Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
6XH2_A
|
6XH2_D
|
6XH3_A
|
6XH3_D
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:23 [LYS] | D:22 [A] | A:23 [LYS] | D:22 [A] | ✔ |
A:13 [TYR] | D:35 [A] | A:13 [TYR] | D:35 [A] | ✔ |
A:19 [SER] | D:24 [C] | A:19 [SER] | D:24 [C] | ✔ |
A:15 [ASN] | D:35 [A] | A:15 [ASN] | D:35 [A] | ✔ |
A:87 [ALA] | D:35 [A] | A:87 [ALA] | D:35 [A] | ✔ |
A:50 [THR] | D:34 [G] | A:50 [ARG] | D:34 [G] | ✔ |
A:88 [LYS] | D:35 [A] | A:88 [LYS] | D:35 [A] | ✔ |
A:22 [LYS] | D:25 [U] | A:22 [LYS] | D:25 [U] | ✔ |
A:54 [GLN] | D:34 [G] | A:54 [GLN] | D:34 [G] | ✔ |
A:54 [GLN] | D:35 [A] | A:54 [GLN] | D:35 [A] | ✔ |
A:54 [GLN] | D:36 [G] | A:54 [GLN] | D:36 [G] | ✔ |
A:51 [PRO] | D:24 [C] | A:51 [PRO] | D:24 [C] | ✔ |
A:86 [TYR] | D:35 [A] | A:86 [TYR] | D:35 [A] | ✔ |
A:85 [GLN] | D:35 [A] | A:85 [GLN] | D:35 [A] | ✔ |
A:20 [LYS] | D:24 [C] | A:20 [LYS] | D:24 [C] | ✔ |
A:48 [THR] | D:23 [U] | A:48 [THR] | D:23 [U] | ✔ |
A:56 [PHE] | D:35 [A] | A:56 [PHE] | D:35 [A] | ✔ |
A:49 [ARG] | D:23 [U] | A:49 [ARG] | D:23 [U] | ✔ |
A:49 [ARG] | D:27 [A] | A:49 [ARG] | D:27 [A] | ✔ |
A:49 [ARG] | D:28 [G] | A:49 [ARG] | D:28 [G] | ✔ |
A:49 [ARG] | D:29 [C] | A:49 [ARG] | D:29 [C] | ✔ |
A:49 [ARG] | D:36 [G] | A:49 [ARG] | D:36 [G] | ✔ |
A:49 [ARG] | D:37 [C] | A:49 [ARG] | D:37 [C] | ✔ |
A:47 [ARG] | D:22 [A] | A:47 [ARG] | D:22 [A] | ✔ |
A:47 [ARG] | D:23 [U] | A:47 [ARG] | D:23 [U] | ✔ |
A:47 [ARG] | D:26 [G] | A:47 [ARG] | D:26 [G] | ✔ |
A:23 [LYS] | D:23 [U] | A:23 [LYS] | D:23 [U] | ❌ 6XH3_A_D |
A:48 [THR] | D:36 [G] | A:48 [THR] | D:36 [G] | ❌ 6XH3_A_D |
A:52 [ARG] | D:29 [C] | A:52 [ARG] | D:29 [C] | ❌ 6XH3_A_D |
A:52 [ARG] | D:34 [G] | A:52 [ARG] | D:34 [G] | ❌ 6XH3_A_D |
A:52 [ARG] | D:36 [G] | A:52 [ARG] | D:36 [G] | ❌ 6XH3_A_D |
A:50 [THR] | D:36 [G] | A:50 [ARG] | D:36 [G] | ❌ 6XH2_A_D |
A:50 [THR] | D:29 [C] | A:50 [ARG] | D:29 [C] | ❌ 6XH2_A_D |
A:52 [ARG] | D:23 [U] | A:52 [ARG] | D:23 [U] | ❌ 6XH2_A_D |
A:52 [ARG] | D:22 [A] | A:52 [ARG] | D:22 [A] | ❌ 6XH2_A_D |
A:47 [ARG] | D:39 [C] | A:47 [ARG] | D:39 [C] | ❌ 6XH3_D:39 no longer at interface |
A:23 [LYS] | D:21 [G] | A:23 [LYS] | D:21 [G] | ❌ 6XH2_D:21 no longer at interface |
A:49 [ARG] | D:38 [U] | A:49 [ARG] | D:38 [U] | ❌ 6XH2_D:38 no longer at interface |
A:50 [THR] | D:30 [C] | A:50 [ARG] | D:30 [C] | ❌ 6XH2_D:30 no longer at interface |
A:6 [THR] | D:35 [A] | A:6 [THR] | D:35 [A] | ❌ 6XH3_A:6 no longer at interface |
A:89 [THR] | D:35 [A] | A:89 [THR] | D:35 [A] | ❌ 6XH3_A:89 no longer at interface |
A:21 [ILE] | D:24 [C] | A:21 [ILE] | D:24 [C] | ❌ 6XH2_A:21 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RNA-binding domain, RBD | 0.98 | 1.26 | 0.89 | 0.98 | 0.74 | 0.95 | 0.92 | 0.81 | 0.80 | 0.64 | 0.44 |
Other pairs involving 6XH2_A_D or 6XH3_A_D
Total number of entries: 6
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
6CMN_A_D | 6XH2_A_D | 0.99 | 0.99 | 0.17 | 0.95 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
6DCL_A_D | 6XH2_A_D | 0.48 | 0.6 | 1.96 | 0.14 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
6XH2_A_D | 6XH3_A_D | 0.81 | 0.98 | 1.26 | 0.89 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
6CMN_A_D | 6XH3_A_D | 0.80 | 0.97 | 1.27 | 0.84 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
6XH2_A_D | 7DCO_X_G | 0.57 | 0.61 | 1.84 | 0.0 | RNA-binding domain, RBD | compare | |
6XH3_A_D | 7DCO_X_G | 0.50 | 0.63 | 1.21 | 0.0 | RNA-binding domain, RBD | compare |