RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group135 > 2YKG_A_C,D vs 3ZD7_A_C,D

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

2YKG_A
2YKG_C,D
3ZD7_A
3ZD7_C,D
Conserved?
A:379 [LYS] C:5 [G] A:379 [LYS] C:5 [G] ✔
A:379 [LYS] C:6 [C] A:379 [LYS] C:6 [C] ✔
A:382 [PRO] C:4 [C] A:382 [PRO] C:4 [C] ✔
A:856 [PHE] C:1 [G] A:856 [PHE] C:1 [G] ✔
A:298 [ASN] D:18 [C] A:298 [ASN] D:18 [C] ✔
A:298 [ASN] D:19 [G] A:298 [ASN] D:19 [G] ✔
A:300 [ILE] D:18 [C] A:300 [ILE] D:18 [C] ✔
A:300 [ILE] D:19 [G] A:300 [ILE] D:19 [G] ✔
A:300 [ILE] D:20 [C] A:300 [ILE] D:20 [C] ✔
A:889 [ILE] C:2 [C] A:889 [ILE] C:2 [C] ✔
A:858 [LYS] C:1 [G] A:858 [LYS] C:1 [G] ✔
A:853 [PHE] C:1 [G] A:853 [PHE] C:1 [G] ✔
A:853 [PHE] D:20 [C] A:853 [PHE] D:20 [C] ✔
A:498 [GLN] D:14 [C] A:498 [GLN] D:13 [G] ✔
A:908 [TRP] C:1 [G] A:908 [TRP] C:1 [G] ✔
A:908 [TRP] C:2 [C] A:908 [TRP] C:2 [C] ✔
A:380 [GLN] C:4 [C] A:380 [GLN] C:4 [C] ✔
A:380 [GLN] C:5 [G] A:380 [GLN] C:5 [G] ✔
A:750 [LYS] C:8 [C] A:750 [LYS] C:8 [C] ✔
A:886 [VAL] C:1 [G] A:886 [VAL] C:1 [G] ✔
A:875 [ILE] C:1 [G] A:875 [ILE] C:1 [G] ✔
A:829 [CYS] C:1 [G] A:829 [CYS] C:1 [G] ✔
A:829 [CYS] C:2 [C] A:829 [CYS] C:2 [C] ✔
A:376 [ASN] C:5 [G] A:376 [ASN] C:5 [G] ✔
A:353 [ASN] D:20 [C] A:353 [ASN] D:20 [C] ✔
A:888 [LYS] C:1 [G] A:888 [LYS] C:1 [G] ✔
A:888 [LYS] C:2 [C] A:888 [LYS] C:2 [C] ✔
A:299 [GLN] D:18 [C] A:299 [GLN] D:18 [C] ✔
A:299 [GLN] D:19 [G] A:299 [GLN] D:19 [G] ✔
A:830 [HIS] C:1 [G] A:830 [HIS] C:1 [G] ✔
A:830 [HIS] C:2 [C] A:830 [HIS] C:2 [C] ✔
A:887 [ILE] C:1 [G] A:887 [ILE] C:1 [G] ✔
A:887 [ILE] C:2 [C] A:887 [ILE] C:2 [C] ✔
A:854 [SER] D:20 [C] A:854 [SER] D:20 [C] ✔
A:349 [GLN] C:3 [G] A:349 [GLN] C:3 [G] ✔
A:349 [GLN] D:19 [G] A:349 [GLN] D:19 [G] ✔
A:349 [GLN] D:20 [C] A:349 [GLN] D:20 [C] ✔
A:378 [SER] C:5 [G] A:378 [SER] C:5 [G] ✔
A:350 [ILE] D:20 [C] A:350 [ILE] D:20 [C] ✔
A:301 [PRO] D:19 [G] A:301 [PRO] D:19 [G] ✔
A:907 [LYS] C:3 [G] A:907 [LYS] C:3 [G] ✔
A:325 [SER] D:20 [C] A:325 [SER] D:20 [C] ✔
A:326 [GLY] D:20 [C] A:326 [GLY] D:20 [C] ✔
A:831 [TYR] C:1 [G] A:831 [TYR] C:1 [G] ✔
A:874 [GLY] C:1 [G] A:874 [GLY] C:1 [G] ✔
A:381 [HIS] C:4 [C] A:381 [HIS] C:4 [C] ✔
A:381 [HIS] C:5 [G] A:381 [HIS] C:5 [G] ✔
A:347 [THR] D:19 [G] A:347 [THR] D:19 [G] ✔
A:347 [THR] D:20 [C] A:347 [THR] D:20 [C] ✔
A:909 [LYS] C:3 [G] A:909 [LYS] C:3 [G] ✔
A:508 [LYS] D:14 [C] A:508 [LYS] D:13 [G] ❌ 3ZD7_A_C,D
A:498 [GLN] D:13 [G] A:498 [GLN] D:12 [C] ❌ 3ZD7_A_C,D
A:511 [GLN] D:15 [G] A:511 [GLN] D:15 [G] ❌ 3ZD7_A_C,D
A:906 [SER] D:13 [G] A:906 [SER] D:12 [C] ❌ 3ZD7_A_C,D
A:515 [THR] D:15 [G] A:515 [THR] D:15 [G] ❌ 3ZD7_A_C,D
A:890 [GLU] D:14 [C] A:890 [GLU] D:13 [G] ❌ 3ZD7_A_C,D
A:499 [ILE] D:14 [C] A:499 [SER] D:13 [G] ❌ 3ZD7_A_C,D
A:499 [ILE] D:15 [G] A:499 [SER] D:15 [G] ❌ 3ZD7_A_C,D
A:907 [LYS] C:4 [C] A:907 [LYS] C:4 [C] ❌ 3ZD7_A_C,D
A:326 [GLY] D:19 [G] A:326 [GLY] D:19 [G] ❌ 3ZD7_A_C,D
A:379 [LYS] C:4 [C] A:379 [LYS] C:4 [C] ❌ 2YKG_A_C,D
A:515 [THR] D:14 [C] A:515 [THR] D:13 [G] ❌ 2YKG_A_C,D
A:890 [GLU] C:2 [C] A:890 [GLU] C:2 [C] ❌ 2YKG_A_C,D
A:890 [GLU] C:1 [G] A:890 [GLU] C:1 [G] ❌ 2YKG_A_C,D
A:906 [SER] D:14 [C] A:906 [SER] D:13 [G] ❌ 2YKG_A_C,D
A:906 [SER] C:2 [C] A:906 [SER] C:2 [C] ❌ 2YKG_A_C,D
A:910 [ASP] D:13 [G] A:910 [ASP] D:12 [C] ❌ 2YKG_A_C,D
A:910 [ASP] D:12 [C] A:910 [ASP] D:11 [G] ❌ 3ZD7_D:11 no longer at interface
A:511 [GLN] D:16 [C] A:511 [GLN] D:16 [C] ❌ 3ZD7_D:16 no longer at interface
A:499 [ILE] C:9 [G] A:499 [SER] C:9 [G] ❌ 2YKG_C:9 no longer at interface
A:508 [LYS] C:9 [G] A:508 [LYS] C:9 [G] ❌ 2YKG_C:9 no longer at interface
A:508 [LYS] C:10 [C] A:508 [LYS] C:10 [C] ❌ 2YKG_C:10 no longer at interface
A:500 [GLN] D:14 [C] A:500 [GLN] D:13 [G] ❌ 3ZD7_A:500 no longer at interface
A:327 [ALA] D:20 [C] A:327 [ALA] D:20 [C] ❌ 2YKG_A:327 no longer at interface
A:514 [VAL] D:15 [G] A:514 [VAL] D:15 [G] ❌ 2YKG_A:514 no longer at interface
A:904 [LEU] D:14 [C] A:904 [LEU] D:13 [G] ❌ 2YKG_A:904 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like 0.91 2.9 0.73 0.91 0.63 0.98 0.87 0.82 0.83 0.43 0.35


Other pairs involving 2YKG_A_C,D or 3ZD7_A_C,D

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2YKG_A_C,D 5JBG_A_X 0.54 0.71 3.07 0.31 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
2YKG_A_C,D 3OG8_A_C,D 0.81 0.82 0.73 0.3 Mss4-like compare
2YKG_A_C,D 3ZD7_A_C,D 0.82 0.91 2.9 0.73 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
2YKG_A_C,D 5JB2_A_X,Y 0.60 0.72 2.5 0.33 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
2YKG_A_C,D 5JAJ_A_X,Y 0.60 0.71 2.58 0.33 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
3OG8_A_C,D 3ZD7_A_C,D 0.81 0.8 0.61 0.3 Mss4-like compare
3ZD7_A_C,D 5JAJ_A_X,Y 0.39 0.71 4.22 0.31 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
3ZD7_A_C,D 5JB2_A_X,Y 0.39 0.73 3.99 0.31 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
3ZD7_A_C,D 5JBG_A_X 0.37 0.71 4.53 0.34 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare