Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 4N0T_A
|
4N0T_B
|
5TF6_A
|
5TF6_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:199 [SER] | B:48 [C] | A:199 [SER] | B:48 [C] | ✔ |
| A:199 [SER] | B:49 [A] | A:199 [SER] | B:49 [A] | ✔ |
| A:292 [PHE] | B:55 [G] | A:292 [PHE] | B:55 [G] | ✔ |
| A:292 [PHE] | B:57 [U] | A:292 [PHE] | B:57 [U] | ✔ |
| A:194 [ASN] | B:49 [A] | A:194 [ASN] | B:49 [A] | ✔ |
| A:300 [ARG] | B:37 [U] | A:300 [ARG] | B:37 [U] | ✔ |
| A:198 [LYS] | B:49 [A] | A:198 [LYS] | B:49 [A] | ✔ |
| A:254 [CYS] | B:41 [A] | A:254 [CYS] | B:41 [A] | ✔ |
| A:215 [ARG] | B:41 [A] | A:215 [ARG] | B:41 [A] | ✔ |
| A:215 [ARG] | B:91 [A] | A:215 [ARG] | B:91 [A] | ✔ |
| A:288 [ASP] | B:42 [A] | A:288 [ASP] | B:42 [A] | ✔ |
| A:288 [ASP] | B:43 [C] | A:288 [ASP] | B:43 [C] | ✔ |
| A:288 [ASP] | B:55 [G] | A:288 [ASP] | B:55 [G] | ✔ |
| A:253 [ASN] | B:39 [G] | A:253 [ASN] | B:39 [G] | ✔ |
| A:253 [ASN] | B:40 [A] | A:253 [ASN] | B:40 [A] | ✔ |
| A:253 [ASN] | B:41 [A] | A:253 [ASN] | B:41 [A] | ✔ |
| A:211 [GLU] | B:43 [C] | A:211 [GLU] | B:43 [C] | ✔ |
| A:211 [GLU] | B:44 [A] | A:211 [GLU] | B:44 [A] | ✔ |
| A:321 [ASP] | B:51 [A] | A:321 [ASP] | B:51 [A] | ✔ |
| A:295 [ARG] | B:57 [U] | A:295 [ARG] | B:57 [U] | ✔ |
| A:295 [ARG] | B:58 [C] | A:295 [ARG] | B:58 [C] | ✔ |
| A:252 [ASN] | B:39 [G] | A:252 [ASN] | B:39 [G] | ✔ |
| A:252 [ASN] | B:40 [A] | A:252 [ASN] | B:40 [A] | ✔ |
| A:296 [ASN] | B:57 [U] | A:296 [ASN] | B:57 [U] | ✔ |
| A:189 [VAL] | B:47 [A] | A:189 [VAL] | B:47 [A] | ✔ |
| A:37 [ASN] | B:52 [G] | A:37 [ASN] | B:52 [G] | ✔ |
| A:322 [LYS] | B:51 [A] | A:322 [LYS] | B:51 [A] | ✔ |
| A:293 [LEU] | B:42 [A] | A:293 [LEU] | B:42 [A] | ✔ |
| A:186 [TYR] | B:46 [U] | A:186 [TYR] | B:46 [U] | ✔ |
| A:160 [PHE] | B:48 [C] | A:160 [PHE] | B:48 [C] | ✔ |
| A:160 [PHE] | B:49 [A] | A:160 [PHE] | B:49 [A] | ✔ |
| A:160 [PHE] | B:50 [G] | A:160 [PHE] | B:50 [G] | ✔ |
| A:191 [LYS] | B:49 [A] | A:191 [LYS] | B:49 [A] | ✔ |
| A:151 [SER] | B:50 [G] | A:151 [SER] | B:50 [G] | ✔ |
| A:151 [SER] | B:51 [A] | A:151 [SER] | B:51 [A] | ✔ |
| A:151 [SER] | B:53 [A] | A:151 [SER] | B:53 [A] | ✔ |
| A:241 [ASN] | B:43 [C] | A:241 [ASN] | B:43 [C] | ✔ |
| A:241 [ASN] | B:44 [A] | A:241 [ASN] | B:44 [A] | ✔ |
| A:150 [PRO] | B:50 [G] | A:150 [PRO] | B:50 [G] | ✔ |
| A:150 [PRO] | B:51 [A] | A:150 [PRO] | B:51 [A] | ✔ |
| A:351 [ASP] | B:58 [C] | A:351 [ASP] | B:58 [C] | ✔ |
| A:255 [CYS] | B:41 [A] | A:255 [CYS] | B:41 [A] | ✔ |
| A:255 [CYS] | B:42 [A] | A:255 [CYS] | B:42 [A] | ✔ |
| A:289 [LYS] | B:55 [G] | A:289 [LYS] | B:55 [G] | ✔ |
| A:201 [ARG] | B:47 [A] | A:201 [ARG] | B:47 [A] | ✔ |
| A:201 [ARG] | B:48 [C] | A:201 [ARG] | B:48 [C] | ✔ |
| A:201 [ARG] | B:49 [A] | A:201 [ARG] | B:49 [A] | ✔ |
| A:153 [ARG] | B:53 [A] | A:153 [ARG] | B:53 [A] | ✔ |
| A:153 [ARG] | B:57 [U] | A:153 [ARG] | B:57 [U] | ✔ |
| A:153 [ARG] | B:58 [C] | A:153 [ARG] | B:58 [C] | ✔ |
| A:281 [GLU] | B:92 [C] | A:281 [GLU] | B:92 [C] | ✔ |
| A:154 [PHE] | B:53 [A] | A:154 [PHE] | B:53 [A] | ✔ |
| A:154 [PHE] | B:54 [U] | A:154 [PHE] | B:54 [U] | ✔ |
| A:154 [PHE] | B:57 [U] | A:154 [PHE] | B:57 [U] | ✔ |
| A:154 [PHE] | B:58 [C] | A:154 [PHE] | B:58 [C] | ✔ |
| A:251 [PHE] | B:40 [A] | A:251 [PHE] | B:40 [A] | ✔ |
| A:251 [PHE] | B:41 [A] | A:251 [PHE] | B:41 [A] | ✔ |
| A:206 [THR] | B:43 [C] | A:206 [THR] | B:43 [C] | ✔ |
| A:206 [THR] | B:44 [A] | A:206 [THR] | B:44 [A] | ✔ |
| A:122 [THR] | B:47 [A] | A:122 [THR] | B:47 [A] | ✔ |
| A:122 [THR] | B:48 [C] | A:122 [THR] | B:48 [C] | ✔ |
| A:398 [GLN] | B:82 [A] | A:398 [GLN] | B:82 [A] | ✔ |
| A:398 [GLN] | B:83 [A] | A:398 [GLN] | B:83 [A] | ✔ |
| A:274 [ARG] | B:91 [A] | A:274 [ARG] | B:91 [A] | ✔ |
| A:274 [ARG] | B:92 [C] | A:274 [ARG] | B:92 [C] | ✔ |
| A:239 [LYS] | B:44 [A] | A:239 [LYS] | B:44 [A] | ✔ |
| A:239 [LYS] | B:45 [A] | A:239 [LYS] | B:45 [A] | ✔ |
| A:213 [MET] | B:41 [A] | A:213 [MET] | B:41 [A] | ✔ |
| A:213 [MET] | B:42 [A] | A:213 [MET] | B:42 [A] | ✔ |
| A:203 [ASP] | B:44 [A] | A:203 [ASP] | B:44 [A] | ✔ |
| A:203 [ASP] | B:47 [A] | A:203 [ASP] | B:47 [A] | ✔ |
| A:203 [ASP] | B:48 [C] | A:203 [ASP] | B:48 [C] | ✔ |
| A:162 [TYR] | B:49 [A] | A:162 [TYR] | B:49 [A] | ✔ |
| A:162 [TYR] | B:50 [G] | A:162 [TYR] | B:50 [G] | ✔ |
| A:192 [VAL] | B:49 [A] | A:192 [VAL] | B:49 [A] | ✔ |
| A:155 [ASN] | B:57 [U] | A:155 [ASN] | B:57 [U] | ✔ |
| A:148 [ARG] | B:50 [G] | A:148 [ARG] | B:50 [G] | ✔ |
| A:216 [ASN] | B:39 [G] | A:216 [ASN] | B:39 [G] | ✔ |
| A:216 [ASN] | B:40 [A] | A:216 [ASN] | B:40 [A] | ✔ |
| A:216 [ASN] | B:91 [A] | A:216 [ASN] | B:91 [A] | ✔ |
| A:216 [ASN] | B:92 [C] | A:216 [ASN] | B:92 [C] | ✔ |
| A:120 [TRP] | B:48 [C] | A:120 [TRP] | B:48 [C] | ✔ |
| A:120 [TRP] | B:49 [A] | A:120 [TRP] | B:49 [A] | ✔ |
| A:158 [ARG] | B:47 [A] | A:158 [ARG] | B:47 [A] | ✔ |
| A:158 [ARG] | B:48 [C] | A:158 [ARG] | B:48 [C] | ✔ |
| A:158 [ARG] | B:50 [G] | A:158 [ARG] | B:50 [G] | ✔ |
