:1788 [C] 3.95 37.85
2:53 [TYR] A:1918 [G] 3.54 37.85
2:53 [TYR] A:1998 [U] 4.44 37.85
2:53 [TYR] A:2340 [C] 4.85 A:2424 [A] 37.85
2:53 [TYR] A:2428 [C] 2.51 A:2435 [G] sugar:BB 37.85
2:53 [TYR] A:2429 [A] 3.87 37.85
2:54 [GLN] A:1918 [G] 2.83 sugar:BB 73.44
2:54 [GLN] A:1919 [C] 3.93 A:2500 [A] 73.44
2:54 [GLN] A:2428 [C] 3.43 A:2435 [G] 73.44
2:55 [PRO] A:1918 [G] 3.74 74.57
2:55 [PRO] A:2338 [A] 3.92 sugar:BB 74.57
2:55 [PRO] A:2339 [G] 3.34 A:2426 [C] 74.57
2:55 [PRO] A:2340 [C] 4.69 A:2424 [A] 74.57
2:55 [PRO] A:2427 [C] 4.08 A:2436 [G] 74.57
2:55 [PRO] A:2428 [C] 3.7 A:2435 [G] 74.57
2:56 [SER] A:1918 [G] 3.51 base:BB 79.72
2:56 [SER] A:1980 [A] 3.18 A:1924 [U] 79.72
2:56 [SER] A:2338 [A] 4.73 79.72
2:56 [SER] A:2339 [G] 3.75 A:2426 [C] 79.72
2:57 [ASN] A:2338 [A] 4.96 43.91
2:57 [ASN] A:2339 [G] 3.08 A:2426 [C] 43.91
2:57 [ASN] A:2340 [C] 2.81 A:2424 [A] 43.91
2:58 [ILE] A:1980 [A] 3.73 A:1924 [U] 36.64
2:58 [ILE] A:1981 [G] 4.28 A:1923 [C] 36.64
2:58 [ILE] A:2339 [G] 4.55 A:2426 [C] 36.64
2:59 [LYS] A:1918 [G] 3.07 65.68
2:59 [LYS] A:1980 [A] 3.23 A:1924 [U] 65.68
2:59 [LYS] A:1981 [G] 2.51 A:1923 [C] 65.68
2:60 [ARG] A:1918 [G] 3.19 85.32
2:60 [ARG] A:2340 [C] 4.91 A:2424 [A] 85.32
2:61 [LYS] A:1701 [U] 3.46 54.75
2:61 [LYS] A:1702 [A] 3.41 A:1698 [C] 54.75
2:61 [LYS] A:1703 [C] 4.61 A:1697 [A] 54.75
2:62 [ASN] A:1701 [U] 3.86 75.91
2:62 [ASN] A:1980 [A] 3.88 A:1924 [U] 75.91
2:62 [ASN] A:1981 [G] 2.96 A:1923 [C] 75.91
2:63 [LYS] A:1916 [G] 3.09 56.63
2:63 [LYS] A:1917 [A] 3.06 A:1920 [U] 56.63
2:63 [LYS] A:1918 [G] 3.02 56.63
2:63 [LYS] A:1981 [G] 4.81 A:1923 [C] 56.63
2:63 [LYS] A:1982 [G] 4.4 A:1922 [C] 56.63
2:64 [HIS] A:1788 [C] 2.8 sugar:SC 83.76
2:64 [HIS] A:1789 [A] 3.28 83.76
2:64 [HIS] A:1915 [C] 4.48 A:2004 [G] 83.76
2:64 [HIS] A:1916 [G] 2.56 83.76
2:64 [HIS] A:1918 [G] 3.05 base:SC 83.76
2:65 [GLY] A:1701 [U] 4.87 98.66
2:65 [GLY] A:1702 [A] 3.32 A:1698 [C] 98.66
2:66 [TRP] A:1699 [C] 3.54 sugar:SC 77.67
2:66 [TRP] A:1701 [U] 4.89 77.67
2:66 [TRP] A:1702 [A] 3.03 A:1698 [C] base/AA stacks 77.67
2:67 [VAL] A:1699 [C] 3.65 55.61
2:67 [VAL] A:1700 [U] 3.71 55.61
2:67 [VAL] A:1701 [U] 4.42 55.61
2:67 [VAL] A:1702 [A] 2.8 A:1698 [C] 55.61
2:68 [ARG] A:1702 [A] 4.22 A:1698 [C] 13.31
2:68 [ARG] A:1982 [G] 4.13 A:1922 [C] 13.31
2:69 [ARG] A:1789 [A] 3.01 sugar:SC 99.0
2:69 [ARG] A:1790 [A] 3.64 A:1787 [G] 99.0
2:69 [ARG] A:1915 [C] 3.26 A:2004 [G] 99.0
2:69 [ARG] A:1916 [G] 2.46 99.0
2:70 [LEU] A:1699 [C] 3.82 50.27
2:72 [THR] A:1915 [C] 4.36 A:2004 [G] 74.44
2:74 [ALA] A:1914 [A] 3.52 A:2005 [C] 7.36
2:74 [ALA] A:1915 [C] 3.76 A:2004 [G] 7.36
2:75 [GLY] A:1914 [A] 4.77 A:2005 [C] 87.63
2:75 [GLY] A:1915 [C] 3.66 A:2004 [G] 87.63
2:78 [VAL] A:1790 [A] 3.58 A:1787 [G] 57.8
2:78 [VAL] A:1791 [G] 3.97 A:1786 [C] 57.8
2:78 [VAL] A:1914 [A] 3.92 A:2005 [C] 57.8
2:78 [VAL] A:1915 [C] 3.95 A:2004 [G] 57.8
2:81 [ARG] A:1790 [A] 3.29 A:1787 [G] sugar:SC 56.06
2:81 [ARG] A:1791 [G] 3.21 A:1786 [C] 56.06
2:81 [ARG] A:1914 [A] 2.97 A:2005 [C] sugar:SC 56.06
2:82 [ARG] A:1787 [G] 4.91 A:1790 [A] 91.07
2:82 [ARG] A:1790 [A] 3.24 A:1787 [G] 91.07
2:82 [ARG] A:1791 [G] 2.93 A:1786 [C] base:SC 91.07
2:85 [LYS] A:1782 [G] 3.25 71.79
2:85 [LYS] A:1792 [G] 2.95 A:1785 [C] 71.79
2:85 [LYS] A:1793 [G] 2.8 A:1784 [A] base:SC, base:SC 71.79
2:86 [GLY] A:1782 [G] 3.28 71.95
2:86 [GLY] A:1783 [U] 3.85 A:1794 [A] 71.95
2:87 [ARG] A:1782 [G] 3.3 88.99
2:87 [ARG] A:1783 [U] 3.29 A:1794 [A] 88.99
2:87 [ARG] A:1785 [C] 4.56 A:1792 [G] 88.99
2:87 [ARG] A:1786 [C] 4.87 A:1791 [G] 88.99
2:87 [ARG] A:1791 [G] 3.15 A:1786 [C] base/AA stacks 88.99
2:87 [ARG] A:1792 [G] 2.42 A:1785 [C] base:SC, base:SC 88.99
2:87 [ARG] A:1793 [G] 3.19 A:1784 [A] base/AA stacks 88.99
2:88 [LYS] A:1782 [G] 4.66 3.44
2:88 [LYS] A:1783 [U] 2.64 A:1794 [A] 3.44
2:88 [LYS] A:1784 [A] 3.4 A:1793 [G] 3.44
2:89 [SER] A:1783 [U] 4.62 A:1794 [A] 6.8
2:90 [LEU] A:1702 [A] 3.73 A:1698 [C] 62.82
2:90 [LEU] A:1790 [A] 4.27 A:1787 [G] 62.82
2:91 [SER] A:1702 [A] 4.09 A:1698 [C] 55.39
2:92 [HIS] A:1702 [A] 3.83 A:1698 [C] 53.86
2:92 [HIS] A:1788 [C] 3.65 53.86
2:92 [HIS] A:1789 [A] 3.09 53.86

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group79 7OF0_2_A 2: 39s ribosomal protein l34, mitochondrial, Homo sapiens (natural) A: 16s ribosomal RNA, Homo sapiens (natural) Q9BQ48 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 4

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
7OF0_2_A 7RYG_1_A 0.78 0.93 2.3 0.51 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_1_a 7OF0_2_A 0.76 0.93 1.63 0.43 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_2_A 7OF0_2_A 0.76 0.96 2.1 0.46 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_17_1A 7OF0_2_A 0.75 0.97 1.48 0.43 50S ribosomal protein L34 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare