Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
6F4H_A
|
6F4H_B
|
6SQN_A
|
6SQN_X
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:88 [SER] | B:12 [A] | A:91 [SER] | X:11 [A] | ✔ |
A:88 [SER] | B:13 [C] | A:91 [SER] | X:12 [C] | ✔ |
A:8 [THR] | B:12 [A] | A:11 [THR] | X:11 [A] | ✔ |
A:53 [PHE] | B:11 [C] | A:56 [TRP] | X:10 [C] | ✔ |
A:53 [PHE] | B:12 [A] | A:56 [TRP] | X:11 [A] | ✔ |
A:51 [GLN] | B:10 [G] | A:54 [GLN] | X:9 [G] | ✔ |
A:51 [GLN] | B:11 [C] | A:54 [GLN] | X:10 [C] | ✔ |
A:82 [ALA] | B:11 [C] | A:85 [GLN] | X:10 [C] | ✔ |
A:14 [LEU] | B:10 [G] | A:17 [LEU] | X:9 [G] | ✔ |
A:85 [LYS] | B:11 [C] | A:88 [LYS] | X:10 [C] | ✔ |
A:86 [SER] | B:12 [A] | A:89 [THR] | X:11 [A] | ✔ |
A:86 [SER] | B:13 [C] | A:89 [THR] | X:12 [C] | ✔ |
A:84 [SER] | B:11 [C] | A:87 [ALA] | X:10 [C] | ✔ |
A:84 [SER] | B:12 [A] | A:87 [ALA] | X:11 [A] | ✔ |
A:41 [VAL] | B:12 [A] | A:44 [LEU] | X:11 [A] | ✔ |
A:13 [ASN] | B:9 [U] | A:16 [ASN] | X:8 [U] | ✔ |
A:13 [ASN] | B:10 [G] | A:16 [ASN] | X:9 [G] | ✔ |
A:19 [LYS] | B:2 [G] | A:22 [LYS] | X:1 [A] | ✔ |
A:83 [TYR] | B:11 [C] | A:86 [TYR] | X:10 [C] | ✔ |
A:12 [ASN] | B:9 [U] | A:15 [ASN] | X:8 [U] | ✔ |
A:12 [ASN] | B:10 [G] | A:15 [ASN] | X:9 [G] | ✔ |
A:46 [LEU] | B:7 [A] | A:49 [LEU] | X:6 [A] | ✔ |
A:46 [LEU] | B:8 [U] | A:49 [LEU] | X:7 [U] | ✔ |
A:46 [LEU] | B:10 [G] | A:49 [LEU] | X:9 [G] | ✔ |
A:46 [LEU] | B:17 [G] | A:49 [LEU] | X:16 [G] | ✔ |
A:48 [MET] | B:10 [G] | A:51 [MET] | X:9 [G] | ✔ |
A:48 [MET] | B:12 [A] | A:51 [MET] | X:11 [A] | ✔ |
A:47 [LYS] | B:10 [G] | A:50 [LYS] | X:9 [G] | ✔ |
A:47 [LYS] | B:11 [C] | A:50 [LYS] | X:10 [C] | ✔ |
A:90 [ILE] | B:13 [C] | A:93 [ILE] | X:12 [C] | ✔ |
A:50 [GLY] | B:10 [G] | A:53 [GLY] | X:9 [G] | ✔ |
A:16 [GLU] | B:7 [A] | A:19 [GLU] | X:6 [A] | ✔ |
A:16 [GLU] | B:8 [U] | A:19 [GLU] | X:7 [U] | ✔ |
A:16 [GLU] | B:10 [G] | A:19 [GLU] | X:9 [G] | ✔ |
A:77 [LYS] | B:9 [U] | A:80 [LYS] | X:8 [U] | ✔ |
A:45 [THR] | B:17 [G] | A:48 [SER] | X:16 [G] | ✔ |
A:49 [ARG] | B:7 [A] | A:52 [ARG] | X:6 [A] | ✔ |
A:49 [ARG] | B:8 [U] | A:52 [ARG] | X:7 [U] | ✔ |
A:49 [ARG] | B:10 [G] | A:52 [ARG] | X:9 [G] | ✔ |
A:49 [ARG] | B:17 [G] | A:52 [ARG] | X:16 [G] | ✔ |
A:10 [TYR] | B:10 [G] | A:13 [TYR] | X:9 [G] | ✔ |
A:10 [TYR] | B:11 [C] | A:13 [TYR] | X:10 [C] | ✔ |
A:87 [ASP] | B:12 [A] | A:90 [ASP] | X:11 [A] | ✔ |
A:87 [ASP] | B:13 [C] | A:90 [ASP] | X:12 [C] | ✔ |
A:89 [ASP] | B:13 [C] | A:92 [ASP] | X:12 [C] | ✔ |
A:86 [SER] | B:11 [C] | A:89 [THR] | X:10 [C] | ❌ 6SQN_A_X |
A:48 [MET] | B:11 [C] | A:51 [MET] | X:10 [C] | ❌ 6SQN_A_X |
A:47 [LYS] | B:12 [A] | A:50 [LYS] | X:11 [A] | ❌ 6SQN_A_X |
A:89 [ASP] | B:12 [A] | A:92 [ASP] | X:11 [A] | ❌ 6SQN_A_X |
A:16 [GLU] | B:9 [U] | A:19 [GLU] | X:8 [U] | ❌ 6F4H_A_B |
A:41 [VAL] | B:13 [C] | A:44 [LEU] | X:12 [C] | ❌ 6F4H_A_B |
A:19 [LYS] | B:3 [C] | A:22 [LYS] | X:2 [A] | ❌ 6F4H_B:3 no longer at interface |
A:44 [LYS] | B:17 [G] | A:47 [ARG] | X:16 [G] | ❌ 6SQN_A:47 no longer at interface |
A:55 [ILE] | B:12 [A] | A:58 [ILE] | X:11 [A] | ❌ 6SQN_A:58 no longer at interface |
A:3 [MET] | B:11 [C] | A:6 [THR] | X:10 [C] | ❌ 6SQN_A:6 no longer at interface |
A:43 [LEU] | B:12 [A] | A:46 [SER] | X:11 [A] | ❌ 6SQN_A:46 no longer at interface |
A:80 [GLN] | B:9 [U] | A:83 [ARG] | X:8 [U] | ❌ 6SQN_A:83 no longer at interface |
A:2 [GLU] | B:11 [C] | A:5 [GLU] | X:10 [C] | ❌ 6F4H_A:2 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RNA-binding domain, RBD | 0.92 | 0.38 | 0.74 | 0.97 | 0.5 | 0.96 | 0.9 | 0.93 | 0.90 | 0.71 | 0.54 |
Other pairs involving 6F4H_A_B or 6SQN_A_X
Total number of entries: 35