| A:158 [ARG] | B:51 [A] | A:158 [ARG] | B:51 [A] | ✔ |
| A:158 [ARG] | B:53 [A] | A:158 [ARG] | B:53 [A] | ✔ |
| A:283 [SER] | B:91 [A] | A:283 [SER] | B:91 [A] | ✔ |
| A:283 [SER] | B:92 [C] | A:283 [SER] | B:92 [C] | ✔ |
| A:257 [PHE] | B:42 [A] | A:257 [PHE] | B:42 [A] | ✔ |
| A:257 [PHE] | B:43 [C] | A:257 [PHE] | B:43 [C] | ✔ |
| A:242 [ILE] | B:43 [C] | A:242 [ILE] | B:43 [C] | ✔ |
| A:197 [GLU] | B:49 [A] | A:197 [GLU] | B:49 [A] | ✔ |
| A:200 [LYS] | B:48 [C] | A:200 [LYS] | B:48 [C] | ✔ |
| A:299 [LYS] | B:56 [A] | A:299 [LYS] | B:56 [A] | ✔ |
| A:299 [LYS] | B:57 [U] | A:299 [LYS] | B:57 [U] | ✔ |
| A:299 [LYS] | B:58 [C] | A:299 [LYS] | B:58 [C] | ✔ |
| A:36 [ARG] | B:52 [G] | A:36 [ARG] | B:52 [G] | ✔ |
| A:243 [PRO] | B:41 [A] | A:243 [PRO] | B:41 [A] | ✔ |
| A:243 [PRO] | B:42 [A] | A:243 [PRO] | B:42 [A] | ✔ |
| A:243 [PRO] | B:43 [C] | A:243 [PRO] | B:43 [C] | ✔ |
| A:193 [SER] | B:49 [A] | A:193 [SER] | B:49 [A] | ✔ |
| A:38 [ARG] | B:50 [G] | A:38 [ARG] | B:50 [G] | ✔ |
| A:38 [ARG] | B:52 [G] | A:38 [ARG] | B:52 [G] | ✔ |
| A:149 [LEU] | B:51 [A] | A:149 [LEU] | B:51 [A] | ✔ |
| A:273 [ASN] | B:91 [A] | A:273 [ASN] | B:91 [A] | ✔ |
| A:350 [SER] | B:58 [C] | A:350 [SER] | B:58 [C] | ✔ |
| A:250 [SER] | B:40 [A] | A:250 [SER] | B:40 [A] | ✔ |
| A:246 [GLN] | B:41 [A] | A:246 [GLN] | B:41 [A] | ✔ |
| A:244 [ALA] | B:41 [A] | A:244 [ALA] | B:41 [A] | ✔ |
| A:202 [THR] | B:45 [A] | A:202 [THR] | B:45 [A] | ✔ |
| A:202 [THR] | B:47 [A] | A:202 [THR] | B:47 [A] | ✔ |
| A:202 [THR] | B:48 [C] | A:202 [THR] | B:48 [C] | ✔ |
| A:118 [THR] | B:50 [G] | A:118 [THR] | B:50 [G] | ✔ |
| A:291 [PRO] | B:57 [U] | A:291 [PRO] | B:57 [U] | ✔ |
| A:159 [ARG] | B:46 [U] | A:159 [ARG] | B:46 [U] | ✔ |
| A:159 [ARG] | B:47 [A] | A:159 [ARG] | B:47 [A] | ✔ |
| A:159 [ARG] | B:48 [C] | A:159 [ARG] | B:48 [C] | ✔ |
| A:157 [SER] | B:47 [A] | A:157 [SER] | B:47 [A] | ✔ |
| A:157 [SER] | B:48 [C] | A:157 [SER] | B:48 [C] | ✔ |
| A:123 [ASN] | B:46 [U] | A:123 [ASN] | B:46 [U] | ✔ |
| A:123 [ASN] | B:47 [A] | A:123 [ASN] | B:47 [A] | ✔ |
| A:290 [LYS] | B:42 [A] | A:290 [LYS] | B:42 [A] | ✔ |
| A:290 [LYS] | B:43 [C] | A:290 [LYS] | B:43 [C] | ✔ |
| A:290 [LYS] | B:44 [A] | A:290 [LYS] | B:44 [A] | ✔ |
| A:195 [PRO] | B:49 [A] | A:195 [PRO] | B:49 [A] | ✔ |
| A:195 [PRO] | B:50 [G] | A:195 [PRO] | B:50 [G] | ✔ |
| A:195 [PRO] | B:52 [G] | A:195 [PRO] | B:52 [G] | ✔ |
| A:287 [ALA] | B:42 [A] | A:287 [ALA] | B:42 [A] | ✔ |
