RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group103 > 7K00_N_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_N
7K00_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
N:2 [ALA] A:1048 [G] 4.68 A:1209 [C] 83.61
N:2 [ALA] A:1049 [U] 4.16 83.61
N:2 [ALA] A:1202 [U] 4.02 83.61
N:2 [ALA] A:1203 [C] 3.03 A:1057 [G] 83.61
N:3 [LYS] A:983 [A] 4.7 A:1222 [G] 73.65
N:3 [LYS] A:1048 [G] 3.42 A:1209 [C] 73.65
N:3 [LYS] A:1049 [U] 3.43 73.65
N:3 [LYS] A:1050 [G] 4.99 A:1208 [C] 73.65
N:3 [LYS] A:1215 [G] 4.74 A:990 [C] 73.65
N:3 [LYS] A:1216 [A] 3.2 A:989 [U] 73.65
N:4 [GLN] A:994 [A] 3.98 52.66
N:4 [GLN] A:995 [C] 3.49 52.66
N:4 [GLN] A:1047 [G] 3.73 A:1210 [C] 52.66
N:4 [GLN] A:1048 [G] 2.88 A:1209 [C] 52.66
N:5 [SER] A:994 [A] 3.63 76.45
N:5 [SER] A:1216 [A] 2.78 A:989 [U] 76.45
N:5 [SER] A:1217 [C] 3.46 A:988 [G] 76.45
N:6 [MET] A:981 [U] 3.51 34.86
N:6 [MET] A:982 [U] 3.72 34.86
N:6 [MET] A:983 [A] 3.7 A:1222 [G] 34.86
N:8 [ALA] A:994 [A] 3.14 11.29
N:8 [ALA] A:995 [C] 3.7 11.29
N:9 [ARG] A:980 [C] 4.88 73.31
N:9 [ARG] A:981 [U] 2.7 73.31
N:9 [ARG] A:982 [U] 4.38 73.31
N:9 [ARG] A:983 [A] 2.74 A:1222 [G] 73.31
N:9 [ARG] A:994 [A] 4.85 73.31
N:9 [ARG] A:1217 [C] 2.75 A:988 [G] 73.31
N:9 [ARG] A:1218 [C] 4.3 A:987 [G] 73.31
N:10 [GLU] A:981 [U] 4.21 74.87
N:12 [LYS] A:1017 [U] 4.68 A:1012 [A] 63.86
N:13 [ARG] A:980 [C] 2.87 78.23
N:13 [ARG] A:981 [U] 3.16 78.23
N:13 [ARG] A:1218 [C] 4.31 A:987 [G] 78.23
N:19 [LYS] A:1007 [U] 3.62 A:1022 [A] 59.15
N:19 [LYS] A:1008 [U] 5.0 A:1021 [A] 59.15
N:21 [PHE] A:1257 [A] 3.45 base/AA stacks 72.39
N:23 [LYS] A:1009 [U] 4.45 A:1020 [G] 52.43
N:24 [ARG] A:1317 [C] 2.9 A:979 [C] sugar:SC 88.02
N:28 [LYS] A:1316 [G] 3.81 68.84
N:28 [LYS] A:1317 [C] 2.97 A:979 [C] 68.84
N:34 [VAL] A:1272 [G] 3.63 A:1263 [C] 0.94
N:45 [VAL] A:1317 [C] 4.72 A:979 [C] 20.49
N:47 [LYS] A:1009 [U] 4.18 A:1020 [G] 35.56
N:47 [LYS] A:1010 [U] 4.93 A:1019 [A] 35.56
N:48 [LEU] A:1317 [C] 3.75 A:979 [C] 82.48
N:49 [GLN] A:1317 [C] 3.71 A:979 [C] 54.03
N:53 [ARG] A:979 [C] 3.42 A:1317 [C] sugar:SC 69.18
N:53 [ARG] A:1219 [A] 3.76 A:986 [U] 69.18
N:53 [ARG] A:1220 [G] 2.75 A:985 [C] 69.18
N:53 [ARG] A:1317 [C] 3.52 A:979 [C] base/AA stacks 69.18
N:54 [ASP] A:1218 [C] 4.37 A:987 [G] 63.63
N:56 [SER] A:1316 [G] 3.69 80.97
N:56 [SER] A:1317 [C] 3.03 A:979 [C] 80.97
N:57 [PRO] A:1257 [A] 4.31 31.96
N:57 [PRO] A:1317 [C] 3.95 A:979 [C] 31.96
N:58 [SER] A:979 [C] 3.2 A:1317 [C] base:BB 69.52
N:58 [SER] A:980 [C] 3.6 69.52
N:58 [SER] A:1316 [G] 3.57 69.52
N:58 [SER] A:1317 [C] 4.56 A:979 [C] 69.52
N:58 [SER] A:1360 [A] 3.6 A:978 [A] 69.52
N:59 [ARG] A:979 [C] 2.69 A:1317 [C] base:SC 86.25
N:59 [ARG] A:980 [C] 2.64 sugar:BB 86.25
N:59 [ARG] A:1219 [A] 3.92 A:986 [U] 86.25
N:59 [ARG] A:1317 [C] 3.83 A:979 [C] 86.25
N:60 [GLN] A:980 [C] 4.72 55.75
N:61 [ARG] A:976 [G] 4.47 A:1359 [C] 60.5
N:61 [ARG] A:977 [A] 2.68 60.5
N:61 [ARG] A:980 [C] 4.93 60.5
N:61 [ARG] A:981 [U] 3.14 60.5
