RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group103 > 4Y4O_1n_1a vs 7K00_N_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1n
4Y4O_1a
7K00_N
7K00_A
Conserved?
1n:20 [ALA] 1a:980 [C] N:60 [GLN] A:980 [C] ✔
1n:8 [GLU] 1a:994 [A] N:8 [ALA] A:994 [A] ✔
1n:8 [GLU] 1a:995 [C] N:8 [ALA] A:995 [C] ✔
1n:30 [ALA] 1a:981 [U] N:70 [PRO] A:981 [U] ✔
1n:30 [ALA] 1a:982 [U] N:70 [PRO] A:982 [U] ✔
1n:41 [ARG] 1a:973 [G] N:81 [ARG] A:973 [G] ✔
1n:41 [ARG] 1a:974 [A] N:81 [ARG] A:974 [A] ✔
1n:60 [SER] 1a:1114 [C] N:100 [SER] A:1114 [C] ✔
1n:60 [SER] 1a:1115 [C] N:100 [SER] A:1115 [U] ✔
1n:60 [SER] 1a:1186 [G] N:100 [SER] A:1186 [G] ✔
1n:60 [SER] 1a:1187 [G] N:100 [SER] A:1187 [G] ✔
1n:60 [SER] 1a:1188 [A] N:100 [SER] A:1188 [A] ✔
1n:3 [ARG] 1a:1048 [G] N:3 [LYS] A:1048 [G] ✔
1n:3 [ARG] 1a:1049 [U] N:3 [LYS] A:1049 [U] ✔
1n:3 [ARG] 1a:1216 [G] N:3 [LYS] A:1216 [A] ✔
1n:23 [ARG] 1a:981 [U] N:63 [ARG] A:981 [U] ✔
1n:23 [ARG] 1a:982 [U] N:63 [ARG] A:982 [U] ✔
1n:46 [GLU] 1a:1202 [G] N:86 [GLU] A:1202 [U] ✔
1n:42 [ILE] 1a:1202 [G] N:82 [ILE] A:1202 [U] ✔
1n:34 [TYR] 1a:1357 [A] N:74 [LEU] A:1357 [A] ✔
1n:34 [TYR] 1a:1358 [U] N:74 [LEU] A:1358 [U] ✔
1n:16 [PHE] 1a:1317 [C] N:56 [SER] A:1317 [C] ✔
1n:33 [VAL] 1a:976 [G] N:73 [PHE] A:976 [G] ✔
1n:33 [VAL] 1a:1358 [U] N:73 [PHE] A:1358 [U] ✔
1n:33 [VAL] 1a:1359 [C] N:73 [PHE] A:1359 [C] ✔
1n:17 [LYS] 1a:1257 [U] N:57 [PRO] A:1257 [A] ✔
1n:17 [LYS] 1a:1317 [C] N:57 [PRO] A:1317 [C] ✔
1n:43 [CYS] 1a:1202 [G] N:83 [LYS] A:1202 [U] ✔
1n:9 [LYS] 1a:980 [C] N:9 [ARG] A:980 [C] ✔
1n:9 [LYS] 1a:981 [U] N:9 [ARG] A:981 [U] ✔
1n:9 [LYS] 1a:994 [A] N:9 [ARG] A:994 [A] ✔
1n:9 [LYS] 1a:1217 [C] N:9 [ARG] A:1217 [C] ✔
1n:9 [LYS] 1a:1218 [C] N:9 [ARG] A:1218 [C] ✔
1n:6 [LEU] 1a:981 [U] N:6 [MET] A:981 [U] ✔
1n:6 [LEU] 1a:982 [U] N:6 [MET] A:982 [U] ✔
1n:6 [LEU] 1a:983 [A] N:6 [MET] A:983 [A] ✔
1n:19 [ARG] 1a:979 [C] N:59 [ARG] A:979 [C] ✔
1n:19 [ARG] 1a:980 [C] N:59 [ARG] A:980 [C] ✔
1n:19 [ARG] 1a:1219 [U] N:59 [ARG] A:1219 [A] ✔
1n:19 [ARG] 1a:1317 [C] N:59 [ARG] A:1317 [C] ✔
1n:5 [ALA] 1a:994 [A] N:5 [SER] A:994 [A] ✔
1n:5 [ALA] 1a:1216 [G] N:5 [SER] A:1216 [A] ✔
1n:5 [ALA] 1a:1217 [C] N:5 [SER] A:1217 [C] ✔
1n:29 [ARG] 1a:973 [G] N:69 [ARG] A:973 [G] ✔
1n:29 [ARG] 1a:974 [A] N:69 [ARG] A:974 [A] ✔
1n:29 [ARG] 1a:1202 [G] N:69 [ARG] A:1202 [U] ✔
1n:22 [THR] 1a:1359 [C] N:62 [ASN] A:1359 [C] ✔
1n:35 [ARG] 1a:1358 [U] N:75 [ARG] A:1358 [U] ✔
1n:35 [ARG] 1a:1359 [C] N:75 [ARG] A:1359 [C] ✔
1n:35 [ARG] 1a:1360 [A] N:75 [ARG] A:1360 [A] ✔
1n:4 [LYS] 1a:994 [A] N:4 [GLN] A:994 [A] ✔
1n:4 [LYS] 1a:995 [C] N:4 [GLN] A:995 [C] ✔
1n:4 [LYS] 1a:1047 [G] N:4 [GLN] A:1047 [G] ✔
1n:4 [LYS] 1a:1048 [G] N:4 [GLN] A:1048 [G] ✔
1n:27 [CYS] 1a:1202 [G] N:67 [THR] A:1202 [U] ✔
1n:27 [CYS] 1a:1203 [C] N:67 [THR] A:1203 [C] ✔
1n:36 [PHE] 1a:1358 [U] N:76 [LYS] A:1358 [U] ✔
1n:21 [TYR] 1a:980 [C] N:61 [ARG] A:980 [C] ✔
1n:21 [TYR] 1a:981 [U] N:61 [ARG] A:981 [U] ✔
1n:58 [LYS] 1a:1188 [A] N:98 [LYS] A:1188 [A] ✔
1n:58 [LYS] 1a:1189 [C] N:98 [LYS] A:1189 [U] ✔
1n:45 [ARG] 1a:1059 [C] N:85 [ARG] A:1059 [C] ✔
1n:45 [ARG] 1a:1060 [C] N:85 [ARG] A:1060 [U] ✔
1n:32 [SER] 1a:974 [A] N:72 [GLY] A:974 [A] ✔
1n:32 [SER] 1a:975 [A] N:72 [GLY] A:975 [A] ✔
1n:32 [SER] 1a:976 [G] N:72 [GLY] A:976 [G] ✔
1n:61 [TRP] 1a:1114 [C] N:101 [TRP] A:1114 [C] ✔
1n:61 [TRP] 1a:1115 [C] N:101 [TRP] A:1115 [U] ✔
1n:61 [TRP] 1a:1186 [G] N:101 [TRP] A:1186 [G] ✔
1n:61 [TRP] 1a:1187 [G] N:101 [TRP] A:1187 [G] ✔
1n:61 [TRP] 1a:1368 [G] N:101 [TRP] A:1368 [A] ✔
1n:61 [TRP] 1a:1369 [C] N:101 [TRP] A:1369 [C] ✔
1n:18 [VAL] 1a:979 [C] N:58 [SER] A:979 [C] ✔
1n:18 [VAL] 1a:980 [C] N:58 [SER] A:980 [C] ✔
1n:18 [VAL] 1a:1316 [G] N:58 [SER] A:1316 [G] ✔
1n:18 [VAL] 1a:1317 [C] N:58 [SER] A:1317 [C] ✔
1n:18 [VAL] 1a:1360 [A] N:58 [SER] A:1360 [A] ✔
1n:31 [ARG] 1a:974 [A] N:71 [HIS] A:974 [A] ✔
1n:31 [ARG] 1a:976 [G] N:71 [HIS] A:976 [G] ✔
1n:31 [ARG] 1a:977 [A] N:71 [HIS] A:977 [A] ✔
1n:2 [ALA] 1a:1048 [G] N:2 [ALA] A:1048 [G] ✔
1n:2 [ALA] 1a:1049 [U] N:2 [ALA] A:1049 [U] ✔
1n:20 [ALA] 1a:1360 [A] N:60 [GLN] A:1360 [A] ❌ 7K00_N_A
1n:3 [ARG] 1a:1202 [G] N:3 [LYS] A:1202 [U] ❌ 7K00_N_A
1n:3 [ARG] 1a:1203 [C] N:3 [LYS] A:1203 [C] ❌ 7K00_N_A
1n:34 [TYR] 1a:975 [A] N:74 [LEU] A:975 [A] ❌ 7K00_N_A
1n:16 [PHE] 1a:1219 [U] N:56 [SER] A:1219 [A] ❌ 7K00_N_A
1n:17 [LYS] 1a:1316 [G] N:57 [PRO] A:1316 [G] ❌ 7K00_N_A
1n:6 [LEU] 1a:1217 [C] N:6 [MET] A:1217 [C] ❌ 7K00_N_A
1n:19 [ARG] 1a:1218 [C] N:59 [ARG] A:1218 [C] ❌ 7K00_N_A
1n:19 [ARG] 1a:1220 [G] N:59 [ARG] A:1220 [G] ❌ 7K00_N_A
1n:5 [ALA] 1a:1047 [G] N:5 [SER] A:1047 [G] ❌ 7K00_N_A
1n:5 [ALA] 1a:1048 [G] N:5 [SER] A:1048 [G] ❌ 7K00_N_A
1n:22 [THR] 1a:1358 [U] N:62 [ASN] A:1358 [U] ❌ 7K00_N_A
1n:59 [ALA] 1a:1188 [A] N:99 [ALA] A:1188 [A] ❌ 7K00_N_A
1n:12 [ARG] 1a:1217 [C] N:12 [LYS] A:1217 [C] ❌ 7K00_N_A
1n:12 [ARG] 1a:1218 [C] N:12 [LYS] A:1218 [C] ❌ 7K00_N_A
1n:31 [ARG] 1a:982 [U] N:71 [HIS] A:982 [U] ❌ 7K00_N_A
1n:2 [ALA] 1a:983 [A] N:2 [ALA] A:983 [A] ❌ 7K00_N_A
1n:2 [ALA] 1a:1050 [G] N:2 [ALA] A:1050 [G] ❌ 7K00_N_A
1n:2 [ALA] 1a:1215 [G] N:2 [ALA] A:1215 [G] ❌ 7K00_N_A
1n:2 [ALA] 1a:1216 [G] N:2 [ALA] A:1216 [A] ❌ 7K00_N_A
1n:2 [ALA] 1a:1202 [G] N:2 [ALA] A:1202 [U] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:2 [ALA] 1a:1203 [C] N:2 [ALA] A:1203 [C] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:3 [ARG] 1a:1050 [G] N:3 [LYS] A:1050 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:3 [ARG] 1a:983 [A] N:3 [LYS] A:983 [A] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:3 [ARG] 1a:1215 [G] N:3 [LYS] A:1215 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:16 [PHE] 1a:1316 [G] N:56 [SER] A:1316 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:21 [TYR] 1a:976 [G] N:61 [ARG] A:976 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:21 [TYR] 1a:977 [A] N:61 [ARG] A:977 [A] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:30 [ALA] 1a:976 [G] N:70 [PRO] A:976 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:30 [ALA] 1a:1049 [U] N:70 [PRO] A:1049 [U] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:33 [VAL] 1a:975 [A] N:73 [PHE] A:975 [A] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:33 [VAL] 1a:1357 [A] N:73 [PHE] A:1357 [A] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:35 [ARG] 1a:1357 [A] N:75 [ARG] A:1357 [A] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:43 [CYS] 1a:1203 [C] N:83 [LYS] A:1203 [C] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:9 [LYS] 1a:983 [A] N:9 [ARG] A:983 [A] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:9 [LYS] 1a:982 [U] N:9 [ARG] A:982 [U] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:59 [ALA] 1a:1187 [G] N:99 [ALA] A:1187 [G] ❌ 4Y4O_1n_1a