| A:287 [ALA] | B:43 [C] | A:287 [ALA] | B:43 [C] | ✔ |
| A:287 [ALA] | B:55 [G] | A:287 [ALA] | B:55 [G] | ✔ |
| A:215 [ARG] | B:40 [A] | A:215 [ARG] | B:40 [A] | ❌ 5TF6_A_B |
| A:215 [ARG] | B:42 [A] | A:215 [ARG] | B:42 [A] | ❌ 5TF6_A_B |
| A:153 [ARG] | B:51 [A] | A:153 [ARG] | B:51 [A] | ❌ 5TF6_A_B |
| A:155 [ASN] | B:48 [C] | A:155 [ASN] | B:48 [C] | ❌ 5TF6_A_B |
| A:36 [ARG] | B:51 [A] | A:36 [ARG] | B:51 [A] | ❌ 5TF6_A_B |
| A:157 [SER] | B:46 [U] | A:157 [SER] | B:46 [U] | ❌ 5TF6_A_B |
| A:193 [SER] | B:50 [G] | A:193 [SER] | B:50 [G] | ❌ 4N0T_A_B |
| A:395 [ASN] | B:84 [C] | A:395 [ASN] | B:84 [C] | ❌ 5TF6_A:395, 5TF6_B:84 no longer at interface |
| A:300 [ARG] | B:36 [U] | A:300 [ARG] | B:36 [U] | ❌ 4N0T_B:36 no longer at interface |
| A:303 [ALA] | B:36 [U] | A:303 [ALA] | B:36 [U] | ❌ 4N0T_A:303, 4N0T_B:36 no longer at interface |
| A:39 [GLU] | B:52 [G] | A:39 [GLU] | B:52 [G] | ❌ 5TF6_A:39 no longer at interface |
| A:394 [TYR] | B:83 [A] | A:394 [TYR] | B:83 [A] | ❌ 5TF6_A:394 no longer at interface |
| A:395 [ASN] | B:82 [A] | A:395 [ASN] | B:82 [A] | ❌ 5TF6_A:395 no longer at interface |
| A:395 [ASN] | B:83 [A] | A:395 [ASN] | B:83 [A] | ❌ 5TF6_A:395 no longer at interface |
| A:124 [PHE] | B:47 [A] | A:124 [PHE] | B:47 [A] | ❌ 4N0T_A:124 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RNA-binding domain, RBD | U6 spliceosomal RNA | 0.95 | 0.87 | 0.96 | 0.98 | 0.67 | 0.96 | 0.96 | 0.98 | 0.97 | 0.86 | 0.53 |
Other pairs involving 4N0T_A_B or 5TF6_A_B
Total number of entries: 9
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1URN_A_P | 4N0T_A_B | 0.55 | 0.62 | 3.78 | 0.0 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
| 1URN_A_P | 5TF6_A_B | 0.54 | 0.62 | 3.87 | 0.0 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
| 5TF6_A_B | 6SQN_A_X | 0.56 | 0.63 | 2.54 | 0.1 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
| 5TF6_A_B | 6F4G_B_C | 0.58 | 0.61 | 3.75 | 0.0 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
| 5TF6_A_B | 6F4H_A_B | 0.57 | 0.64 | 3.83 | 0.0 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
| 4N0T_A_B | 6SQN_A_X | 0.59 | 0.65 | 3.87 | 0.0 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
| 4N0T_A_B | 6F4G_B_C | 0.58 | 0.61 | 3.62 | 0.0 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
| 4N0T_A_B | 5TF6_A_B | 0.98 | 0.95 | 0.87 | 0.96 | RNA-binding domain, RBD | U6 spliceosomal RNA | compare |
| 4N0T_A_B | 6F4H_A_B | 0.56 | 0.64 | 3.75 | 0.0 | RNA-binding domain, RBD | compare |