RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group141 > 1G2E_A_B vs 4ED5_A_D

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

1G2E_A
1G2E_B
4ED5_A
4ED5_D
Conserved?
A:81 [GLY] B:7 [A] A:62 [GLY] D:7 [A] ✔
A:123 [ARG] B:9 [U] A:104 [LYS] D:9 [U] ✔
A:123 [ARG] B:10 [U] A:104 [LYS] D:10 [U] ✔
A:84 [PHE] B:9 [U] A:65 [PHE] D:9 [U] ✔
A:84 [PHE] B:10 [U] A:65 [PHE] D:10 [U] ✔
A:44 [ASN] B:8 [U] A:25 [ASN] D:8 [U] ✔
A:155 [ARG] B:4 [U] A:136 [ARG] D:4 [U] ✔
A:155 [ARG] B:5 [U] A:136 [ARG] D:5 [U] ✔
A:116 [ARG] B:8 [U] A:97 [ARG] D:8 [U] ✔
A:116 [ARG] B:9 [U] A:97 [ARG] D:9 [U] ✔
A:118 [SER] B:9 [U] A:99 [SER] D:9 [U] ✔
A:118 [SER] B:10 [U] A:99 [SER] D:10 [U] ✔
A:152 [ILE] B:8 [U] A:133 [ILE] D:8 [U] ✔
A:172 [ARG] B:8 [U] A:153 [ARG] D:8 [U] ✔
A:172 [ARG] B:9 [U] A:153 [ARG] D:9 [U] ✔
A:170 [PHE] B:3 [A] A:151 [PHE] D:3 [U] ✔
A:170 [PHE] B:4 [U] A:151 [PHE] D:4 [U] ✔
A:71 [VAL] B:10 [U] A:52 [ILE] D:10 [U] ✔
A:69 [LYS] B:10 [U] A:50 [LYS] D:10 [U] ✔
A:69 [LYS] B:11 [A] A:50 [LYS] D:11 [U] ✔
A:153 [THR] B:8 [U] A:134 [ASN] D:8 [U] ✔
A:42 [ILE] B:8 [U] A:23 [ILE] D:8 [U] ✔
A:42 [ILE] B:9 [U] A:23 [ILE] D:9 [U] ✔
A:157 [LEU] B:3 [A] A:138 [LEU] D:3 [U] ✔
A:157 [LEU] B:4 [U] A:138 [LEU] D:4 [U] ✔
A:157 [LEU] B:5 [U] A:138 [LEU] D:5 [U] ✔
A:117 [PRO] B:9 [U] A:98 [PRO] D:9 [U] ✔
A:201 [LYS] B:3 [A] A:182 [LYS] D:3 [U] ✔
A:110 [ILE] B:5 [U] A:91 [ILE] D:5 [U] ✔
A:80 [LEU] B:7 [A] A:61 [LEU] D:7 [A] ✔
A:48 [GLN] B:6 [U] A:29 [GLN] D:6 [U] ✔
A:48 [GLN] B:7 [A] A:29 [GLN] D:7 [A] ✔
A:108 [LYS] B:5 [U] A:89 [LYS] D:5 [U] ✔
A:108 [LYS] B:6 [U] A:89 [LYS] D:6 [U] ✔
A:108 [LYS] B:7 [A] A:89 [LYS] D:7 [A] ✔
A:40 [ASN] B:10 [U] A:21 [ASN] D:10 [U] ✔
A:111 [LYS] B:5 [U] A:92 [LYS] D:5 [U] ✔
A:111 [LYS] B:8 [U] A:92 [LYS] D:8 [U] ✔
A:115 [ALA] B:9 [U] A:96 [ALA] D:9 [U] ✔
A:115 [ALA] B:10 [U] A:96 [ALA] D:10 [U] ✔
A:122 [ILE] B:8 [U] A:103 [ILE] D:8 [U] ✔
A:122 [ILE] B:9 [U] A:103 [ILE] D:9 [U] ✔
A:82 [TYR] B:8 [U] A:63 [TYR] D:8 [U] ✔
A:82 [TYR] B:9 [U] A:63 [TYR] D:9 [U] ✔
A:166 [ARG] B:2 [U] A:147 [ARG] D:2 [U] ✔
A:166 [ARG] B:3 [A] A:147 [ARG] D:3 [U] ✔
A:119 [SER] B:9 [U] A:100 [SER] D:9 [U] ✔
A:107 [THR] B:5 [U] A:88 [SER] D:5 [U] ✔
A:203 [ALA] B:3 [A] A:184 [ALA] D:3 [U] ✔
A:203 [ALA] B:4 [U] A:184 [ALA] D:4 [U] ✔
A:45 [TYR] B:5 [U] A:26 [TYR] D:5 [U] ✔
A:45 [TYR] B:7 [A] A:26 [TYR] D:7 [A] ✔
A:45 [TYR] B:8 [U] A:26 [TYR] D:8 [U] ✔
A:128 [TYR] B:2 [U] A:109 [TYR] D:2 [U] ✔
A:128 [TYR] B:3 [A] A:109 [TYR] D:3 [U] ✔
A:79 [SER] B:7 [A] A:60 [SER] D:7 [A] ✔
A:113 [SER] B:8 [U] A:94 [SER] D:8 [U] ✔
A:126 [ASN] B:4 [U] A:107 [ASN] D:4 [U] ✔
A:124 [ASP] B:9 [U] A:105 [ASP] D:9 [U] ✔
A:114 [TYR] B:9 [U] A:95 [TYR] D:9 [U] ✔
A:109 [THR] B:5 [U] A:90 [THR] D:5 [U] ✔
A:172 [ARG] B:4 [U] A:153 [ARG] D:4 [U] ❌ 4ED5_A_D
A:172 [ARG] B:7 [A] A:153 [ARG] D:7 [A] ❌ 4ED5_A_D
A:157 [LEU] B:2 [U] A:138 [LEU] D:2 [U] ❌ 4ED5_A_D
A:82 [TYR] B:10 [U] A:63 [TYR] D:10 [U] ❌ 4ED5_A_D
A:126 [ASN] B:8 [U] A:107 [ASN] D:8 [U] ❌ 1G2E_A_B
A:82 [TYR] B:7 [A] A:63 [TYR] D:7 [A] ❌ 1G2E_A_B
A:131 [GLY] B:2 [U] A:112 [GLY] D:2 [U] ❌ 4ED5_A:112 no longer at interface
A:202 [PHE] B:3 [A] A:183 [PHE] D:3 [U] ❌ 4ED5_A:183 no longer at interface
A:74 [LYS] B:11 [A] A:55 [LYS] D:11 [U] ❌ 4ED5_A:55 no longer at interface
A:167 [GLY] B:2 [U] A:148 [GLY] D:2 [U] ❌ 4ED5_A:148 no longer at interface
A:130 [SER] B:2 [U] A:111 [SER] D:2 [U] ❌ 4ED5_A:111 no longer at interface
A:168 [VAL] B:2 [U] A:149 [VAL] D:2 [U] ❌ 4ED5_A:149 no longer at interface
A:72 [ARG] B:11 [A] A:53 [ARG] D:11 [U] ❌ 4ED5_A:53 no longer at interface
A:78 [GLN] B:7 [A] A:59 [HIS] D:7 [A] ❌ 1G2E_A:78 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
RNA-binding domain, RBD 0.95 0.7 0.80 0.95 0.43 0.95 1.0 0.92 0.93 0.67 0.57


Other pairs involving 1G2E_A_B or 4ED5_A_D

Total number of entries: 10

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4ED5_A_D 6F4G_B_C 0.57 0.62 2.44 0.1 RNA-binding domain, RBD compare
4ED5_A_D 6SQN_A_X 0.55 0.65 2.53 0.1 RNA-binding domain, RBD compare
4ED5_A_D 6F4H_A_B 0.56 0.65 2.49 0.1 RNA-binding domain, RBD compare
1G2E_A_B 6F4G_B_C 0.57 0.61 3.03 0.15 RNA-binding domain, RBD compare
1G2E_A_B 6SQN_A_X 0.55 0.64 3.14 0.1 RNA-binding domain, RBD compare
1G2E_A_B 1URN_A_P 0.54 0.62 3.07 0.1 RNA-binding domain, RBD compare
1G2E_A_B 4ED5_A_D 0.92 0.95 0.7 0.8 RNA-binding domain, RBD compare
1G2E_A_B 6F4H_A_B 0.57 0.64 3.02 0.1 RNA-binding domain, RBD compare
1A9N_B_Q 1G2E_A_B 0.54 0.62 3.02 0.16 RNA-binding domain, RBD compare
1A9N_B_Q 4ED5_A_D 0.54 0.62 2.45 0.1 RNA-binding domain, RBD compare