Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 4KXT_A
|
4KXT_B
|
5I4A_A
|
5I4A_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:527 [TYR] | B:1 [A] | A:383 [ILE] | B:1 [U] | ✔ |
| A:790 [ARG] | B:3 [A] | A:608 [SER] | B:3 [U] | ✔ |
| A:790 [ARG] | B:4 [A] | A:608 [SER] | B:4 [A] | ✔ |
| A:791 [CYS] | B:3 [A] | A:609 [THR] | B:3 [U] | ✔ |
| A:544 [CYS] | B:1 [A] | A:398 [PRO] | B:1 [U] | ✔ |
| A:544 [CYS] | B:2 [A] | A:398 [PRO] | B:2 [A] | ✔ |
| A:560 [ASN] | B:2 [A] | A:414 [SER] | B:2 [A] | ✔ |
| A:813 [TYR] | B:1 [A] | A:632 [GLU] | B:1 [U] | ✔ |
| A:802 [TYR] | B:4 [A] | A:621 [HIS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:545 [VAL] | B:1 [A] | A:399 [ILE] | B:1 [U] | ✔ |
| A:545 [VAL] | B:2 [A] | A:399 [ILE] | B:2 [A] | ✔ |
| A:796 [SER] | B:4 [A] | A:615 [LYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:793 [ARG] | B:4 [A] | A:612 [THR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:520 [LEU] | B:1 [A] | A:376 [LEU] | B:1 [U] | ✔ |
| A:522 [GLY] | B:1 [A] | A:378 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:557 [THR] | B:2 [A] | A:411 [ILE] | B:2 [A] | ✔ |
| A:564 [LYS] | B:1 [A] | A:418 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:564 [LYS] | B:2 [A] | A:418 [LYS] | B:2 [A] | ✔ |
| A:564 [LYS] | B:3 [A] | A:418 [LYS] | B:3 [U] | ✔ |
| A:795 [VAL] | B:4 [A] | A:614 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:524 [THR] | B:1 [A] | A:380 [ILE] | B:1 [U] | ✔ |
| A:561 [LEU] | B:2 [A] | A:415 [TYR] | B:2 [A] | ✔ |
| A:556 [GLN] | B:2 [A] | A:410 [PHE] | B:2 [A] | ✔ |
| A:754 [ILE] | B:4 [A] | A:573 [PHE] | B:4 [A] | ✔ |
| A:546 [GLN] | B:1 [A] | A:400 [LEU] | B:1 [U] | ✔ |
| A:546 [GLN] | B:2 [A] | A:400 [LEU] | B:2 [A] | ✔ |
| A:523 [LYS] | B:1 [A] | A:379 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:549 [ASN] | B:2 [A] | A:403 [LYS] | B:2 [A] | ✔ |
| A:791 [CYS] | B:4 [A] | A:609 [THR] | B:4 [A] | ❌ 5I4A_A_B |
| A:560 [ASN] | B:3 [A] | A:414 [SER] | B:3 [U] | ❌ 5I4A_A_B |
| A:218 [SER] | B:8 [A] | A:148 [LYS] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A_B |
| A:549 [ASN] | B:1 [A] | A:403 [LYS] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A_B |
| A:178 [SER] | B:8 [A] | A:108 [ASN] | B:8 [C] | ❌ 4KXT_A_B |
| A:523 [LYS] | B:4 [A] | A:379 [TYR] | B:4 [A] | ❌ 4KXT_A_B |
| A:549 [ASN] | B:3 [A] | A:403 [LYS] | B:3 [U] | ❌ 4KXT_A_B |
| A:755 [GLN] | B:4 [A] | A:574 [LEU] | B:4 [A] | ❌ 4KXT_A_B |
| A:791 [CYS] | B:2 [A] | A:609 [THR] | B:2 [A] | ❌ 4KXT_A_B |
| A:793 [ARG] | B:3 [A] | A:612 [THR] | B:3 [U] | ❌ 4KXT_A_B |
| A:810 [ARG] | B:1 [A] | A:629 [THR] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A:629 no longer at interface |
| A:710 [HIS] | B:8 [A] | A:547 [ASN] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:547 no longer at interface |
| A:543 [GLN] | B:1 [A] | A:397 [GLN] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A:397 no longer at interface |
| A:543 [GLN] | B:2 [A] | A:397 [GLN] | B:2 [A] | ❌ 5I4A_A:397 no longer at interface |
| A:220 [THR] | B:8 [A] | A:150 [THR] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:150 no longer at interface |
| A:788 [TYR] | B:3 [A] | A:606 [ALA] | B:3 [U] | ❌ 5I4A_A:606 no longer at interface |
| A:788 [TYR] | B:4 [A] | A:606 [ALA] | B:4 [A] | ❌ 5I4A_A:606 no longer at interface |
| A:219 [ALA] | B:8 [A] | A:149 [PHE] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:149 no longer at interface |
| A:542 [THR] | B:1 [A] | A:396 [LEU] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A:396 no longer at interface |
| A:349 [ARG] | B:8 [A] | A:206 [PHE] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:206 no longer at interface |
| A:568 [LYS] | B:1 [A] | A:422 [PHE] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A:422 no longer at interface |
| A:217 [VAL] | B:8 [A] | A:147 [PRO] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:147 no longer at interface |
| A:531 [LYS] | B:1 [A] | A:387 [VAL] | B:1 [U] | ❌ 5I4A_A:387 no longer at interface |
| A:712 [ARG] | B:8 [A] | A:549 [ASN] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:549 no longer at interface |
| A:759 [ARG] | B:8 [A] | A:577 [LYS] | B:8 [C] | ❌ 5I4A_A:577 no longer at interface |
| A:175 [VAL] | B:8 [A] | A:104 [LYS] | B:8 [C] | ❌ 4KXT_A:175 no longer at interface |
| A:176 [GLY] | B:8 [A] | A:106 [GLY] | B:8 [C] | ❌ 4KXT_A:176 no longer at interface |
| A:201 [HIS] | B:8 [A] | A:131 [LYS] | B:8 [C] | ❌ 4KXT_A:201 no longer at interface |
| A:525 [PRO] | B:1 [A] | A:381 [GLY] | B:1 [U] | ❌ 4KXT_A:525 no longer at interface |
| A:806 [LEU] | B:4 [A] | A:625 [LYS] | B:4 [A] | ❌ 4KXT_A:806 no longer at interface |
| A:850 [THR] | B:3 [A] | A:635 [LEU] | B:3 [U] | ❌ 4KXT_A:850 no longer at interface |
| A:850 [THR] | B:1 [A] | A:635 [LEU] | B:1 [U] | ❌ 4KXT_A:850 no longer at interface |
| A:853 [THR] | B:3 [A] | A:636 [TYR] | B:3 [U] | ❌ 4KXT_A:853 no longer at interface |
| A:853 [THR] | B:1 [A] | A:636 [TYR] | B:1 [U] | ❌ 4KXT_A:853 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribonuclease H-like & Argonaute, N-terminal domain & SH3 | 0.77 | 3.27 | 0.03 | 0.78 | 0.16 | 0.42 | 0.42 | 0.68 | 0.76 | 0.21 | 0.71 |
Other pairs involving 4KXT_A_B or 5I4A_A_B
Total number of entries: 28