1n:46 [GLU] 1a:1058 [G] N:86 [GLU] A:1058 [G] ❌ 7K00_A:1058 no longer at interface
1n:15 [LYS] 1a:1015 [A] N:55 [SER] A:1015 [G] ❌ 7K00_N:55, 7K00_A:1015 no longer at interface
1n:15 [LYS] 1a:1016 [A] N:55 [SER] A:1016 [A] ❌ 7K00_N:55, 7K00_A:1016 no longer at interface
1n:4 [LYS] 1a:996 [A] N:4 [GLN] A:996 [A] ❌ 7K00_A:996 no longer at interface
1n:4 [LYS] 1a:1046 [A] N:4 [GLN] A:1046 [A] ❌ 7K00_A:1046 no longer at interface
1n:18 [VAL] 1a:1318 [A] N:58 [SER] A:1318 [A] ❌ 7K00_A:1318 no longer at interface
1n:60 [SER] 1a:1113 [C] N:100 [SER] A:1113 [C] ❌ 4Y4O_1a:1113 no longer at interface
1n:12 [ARG] 1a:1017 [G] N:12 [LYS] A:1017 [U] ❌ 4Y4O_1a:1017 no longer at interface
1n:57 [ARG] 1a:1113 [C] N:97 [LYS] A:1113 [C] ❌ 4Y4O_1n:57, 4Y4O_1a:1113 no longer at interface
1n:26 [ARG] 1a:1202 [G] N:66 [GLN] A:1202 [U] ❌ 7K00_N:66 no longer at interface
1n:15 [LYS] 1a:1218 [C] N:55 [SER] A:1218 [C] ❌ 7K00_N:55 no longer at interface
1n:15 [LYS] 1a:1219 [U] N:55 [SER] A:1219 [A] ❌ 7K00_N:55 no longer at interface
1n:28 [GLY] 1a:1202 [G] N:68 [GLY] A:1202 [U] ❌ 7K00_N:68 no longer at interface
1n:10 [ALA] 1a:981 [U] N:10 [GLU] A:981 [U] ❌ 4Y4O_1n:10 no longer at interface
1n:14 [PRO] 1a:1218 [C] N:54 [ASP] A:1218 [C] ❌ 4Y4O_1n:14 no longer at interface
1n:57 [ARG] 1a:1114 [C] N:97 [LYS] A:1114 [C] ❌ 4Y4O_1n:57 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA 0.98 1.53 0.35 0.88 0.98 0.92 0.87 0.85 0.82 0.38 0.30


Other pairs involving 4Y4O_1n_1a or 7K00_N_A

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0X_n_a 7K00_N_A 0.38 0.94 3.26 0.34 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7O7Y_AG_A2 0.60 0.92 2.46 0.19 LIM domain-like compare
4Y4O_1n_1a 7K00_N_A 0.85 0.98 1.53 0.35 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7PJS_n_a 0.83 0.98 1.63 0.32 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 6S0X_n_a 0.32 0.95 3.28 0.38 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1n_1a 7RYG_n_a 0.42 0.9 5.09 0.22 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_N_A 7RYG_n_a 0.31 0.92 5.76 0.21 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare
7K00_N_A 7O7Y_AG_A2 0.52 0.89 2.6 0.15 LIM domain-like compare
7K00_N_A 7PJS_n_a 0.97 1.0 0.63 0.98 LIM domain-like Bacterial small subunit ribosomal RNA compare