N:62 [ASN] A:1359 [C] 3.11 A:976 [G] 90.87
N:63 [ARG] A:981 [U] 3.02 97.88
N:63 [ARG] A:982 [U] 3.06 97.88
N:67 [THR] A:1202 [U] 2.93 sugar:SC 92.23
N:67 [THR] A:1203 [C] 3.93 A:1057 [G] 92.23
N:69 [ARG] A:973 [G] 2.99 A:962 [C] sugar:SC 96.41
N:69 [ARG] A:974 [A] 3.03 96.41
N:69 [ARG] A:1202 [U] 3.12 sugar:SC 96.41
N:70 [PRO] A:976 [G] 4.85 A:1359 [C] 69.42
N:70 [PRO] A:981 [U] 3.91 69.42
N:70 [PRO] A:982 [U] 3.58 69.42
N:70 [PRO] A:1049 [U] 4.13 69.42
N:71 [HIS] A:974 [A] 3.07 base/AA stacks 82.44
N:71 [HIS] A:976 [G] 2.72 A:1359 [C] 82.44
N:71 [HIS] A:977 [A] 3.03 82.44
N:72 [GLY] A:974 [A] 3.95 79.62
N:72 [GLY] A:975 [A] 3.29 79.62
N:72 [GLY] A:976 [G] 2.78 A:1359 [C] 79.62
N:73 [PHE] A:975 [A] 4.69 65.55
N:73 [PHE] A:976 [G] 4.72 A:1359 [C] 65.55
N:73 [PHE] A:1357 [A] 4.93 A:1365 [G] 65.55
N:73 [PHE] A:1358 [U] 3.25 A:1363 [A] 65.55
N:73 [PHE] A:1359 [C] 3.98 A:976 [G] 65.55
N:74 [LEU] A:1357 [A] 3.52 A:1365 [G] 59.2
N:74 [LEU] A:1358 [U] 3.72 A:1363 [A] 59.2
N:75 [ARG] A:1357 [A] 4.96 A:1365 [G] 76.41
N:75 [ARG] A:1358 [U] 2.76 A:1363 [A] 76.41
N:75 [ARG] A:1359 [C] 2.6 A:976 [G] 76.41
N:75 [ARG] A:1360 [A] 2.73 A:978 [A] 76.41
N:76 [LYS] A:1358 [U] 4.54 A:1363 [A] 8.73
N:81 [ARG] A:973 [G] 3.09 A:962 [C] 99.0
N:81 [ARG] A:974 [A] 2.79 99.0
N:82 [ILE] A:1202 [U] 3.37 71.59
N:83 [LYS] A:1202 [U] 3.98 38.08
N:83 [LYS] A:1203 [C] 4.23 A:1057 [G] 38.08
N:85 [ARG] A:1059 [C] 2.87 A:1198 [G] 98.4
N:85 [ARG] A:1060 [U] 2.62 A:1197 [A] 98.4
N:86 [GLU] A:1202 [U] 4.3 54.53
N:97 [LYS] A:1113 [C] 4.96 A:1187 [G] 45.32
N:97 [LYS] A:1114 [C] 4.88 A:1186 [G] 45.32
N:98 [LYS] A:1188 [A] 3.29 90.53
N:98 [LYS] A:1189 [U] 2.24 90.53
N:99 [ALA] A:1187 [G] 4.75 A:1113 [C] 78.63
N:100 [SER] A:1113 [C] 4.83 A:1187 [G] 92.94
N:100 [SER] A:1114 [C] 2.8 A:1186 [G] sugar:BB 92.94
N:100 [SER] A:1115 [U] 4.19 A:1185 [G] 92.94
N:100 [SER] A:1186 [G] 4.64 A:1114 [C] 92.94
N:100 [SER] A:1187 [G] 2.8 A:1113 [C] base:SC 92.94
N:100 [SER] A:1188 [A] 3.75 92.94
N:101 [TRP] A:1114 [C] 4.19 A:1186 [G] 88.7
N:101 [TRP] A:1115 [U] 3.26 A:1185 [G] sugar:BB 88.7
N:101 [TRP] A:1186 [G] 3.14 A:1114 [C] base:SC 88.7
N:101 [TRP] A:1187 [G] 3.8 A:1113 [C] 88.7
N:101 [TRP] A:1368 [A] 3.69 A:1354 [U] 88.7
N:101 [TRP] A:1369 [C] 3.0 A:1353 [G] 88.7

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group103 7K00_N_A N: 30s ribosomal protein s14, Escherichia coli (natural) A: 16s rRNA, Escherichia coli (natural) P0AG59 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 5

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
7K00_N_A 7O7Y_AG_A2 0.52 0.89 2.6 0.15 LIM domain-like compare
7K00_N_A 7RYG_n_a 0.31 0.92 5.76 0.21 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
6S0X_n_a 7K00_N_A 0.38 0.94 3.26 0.34 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7K00_N_A 0.85 0.98 1.53 0.35 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_N_A 7PJS_n_a 0.97 1.0 0.63 0.98 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare